基因總覽
MT1M 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 metallothionein 1M。其產物屬於 metallothionein 超家族中的 Type 1 family,是一種富含半胱胺酸的蛋白質。這類蛋白質的半胱胺酸殘基可與多種重金屬結合;來源未進一步說明 MT1M 的其他結構特徵或不同金屬的結合情形。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000379818 ★ | 56,632,659–56,633,981 | 3 |
| ENST00000858452 | 56,632,485–56,633,986 | 2 |
| ENST00001129383 | 56,632,485–56,633,986 | 3 |
| ENST00001133979 | 56,632,485–56,633,986 | 3 |
| ENST00000570233 | 56,632,707–56,633,518 | 2 |
顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
MT1M 所屬的 metallothionein 蛋白質富含半胱胺酸殘基,這些殘基能結合多種重金屬。這項結合特性是來源所述的主要分子作用;資料未進一步指出可結合哪些特定金屬,也未描述結合後的下游作用或對細胞的影響,因此不宜由此推定更具體的生理結果。
在調控方面,來源指出 metallothioneins 的轉錄受重金屬與 glucocorticoids 調節。這表示其基因轉錄會受到這兩類因素影響,但資料沒有提供調節方向、條件、作用機制或不同因素之間的關係。上述資訊描述的是 metallothioneins 的家族層級特性,來源未另行提供 MT1M 特有的功能機制或實驗情境。
Promoter 與基因調控
>MT1M ENST00000379818 GRCh38 chr16:56631659-56632759 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ACTGGTGTAGACTCAATGTCATGCAATAGTCAGGTATACTGAAGAGAAACAACTGCATGTCTTGTTTTTT AATTTTATTATTTTAGAGATGCTGACTTGCTATGTGGACTAGGCAGAACTCGAACTCCTGGGCTCAGGTG ATCCTCCCGCCTCAGCCTCCTAAGTAGCTGGGACTACAGCTTCCCGCGACCTCACCCATCTTGCTTTTTA ATTTAAAGCAGAGTCTGCATATCATCTGAAGTCATCTCTCTTTGGGGACATCCCACAGGTCCAGAACTGC CAGACGGTAGTGGGGTGGCCGGCTAGGCTGTGGGGAGCATGGAGATTTATCTGCAAAGGAGGACCTGGAC AAATGTTCCCCCACATCCTCTCAGGCGAAGAGAATGGACGGGAGAGAGAGGCCGACCAGTGTTCCCCGTG TTGCTGTGTACGGAGGAGCCAGTCCGAGGGACCGCGGTGTGGACAGGGACAGGCAAGGCGGGGAAGGAGG AGAAACGAAAGCCACATTGGTGGCGGGTGCTCTGCACACGACTCGCTCCCTACCACACGCCCCCCGCTCC GCACACGACCGATCCGGGGACTGGAGCAGGAGGGCTGCACCGGGACTCCGGGACAGGCCCAGTTGAAAAC GGCGGGGCGAGGGGGTGGGGTGGAGACGCCCGCGACGCCAAGGCTGGGGTCCCGGAAAGCGCGGGGAGGA GGGTGGAAGGCAAAGGCAACTTCGGGGAAACTGGGAAAGGCGGCCGGGACCTCGGGGACACTGCGTACCA CCCGGCGCACAGCCCCTCCCGCGCAAACCCGAGCCAAAGGGGCGGTCGAGCGGCGCACTCGGAGCGGAGC TCAGGGGATGGTGCGCCCGGCACTTATGCTGGGCTCAGCCCAGCCCAGCCCAGGACCGCTGGCGGTGCGA ACCCAGCCGGGCGGGTGCAAGCGCGGGGCAGGGCCTCTGCGCCCGGCCCCCTCCCCTGAGTAGAAAAGCA GCCGCAGGCTGTGGCGCTCCACCACGCCGTCCGGGTGGGCCTAGCAGTCGCTCCATTTATCGCTTGAGAT CTCCAGCCTTACCGCGGCTCGAAATGGACCCCAACTGCTCCTGCACCACTG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| MT1M_2 ↗ | 16:56,632,221 | 正股 | 56,632,172–56,632,231 |
| MT1M_1 ↗ | 16:56,632,659 | 正股 | 56,632,610–56,632,669 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR16_5HBLZT · CTCF_binding_site · 56628685–56628706 · regulatory
ENSR16_9SGW4 · enhancer · 56630165–56630467 · regulatory
ENSR16_9SGWN · promoter · 56632169–56632669 · regulatory
ENSR16_9SGXJ · enhancer · 56635122–56635502 · regulatory
ENSR16_83MXW9 · promoter · 56635622–56635773 · regulatory
ENSR16_75BWRP · enhancer · 56635774–56635874 · regulatory
· motif · 56628687–56628703 · motif
· motif · 56629509–56629521 · motif
· motif · 56629511–56629518 · motif
· motif · 56629677–56629690 · motif
· motif · 56632299–56632309 · motif
· motif · 56632609–56632619 · motif
· motif · 56632615–56632625 · motif
· motif · 56632934–56632947 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:61 aa
metallothionein 1M 長 61 個胺基酸,註解包含兩個區域:第 1 至 29 位為 Beta,第 30 至 61 位為 Alpha。其家族分類為 metallothionein 超家族的 Type 1 family。
蛋白質三維結構
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 6 個夥伴
- CYSRT1A8MQ03 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DDIT4LQ96D03 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP17-1Q9BYP8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP5-1Q6L8H4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP5-9P26371 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SMCPP49901 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
來源將 MT1M 記載為單體(Monomer),未提供其與其他蛋白質實體結合或組成複合體的資訊。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | Metallothioneins 富含半胱胺酸殘基,這些殘基可結合多種重金屬;此外,這類蛋白質的轉錄受重金屬與 glucocorticoids 調節。來源未指明特定金屬、調節方向或作用機制。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Metallothioneins have a high content of cysteine residues that bind various heavy metals; these proteins are transcriptionally regulated by both heavy metals and glucocorticoids |
| 交互作用 | Monomer | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
ACCACGCCGTCCGGGTGGGCCTAGCAGTCGCTCCATTTAT40CGCTTGAGATCTCCAGCCTTACCGCGGCTCGAAATGGACC80CCAACTGCTCCTGCACCACTGGTGTCTCCTGCGCCTGCAC120CGGCTCCTGCACGTGCAAAGAGTGCAAATGCACCTCCTGC160AAGAAGAGCTGCTGCTCCTGCTGCCCCGTGGGCTGTGCCA200AGTGTGCCCACGGCTGTGTCTGCAAAGGGACGTTGGAGAA240CTGCAGCTGCTGTGCCTGATGTGGGAACAGCTCTTCTCCC280AGATGTTAATAGAACAAGCTGCACAACCTGGATTTTTTTT320CAATACGATACTGAGCCATTTGCTGCATTTCTTTTTATAT360TAAATATGTGAGTGACAATAAAACAATTTTGACTTGAA398cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。