基因總覽
NELFA（negative elongation factor complex member A）是蛋白質編碼基因，其產物屬於 NELF-A family，並構成 NELF 複合體的一部分。NELF 複合體參與 RNA polymerase II 轉錄延伸的調節；NELFA 是此複合體的必要成員。其蛋白質包含 HDAg domain，並有與 NELF-C/D 及 RNA polymerase II 結合相關的區域，另有兩段被註記為無序區。這些特徵描述了 NELFA 的家族歸屬、複合體成員身分與蛋白質區域組成。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000382882 ★ | 1,982,723–2,008,974 | 11 |
| ENST00001012996 | 1,982,715–2,009,235 | 11 |
| ENST00000542778 | 1,982,717–2,009,235 | 11 |
| ENST00000898320 | 1,982,717–2,009,235 | 11 |
| ENST00000898321 | 1,982,717–2,009,235 | 12 |
| ENST00000898322 | 1,982,717–2,009,235 | 11 |
| ENST00000911416 | 1,982,717–2,009,235 | 11 |
| ENST00000967101 | 1,982,717–2,009,235 | 10 |
| ENST00000967102 | 1,982,717–2,009,235 | 11 |
| ENST00000967103 | 1,982,717–2,009,235 | 10 |
| ENST00001012995 | 1,982,717–2,009,235 | 11 |
| ENST00001137765 | 1,982,717–2,008,974 | 11 |
顯示 12/25 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
NELFA 是 NELF 複合體的必要組成成員。此複合體負向調節 RNA polymerase II 的轉錄延伸，並透過與 DSIF 複合體協同作用造成轉錄暫停；P-TEFb kinase complex 則可抵銷 NELF 複合體的作用。來源支持 NELFA 參與這項轉錄調控，但未進一步說明 NELFA 單獨如何促成暫停或其作用步驟。
在微生物感染的脈絡下，NELF 複合體也與 HIV-1 潛伏感染有關；其可能涉及將 PCF11 招募至暫停中的 RNA polymerase II。此描述保留「可能」的限定，並未指出這是 NELFA 單獨執行的作用，也未提供更細的感染條件或機制。
Promoter 與基因調控
>NELFA ENST00000382882 GRCh38 chr4:2008874-2009974 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ACAATAAGGAAAAGATCTTTTAAAAAAAAGATATAATACAGAAGCCAAGCAAGGCGGCCCCGACCTGTAA CCCCAGCACTCTGGGAGGCAGAGGCGGGCGGGCGGATCGCTTGAGCCCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGC CAACATAGGAAGGCCTCGTCAAAAAGACAAAAGGGTAAAACGAATTTAATAAAATGAAGTTTAACTTTTA CTCATGTTTGTATCTAATGACAAGCTTTTAAAACTGAAAAGTTCACTACTGGCTCCTGCCTGGCGGCTCC AGCCCGACTGGGGGCCGGGGCCTCCCTGCACTGTGGGGTCACGAGTGCCCCTGGACAGCTCCCGAGCGCC CTCCGACCCGCATGCTCAGCGCAGCCCCGTCGGCGGCGCGCCACGGGCAGAGCGGGCTCAGCGGGGGACG GAAGCTCAGCGCTGCGACCGGGATCCCGCAGGCTCGCTCCGCAGGGCCGCGGCTCCTCTCCGTGCAGGTG CTGGGCCCGCGGGGGCGGGGCGTCCACACGGTCCGCGCCGAGACCCAAGCGGGGAAAAAGCGAAGAGCGG ACAGCGGGGCAGGTGCCACAGGGAGCCTCCGCCCCACCGCGCGAGCAGCAAGTCTGCGGCGCTTGACACC TGCACTGCGAATGCCAGGCCGCAGCCCGGGCTCCCAAGACGCGAATACGCGCGCCTGCTCGTGACGTCAT TTTTTGCGGTCTTCCCGAGAGCCAGCAGAGGGCGCCGCCATGATGTTTTACGGAAGCCGATAGTCCTTGC TCAGCGGCACCCCGTCCTTCCGGCTCTCGGCTTTGCCACAAAGCTTCCCGAAGACGCGGCCGCTACCCGG AGACGCGGTCGCCACCCAGAAGCGCTCTCCCGGGAAGCCCCGCTCGTGGGACCGCGCCACCTGCGCCGCC TCTGCGGCCCGCAGCCCGACGGGCGCCGCCATGTTGGGGTCCTAGCGAGGGACGCGTAGGTGTCTTCATA AGATGCCGGGGCAGCGGCGCGCGCTTTCCCCCAAGATGGCGTCCATGCGGGAGAGCGACACGGGCCTGTG GCTGCACAACAAGCTGGGGGCCACGGACGAGCTGTGGGCGCCGCCCAGCAT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| NELFA_1 ↗ | 4:2,008,972 | 負股 | 2,008,962–2,009,021 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR4_BDQP · promoter · 2008964–2009725 · regulatory
ENSR4_5GQJ3 · CTCF_binding_site · 2009237–2009258 · regulatory
· motif · 2007040–2007052 · motif
· motif · 2007042–2007049 · motif
· motif · 2007042–2007057 · motif
· motif · 2007126–2007141 · motif
· motif · 2007132–2007144 · motif
· motif · 2007134–2007141 · motif
· motif · 2007255–2007270 · motif
· motif · 2007641–2007654 · motif
· motif · 2008890–2008906 · motif
· motif · 2009031–2009041 · motif
· motif · 2009133–2009148 · motif
· motif · 2009179–2009190 · motif
· motif · 2009181–2009190 · motif
· motif · 2009217–2009228 · motif
· motif · 2009232–2009242 · motif
· motif · 2009239–2009255 · motif
· motif · 2009263–2009271 · motif
· motif · 2009263–2009278 · motif
· motif · 2009273–2009286 · motif
· motif · 2009273–2009286 · motif
· motif · 2009341–2009350 · motif
· motif · 2009364–2009381 · motif
· motif · 2009474–2009490 · motif
· motif · 2009483–2009492 · motif
· motif · 2009615–2009628 · motif
· motif · 2009650–2009662 · motif
· motif · 2009653–2009660 · motif
· motif · 2009798–2009812 · motif
· motif · 2009901–2009914 · motif
· motif · 2010119–2010136 · motif
· motif · 2012577–2012586 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：528 aa
NELFA 蛋白長 528 個胺基酸，屬於 NELF-A family，含 HDAg domain。第 125–188 位胺基酸區域與 NELF-C/D 結合相關，第 189–248 位區域與 RNA polymerase II 結合相關。第 215–245 位及第 320–409 位胺基酸區段被註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
NELFA 位於細胞核；來源未提供其定位改變條件、動態或異構型差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 9 個夥伴
- CDK3Q00526 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MLH1P40692 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NCK2O43639 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NELFCDQ8IXH7 · UniProt INTERACTION · 15 experiments · 2 筆來源紀錄
- OPRM1P35372 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- PIN1Q13526 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SH3KBP1Q96B97 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SIAH1Q8IUQ4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SMARCD1Q96GM5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
NELFA 與 NELFB、NELFCD（NELF-C 或 NELF-D 異構型）及 NELFE 組成 NELF 複合體。NELFA 與 NELFCD 形成穩定次複合體，並與 NELFB 的 N 端結合。體外實驗中，NELFA:NELFCD 次複合體可依序列與結構結合 ssDNA、ssRNA。此外，NELFA 所屬複合體在未受 P-TEFb 磷酸化時與 RNA polymerase II 複合體互作。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | NELFA 是 NELF 複合體的必要成員。NELF 複合體透過與 DSIF 複合體協同作用造成轉錄暫停，負向調節 RNA polymerase II 的轉錄延伸；P-TEFb kinase complex 可抵銷其作用。 | 含實驗來源 | 證據與來源Essential component of the NELF complex, a complex that negatively regulates the elongation of transcription by RNA polymerase II. The NELF complex, which acts via an association with the DSIF complex and causes transcriptional pausing, is counteracted by the P-TEFb kinase complex PMID 10199401 ↗ · PMID 12563561 ↗ · PMID 12612062 ↗ |
| 功能 | 在微生物感染的脈絡下，NELF 複合體與 HIV-1 潛伏感染有關；此關聯可能涉及將 PCF11 招募至暫停中的 RNA polymerase II。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) The NELF complex is involved in HIV-1 latency possibly involving recruitment of PCF11 to paused RNA polymerase II PMID 23884411 ↗ |
| 交互作用 | NELF 複合體由 NELFA、NELFB、NELFCD（NELF-C 或 NELF-D 異構型）及 NELFE 組成；NELFA 與 NELFCD 形成穩定次複合體並結合 NELFB 的 N 端。體外該次複合體可依序列與結構結合 ssDNA、ssRNA；NELFA 所屬複合體在未受 P-TEFb 磷酸化時與 RNA polymerase II 複合體互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源The NELF complex is composed of NELFA, NELFB, NELFCD (isoform NELF-C or isoform NELF-D) and NELFE; NELFA and NELFCD form a stable subcomplex that binds to the N-terminus of NELFB. In vitro, the NELFA:NELFCD subcomplex binds to ssDNA and ssRNA in a sequence- and structure-dependent manner. Interacts with the RNA polymerase II complex when it is not phosphorylated by P-TEFb PMID 10199401 ↗ · PMID 11387440 ↗ · PMID 27282391 ↗ |
| 細胞定位 | NELFA 位於細胞核。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GCGCTTTCCCCCAAGATGGCGTCCATGCGGGAGAGCGACA40CGGGCCTGTGGCTGCACAACAAGCTGGGGGCCACGGACGA80GCTGTGGGCGCCGCCCAGCATCGCGTCCCTGCTCACGGCC120GCGGTCATCGACAACATCCGTCTCTGCTTCCATGGCCTCT160CGTCGGCAGTGAAGCTCAAGTTGCTACTCGGGACGCTGCA200CCTCCCGCGCCGCACGGTGGACGAGATGAAGGGCGCCCTA240ATGGAGATCATCCAGCTCGCCAGCCTCGACTCGGACCCCT280GGGTGCTCATGGTCGCCGACATCTTGAAGTCCTTTCCGGA320CACAGGCTCGCTTAACCTGGAGCTGGAGGAGCAGAATCCC360AACGTTCAGGATATTTTGGGAGAACTTAGAGAAAAGGTGG400GTGAGTGTGAAGCGTCTGCCATGCTGCCACTGGAGTGCCA440GTACTTGAACAAAAACGCCCTGACGACCCTCGCGGGACCC480CTCACTCCCCCGGTGAAGCATTTTCAGTTAAAGCGGAAAC520CCAAGAGCGCCACGCTGCGGGCGGAGCTGCTGCAGAAGTC560CACGGAGACCGCCCAGCAGTTGAAGCGGAGCGCCGGGGTG600CCCTTCCACGCCAAGGGCCGGGGGCTGCTGCGGAAGATGG640ACACCACCACCCCACTCAAAGGCATCCCGAAGCAGGCGCC680CTTCAGAAGCCCCACGGCGCCCAGCGTCTTCAGCCCCACA720GGGAACCGGACCCCCATCCCGCCTTCCAGGACGCTGCTGC760GGAAGGAACGAGGTGTGAAGCTGCTGGACATCTCTGAGCT800GGATATGGTTGGCGCTGGCCGAGAGGCGAAGCGGAGAAGG840AAGACTCTCGATGCGGAGGTGGTGGAGAAGCCGGCCAAGG880AGGAAACGGTGGTGGAGAACGCCACCCCGGACTACGCAGC920CGGCCTGGTGTCCACGCAGAAACTTGGGTCCCTGAACAAT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。