演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

NOCTCCR4L

nocturnin

NOCT 編碼的 nocturnin 屬於 CCR4/nocturin 家族,是兼具磷酸酶活性與轉錄後調控功能的蛋白質。

Homo sapiens4q31.1UniProt Q9UK39
OFFICIAL SYMBOL
NOCT
CHROMOSOME
4
UNIPROT
Q9UK39
PDB / ALPHAFOLD
6BT1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

NOCT 是人類的蛋白質編碼基因,產物 nocturnin 長 431 個胺基酸,屬於 CCR4/nocturin 家族。來源資料將 nocturnin 描述為磷酸酶,並指出其參與代謝相關基因的轉錄後調控;其作用與晝夜節律相連。蛋白質序列註解包含粒線體轉運胜肽、無序區域,以及與 PPARG 互作的區段,呈現其家族歸屬與部分已註解的結構特徵。

Official symbol
NOCT
Gene name
nocturnin
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:14254
UniProt
Q9UK39
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
CCR4LCcr4cNOCCCRN4L

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 44q31.1
chr4 · 190,214,555 bp · GRCh38chr4p16.3 · 1–4500000 · gnegchr4p16.2 · 4500001–6000000 · gpos25chr4p16.1 · 6000001–11300000 · gnegchr4p15.33 · 11300001–15000000 · gpos50chr4p15.32 · 15000001–17700000 · gnegchr4p15.31 · 17700001–21300000 · gpos75chr4p15.2 · 21300001–27700000 · gnegchr4p15.1 · 27700001–35800000 · gpos100chr4p14 · 35800001–41200000 · gnegchr4p13 · 41200001–44600000 · gpos50chr4p12 · 44600001–48200000 · gnegchr4p11 · 48200001–50000000 · acenchr4q11 · 50000001–51800000 · acenchr4q12 · 51800001–58500000 · gnegchr4q13.1 · 58500001–65500000 · gpos100chr4q13.2 · 65500001–69400000 · gnegchr4q13.3 · 69400001–75300000 · gpos75chr4q21.1 · 75300001–78000000 · gnegchr4q21.21 · 78000001–81500000 · gpos50chr4q21.22 · 81500001–83200000 · gnegchr4q21.23 · 83200001–86000000 · gpos25chr4q21.3 · 86000001–87100000 · gnegchr4q22.1 · 87100001–92800000 · gpos75chr4q22.2 · 92800001–94200000 · gnegchr4q22.3 · 94200001–97900000 · gpos75chr4q23 · 97900001–100100000 · gnegchr4q24 · 100100001–106700000 · gpos50chr4q25 · 106700001–113200000 · gnegchr4q26 · 113200001–119900000 · gpos75chr4q27 · 119900001–122800000 · gnegchr4q28.1 · 122800001–127900000 · gpos50chr4q28.2 · 127900001–130100000 · gnegchr4q28.3 · 130100001–138500000 · gpos100chr4q31.1 · 138500001–140600000 · gnegchr4q31.21 · 140600001–145900000 · gpos25chr4q31.22 · 145900001–147500000 · gnegchr4q31.23 · 147500001–150200000 · gpos25chr4q31.3 · 150200001–154600000 · gnegchr4q32.1 · 154600001–160800000 · gpos100chr4q32.2 · 160800001–163600000 · gnegchr4q32.3 · 163600001–169200000 · gpos100chr4q33 · 169200001–171000000 · gnegchr4q34.1 · 171000001–175400000 · gpos75chr4q34.2 · 175400001–176600000 · gnegchr4q34.3 · 176600001–182300000 · gpos100chr4q35.1 · 182300001–186200000 · gnegchr4q35.2 · 186200001–190214555 · gpos25NOCTpq1 bp190,214,555 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr4:139,015,414–139,045,939
Gene span
30,526 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000280614 ★139,015,781–139,045,9393
ENST00000866809139,015,414–139,045,9392
ENST00001140515139,015,414–139,045,9393

顯示 3/3 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

nocturnin 可催化 NADP(+) 轉為 NAD(+),也可催化 NADPH 轉為 NADH;對 NADPH 的偏好略高於 NADP(+)。這些反應顯示其具有磷酸酶活性,並涉及 NADP(H) 分子的轉換。來源另指出其可結合兩個鎂離子,但離子與蛋白質的結合較鬆散。

在轉錄後調控方面,nocturnin 會抑制目標 mRNA 分子的翻譯,並促進其降解。它參與受晝夜節律控制的代謝基因調節,並以節律性方式影響與營養吸收、葡萄糖/胰島素敏感性、脂質代謝、脂肪生成、發炎及骨生成相關的基因。這些描述指出其作用涵蓋多種代謝與組織相關過程;相關調控功能標示為相似性推論。

nocturnin 也被描述為脂肪生成與成骨作用平衡的重要調節因子,並有利於脂肪生成而非成骨。來源指出,它可促進 PPARG 進入細胞核,進而活化 PPARG 的轉錄活性;此作用與脂肪生成的促進相關,屬於相似性推論。另有資料指出,nocturnin 調節肝臟中 NOS2 的晝夜節律表現,並負向調節骨骼中的 IGF1 節律性表現,兩者同樣標示為相似性推論。

此外,nocturnin 被指出對早期胚胎的正常發育至關重要;此項功能亦為相似性推論。整體而言,來源支持其具有底物轉換活性,並參與 mRNA 命運、晝夜節律相關代謝調控,以及脂肪生成與成骨平衡等功能,但各項相似性推論不應視為已由此資料獨立確證。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 139015781 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>NOCT ENST00000280614 GRCh38 chr4:139014781-139015881 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
ATCTGTTATCTCAGCTGATTTCCTTTCTGCCTTTTCATGAACCAGAGACATGTGATTTCCAATTAAAGCA
CAGCCCTGACCATGTCTTTGCTCAGCTTACAAAACGTCAACGGCTCGCAGCTATCCACCGAATTAAGCCT
ACTATAATCCCCTTCCTTCCACACTACAACCTATCCACGCATCTGTCCTCTTACTCCTTAGCTTCCATCT
TACATGACTAAGAGTTGTTTCCCCAAATACACCCTTATTTACTTTTTTCATTTATAACTCACCACCACCC
CCTCCAAAGTTTCACGTGGGTAAATTCTAGACCTCCACGTCATAGGCCAACTCAAATGCCAATCCTTCTA
ATGAACCTTCTAGAGAGCCCGGGCCTGTTGTCATCTCTATAGCCAATCTTTGGCATCTTGTGGCAATAAT
CTCATTCTACCTTGTAGAGCTTTCTGGTCTGACTTCCCTTGCCACCTTCTGCTCCCTTTGCCTAAGTATA
ACACTTTTGAGGAAAAGAACGCTGTTTTAATCATCGTCGCCTCGCCCACAGGCGGTGCTTTATTGTGCTT
AATATCGTTTAACGCATCACACACTGCCGAGGGGGTCGGAGGCGGACGCCTTTTGCTGTATCCACACAGA
CCCGCGCAGGCACACACGTAGGCCGTCTGCCACTCTGACAGACACGTGTCCCCTGGGCCACAGCCCTGGA
ACTGTCTCGGGATTCCCAGCCTGTGGGCGCTTCCATGCTGGCCAGCGGAAGGGGACGCTTTTTTCTTCAG
AACAGCTCCAACGGATACCTCTTATTTTAGACCGCCTGCGGATTCTATCTATAAATCAGCCTAAGCCCCG
CTTCCTTTTAAAACAGGATTACGCCGGGTCGAGGGAGCCTGGCGTGGCCGCGCAGTGGCCGGGTCCCGCG
GATTCCCCTCCAGCTCCCGCTTGGTAGCGCCCGCTTTGTCAGCGCGCAGCGCTCGCCGGGCGCCCTGCAG
GTCTCGCCAGGTCTCACAGCAGACGGTGCCGACGCAGCGGTGTTGCACCTCCCTCTCCGGCTCTGCTGCC
CGGGATTTCCCCAGAACCTGCGCCGCGCGAGAAGGAGCCTGGGAGCATCCG
NOCT 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
NOCT_1 ↗4:139,015,781正股139,015,732–139,015,791

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR4_CHRG3 · enhancer · 139014141–139015456 · regulatory

ENSR4_537NSLS · CTCF_binding_site · 139015177–139015198 · regulatory

ENSR4_537NSM4 · CTCF_binding_site · 139015236–139015257 · regulatory

ENSR4_9436RF · promoter · 139015457–139015791 · regulatory

ENSR4_537NSNF · CTCF_binding_site · 139015521–139015542 · regulatory

ENSR4_537NSQX · CTCF_binding_site · 139016062–139016083 · regulatory

ENSR4_537NSRM · CTCF_binding_site · 139016220–139016241 · regulatory

ENSR4_864CM2 · enhancer · 139017499–139017720 · regulatory

ENSR4_9436SB · enhancer · 139018523–139018849 · regulatory

ENSR4_B32KWR · enhancer · 139019319–139019931 · regulatory

ENSR4_9436ST · enhancer · 139020422–139020811 · regulatory

· motif · 139011352–139011367 · motif

· motif · 139014397–139014403 · motif

· motif · 139014584–139014595 · motif

· motif · 139014690–139014704 · motif

· motif · 139014690–139014704 · motif

· motif · 139015179–139015195 · motif

· motif · 139015238–139015254 · motif

· motif · 139015413–139015424 · motif

· motif · 139015413–139015424 · motif

· motif · 139015451–139015460 · motif

· motif · 139015451–139015460 · motif

· motif · 139015451–139015460 · motif

· motif · 139015451–139015460 · motif

· motif · 139015457–139015470 · motif

· motif · 139015523–139015539 · motif

· motif · 139015721–139015735 · motif

· motif · 139015721–139015735 · motif

· motif · 139015764–139015777 · motif

· motif · 139015786–139015800 · motif

· motif · 139015786–139015800 · motif

· motif · 139015878–139015891 · motif

· motif · 139016064–139016080 · motif

· motif · 139016124–139016141 · motif

· motif · 139016184–139016193 · motif

· motif · 139016216–139016232 · motif

· motif · 139016216–139016232 · motif

· motif · 139016222–139016238 · motif

· motif · 139016227–139016243 · motif

· motif · 139016227–139016243 · motif

· motif · 139016408–139016420 · motif

· motif · 139016411–139016418 · motif

· motif · 139018698–139018711 · motif

· motif · 139018698–139018711 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:431 aa

1 aa431 aa功能區域轉運胜肽
依 Q9UK39 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

nocturnin 長 431 個胺基酸,屬於 CCR4/nocturin family。序列註解標示第 1–75 位為粒線體轉運胜肽,第 20–41 位為無序區域;第 343–353 位則標示為與 PPARG 互作的區段。

轉運胜肽Mitochondrion1–75 aa
功能區域Disordered20–41 aa
功能區域Interaction with PPARG343–353 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 6BT1…

PDB · 6BT1

X-ray · 1.48 A · A=120-431

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cytoplasm;Nucleus;Cytoplasm, perinuclear region;Mitochondrion

來源將 nocturnin 註記於細胞質、細胞核、細胞質周核區域及粒線體。 資料未說明這些位置是否隨條件或異構型而改變,也未提供定位動態的描述。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 1 個夥伴 · 最多顯示 50 個
CCR4LNOCTNUP210
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

來源指出 nocturnin 與 PPARG 互作,並在蛋白質序列註解中標示第 343–353 位為相關互作區段。資料未將此關係描述為特定複合體,也未提供其他實體結合對象。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

6 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 6 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能nocturnin 可催化 NADP(+) 轉為 NAD(+)及 NADPH 轉為 NADH,且對 NADPH 略有偏好;它也會抑制目標 mRNA 的翻譯並促進其降解。來源以相似性推論描述其晝夜節律相關代謝基因調控、脂肪生成與成骨平衡、PPARG 核轉位,以及肝臟 NOS2 和骨骼 IGF1 的節律性調控,並指出其對早期胚胎正常發育至關重要。含實驗來源
證據與來源

Phosphatase which catalyzes the conversion of NADP(+) to NAD(+) and of NADPH to NADH. Shows a small preference for NADPH over NADP(+). Represses translation and promotes degradation of target mRNA molecules. Plays an important role in post-transcriptional regulation of metabolic genes under circadian control (By similarity). Exerts a rhythmic post-transcriptional control of genes necessary for metabolic functions including nutrient absorption, glucose/insulin sensitivity, lipid metabolism, adipogenesis, inflammation and osteogenesis (By similarity). Plays an important role in favoring adipogenesis over osteoblastogenesis and acts as a key regulator of the adipogenesis/osteogenesis balance (By similarity). Promotes adipogenesis by facilitating PPARG nuclear translocation which activates its transcriptional activity (By similarity). Regulates circadian expression of NOS2 in the liver and negatively regulates the circadian expression of IGF1 in the bone (By similarity). Critical for proper development of early embryos (By similarity)

PMID 29860338 ↗ · PMID 31147539 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性NADP(+) + H2O = phosphate + NAD(+)含實驗來源
證據與來源

NADP(+) + H2O = phosphate + NAD(+)

PMID 31147539 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性NADPH + H2O = phosphate + NADH含實驗來源
證據與來源

NADPH + H2O = phosphate + NADH

PMID 31147539 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性nocturnin 可結合兩個鎂離子,但這些離子與蛋白質的結合較鬆散;來源未進一步說明結合條件或其功能影響。資料庫紀錄
證據與來源

Binds 2 magnesium ions, but the ions are only loosely bound to the protein.

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用nocturnin 與 PPARG 互作。來源未進一步說明此互作發生的條件、實驗系統或是否形成特定複合體。推論支持
證據與來源

Interacts with PPARG

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位來源將 nocturnin 註記於細胞質、細胞核、細胞質周核區域及粒線體;未提供這些位置間的轉移條件、異構型差異或定位動態。含實驗來源
證據與來源

Cytoplasm; Nucleus; Cytoplasm, perinuclear region; Mitochondrion

PMID 31147539 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 6 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000280614 · 1,962 nt · GRCh38
完整拼接轉錄本,保留來源註解的 5′ UTR、CDS 和 3′ UTR。
1AGACGGTGCCGACGCAGCGGTGTTGCACCTCCCTCTCCGG40
41CTCTGCTGCCCGGGATTTCCCCAGAACCTGCGCCGCGCGA80
81GAAGGAGCCTGGGAGCATCCGCCCACACTGCCCGGACAGT120
121CGGCTCGACTCGGTGCCCTCGGCCCCAGCCGGGCTCCGCT160
161CCTCGGGCGCGCGAGGGGCCGTGGTGGCGGCGGCGCCCGG200
201CATGTTTCATAGTCCGCGGCGGCTCTGCTCGGCCCTGCTG240
241CAGAGGGACGCGCCCGGCCTGCGCCGCCTGCCCGCCCCAG280
281GGCTGCGCCGCCCGTTGTCCCCGCCGGCTGCTGTTCCCAG320
321GCCCGCATCCCCCCGGCTGCTGGCGGCGGCCTCGGCGGCC360
361TCGGGCGCCGCGAGGTCGTGTTCCCGAACAGTGTGTTCCA400
401TGGGAACCGGTACAAGCAGACTCTATAGTGCTCTCGCCAA440
441GACACTGAACAGCAGCGCTGCCTCCCAGCACCCAGAGTAT480
481TTGGTGTCACCTGACCCAGAGCATCTGGAGCCCATTGATC520
521CTAAAGAGCTTCTTGAGGAATGCAGGGCCGTCCTGCACAC560
561CCGACCTCCCCGGTTCCAGAGGGATTTTGTGGATCTGAGG600
601ACAGATTGCCCTAGTACCCACCCACCTATCAGGGTTATGC640
641AATGGAACATCCTCGCCCAAGCTCTTGGAGAAGGCAAAGA680
681CAACTTTGTACAGTGCCCTGTTGAAGCACTCAAATGGGAA720
721GAAAGGAAATGTCTCATCCTGGAAGAAATCCTGGCCTACC760
761AGCCTGATATATTGTGCCTCCAAGAGGTGGACCACTATTT800
801TGACACCTTCCAGCCACTCCTCAGTAGACTAGGCTATCAA840
841GGCACGTTTTTCCCCAAACCCTGGTCACCTTGTCTAGATG880
881TAGAACACAACAATGGACCAGATGGTTGTGCCTTATTTTT920
921TCTTCAAAACCGATTCAAGCTAGTCAACAGTGCCAATATT960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。