基因總覽
NDRG2 的正式名稱為 NDRG family member 2,屬於 Protein coding 基因,產物屬於 NDRG family。來源描述其與 Wnt signaling pathway 的調節相關,也提及它可能參與樹突細胞及神經元分化。現有資料未提供更完整的家族特性或蛋白質整體結構描述。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000556147 ★ | 21,016,772–21,025,061 | 16 |
| ENST00000298687 | 21,016,584–21,025,776 | 17 |
| ENST00000350792 | 21,016,584–21,025,823 | 16 |
| ENST00000397858 | 21,016,584–21,025,776 | 16 |
| ENST00000554104 | 21,016,584–21,022,820 | 13 |
| ENST00000555158 | 21,016,584–21,025,026 | 16 |
| ENST00000553503 | 21,016,584–21,025,039 | 16 |
| ENST00000397853 | 21,016,584–21,025,094 | 17 |
| ENST00000360463 | 21,016,584–21,025,819 | 15 |
| ENST00000397851 | 21,016,584–21,025,105 | 16 |
| ENST00000554143 | 21,016,584–21,025,105 | 15 |
| ENST00000397847 | 21,016,584–21,025,848 | 16 |
顯示 12/164 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
NDRG2 參與 Wnt signaling pathway 的調節。來源指出,它會下調由 CTNNB1 介導的轉錄活化,作用對象包括 CCND1 等標的基因;這描述的是對標的基因轉錄活化的抑制,而非對所有 Wnt pathway 組成或反應的全面作用。
由於 NDRG2 可降低 CTNNB1 介導的標的基因轉錄活化,來源提出它可能因此具有腫瘤抑制作用。此處的表述為可能性,資料並未將這項作用說成已確立的腫瘤抑制結果,也沒有提供特定腫瘤類型或作用條件。
此外,NDRG2 可能參與樹突細胞與神經元的分化。來源未進一步說明它在這些分化過程中的具體作用方式,也未提供相關條件或實驗系統;因此可確認的範圍僅限於可能參與這兩類細胞的分化。
Promoter 與基因調控
>NDRG2 ENST00000556147 GRCh38 chr14:21024961-21026061 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CGATTCAGCGGGCCTGAGCTGGTCTCCTATTCTGGGCCGGACTGGGAGGGGTTAGCGGCGAAGCCACAGG GTCTCTTGGGTCCCAGCCCAGGACACTGCGTCCTCCCCAAGCCCCTACTCCACCCCCGCAGGGTTAACTC CGCCCCTGCGCCTGTTTACCCAGGAGTCAGAGCCTCTGGGGGTCCCCGGCCCCTCCCCCGCGCCCCTTGA GGCATTGACCCCAGAGTCCCTGTTGGCCATCCTCTCCCCACCCCCCGCCTGCCCGCGATCGCCCTCTATT TATAGCGGCCCCCCGCATTCCCCGCCCCCACCTCCCCGCCTTGTTGTCCAACTTCTCCCGGAGCAGCCGG AGAGCAGGCGTCGGGACGCAGCAAAGAGAGGAGAGGTACCAGGACTCTGGGCACGAGGGAGTCGGAACTC CTGCGCCCTCGACGTTCCCCCGTGCCCCCTTTCGGCGCCAGCACACCTGCCCCTGCCAGCCGGCGAGACC CCCGCCTCCTCAGCGGCGGTCCCGCCCACCTCCTCCTTTCTTAATCTAGTTCTCTGTGTTCGGGCGGGGG GAGTCGAACTCGTGGGGTGTCAGTATCCCGGGTTCGTCTCCCCACTACCGGTTCCCACCACTGAGTCTGG GGGCGAAGGAAGGAGCCAGAGTGCAATTGCAGATCCAGGTCGTGGATGGGGCGGTGCTGAGGGCAGCCGA GGGATCCCTCTCAGGGCTGAGGGATCCCCGCACTCCCCACACCGCCCCAATGCGGGGAGGGGGTGGTGGA ATGTTTTGGTGAGCCGAGCAGAGCCTGGAAGCGTCCAGCCGCCCGCCCCTCGCCCCCCGGCCCCAGCACA ACCCTTTCCTGAGCGGCAGTCTGGGCGGGGTGAAAGGGGGGGCGTGTTTACTGGGGGTCTGGGGCGGGTC TGCGGGGAGCCTAGCGCCCGTGGGCGGGCTGGGGCGGGCCGGGGGCGGGTCTGCGGGAAGCCCGAGCCGG GGCGGGCCCGAGTCAAAGGCAAGTGAAGGTGGAAGCGGCCGCGGCGGCAGCAGGTAGGGGGAGGGGCAGG CGAGGGGCCGTAGGGCCTGGAAGGCGCCAGCCGGGCCGGCGGGCGGTGTGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| NDRG2_1 ↗ | 14:21,025,061 | 負股 | 21,025,051–21,025,110 |
| NDRG2_2 ↗ | 14:21,025,752 | 負股 | 21,025,742–21,025,801 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR14_8LNLB · promoter · 21023317–21023450 · regulatory
ENSR14_9BCBD · promoter · 21024048–21024306 · regulatory
ENSR14_B66MQ · enhancer · 21024307–21025015 · regulatory
ENSR14_B66MT · promoter · 21025016–21025595 · regulatory
ENSR14_56XJ7R · CTCF_binding_site · 21025603–21025624 · regulatory
ENSR14_B66MX · promoter · 21025635–21026338 · regulatory
ENSR14_56XJ8L · CTCF_binding_site · 21025776–21025797 · regulatory
ENSR14_9BCC8 · enhancer · 21026880–21027325 · regulatory
· motif · 21024055–21024068 · motif
· motif · 21024062–21024075 · motif
· motif · 21024187–21024200 · motif
· motif · 21024187–21024200 · motif
· motif · 21024204–21024217 · motif
· motif · 21024392–21024402 · motif
· motif · 21025605–21025621 · motif
· motif · 21025778–21025794 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:371 aa
NDRG2 蛋白質長 371 個胺基酸,屬於 NDRG family。序列註解指出,第 1–21 位與第 334–371 位胺基酸區段為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
NDRG2 位於細胞質及細胞核周區域,也見於細胞突起的生長錐。 在神經元中,資料描述它似乎集中於軸突生長錐;其神經元中的核周定位則標示為依相似性推定,並非直接確定。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
未繪示構造:Cell projection, growth cone。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- ESR1P03372 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- RABAC1Q9UI14 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
NDRG2 與 CTNNB1 有交互作用。現有資料僅指出兩者互作,未進一步界定是否形成特定複合體或提供其他互作細節。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | NDRG2 參與 Wnt signaling pathway 的調節,並下調 CTNNB1 介導的標的基因轉錄活化,例子包括 CCND1;來源因此提出它可能具有腫瘤抑制作用。此外,NDRG2 可能參與樹突細胞與神經元分化。 | 含實驗來源 | 證據與來源Contributes to the regulation of the Wnt signaling pathway. Down-regulates CTNNB1-mediated transcriptional activation of target genes, such as CCND1, and may thereby act as tumor suppressor. May be involved in dendritic cell and neuron differentiation PMID 12845671 ↗ · PMID 16103061 ↗ · PMID 21247902 ↗ |
| 交互作用 | NDRG2 與 CTNNB1 有交互作用;此項資料未進一步說明互作的條件或形式。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | NDRG2 位於細胞質、細胞核周區域及細胞突起的生長錐。在神經元中,它似乎集中於軸突生長錐;神經元中的核周定位則是依相似性推定。 | 推論支持 | 證據與來源Cytoplasm; Cytoplasm, perinuclear region; Cell projection, growth cone; In neurons, seems to concentrate at axonal growth cone. Perinuclear in neurons (By similarity) |
核酸與蛋白質序列
AAGTGAAGGTGGAAGCGGCCGCGGCGGCAGCAGGTAGGGG40GAGGGGCAGGCGAGGGGCCGTAGGGCCTGGAAGGCGCCAG80CCGGGCCGGCGGGCGGTGTGATTGATCCGCGTCCCCTGGA120GCTGGAGGCTCGGGGGAAAGGGCCAGCACGGAGCGGGCGC160TCGGTTGCTGCGCACAAAGGCTGAGGCTCCAAGAGCTGCA200GGGCGTGTTTGGGGTGCGCGCGAGGTTGTGTGCAAGGTCC240GGGGCGCTTGGCACCGGCCACGCAAGGGTGTCAGTCTCCA280CGCGGACGGGCTGCGTAGGGACTCGTAGGGACGGGTTCCG320GGTGCTGGGCCCGGCCGGTCTCCTCTGTCCTACCCATCCC360TTCCCGATGGCGCTTGCCTTCGCGGGCCGTCGGGGGAGAA400CGGGAGAAGATTGTGGGACCGCTCTCCTCTCCCTTTCTCC440ACTCGTGGGACCTACACGGAGACTGAGTAGAGGAGAGAAG480CGACGGCACCAATCTTTGTGTTTGTTTTTAAATTGTGGAG520GGAAACAGCCATGCTCTGCTACCCTCCTCTTACTGGAGAG560CTGTCAAAAATTTTGGGGATCCCCTATTCCCCCGCGTTTA600GTCCCCCTGCAGATAGAAAATTGAGGCCAAATGTAGTAAC640TAACTGGGGCAAGGTCACACTGGGAGTGGCAGAGCCGGGA680TTCGAATCCGGAGGTTCTGACAGGGCCACCCTCTTACCTC720CACATCAGCACTTCCTTCTCTCCTCCGCGCAGCCTGAACT760GATGCCCTTGTAGCCTATATTGATTCCGGCTCGAGCCTAG800AGAGGACGTGTTCTCTGGACTTAGGGGTAGACAGACACTG840GGGAGGGTTAGTGACCCGAGGAGGTTGATGACCCTGGGAG880TCTGGGTCTTGGCTGAGGCTTTCCGTCCCTGAAAGACCCC920AGGTCTGTCTCCCATGTCATTCACCTCGTTGCTGTGTTTT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。