基因總覽
NEUROG2 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 neurogenin 2。其產物屬於轉錄調節因子,來源資料指出它參與神經元分化。蛋白質含有 bHLH 結構域;此結構特徵與其 DNA 結合所需的二聚化關係相符。現有資料未提供更多基因產物的家族分類或其他基本性質。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000313341 ★ | 112,513,516–112,516,180 | 2 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
neurogenin 2 是轉錄調節因子,參與神經元分化。來源資料指出,它可藉由結合 E box 序列來活化轉錄;該序列以 5'-CANNTG-3' 表示。這項描述將其 DNA 序列辨識與轉錄活化相連,但未進一步說明受調控的特定基因或轉錄活化的分子步驟。
neurogenin 2 的有效 DNA 結合需要與另一個 bHLH 蛋白形成二聚體。此需求說明其 DNA 結合能力與蛋白質二聚化相關;資料並未指出另一個 bHLH 蛋白的名稱,也未交代二聚體的組成是否具有特定限制。
依現有資料,neurogenin 2 的功能可概括為透過辨識 E box 活化轉錄,並參與神經元分化。來源未提供其在分化過程中調控哪些目標基因、作用於何種細胞或發育階段等細節,因此無法據此進一步界定其具體調控範圍。
Promoter 與基因調控
>NEUROG2 ENST00000313341 GRCh38 chr4:112516080-112517180 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GAGTGATTTCATTCTCACATCCTCTAAAAGCTCATCAACTGCTCCCCTATCCGACCTCCCCTCCCAAGAG ACGCCTGTTTGAATCCCCAGTGTCCTCTCCCTTCACTCTCCCACGCCAGTTTCGACGGACCCCAAACACA CTTGTTCACGAGGTGTCCACATCTCTCCATCCACGCCATTCTCCTCCCCTAACCAAATGAATCCATTTTA AAATCGTTTACTATTTGATACAACCCCTAAGAGGCTTTGCCAAGAGACGCCCGGCAGCACCACAGGGCTA ACTGCTTTCCCCGGGATTCTGACCCCCATTAACTAATTCCTAGTTCCCATCACCCGGGAGTTAGGAGGGC CGGCAGCGCCGGGTGCGGTGCCTGCGCGCGCGCCGGGCGGGGGGAGCCTCGGCGGCAGCGAGGACGAAGG CGGGGGCGGTAGCACGGGTCCCCCCATCCGCCCCCAGCGCTCGGGCCCCTAATGAGCTGCTGAAAGGGAG CGGGCTCCGGTGCGCGTGGCTCGCAGGCCTCCCGGAGTCCAGGGCGCCCTGATTGGCCAGCTGCGCCTCG CGACCTCCATTCATTAATAAATTAGCGGCACGCTCCAGCCGAGCGCGAGCCACCAATCACAATGGACAGC GGCGGCGACAACAGCCGCAGCTTGAGCCTCTGCGGCCGCTGCGGCTTCGCCAGCTCCGGCCGCAGCCCGG AGCTCCAACAGGAGCTTTAGAACCATTTTATGTTGATTAGATAAAGGGGGAAAAGAGAGGCGGGGGTGGT GGGAGGAGGAGGATGGATGGCAGGGCCAAGGGAGGGGGAAAGGCGGTGAAGAAAGAGGAAGAAATGAATG ATGATAATGCAATGAAAAGAATAAGCCAGAGGAGGGAAAAGCGGGGGAGAAGGGGGGCAGGACTGACAGG AGGAGGAGGCGGTGGCGGGGGAGGAGGGGGCCCGGGGCAGATCTGATTGTTTTCTTGGTGGTATATAAGG GGTTTTAAGGAGAGTCGTGTGCCAGACACGCAGCCACTGAACCACAAGCAGCTTCGCGTTAACTGGAGTG CCTGGGAGTCGCGTGCCAGGAGCCGCACGGCCAGGGACTGACTGACAGACA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| NEUROG2_1 ↗ | 4:112,516,180 | 負股 | 112,516,170–112,516,229 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR4_CF6FS · enhancer · 112510287–112512177 · regulatory
ENSR4_BSBW5 · promoter · 112513981–112514856 · regulatory
ENSR4_BSBW8 · promoter · 112514885–112515398 · regulatory
ENSR4_5ZGJNG · CTCF_binding_site · 112514920–112514941 · regulatory
ENSR4_BSBWB · enhancer · 112515399–112516169 · regulatory
ENSR4_93MMRS · promoter · 112516170–112516670 · regulatory
ENSR4_BSBWM · enhancer · 112517671–112518375 · regulatory
ENSR4_D7KPQ · enhancer · 112519953–112522036 · regulatory
ENSR4_6H89S2 · CTCF_binding_site · 112520443–112520476 · regulatory
ENSR4_5ZGKNN · CTCF_binding_site · 112520802–112520823 · regulatory
· motif · 112512712–112512725 · motif
· motif · 112512712–112512725 · motif
· motif · 112512779–112512791 · motif
· motif · 112514078–112514091 · motif
· motif · 112514233–112514248 · motif
· motif · 112514437–112514449 · motif
· motif · 112514602–112514622 · motif
· motif · 112514630–112514643 · motif
· motif · 112514811–112514824 · motif
· motif · 112514835–112514848 · motif
· motif · 112514922–112514938 · motif
· motif · 112514933–112514946 · motif
· motif · 112514939–112514952 · motif
· motif · 112514945–112514958 · motif
· motif · 112515093–112515110 · motif
· motif · 112515102–112515110 · motif
· motif · 112515381–112515388 · motif
· motif · 112515636–112515648 · motif
· motif · 112516147–112516162 · motif
· motif · 112516479–112516494 · motif
· motif · 112516504–112516521 · motif
· motif · 112516751–112516764 · motif
· motif · 112516875–112516882 · motif
· motif · 112517018–112517034 · motif
· motif · 112517108–112517121 · motif
· motif · 112517108–112517121 · motif
· motif · 112517302–112517315 · motif
· motif · 112517381–112517393 · motif
· motif · 112517384–112517391 · motif
· motif · 112517385–112517398 · motif
· motif · 112517595–112517608 · motif
· motif · 112517595–112517608 · motif
· motif · 112517631–112517653 · motif
· motif · 112517631–112517653 · motif
· motif · 112518227–112518238 · motif
· motif · 112518724–112518735 · motif
· motif · 112518725–112518736 · motif
· motif · 112520445–112520461 · motif
· motif · 112520457–112520473 · motif
· motif · 112520804–112520820 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:272 aa
neurogenin 2 長 272 個胺基酸,含有位於第 112 至 164 個胺基酸的 bHLH 結構域。資料另將第 30 至 69 位及第 197 至 264 位標註為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
neurogenin 2 的定位資料標示為細胞核;來源未提供定位變化的條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- PFDN5Q99471 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
neurogenin 2 有效結合 DNA 需要與另一個 bHLH 蛋白二聚化。這項資料描述的是二聚化對 DNA 結合的必要性,未指出伴侶蛋白名稱,也未提供更具體的複合體組成或結合證據。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | neurogenin 2 是轉錄調節因子,參與神經元分化,並可藉由結合 E box 序列(5'-CANNTG-3')活化轉錄。來源未列出特定受調控基因或更進一步的作用機制。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Transcriptional regulator. Involved in neuronal differentiation. Activates transcription by binding to the E box (5'-CANNTG-3') |
| 交互作用 | neurogenin 2 有效結合 DNA 需要與另一個 bHLH 蛋白二聚化。資料未指出該蛋白的名稱,也未提供二聚體的具體組成。 | 推論支持 | |
| 細胞定位 | neurogenin 2 的細胞內定位標示為細胞核;此資料未說明定位變化的條件或異構型差異。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GCCAGACACGCAGCCACTGAACCACAAGCAGCTTCGCGTT40AACTGGAGTGCCTGGGAGTCGCGTGCCAGGAGCCGCACGG80CCAGGGACTGACTGACAGACAGACACGCACCACCACCACA120ACACACGAGACCCGGGCGGGCCGCCGCCGCCGCCGCCGGG160GCTCTTGGCAAACTCGCCGGTCGCAGAGGTCCCCCGCGGA200GCTGCGCCACAGTAGCGCCGGGCTTGCAGCTTTCACGCCG240GGCGAAGGACCCGGCGCTGCGCTCGCAGCTGCGCGGAGAT280TCCCGGCACAGGCCAAAGTCACAGCAACGCTGAGGCACAG320TTAGAGCCAACTAAGATGTTCGTCAAATCCGAGACCTTGG360AGTTGAAGGAGGAAGAGGACGTGTTAGTGCTGCTCGGATC400GGCCTCCCCCGCCTTGGCGGCCCTGACCCCGCTGTCATCC440AGCGCCGACGAAGAAGAGGAGGAGGAGCCGGGCGCGTCAG480GCGGGGCGCGTCGGCAGCGCGGGGCTGAGGCCGGGCAGGG520GGCGCGGGGCGGCGTGGCTGCGGGTGCGGAGGGCTGCCGG560CCCGCACGGCTGCTGGGTCTGGTACACGATTGCAAACGGC600GCCCTTCCCGGGCGCGGGCCGTCTCCCGAGGCGCCAAGAC640GGCCGAGACGGTGCAGCGCATCAAGAAGACCCGTAGACTG680AAGGCCAACAACCGCGAGCGAAACCGCATGCACAACCTCA720ACGCGGCACTGGACGCGCTGCGCGAGGTGCTCCCCACGTT760CCCCGAGGACGCCAAGCTCACCAAGATCGAGACCCTGCGC800TTCGCCCACAACTACATCTGGGCACTCACCGAGACCCTGC840GCCTGGCGGATCACTGCGGGGGCGGCGGCGGGGGCCTGCC880GGGGGCGCTCTTCTCCGAGGCAGTGTTGCTGAGCCCGGGA920GGAGCCAGCGCCGCCCTGAGCAGCAGCGGAGACAGCCCCT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。