基因總覽
MXD4(MAX dimerization protein 4)是人類的蛋白質編碼基因,其產物為轉錄抑制因子。蛋白質含有 basic helix-loop-helix(bHLH)結構域,並具有與 SIN3A、SIN3B 互作的區域;序列後段另註解為無序區域。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000337190 ★ | 2,247,432–2,262,109 | 6 |
| ENST00001047641 | 2,247,432–2,262,138 | 6 |
| ENST00001133576 | 2,247,432–2,262,138 | 6 |
| ENST00000925217 | 2,247,443–2,262,138 | 5 |
| ENST00000854675 | 2,249,450–2,262,138 | 6 |
| ENST00000942649 | 2,250,231–2,262,138 | 6 |
| ENST00001047654 | 2,254,331–2,262,138 | 4 |
| ENST00001047655 | 2,254,412–2,262,138 | 4 |
| ENST00001115207 | 2,254,413–2,262,138 | 5 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
MXD4 是轉錄抑制因子,能與 MAX 結合形成具序列專一性的 DNA 結合複合體。該複合體可辨識核心序列 5'-CAC[GA]TG-3',使 MXD4 得以透過與 MAX 組成複合體參與 DNA 結合及轉錄調控。
MXD4 也會拮抗 MYC 的轉錄活性;來源描述其作用方式是與 MYC 競爭 MAX。此競爭關係使 MXD4 能抑制 MYC 依賴的細胞轉化。上述功能註解標示為依相似性推定,因此這些功能與作用描述應保留其推論性質。
Promoter 與基因調控
>MXD4 ENST00000337190 GRCh38 chr4:2262009-2263109 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GGCCAGCCTTAGGGTCAGGGGTCACTAGGGAGACCCGCCAGCTGGGATTTGATGAAGGGTTCACTCCCGT CCCCACTTAGGGCGTCCTCGGCCAGAGGTGGCCAGCGCCTGCCTCTAGGAACGTCCCTGCCCCTCAGGCC AGACACAGAGCATGCAGCCCCCCACTCCGGGGAGCCTCTCGACTCTGGCCGCACGTCTGTGTCCCTTCCC CAGACCTGGGCCCTCCCTCAGCTCCGGCGTCCACTGGGCGATCTGAGGAGCCCGCCCGCTCTGGGCCTGT TTCCCCACTGACACCCTCAGAGACGCCTGGCTCTTAGGATCAGAGCGTCTGCGTCCCTCTCCGAGGTCCC GGCCCTTCCCGGGGCCACTCTGCGCCCGGCGGGGAGGGGAGTCGTTCACGGCCCCACGCAAGACCCCCGG GCAGAGCGCGAGGCCTCGTCCCCCCACGCAGCCACTGCTTTCGTCGCGCTCAGACCCGGCGGCCCGGCCC GGCCCGGCGCACGCCCCGGAGCGCCCTGCTTCGCTCTCGTAGCGGAGACGCTCCTGCGTCCTAACGGGCC CCCAGGACGGCGGGCGGTCCCCGCGCGCTGCGCTTCCTCTCGGCAACGCGTCCGGCTGCGGCGCCCTCAT TGGCCGCGCGCCCCGCCACCGGCCATTGGCTCGCAGTGCCTGTTTTACATAGGCCGCTCTGGCCAATCGG CGCGCGGCGCCTACTTAACATGCACGGCGGCCGCCAGTCAGCTAGCGCGGGGGCCGGGCCACCACGTGCT GTTGCTAAGCTCGGGCTTCTAAATTGTTACTAGCGCGGCCGGCCTATCCCAGCCCAGCTCTGCATCTGTC AACATTCTCGGCCCGGCCCGAGGCGCTCGACCCGTCCCCATTGGCCCCAGCCCGGCCCGGCGCCCGCCCC CGGGGCGCGAACGCCGCCTCCCATTGGCTCTGCGGGCCGCCGCTCTCCCTTATGTGTCAATTTGAGGGCC TGAGGCGGAGGGTGGCGGCCGAGCGCCGGAGTCCGCGGAGTCTGGAAGTGCGGCGGCCGGGCGCGCGGGG TGGGCGGCGAGCGGAGCCGGCCGGAGCGGGCCGGGCAGCGGCCGCCGCCGT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| MXD4_1 ↗ | 4:2,262,109 | 負股 | 2,262,099–2,262,158 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR4_5JC2N · CTCF_binding_site · 2257125–2257146 · regulatory
ENSR4_C83K · enhancer · 2260407–2262098 · regulatory
ENSR4_5JCQK · CTCF_binding_site · 2261421–2261442 · regulatory
ENSR4_9W8L · promoter · 2262099–2262516 · regulatory
ENSR4_BG5D · enhancer · 2262517–2263166 · regulatory
ENSR4_75L3D · enhancer · 2263974–2264082 · regulatory
ENSR4_BG5T · enhancer · 2265979–2266541 · regulatory
ENSR4_5JDK3 · CTCF_binding_site · 2266061–2266082 · regulatory
· motif · 2257117–2257130 · motif
· motif · 2257117–2257130 · motif
· motif · 2257126–2257137 · motif
· motif · 2257127–2257143 · motif
· motif · 2257128–2257137 · motif
· motif · 2257329–2257340 · motif
· motif · 2261423–2261439 · motif
· motif · 2261468–2261484 · motif
· motif · 2262199–2262209 · motif
· motif · 2262340–2262349 · motif
· motif · 2262340–2262349 · motif
· motif · 2262340–2262349 · motif
· motif · 2262340–2262349 · motif
· motif · 2262351–2262361 · motif
· motif · 2262460–2262470 · motif
· motif · 2263082–2263094 · motif
· motif · 2263085–2263092 · motif
· motif · 2263086–2263099 · motif
· motif · 2263089–2263101 · motif
· motif · 2266063–2266079 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:209 aa
MXD4 蛋白長 209 個胺基酸。第 53–105 位為 bHLH 結構域;第 6–23 位是與 SIN3A、SIN3B 互作的區域。第 140–209 位則註解為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- TCP10LQ8TDR4 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
MXD4 與 MAX 形成異源二聚體並結合 DNA;有效的 DNA 結合需要與另一個 bHLH 蛋白二聚化。來源也記載 MXD4 與 SIN3A、SIN3B 及 RNF17 互作;這些互作註解依相似性推定。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | MXD4 是轉錄抑制因子,可與 MAX 組成能辨識 5'-CAC[GA]TG-3' 核心序列的序列專一性 DNA 結合複合體。它藉由競爭 MAX 拮抗 MYC 的轉錄活性,並抑制 MYC 依賴的細胞轉化;此功能註解為依相似性推定。 | 推論支持 | 證據與來源Transcriptional repressor. Binds with MAX to form a sequence-specific DNA-binding protein complex which recognizes the core sequence 5'-CAC[GA]TG-3'. Antagonizes MYC transcriptional activity by competing for MAX and suppresses MYC dependent cell transformation (By similarity) |
| 交互作用 | 有效的 DNA 結合需要 MXD4 與另一個 bHLH 蛋白二聚化;MXD4 可與 MAX 形成異源二聚體並結合 DNA。來源另記載 MXD4 與 SIN3A、SIN3B 及 RNF17 互作,這些互作關係依相似性推定。 | 推論支持 | 證據與來源Efficient DNA binding requires dimerization with another bHLH protein. Binds DNA as a heterodimer with MAX. Interacts with SIN3A AND SIN3B. Interacts with RNF17 (By similarity) |
| 細胞定位 | MXD4 的細胞內定位為細胞核。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GAGCGCCGGAGTCCGCGGAGTCTGGAAGTGCGGCGGCCGG40GCGCGCGGGGTGGGCGGCGAGCGGAGCCGGCCGGAGCGGG80CCGGGCAGCGGCCGCCGCCGTCCCGGGGCGGACGGGCGCG120GGCGGGAGGATGGAGCTGAACTCCCTGCTGATCCTGCTGG160AGGCGGCCGAGTACCTGGAGCGCAGGGATCGAGAGGCCGA200GCACGGCTACGCCTCGGTGCTGCCCTTCGACGGCGACTTC240GCCAGGGAGAAAACAAAGGCGGCCGGCCTGGTGCGCAAGG280CCCCGAACAACAGGTCTTCACACAACGAGCTAGAAAAGCA320CAGACGAGCCAAACTCAGGCTGTACCTTGAGCAGCTCAAG360CAACTGGTGCCCCTGGGCCCCGACAGCACCCGCCACACCA400CGCTGAGCCTCCTGAAGCGGGCCAAGGTGCACATCAAGAA440ACTGGAGGAGCAGGACCGCCGGGCACTGAGCATCAAGGAG480CAGCTGCAGCAGGAGCATCGTTTCCTGAAGCGGCGCCTGG520AGCAGCTGTCGGTGCAGAGCGTGGAGCGCGTGCGCACAGA560TAGCACGGGCTCTGCTGTCTCCACGGACGACTCAGAGCAA600GAAGTGGACATAGAGGGCATGGAGTTTGGCCCTGGTGAGC640TGGACAGTGTTGGCAGCAGCAGTGACGCGGACGACCACTA680CAGCCTGCAGAGTGGCACCGGCGGCGACAGTGGCTTCGGG720CCCCACTGCCGGCGGCTGGGCCGCCCCGCCCTCTCGTAGG760CCCGTGCCCTCTGCTCCTTGGCCTGCCTGCCCGCCAGCCA800CGCGTGTCAGCCCTCCAGTTCTCCTTCAGTTGACGCCAGC840CTCTCCACAGGCCCACTGCTGTGCCATTCTGGAAGCTCCA880GCTGCTGCTGGGCTGCCTGGCACTGCCCGCTTGCCGGTCA920GGGCCTGCCGAGCTGCCTGCCCCTTCCAGCTGGGCAGAGT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。