基因總覽
MS4A4E 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 membrane spanning 4-domains A4E。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 11q12.2。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000651255 ★ | 60,200,270–60,243,137 | 9 |
| ENST00001144528 | 60,200,270–60,243,162 | 9 |
| ENST00001110662 | 60,212,490–60,243,162 | 5 |
| ENST00000398984 | 60,213,089–60,230,055 | 5 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>MS4A4E ENST00000651255 GRCh38 chr11:60243037-60244137 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ACCTAGCTCCATCCTTCTTCCATTTGTGTGTCTTTTGCTTATTCATCAGGTCTCCAATTAGATGTCCCTT TATCTAGGAAGTCTCCTCTGCCTACCTACCCAACGTTGAGTTCTTTGATCCTCCTATGAGCTCTCTCAGG ATATCCAATTTTACCTTGCAGATCACTGATTATAATGGGTTGTAATGATTTATTTATTCATCAGCATTGC CACTTTACCTTGCAGGTAACTGATTATAATGGGTGATTTATTTACTTGTCTATATTGTCAAGTAGCCTAT AAAATCCTTGAGCGAAAATCATTTTTCACCATTTTATCTGAAGCACATGGCACACTGCTTGGCTTATAGT AGCTTTTCTCTAAGAAAATGCTGAGTGAATGAAAATTGCATGCCACTTTGCTTTCCTCCATGTAAAGAAG GCATTATTTTATTTTACCAATGAATCAGGTTCAGGGGATTAACAAGGTCATACAAGAAATGATTGCCATT GGGTTTGTCTTAGTCAAAGACCAGCTTGTTCTATGATACCAGCTGCTTCTTTGACTTAGAAAGGTGTTGT ATTAATTATTGCTGTACAACCAACTTGTTCCCATTTTGTGGCTATTCATGTTGAACCTCCAAAGGTGAAA TATCATGAAAATAAGATATTTAAGTTGTGTATATTAAGGCACAATTACTTTTTCACCAACCTAATACAAT AGTAACAGTAGTTCTCTGGGAAGAAGAGTACTGTGGAAATGTGTGAAATTGTGAAAGGGGGCATTTATAA ATTACCATTTACTTAGTTGTGTATATAACAATCTTTGAGCAGAGTCTGGCAAACAGAAAATCCTCCACCA CTGATACCCACAGTAATTAGCACTATTATTTTCATAGGAAAGACTGTATCAGGCAGCCACTGCTTTTTCA GCAAATTTCAAAATAAACGTCCACACCCATATTGGGAACGCAAAATCAGTTAATGCTTCCGATAAAAAAG AGGAACTAGTTGTGTGTCTCAGAAGTTCTCAACACATCCTTTAAGGTTCCAAACATCTACTAGAAAAGGA GTGCAGATTTAAACTGAGTGAGGTGTGGAGTGGGGGAAGCTGACTGTGTCT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| MS4A4E_1 ↗ | 11:60,243,088 | 負股 | 60,243,078–60,243,137 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
· motif · 60243150–60243163 · motif
· motif · 60243763–60243774 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:132 aa
MS4A4E 是長 132 個胺基酸的蛋白質,屬於 MS4A family。序列註解標示兩段螺旋型跨膜區,分別位於第 52–72 與第 76–96 個胺基酸位置。
蛋白質三維結構
細胞內定位
MS4A4E 被註解為多次穿膜的膜蛋白;此定位資料描述的是 MS4A4E 本身。
未繪示構造:Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 細胞定位 | MS4A4E 被註解為膜蛋白,並具有多次穿膜的特性。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
AGAAGTTCTCAACACATCCTTTAAGGTTCCAAACATCTAC40TAGAAAAGGAGTGCAGATTTAAACTGAGTGAGGTGTGGAG80TGGGGGAAGCTGACTGTGTCTGGAACAAAGAACTTTGAGG120AACTTGCCCAGAGCCCTGCACTCATCAGACCTGCAGCAGA160CATTGCAGGCCTGAAGAAAGCACCTTTTCTGCTGCCATGA200CAACCATGCAAGGAATGGAACAGACCACTCCAGGGGCTGG240CCCTGATGTGCCCCAGCTGGGAAACATAGATGTCATACAT280TCATATCTGTGTAAAGGATTGCAAGAGAAGTTCTTCAAGA320GGAAACCCAAAGTCCTTGGGGTTTTGTGTGGACATAAGTT360TTCAACTCATTCGGTATCCTTATCAGTTGCAGCAGGAATT400AGAACAACAAAAGGTCTGGTTGGAGGTAGTCTAGGAAAGA440ATATCACCAGTTCAGTCTTGGCTATATCAGGGATCTTAAT480CAATGCAATAAGCTTGACGTTTTATTCATTCCGTTACCAT520TACTGTAACCACGATCAGTTGTCAAGTAATTGTTACATGA560CTATGTCCATTTTAATGGGTACGGATGGCATGGTGCTCCT600CTTAAGTGTGCTGGAATTCTGCATTGCTGTGGCCCTCTCT640GCCTTTGGATGTAAAGTGCTTTGTTGTAGCCCCAGTGAGA680GCAAAAATAAAATTAGAAGCAATACTTTCATGTGCTACCT720CCTTTCTATTCAGATGCAATATGATGGAAAGAGACTAAAT760GTTGATGTCGACAGTACTGTATGGTGCTCCGGAGATGGAC800AGTATCTGGAAAAAGTCTATTATGACATTCTATCTTCTTG840GTTGAGGATTGAAAGTATTTATCGAGTGCTCAATGGTGCC880CAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTCGGCTCCCTACAAC920CTCCACCTCCCAGCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。