基因總覽
NOM1 是人類的蛋白質編碼基因,產物為 nucleolar protein with MIF4G domain 1,屬於 CWC22 family。現有資料將其與核仁定位及 PPP1CA 的核仁導向相連結;這些資訊概述了此蛋白質的主要角色,但未提供更完整的生物學功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000275820 ★ | 156,949,712–156,973,176 | 11 |
| ENST00000851672 | 156,949,706–156,973,176 | 11 |
| ENST00000851673 | 156,949,706–156,973,176 | 11 |
| ENST00001110800 | 156,949,706–156,964,597 | 5 |
| ENST00001110801 | 156,949,706–156,961,618 | 4 |
| ENST00001115551 | 156,949,706–156,969,408 | 10 |
| ENST00001141323 | 156,949,706–156,973,176 | 11 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
NOM1 的已知功能之一,是參與將 PPP1CA 導向核仁。現有資料指出這項定位導向作用,但未進一步說明其分子機制、發生條件或對其他生物學過程的影響,因此不宜延伸推論其功能範圍。
Promoter 與基因調控
>NOM1 ENST00000275820 GRCh38 chr7:156948712-156949812 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AAGCGGCCCCTGGTCAGGCCGAGAACCCCACAGCAGCAGCCCCGTCTTCCCCCAGCTCACTGCTAGGCGA GGCTGCTCCTGCGCCTCCGGGCTTCCCAAAAATCCAGACGCAAACTGCGCGGCCTCTGCGTTCGCTTCCC GGTTCAAGTTACCCAGTAAAGAGGAACCTCAAACGCTCTGCCCTCGGGGCCCAGCGTCCAAACCCAGCCT GGGCAGGGCCGGCTCCTCAGGGGTCCTCGGCCGCCTGGGGGCCACAGGCGTCTCCCTGGTCCGTATCCAG AGCCTGCTTCTCAGGAGAACGCTGGCTCTGGGGCCAGTCCTAACCCACGAGGGCTCCTCTCGACCACATC TGCAAAGGCCCTATTTCCAAATAAGGTCGCATTCCTGGGTCCTGGGCGGACACGAACCTGGGGCCCGCGC ATCCCAGCGTCGTCGCCGCCGCCAACCTCCGGCACCGCGCCGACCCGCGCGGAGTCTCCCCTCCATCATA CGCGAGGATTTCCCTTTGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCCATTTCGGCTCAC TGCAACCTCCGCCTCCGTGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGC GTGCCCCCACGCTCAGCTAATTTTTGTAGGGGGGTGGGTGGGTTTCACCAGGTTGGCCAGGCTGGTCTCG AACTCCTGACTTCAGGTGATCCACCCGTCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCG CGCCCGGCCGGATTTCCCTTTTAAATGTGAAGGCACCTCCATGCTCATCGCGAGCCTGACGTCCACGCGG CGCCCACCCGCGGGCGCGCCTGCCCCGGGCGCCACCTGCCCGGCTGCCCCCGCACCCGGCTCCGCGCAGC TCTGCACGCTGTCGCCCTCCGGCCAGCAGGGGGCGCCGCCCGCCCGCCCCGCGCAGCCGCCTCTTCCCCG GAAGTCCCGCCTCGGCCGGAAGTCGTGCGTCCACGCGTTTCGAAAGATGGCGGCGTCCAGGAGCGCGGGA GAGGCCGGCCCGGGCGGCTCCCAGGGACGCGTGGTCCGCATGAAGCGCAGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| NOM1_1 ↗ | 7:156,949,733 | 正股 | 156,949,684–156,949,743 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR7_94B9ZL · promoter · 156949222–156949722 · regulatory
ENSR7_53CWPRQ · CTCF_binding_site · 156949640–156949661 · regulatory
ENSR7_53CWPS6 · CTCF_binding_site · 156949727–156949748 · regulatory
· motif · 156949075–156949090 · motif
· motif · 156949075–156949090 · motif
· motif · 156949409–156949424 · motif
· motif · 156949539–156949552 · motif
· motif · 156949545–156949561 · motif
· motif · 156949545–156949561 · motif
· motif · 156949594–156949607 · motif
· motif · 156949642–156949658 · motif
· motif · 156949686–156949697 · motif
· motif · 156949688–156949697 · motif
· motif · 156949706–156949715 · motif
· motif · 156949717–156949730 · motif
· motif · 156949729–156949745 · motif
· motif · 156949736–156949746 · motif
· motif · 156949794–156949811 · motif
· motif · 156950174–156950190 · motif
· motif · 156950204–156950219 · motif
· motif · 156950204–156950221 · motif
· motif · 156950246–156950255 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:860 aa
NOM1 蛋白質長 860 個胺基酸,屬於 CWC22 family,含有 MIF4G domain(362–559)與 MI domain(654–770)。其 N 端多個區段被註記為無序區;第 1–269 位胺基酸區段與核仁定位及 PPP1CA 的核仁導向有關。第 307–310 位的 motif 則是 PPP1CA 有效結合及其核仁導向所必需。
蛋白質三維結構
細胞內定位
現有資料未提供其定位隨條件改變的情形或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- EIF4A3P38919 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- NGDNQ8NEJ9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SRPK2P78362 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
NOM1 與 PPP1CA、PPP1CC 有相互作用;資料另指出它可能與 EIF4A1、EIF4A2 及 EIF4A3 互作。現有資訊未說明這些分子是否共同構成複合體,亦未描述其互作的具體條件。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | NOM1 參與將 PPP1CA 導向核仁;現有敘述指出其與這項定位導向作用有關,但未說明具體分子機制或其他功能結果。 | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | NOM1 與 PPP1CA、PPP1CC 有相互作用;此外,NOM1 可能與 EIF4A1、EIF4A2 及 EIF4A3 互作。資料未進一步交代這些互作的條件或是否涉及同一複合體。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | NOM1 的細胞內定位記錄為細胞核與核仁;此項敘述未提供定位改變的條件或異構型差異。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
AGTCGTGCGTCCACGCGTTTCGAAAGATGGCGGCGTCCAG40GAGCGCGGGAGAGGCCGGCCCGGGCGGCTCCCAGGGACGC80GTGGTCCGCATGAAGCGCAGAGGCGGGCGCGGGCCGCGCC120GCGGTCCTGCTGGCGGTGGGGAGAAGGCCCTGAAGAGGCT160GAAGCTAGCGGTGGAGGAGTTCGTGCACGCGACTTCGGAA200GGCGAGGCTCCCGGGGGTTGCGAGGGGCGCGGCGCCCCGG240TGAGCTTTCGCCCGGGAGGGAGAAAAAGCCGTAAGGAACT280GAGGAAGGAGAAGCGGCACCTGCGGAAAGCACGCCGGCTG320CAGAGGACGGCGGGCCCCGAACAGGGTCCCGGCCTGGGAG360GCCGAAGCGGAGCCGAAGAAGCCAGCGGTCACCGGCAGGA400CACGGAGGAGCGCGCCCGCCCAGCCCCTAGTCGGGACCCC440TCGCCTCCCAGGAAGCCGCGGCCGTCCCGGGTCAAGGCCA480AGGCCACGGCCGCCACCGCAAAGACCAGACCCTCCGCAGC520CGCCACCGCCGCTGCCCGGAAACGGGCGCTTTTAGCGGCG560AACGAGGAGGAGGACCGAGAGATCCGAAAGCTGGAGCGTT600GCCTCGGTTTGAACAAGCGCAAAAAGAAGGACGGCAGCAG640CTCCGTGCCGCTGAGCTTTGCACGCGACGGTCTTGACTAT680ATTCTGGGAGCCCTGGAGTCTGGGAAAAATAGCGGCTTGT720ACGACAGCAGTGGTGAGGAGGAGGAAGATGCCGGACAGAC760ACTCCCCGAAAGTGACTTAGAGAGTGACTCCCAGGACGAA800AGTGAGGAGGAGGAGGAGGGAGACGTAGAAAAGGAAAAGA840AGGCGCAGGAAGCAGAAGCGCAGAGCGAGGACGACGACGA880GGATACAGAAGAGGAACAGGGGGAAGAAAAGGAAAAGGGA920GCGCAGGAGAAAAGGAGGGGGAAGAGAGTCCGTTTTGCAG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。