基因總覽
MYO15B 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 myosin XVB。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 17q25.1。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000645453 ★ | 75,587,800–75,626,849 | 64 |
| ENST00000642007 | 75,610,699–75,626,484 | 42 |
| ENST00000583140 | 75,619,879–75,620,921 | 3 |
| ENST00000578220 | 75,621,075–75,624,897 | 10 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>MYO15B ENST00000645453 GRCh38 chr17:75586800-75587900 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GAAGGCAGGCTGGCTTTTTATGGTATTATTATGAAATCACCAGATTACATTGTTAAGTGAAAAAGGCAAA GTGGAGACCCCGGAGCTACATAAGCTACCACTTGTGCTAAAGGGGAAAAATATAATATTTGCTTTTCTCT GCATGGAAAGTTTTTGTTGTTGTTTCTTTGTTTTTGAGACAAACAAAATGCTGTCACCCAGGCTGGAGTG CAGTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCCTGGGTTCATGCCATTCTCTCCTGCCTCCTGGG TTCATGCCATTCTCTTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCCCCACCACGACCGGCTA ATTTATCGTATTTTTTAGTAGAGACGGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCT CGTGATCCGCCCTCCTTGGCCTCCCAGAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCAACCT GGAAAATTTTGCAAGGAAATACAGAAATGGGTAACCTCAGGGGAACACTGAGTACATAGGCTGAGGGTCA GGAATGGGAGACTTTTATCTTGTAATGTTTGGATGTTTGAATTATGTGAATGTATTACCTGTTTTAAAAA TAGATATTTTAAAAACACACACATTGGGGCAATCAGGAATGTATGGGGTGTGGTTCTGTTCCACAACTCC AAGGAGGTAGACAGGCATGTTTTACACCAGTTCAAGATGTACATTTATGTTTTATGTACTTTTCGGTAAA TTGTATTTATTCCACAATTGAAAAGAACAAAAACCCTAGCGACTCATGGAGTGCTGCCGTGTGCCAGGGT GGGCCTGGCCCCAGTCCCTTGGAACCCTCAGAAGGAAGAAGTCCAGACAGGTTCTCTGGGCCCTTCCTTG CTGGGCAAGCACTGAGGTGGGAGTGGAGCATGGACCCCCTCAGTCTGGCGCGGTGCGAGGCTGGCCTGGC TGGCAGCGCCTCCCGGCGGCACTGTTGCCCTGTCCGCAGCTGTAGCGTCTCCTGTTTCCTGGGCGCCTCT ATTCCATTGTTGGCCGAGGGGGTCAGGACCCGCCGCCTTCTGCATTATTGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| MYO15B_1 ↗ | 17:75,587,800 | 正股 | 75,587,751–75,587,810 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR17_BK229 · enhancer · 75584266–75584945 · regulatory
ENSR17_93523F · promoter · 75587503–75587810 · regulatory
ENSR17_5MR2TH · CTCF_binding_site · 75587782–75587803 · regulatory
ENSR17_5MR355 · CTCF_binding_site · 75589221–75589242 · regulatory
ENSR17_5MR36L · CTCF_binding_site · 75589536–75589557 · regulatory
ENSR17_5MR36T · CTCF_binding_site · 75589591–75589612 · regulatory
· motif · 75587784–75587800 · motif
· motif · 75587868–75587875 · motif
· motif · 75587999–75588012 · motif
· motif · 75587999–75588012 · motif
· motif · 75589198–75589215 · motif
· motif · 75589207–75589224 · motif
· motif · 75589223–75589239 · motif
· motif · 75589231–75589244 · motif
· motif · 75589299–75589311 · motif
· motif · 75589301–75589308 · motif
· motif · 75589461–75589473 · motif
· motif · 75589463–75589470 · motif
· motif · 75589471–75589484 · motif
· motif · 75589538–75589554 · motif
· motif · 75589593–75589609 · motif
· motif · 75589605–75589620 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:3096 aa
myosin XVB 為 3,096 個胺基酸的蛋白質,屬於 TRAFAC class myosin-kinesin ATPase 超家族中的 myosin family。其結構包含 Myosin motor、IQ、兩個 MyTH4、SH3 與 FERM 結構域,並有一段 Actin-binding 區域;序列另預測含多個無序區段。
蛋白質三維結構
細胞內定位
myosin XVB 的定位註記為細胞質。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 81 個夥伴
- ABI2Q9NYB9-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ADAMTSL4Q6UY14-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CARD9Q9H257-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCNCP24863 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CFAP68Q9H5F2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- COILP38432 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CRXO43186 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DUSP21Q9H596 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ERASQ7Z444 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FHL2Q14192 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- GAB2Q9UQC2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GADD45GIP1Q8TAE8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GINS3Q9BRX5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GPRASP3Q6PI77 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HOXA1P49639 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- IHO1Q8IYA8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- IKZF3Q9UKT9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KATNBL1Q9H079 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KCNJ6P48051 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KIAA0408Q6ZU52 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KIF24Q5T7B8-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KIFC3Q9BVG8-5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KLF4O43474 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KLHL12Q53G59 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRT13P13646 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 細胞定位 | myosin XVB 的定位註記為細胞質。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
ACTGTTGCCCTGTCCGCAGCTGTAGCGTCTCCTGTTTCCT40GGGCGCCTCTATTCCATTGTTGGCCGAGGGGGTCAGGACC80CGCCGCCTTCTGCATTATTGATGGTCCTGTAAGGCGGGCA120CCTCGGGGAGTAGAGCCTGTAGCCCCTGCGAGAGCAGAGC160CGGGTGGTGCACTGCACAGAAGGTCACCGCGGGAGGCCAA200ATCCCCGGGGAGGGGAAAGGACCTGGGCGTCGGGAAGCCC240GTCTCCTTTGGGCCAGCCATGGGCAGGAACCAGCGCAAAG280CGCCCCAGCGCCTGGAGAGGCCCGGGAGGCCGGCCTCAGG320GGAGCAGGAGTCGGGGTCGGCCAGCGCGGATGGCGCGCCC360AGCCGGGAACGCCGTTCCGACCGCGGGCAGGCGGACAGGG400CGAAACCGGCGGCCGAGCCTGCCACCGCCGGGGGCCAGGG440AACCCCTGGTGGCCGCAGGAAGCCCACTGCAGAGGGGAAC480GGCGGCTGCAGACGCCCAGGGGCTGGGCTGTCCCCGAAAG520CCCAGGAGAGGCAAAGCAACGCGCAGCGTCAGGGACGCGG560GCCCAGGGGCGGCCGCGGGGGGCGCCTGGAGGAGGGAAGC600CTCTCCGGAGGAGAAGAGCTGGGCGGCCGCCGTAGGAGGA640AGCGGAAAGATAAGGGGCCCTCGGCTCGGCGGGGCCGCCG680GACGCCCAGGAGCCTCAATGGGGACACGTCGGGTGGGGAC720GGAGGCAGCTCCTGTCCGGACAGCGAAACCCGCGAGGCCC760AGGAGAGCGGCAGCCAGCGCGGCACAGCCCGGGAGCTGCG800GCCCACGCCGGAGCCTACGGACATGGGCTCGGAAGGGACA840AAAACCGGGCCGGAGTCAGCGCTGGAGCCAAGCAGCGACG880GCCTGGACAGCGACTGGCCCCACGCAGATACCCGGGGCCG920GGAAGGGTCGTCGGGGACGGGGCCCCTGGGAGCCAGCGAG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。