基因總覽
NEMF（nuclear export mediator factor）是由蛋白質編碼基因 NEMF 產生的蛋白質，屬於 NEMF 家族。其長度為 1076 個胺基酸，並含有多段預測為無序的區域。NEMF 是核糖體品質管制複合體（RQC）的重要成員；此複合體與 60S 核糖體次單元相關，負責處理翻譯停滯時未完成的蛋白質鏈。NEMF 也與 XPO1 互作，來源指出它可能間接參與核輸出，但未進一步說明此作用的機制。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000298310 ★ | 49,782,083–49,852,788 | 33 |
| ENST00000925603 | 49,780,955–49,852,822 | 33 |
| ENST00000925604 | 49,780,955–49,852,822 | 33 |
| ENST00000943722 | 49,780,955–49,852,822 | 32 |
| ENST00001137145 | 49,780,955–49,852,822 | 33 |
| ENST00000555970 | 49,784,956–49,852,786 | 31 |
| ENST00001078205 | 49,832,117–49,852,822 | 8 |
| ENST00000554626 | 49,834,363–49,852,788 | 6 |
| ENST00000556672 | 49,845,975–49,852,822 | 4 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
NEMF 是核糖體品質管制複合體（RQC）的重要成員。當翻譯停滯、蛋白質鏈尚未合成完成時，RQC 促進未完成新生鏈從停滯核糖體中移出，並使其經由泛素介導的蛋白酶體途徑降解。這項處理可釋放受困的 60S 核糖體次單元，並避免可能對細胞有害的新生多肽鏈累積。
在 RQC 中，NEMF 會辨認與新生鏈相連、暴露於外的 tRNA 結構，據此結合停滯的 60S 核糖體次單元，並促進 LTN1 被募集至該處。結合後，NEMF 還會促進 CAT 尾化：它主要將帶有丙胺酸的 tRNA 招募至核糖體 A 位點，並引導停滯的新生鏈延長。此延長不依賴 mRNA 或 40S 核糖體次單元，因此會在蛋白質鏈的 C 端形成非模板指引的丙胺酸延伸（CAT tails）；NEMF 也可募集帶有其他胺基酸的 tRNA。
CAT 尾化有助於不同 E3 泛素蛋白連接酶對停滯的新生鏈進行泛素化。在典型的 RQC-L 路徑中，CAT 尾化可使原本藏在核糖體出口通道內的離胺酸殘基暴露，從而促進 LTN1 依賴的泛素化；此機制的描述依據相似性推定。在另一條 RQC-C 路徑中，CAT 尾化會形成主要由丙胺酸組成的 C-degron，供 CRL2(KLHDC10) 與 RCHY1/PIRH2 E3 連接酶辨認，進而促使新生鏈泛素化及降解。來源另指出，NEMF 可能間接參與核輸出。
Promoter 與基因調控
>NEMF ENST00000298310 GRCh38 chr14:49852688-49853788 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ATCAATATGGTGACCTCCCGGGAGCGGGGGACCACCAGGTTGCCTAAGGAGGGGTGAACCGGCCCAGGTC GGAAACGGAGCAGGTCAAAACTCCCGTGCTGATCAGTAGTGGGATTGCGCCTGTGAATAGCCACTGCACT CCAGCCTGGGCAACATAGTGAGACCCTGCCTCTTTTGAGTTCTCACCTTATAAAGTAGCCTTTCTTCCCA TGCATCTATCCTAAGACAAAAGAAATGCAGAATTTACATTCTTACAGGACTATTTTCCTCACTACACTGT GAATCCCCCCTCCCACCCCACCCCCATTGGGAATCTTCTTGTTTTTATTTTTATCTTATTTCACCATTAT CTAGCTAAACACTTGCACATTCATGCTGCCAAGTGTTTATGGAGCACCGATTGTACACCAGGTACTGCGG TGAGTCTCAGGGGTACCAAGACCGAGGTTCGATGAGAATCCTGTAATCAATTGCAGAATGCTCCTTCCGA GAGCAGGACCCATCAAAATAGGAACTCCGTTTTGAGAGTTCGCCTCGATCGTTGAGGATAATCTTAGAAG GACCGAAGCAGTTCCGTTTCGTTACATTTCAAAATCTTATGTCAAAGTAAGCGCGCAGAAAGGGGTCCTT GCTCTTCTACACTGAGCCCTACGGCCCCCCTGTGGGGAAATACTCCTGATAATCATCTCGAAAATTGTTT CGACCAGCAGGGGTCACTATGAAGGCTGACTTGAGCCCAAGACACAATGGGGCACGGTAACCAGACTGGT CCGTAAGGGTTCCAGGAAGGAATGCAGTTTCAAGAGAACAGTTTGAATCTTTATTCGAATTTGAATTTTG GTACAATGAAGAGAGTCAGCTGCAACTTGACAATCGAAATCTTCAGAAAAGCGACACAAATACGTTCGCC TCGAGGAATATTGGGTCTTCTGCGCGGCCGTAGAGCTCCGCCAAGTGCGCCTGCGCGGAGGAGAAGTGGC GTCGAGTCCGGCCGGGCAGTAGAGGAACTTGCGGTAGTGACCCTCGGGCCTCGCCATGAAGAGCCGCTTT AGCACCATTGACCTCCGCGCCGTACTCGCGGAGCTGAATGCTAGGTACAGT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| NEMF_1 ↗ | 14:49,852,776 | 負股 | 49,852,766–49,852,825 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_BCW5J · promoter · 49852778–49853311 · regulatory
ENSR14_5FPL79 · CTCF_binding_site · 49853069–49853090 · regulatory
ENSR14_5FPLCH · CTCF_binding_site · 49853979–49854000 · regulatory
ENSR14_9PRBF · enhancer · 49857523–49857914 · regulatory
· motif · 49849415–49849428 · motif
· motif · 49849653–49849663 · motif
· motif · 49852121–49852132 · motif
· motif · 49852123–49852134 · motif
· motif · 49852284–49852292 · motif
· motif · 49852404–49852415 · motif
· motif · 49852528–49852540 · motif
· motif · 49852722–49852734 · motif
· motif · 49852724–49852731 · motif
· motif · 49852757–49852772 · motif
· motif · 49852822–49852833 · motif
· motif · 49852822–49852833 · motif
· motif · 49852950–49852963 · motif
· motif · 49853071–49853087 · motif
· motif · 49853454–49853465 · motif
· motif · 49853600–49853612 · motif
· motif · 49853981–49853997 · motif
· motif · 49857624–49857635 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：1076 aa
NEMF 蛋白長 1076 個胺基酸，屬於 NEMF family。序列註解指出三段區域被預測為無序：第 420–453、691–715 及 742–972 個胺基酸。來源未提供其他結構域或功能區域註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
NEMF 被記錄位於細胞質、細胞質溶膠及細胞核。 來源未指出其定位是否會因特定條件改變，也未提供異構型間的定位差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
NEMF 與 LTN1、TCF25 一同構成核糖體品質管制複合體，該複合體與 60S 核糖體次單元相關。此複合體可能也含有 VCP/p97 及其泛素結合輔因子，但此組成是依相似性推定。另有記載指出，NEMF 的 N 端與 XPO1 互作。
疾病與遺傳關聯
影響 NEMF 的變異與常染色體隱性遺傳的智力發展障礙合併語言遲緩及軸突型周邊神經病變（IDDSAPN）相關。患者可有輕度整體發展遲緩、輕至中度智能障礙、動作障礙、不穩或共濟失調步態，以及早年出現的嚴重語言遲緩。多數患者可見軸突型周邊神經病變相關表徵，包括下肢遠端肌力逐漸減弱與萎縮、足部及手部變形和構音障礙；部分患者也可能有自閉特徵或注意力不足過動症。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | NEMF 是核糖體品質管制複合體的重要成員，可辨認停滯 60S 核糖體上與新生鏈相連且暴露的 tRNA，並促進 LTN1 募集。它也引導不依賴 mRNA 或 40S 次單元的 CAT 尾化，主要加入丙胺酸；尾化可促進泛素化及後續降解。在 RQC-L 中，尾化有助暴露離胺酸以利 LTN1 泛素化；在 RQC-C 中則形成可被特定 E3 連接酶辨認的 C-degron。NEMF 可能間接參與核輸出。 | 含實驗來源 | 證據與來源Key component of the ribosome quality control complex (RQC), a ribosome-associated complex that mediates the extraction of incompletely synthesized nascent chains from stalled ribosomes as well as their ubiquitin-mediated proteasomal degradation. Thereby, frees 60S subunit ribosomes from the stalled translation complex and prevents the accumulation of nascent polypeptide chains that are potentially toxic for the cell. Within the RQC complex, NEMF specifically binds stalled 60S ribosomal subunits by recognizing an exposed, nascent chain-conjugated tRNA moiety and promotes the recruitment of LTN1 to stalled 60S subunits. Following binding to stalled 60S ribosomal subunits, NEMF mediates CAT tailing by recruiting alanine-charged tRNA to the A-site and directing the elongation of stalled nascent chains independently of mRNA or 40S subunits, leading to non-templated C-terminal alanine extensions (CAT tails). Mainly recruits alanine-charged tRNAs, but can also other amino acid-charged tRNAs. CAT tailing is required to promote ubiquitination of stalled nascent chains by different E3 ubiquitin-protein ligases. In the canonical RQC pathway (RQC-L), CAT tailing facilitates LTN1-dependent ubiquitination by exposing lysine residues that would otherwise remain buried in the ribosomal exit tunnel (By similarity). In the alternative RQC pathway (RQC-C) CAT tailing creates an C-degron mainly composed of alanine that is recognized by the CRL2(KLHDC10) and RCHY1/PIRH2 E3 ligases, leading to ubiquitination and degradation of stalled nascent chains. NEMF may also indirectly play a role in nuclear export PMID 16103875 ↗ · PMID 25578875 ↗ · PMID 32726578 ↗ · PMID 33406423 ↗ · PMID 33909987 ↗ |
| 交互作用 | 核糖體品質管制複合體由 E3 泛素連接酶 LTN1、TCF25 與 NEMF 組成，並與 60S 核糖體次單元相關。依相似性推定，複合體可能還包含 VCP/p97 及其泛素結合輔因子。NEMF 另透過 N 端與 XPO1 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the ribosome quality control complex (RQC), composed of the E3 ubiquitin ligase LTN1, TCF25 and NEMF associated with the 60S ribosomal subunit. The complex probably also contains VCP/p97 and its ubiquitin-binding cofactors (By similarity). Interacts (via its N-terminus) with XPO1 PMID 16103875 ↗ · PMID 25578875 ↗ · PMID 33909987 ↗ |
| 細胞定位 | NEMF 的定位記錄包括細胞質、細胞質溶膠與細胞核；此資料未說明定位變化的條件或不同異構型間的差異。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | 影響 NEMF 的變異與常染色體隱性遺傳的智力發展障礙合併語言遲緩及軸突型周邊神經病變相關。其表徵包括發展遲緩、智能與動作障礙、不穩或共濟失調步態及早發嚴重語言遲緩；多數患者有進行性遠端肌無力與萎縮、肢體變形或構音障礙，部分患者可能有自閉特徵或注意力不足過動症。 | 含實驗來源 | 證據與來源Intellectual developmental disorder with speech delay and axonal peripheral neuropathy IDDSAPN An autosomal recessive disorder characterized by mild global developmental delay, mild to moderate intellectual disability, motor impairment, unsteady or ataxic gait, and severe speech delay apparent in the first years of life. Signs of a peripheral axonal neuropathy, including progressive distal muscle weakness and atrophy of the lower limbs, foot and hand deformities, and dysarthria, are observed in most patients. Some patients may have autistic features or attention deficit-hyperactivity disorder. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 619099 PMID 27431290 ↗ · PMID 32934225 ↗ · PMID 33048237 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGAGGAACTTGCGGTAGTGACCCTCGGGCCTCGCCATGAA40GAGCCGCTTTAGCACCATTGACCTCCGCGCCGTACTCGCG80GAGCTGAATGCTAGCTTGCTAGGAATGAGAGTAAACAATG120TTTATGATGTGGATAATAAGACATACCTTATTCGTCTTCA160AAAACCGGACTTTAAAGCTACACTTTTACTTGAATCTGGC200ATACGAATTCATACAACAGAATTTGAGTGGCCTAAGAATA240TGATGCCGTCTAGTTTTGCCATGAAGTGCCGAAAACATTT280GAAGAGTCGGAGATTAGTCAGTGCAAAACAGCTTGGTGTG320GATAGAATTGTAGATTTTCAATTTGGAAGTGATGAAGCTG360CTTACCATTTAATCATTGAGCTCTATGATAGGGGGAACAT400TGTTCTTACAGATTATGAGTACGTAATTTTAAATATTCTA440AGGTTTCGAACTGATGAGGCAGATGATGTTAAATTTGCTG480TTCGTGAACGCTATCCACTTGATCATGCTAGAGCTGCTGA520ACCTTTGCTTACTTTGGAAAGGTTGACTGAAATAGTAGCC560AGCGCACCTAAGGGTGAACTACTGAAGAGGGTGCTTAACC600CATTACTTCCCTATGGACCAGCTCTCATTGAACACTGTCT640TTTAGAAAATGGATTCTCGGGTAATGTCAAAGTGGATGAA680AAACTTGAAACTAAAGATATTGAAAAAGTACTTGTTTCTC720TGCAGAAAGCAGAAGACTATATGAAAACAACATCCAACTT760CAGTGGGAAGGGATATATCATTCAGAAAAGAGAAATAAAA800CCAAGCTTGGAAGCAGATAAACCAGTTGAAGACATACTGA840CGTATGAGGAATTTCATCCTTTCTTGTTTTCTCAACATTC880ACAATGTCCATATATAGAATTTGAATCATTTGACAAGGCG920GTGGATGAATTTTATTCCAAGATAGAAGGCCAGAAAATTG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。