基因總覽
NETO1(neuropilin and tolloid like 1)是蛋白質編碼基因,其產物 Neuropilin and tolloid-like protein 1 為含有兩個 CUB domain 與一個 LDL-receptor class A domain 的蛋白質。資料描述它是神經元 NMDAR 的輔助次單元,並與神經迴路的發育及維持有關;其具體作用及相關生物學過程見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000327305 ★ | 72,743,756–72,867,987 | 11 |
| ENST00000583169 | 72,742,314–72,867,987 | 11 |
| ENST00000876951 | 72,743,756–72,867,987 | 11 |
| ENST00000916241 | 72,743,756–72,867,987 | 12 |
| ENST00000916239 | 72,746,553–72,867,987 | 11 |
| ENST00000582281 | 72,747,142–72,749,038 | 2 |
| ENST00000916240 | 72,747,771–72,867,987 | 10 |
| ENST00000397929 | 72,834,039–72,865,699 | 5 |
| ENST00001113762 | 72,854,773–72,867,987 | 4 |
| ENST00001113763 | 72,855,075–72,867,987 | 5 |
| ENST00000579169 | 72,858,980–72,867,031 | 4 |
顯示 11/11 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
NETO1 參與神經迴路的發育及/或維持,並作為神經元 N-methyl-D-aspartate receptor(NMDAR)的輔助次單元。資料指出,它對維持突觸後密度中含 GRIN2A 的 NMDAR 含量至關重要,顯示其作用與特定受體組成在突觸位置的維持相關。
NETO1 也調節依賴 NMDAR 的長期突觸可塑性與認知功能;這項功能描述至少適用於空間學習與記憶的情境。來源將上述功能標示為 By similarity,因此這些功能關係帶有相似性推定的性質;不宜據此視為在所有情境中均已確立的機制。
Promoter 與基因調控
>NETO1 ENST00000327305 GRCh38 chr18:72867887-72868987 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CGGAGCCGGGAAAGGGAGGAGGTGCCGTTGCGGCGCCCAGGGAGGGACTCCCTGCACCCCCGCGCGCTCC AGCCCTTCCCGGCGCTGCCTCGCGGTTGCCCTTATTTCGTATTCATTGATTCGCATTTTACAAGCCCGGG CTCTTCCGGTGCTGTTTCCCCGCAACTCGTGTCTCCCAGACTTTAACGCGCCGCGCGAGCCTGTAGGAGG AAGTGGCGCGGGGGAACGGGGGTCCGTGTGTGCCTTGGGGTGGTTTTAAATACCTCGAGGTGGGGGGCTC AATTGCAAGAAGCCCGCGTCTTTGCAGGAGTAATTTGGTGGGGGGACTGGACATCAGGCCCAGTGCTCAA CCGCGAAACTTTTACGGCCGCCTTTCCCTGGGGCGCGCCCCTGCCGTGTCTCCCAAGCTGAGCGCGGAGT CCGCGGCGAAACCTGCGCCCCAGGGAGGGAGGGAGAGGGGGCGCCCAGTTCCTTTACGCGGATGGAAAAG AAGGGGTGGGAGGCAGAGAGCCCGCAAGGTCTAACCTTTAAAAAGTGAAACACCAAACCCCACAAGGGAT TTTCACACGAAGGCCCCTCCCGCTTCCACGCCTTCCGTCCGGCACGAGGATCCGGCTCGGGATTTGCGGC TGCATCCTCTCTCTGCGCCCTGGCGGGCCGAGCCGCGGATCCCAGCCGGGTCCTCACCCCCTCCCCGCCC CTCCCCCAGATCCGCGCGGCTGGGATGTCCTTGCTGCCGCCGCCGCGGCCCCATTCTGCCGCGCACCAGC CCCGGGGCGCCGGCCGCGCGCAGCCTCGCTATCCCACCCAGGCTCCGGGCTTCCAGGAGGGTCGTGGAGC CCCAAGCCATGACTAAGGAGCCCATTTGGTAACTCTGCCCTCTTCCGGCTCCTTTCTCCTCCCTCCCTTC CCCGCCCCCCGGCCCCCCCCCCGGCCGCCCCGCTCCCCTGCACCGCCCTCCAGCCCGCCTCCCAGACGCC CACCCACCCGCTCCTCTTTCCGCAAGATAGCAGAGGTGGCGCGCAGCCCGGCGAGCCGATGACGGACCCC TTCTTCCTGCCTTCAATGCCTCAGCGGAAGATCCCCAAGGGCTGGAGCGAG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| NETO1_2 ↗ | 18:72,867,519 | 負股 | 72,867,509–72,867,568 |
| NETO1_1 ↗ | 18:72,867,976 | 負股 | 72,867,966–72,868,025 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR18_BJGG5 · enhancer · 72866618–72867564 · regulatory
ENSR18_845SRR · promoter · 72867565–72867807 · regulatory
ENSR18_845SRW · enhancer · 72867808–72867976 · regulatory
ENSR18_BJGG9 · promoter · 72867977–72868588 · regulatory
ENSR18_BJGGG · promoter · 72869153–72869677 · regulatory
ENSR18_933WX3 · enhancer · 72869678–72870122 · regulatory
ENSR18_845STT · enhancer · 72871177–72871361 · regulatory
· motif · 72866972–72866981 · motif
· motif · 72866972–72866981 · motif
· motif · 72870041–72870054 · motif
· motif · 72870041–72870054 · motif
· motif · 72871385–72871394 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:533 aa
Neuropilin and tolloid-like protein 1 長 533 個胺基酸。其 N 端含 1–22 位的訊號肽,胞外區為 23–344 位,內含兩個 CUB domain(41–155、172–287 位)及一個 LDL-receptor class A domain(291–327 位)。345–365 位為螺旋型跨膜區,366–533 位為細胞質區;C 端 531–533 位具有 PDZ-binding motif。
蛋白質三維結構
細胞內定位
定位依異構型而異:isoform 2 是單次跨膜的第一型膜蛋白,位於細胞膜,並列為興奮性突觸突觸後密度(PSD)及其膜的組成成分。 Isoform 3 同樣是單次跨膜的第一型膜蛋白,位於細胞膜;isoform 1 則被註記為分泌型。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
未繪示構造:Postsynaptic density membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
依相似性推定,NETO1 以 C 端 TRV domain 與 DLG2、DLG3、DLG4 的 PLZ domains 互作,並透過 CUB domains 與 GRIN2A、GRIN2B 互作。來源描述的是互作關係,未進一步說明這些分子是否共同組成複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | NETO1 參與神經迴路的發育及/或維持,並作為神經元 NMDAR 的輔助次單元,對維持突觸後密度中含 GRIN2A 的 NMDAR 含量至關重要。它也調節 NMDAR 依賴的長期突觸可塑性與認知,至少涉及空間學習和記憶;這些功能標示為相似性推定。 | 推論支持 | 證據與來源Involved in the development and/or maintenance of neuronal circuitry. Accessory subunit of the neuronal N-methyl-D-aspartate receptor (NMDAR) critical for maintaining the abundance of GRIN2A-containing NMDARs in the postsynaptic density. Regulates long-term NMDA receptor-dependent synaptic plasticity and cognition, at least in the context of spatial learning and memory (By similarity) |
| 交互作用 | 依相似性推定,NETO1 的 C 端 TRV domain 與 DLG2、DLG3、DLG4 的 PLZ domains 互作;NETO1 的 CUB domains 則與 GRIN2A 及 GRIN2B 互作。此描述指出特定區域與分子的互作關係,未據此推定更進一步的複合體或功能結果。 | 推論支持 | 證據與來源Interacts with PLZ domains of DLG2, DLG3 and DLG4 via its C-terminal TRV domain. Interacts with GRIN2A and GRIN2B via its CUB domains (By similarity) |
| 細胞定位 | Isoform 2 被註記為單次跨膜的第一型膜蛋白,位於細胞膜;另列為興奮性突觸突觸後密度(PSD)及其膜的組成成分。這些定位資訊描述的是 NETO1 isoform 2。 | 推論支持 | 證據與來源Isoform 2; Cell membrane / Single-pass type I membrane protein; Postsynaptic density membrane; Component of the postsynaptic density (PSD) of excitatory synapses |
| 細胞定位 | Isoform 3 被註記為位於細胞膜的單次跨膜第一型膜蛋白。此定位敘述針對 isoform 3,未列出突觸後密度或其他定位資訊。 | 推論支持 | |
| 細胞定位 | Isoform 1; Secreted | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
CGCAAGATAGCAGAGGTGGCGCGCAGCCCGGCGAGCCGAT40GACGGACCCCTTCTTCCTGCCTTCAATGCCTCAGCGGAAG80ATCCCCAAGGGCTGGAGCGAGGAGCGCTGCCGCTGGACAT120CCTCCCGGGGAGGCTGCTCCGACCTGCTGCGCGGCGCGTC160TGAGACTGGGGACTGAGCCACCCCGCCGCCGCCGGCGCCG200CCGCCGCCGCCCGCTCCGTCGCTGCCGTCGGTCTGGACTG240GCCCCCACCTCGCTGCGCCCTCTCCCCGGCCCCGGCCCCG280GCTCGGGGCGTCCCGGGGCTCGCCCTGCGACCGCCGCCTC320CCGCGCGCCGCGTCCTCCCGACCCCGCGGCGGCGACGATG360CCCGGGAGGAGGGTCCTGACGGCGGCGGCGCGGATGGTGG400CGGCCGGCGCCCGGGTGTGATGCGAGCGTCACGGTGGGGA440TGCTGCTGGCTGCGCGGCGCTGAGGGCCAGCGAGAGCGAG480AGCCCGCCCGGGGCGGAGGACGGACTCATCCGGATCTGGC520TGCAGCGTGGGCTCGGAGCTCCCCCTTCCTCTCGGTCTCC560CTCTCGGCCCCCCTTTATTTCCTTCTTGCTTTGCGTCTTT600AACACCTCTCGACCCTGTCCTCCCCCCGCCACTGGAAGTC640TTCCCGTCTCTAAATGGAATTAGTGGAGCCCGGAGCCTCT680GGTGTAACGCACAGACATGATCCATGGGCGCAGCGTGCTT720CACATTGTAGCAAGTTTAATCATCCTCCATTTGTCTGGGG760CAACCAAGAAAGGAACAGAAAAGCAAACCACCTCAGAAAC800ACAGAAGTCAGTGCAGTGTGGAACTTGGACAAAACATGCA840GAGGGAGGTATCTTTACCTCTCCCAACTATCCCAGCAAGT880ATCCCCCTGACCGGGAATGCATCTACATCATAGAAGCCGC920TCCAAGACAGTGCATTGAACTTTACTTTGATGAAAAGTAC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。