基因總覽
NELFE 是由蛋白質編碼基因 NELFE 產生的蛋白質，屬於 RRM NELF-E family，並是 negative elongation factor（NELF）複合體的必要成員。其蛋白質序列包含 RRM domain，以及多段被註記為無序的區域；其中一段含有約 30 個 R-[DSNE] 串聯重複。NELFE 的主要角色與 RNA polymerase II 轉錄延伸調節有關，並具有 NELF 複合體中最強的 RNA 結合活性。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000375429 ★ | 31,952,087–31,958,971 | 11 |
| ENST00000375425 | 31,952,087–31,958,852 | 11 |
| ENST00000444811 | 31,952,087–31,958,960 | 11 |
| ENST00000882598 | 31,952,087–31,958,976 | 11 |
| ENST00000882599 | 31,952,087–31,958,973 | 11 |
| ENST00000882600 | 31,952,087–31,958,973 | 11 |
| ENST00000882601 | 31,952,087–31,958,976 | 11 |
| ENST00000882602 | 31,952,087–31,958,971 | 11 |
| ENST00000882603 | 31,952,087–31,958,945 | 11 |
| ENST00000937367 | 31,952,087–31,958,973 | 11 |
| ENST00000937368 | 31,952,087–31,958,962 | 11 |
| ENST00000948308 | 31,952,087–31,958,970 | 12 |
顯示 12/19 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
NELFE 是 NELF 複合體的必要組成部分。此複合體會負向調節 RNA polymerase II 的轉錄延伸；NELF 與 DSIF 複合體共同作用時，可促使轉錄暫停。這種調節狀態會受到 P-TEFb kinase 複合體的對抗，因此 NELFE 所在的 NELF 複合體參與控制轉錄延伸的進程。
在 NELF 複合體中，NELFE 提供最強的 RNA 結合活性，並可能在初期協助將整個 NELF 複合體招募至 RNA。來源將這項初始招募描述為可能性，而非確定作用；其功能與 NELF 複合體對轉錄暫停的調節相連，但不宜據此推定未列出的分子步驟。
在微生物感染情境下，NELF 複合體也與 HIV-1 latency 有關，可能涉及將 PCF11 招募至處於暫停狀態的 RNA polymerase II。此描述限定於 HIV-1 感染相關情境，且 PCF11 的招募機制以可能性表述；來源未進一步界定 NELFE 單獨在此過程中的作用。
Promoter 與基因調控
>NELFE ENST00000375429 GRCh38 chr6:31958871-31959971 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AGAGGATAAAATGCAGACAAAAGAGATGATGGGACTTGTGTTCAGATCAGAAATGGCAGATGTGTCAAAC AGACTAGGACAATCAGGCTTGGCCAAAAACTACCTGCTACTGAATTACCTGGGGCAGATTTTGGATTTCA GAAACATGGAGGCTGGACCTAGGAATGTGCATTTTTAAAAAGCTCCCTGGCTAATCATGAAGCACACTGA AATTGGAGACTCACTGATTTTAGAAAAAGGGGTCCCAGACCTAAGGATGAAAGGTTGGAGGCTCAAAGCC TATCATCTCAGTCACCAAGTGCCCTGGTGCTTGGATACAGAAGGGAGCTCCACGGAGAAATGCCACATTT GAAAGAGCAGCTCTCAAAGCAAAAATATCCCCAGCCCTTTCTGCTCTGTCCTCACATGTACTGCAGGTAC ACTGGGCTGTAATCTGTCCAGCACCCCTTCAGGCTGGGATGGACAGGAGTACAGGCACAGATGAACAAGG TTAAGCTAGATCCTACTGTGAGGAGGGTGAAGGAGGTTTGGACTCAATGCGGGTCAAAGGTTAGGGTCAA AAGTCACTCACGCTACTCTCTGGAGCTCCAGGCAAGTTCAGCAGCTCCCAGTGCCCCGTGCATCCGAGCT CCACGGCCCGAAGGGGTAGGTCCAGGGGATCTGGAGGGGGTAGCACTACGGGGAAAGGTCAAAAGTCAGG GGTCAAAGTTCATTCCATATCGGCTACTCCGTTCCATTTCCCTCCCCTCCCCCTCACCAAGTCGCTCTGT CTCCATCATCCTGGAGCCACAGCAGCTGCCTGGCAGCCCGGAAGTGCGGCAAGTAGTCGCTGCGAAGTAA GCCCCGCCCCGGAACGGGCGGAAGTAGAGGCAACTTCCGGTACAGCCCCGCCGAGAGCGTGAACTATCGC TGCGGAGGGGCAGACCTGGACCGGTGGAAGGCCGGGCGGAAGTGCGCGCCTGGGGCCGCCTTGGTTACCG CGTTTTCCGCTCCTCGCTACGTCATCGTTGTGAGCCCGCTATCAGCGGCCAGCGCGGGCGCGGCCGGAGA CCGTGGGGCCCCCGGTTGCCGCCCCCTCGGGTAAGGCCCTCTGCTTCTCAC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| NELFE_1 ↗ | 6:31,958,962 | 負股 | 31,958,952–31,959,011 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR6_B8C8N · promoter · 31958436–31959185 · regulatory
· motif · 31958824–31958837 · motif
· motif · 31958930–31958941 · motif
· motif · 31958930–31958941 · motif
· motif · 31958980–31958997 · motif
· motif · 31959018–31959027 · motif
· motif · 31959018–31959029 · motif
· motif · 31959089–31959100 · motif
· motif · 31959089–31959100 · motif
· motif · 31959091–31959100 · motif
· motif · 31959106–31959115 · motif
· motif · 31959106–31959117 · motif
· motif · 31959106–31959117 · motif
· motif · 31959121–31959131 · motif
· motif · 31959156–31959165 · motif
· motif · 31959156–31959167 · motif
· motif · 31959156–31959167 · motif
· motif · 31959219–31959229 · motif
· motif · 31959258–31959273 · motif
· motif · 31959258–31959273 · motif
· motif · 31959259–31959273 · motif
· motif · 31959260–31959273 · motif
· motif · 31959263–31959275 · motif
· motif · 31959266–31959273 · motif
· motif · 31959267–31959280 · motif
· motif · 31959274–31959287 · motif
· motif · 31959277–31959289 · motif
· motif · 31959280–31959287 · motif
· motif · 31959281–31959294 · motif
· motif · 31959403–31959418 · motif
· motif · 31959404–31959419 · motif
· motif · 31959405–31959419 · motif
· motif · 31959406–31959419 · motif
· motif · 31959409–31959421 · motif
· motif · 31959412–31959419 · motif
· motif · 31959417–31959432 · motif
· motif · 31959418–31959432 · motif
· motif · 31959419–31959432 · motif
· motif · 31959705–31959718 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：380 aa
NELFE 蛋白長 380 個胺基酸，屬於 RRM NELF-E family，含有一個 RRM domain。序列註解指出多段區域為無序區，並標示 184–243 位胺基酸範圍內約有 30 個 R-[DSNE] 串聯重複；其中部分重複的註記為 approximate。
蛋白質三維結構
細胞內定位
NELFE 定位於細胞核，並與染色質相關。 P-TEFb 複合體介導的磷酸化會促進 NELFE 從染色質釋出，顯示其染色質定位可隨磷酸化狀態改變。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Chromosome。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
- CCDC57Q2TAC2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KANK2Q63ZY3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MTUS2Q5JR59 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NELFBQ8WX92 · UniProt INTERACTION · 10 experiments · 2 筆來源紀錄
- TRIM27P14373 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
NELFE 與 NELFA、NELFB 及 NELFCD（NELF-C 或 NELF-D 異構型）共同組成 NELF 複合體；另有資料指出 NELFE 與 NELFB 互作，但此互作標示為 By similarity。HIV-1 感染情境下，NELFE 會結合 HIV-1 TAR RNA；該 RNA 位於 HIV-1 的長末端重複序列（LTR）中。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | NELFE 是 NELF 複合體的必要組成部分，該複合體會負向調節 RNA polymerase II 的轉錄延伸。NELF 藉由與 DSIF 複合體共同作用而促成轉錄暫停，並受到 P-TEFb kinase 複合體的對抗。NELFE 提供 NELF 複合體中最強的 RNA 結合活性，且可能在初期將 NELF 複合體招募至 RNA。 | 含實驗來源 | 證據與來源Essential component of the NELF complex, a complex that negatively regulates the elongation of transcription by RNA polymerase II. The NELF complex, which acts via an association with the DSIF complex and causes transcriptional pausing, is counteracted by the P-TEFb kinase complex. Provides the strongest RNA binding activity of the NELF complex and may initially recruit the NELF complex to RNA PMID 10199401 ↗ · PMID 11940650 ↗ · PMID 12612062 ↗ · PMID 18303858 ↗ · PMID 27256882 ↗ · PMID 27282391 ↗ |
| 功能 | 在微生物感染情境中，NELF 複合體與 HIV-1 latency 有關；此關聯可能涉及將 PCF11 招募至處於暫停狀態的 RNA polymerase II。來源以可能性描述 PCF11 的招募，不表示該機制已確定。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) The NELF complex is involved in HIV-1 latency possibly involving recruitment of PCF11 to paused RNA polymerase II PMID 23884411 ↗ |
| 交互作用 | NELF 複合體由 NELFA、NELFB、NELFCD 與 NELFE 組成；NELFCD 可為 NELF-C 或 NELF-D 異構型。此外，NELFE 與 NELFB 的互作註記為 By similarity，應保留此相似性推定的證據性質。 | 含實驗來源 | 證據與來源The NELF complex is composed of NELFA, NELFB, NELFCD (isoform NELF-C or isoform NELF-D) and NELFE. Interacts with NELFB (By similarity) PMID 10199401 ↗ · PMID 27282391 ↗ |
| 交互作用 | 在 HIV-1 感染情境中，NELFE 會結合 HIV-1 TAR RNA；此 RNA 位於 HIV-1 的長末端重複序列（LTR）中。此項描述限定於所述感染相關情境。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Binds to the HIV-1 TAR RNA which is located in the long terminal repeat (LTR) of HIV-1 PMID 16898873 ↗ |
| 細胞定位 | NELFE 位於細胞核，並定位於染色質。P-TEFb 複合體介導的磷酸化會促進 NELFE 從染色質釋出，說明其染色質關聯會隨磷酸化而改變。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Chromosome; Localizes to chromatin. Phosphorylation by the P-TEFb complex promotes its release from chromatin PMID 14701750 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GTCATCGTTGTGAGCCCGCTATCAGCGGCCAGCGCGGGCG40CGGCCGGAGACCGTGGGGCCCCCGGTTGCCGCCCCCTCGG80GAGCCACCATGTTGGTGATACCCCCCGGACTGAGCGAGGA120AGAGGAGGCTCTGCAGAAGAAATTCAACAAGCTCAAGAAA160AAGAAAAAGGCATTGCTGGCTCTGAAGAAGCAAAGTAGCA200GCAGCACAACCAGCCAAGGTGGTGTCAAACGCTCACTATC240AGAGCAGCCTGTCATGGACACAGCCACAGCAACAGAGCAG280GCAAAGCAGCTGGTGAAGTCAGGAGCCATCAGTGCCATCA320AGGCTGAGACCAAGAACTCAGGCTTCAAGCGTTCTCGAAC360CCTTGAGGGGAAGTTAAAGGACCCCGAGAAGGGACCAGTC400CCCACTTTCCAGCCGTTCCAGAGGAGCATATCTGCTGATG440ATGACCTGCAAGAGTCATCCAGACGTCCCCAGAGGAAATC480TCTGTATGAGAGCTTTGTGTCTTCTAGTGATCGACTTCGA520GAACTAGGACCAGATGGAGAAGAGGCAGAGGGCCCAGGGG560CTGGTGATGGTCCCCCTCGAAGCTTTGACTGGGGCTATGA600AGAACGCAGTGGTGCCCACTCCTCAGCCTCCCCTCCCCGA640AGCCGCAGCCGGGACCGCAGCCATGAGAGGAACCGGGACA680GAGACCGAGATCGGGAGCGGGATCGAGACCGGGATCGAGA720CAGAGACAGAGAGCGGGACAGGGATCGGGATCGGGATCGA760GATCGAGACCGGGAACGGGACAGGGATCGGGAGCGGGATC800GAGACCGAGACCGAGAGGGTCCTTTCCGCAGGTCGGATTC840ATTCCCTGAACGGCGAGCCCCTAGGAAAGGGAATACTCTC880TATGTATATGGAGAAGACATGACACCCACCCTTCTCCGTG920GGGCCTTCTCTCCTTTTGGAAACATCATTGACCTCTCCAT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。