基因總覽
MRPS26 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 mitochondrial ribosomal protein S26。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 20p13。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000380325 ★ | 3,046,052–3,048,250 | 4 |
| ENST00000885065 | 3,046,016–3,048,254 | 4 |
| ENST00000885066 | 3,046,016–3,048,254 | 5 |
| ENST00000912036 | 3,046,016–3,048,254 | 3 |
| ENST00001055864 | 3,046,016–3,048,254 | 4 |
| ENST00001121418 | 3,046,016–3,048,250 | 4 |
| ENST00001121419 | 3,046,016–3,048,250 | 4 |
| ENST00001131752 | 3,046,016–3,048,254 | 4 |
| ENST00001055865 | 3,046,023–3,048,254 | 4 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>MRPS26 ENST00000380325 GRCh38 chr20:3045052-3046152 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ACAAAGCACTTGGGTTAAAGACCAAAGTCACTAGTAGACTAGAAGGAGATAATTGTTCTATAAGACAGTG GTGGCCATGGGATCCCACAGGCATCCTGACAAGCCAATGACTGTCTTGAGGTGGACAGACCCCAGGCCAG TGGAAAGAGGTGAGGGATGCAACCTCACTCAAACAGACAACAGGGCCAAGAGGACCAGGTGGTGACTGAC ATGTGCACTAGGAACATCTCAGGGACTGCAGAGCTCCCCAAGACCATAGCAGAAGACAGGCGTGGGGAAA TGGTTTGCTACTGTTTTGCAAATCAAACATTTACAGTGCATCAGGAGAGCCCGGTAACTAAAGAAGAAAG TGGTTAGTTCCTATGAGGCAATGTCTTACCGCCTGATTTGTGTGTATGTGCTGAGGTTTCTATGCGTCAG GCTTGTTTAGGGTGGACAAGAGGGCATGCCCAAGGGAGCTGGAGATCCCCACACTAGCTGGATCCTCAGG CTTCTACGGGAGGCGGGGGGCGTCCTGCTGTGGGAGGCCACATGGGGACTGGGGGGGACGAGAGGGGAGA GAACCAGGAAGATGGCAGCTCGGCGGTTACGAGACCAGTGTCCTGAGACATGACCGCCACCTCTCCCTCC GCAGACCGCAGCCCGAGAGCCCCGCCCCGCCCCGCCATCCTCCAATAAAGTGTGAGGTTCTCCGAAGCTG TTGCGTCGAGTTCTGTCCTTCGTCCCCTCCCTGTCTTCCCCGCTGAGACCCTTCCCTGCGTGGGGGCTGG AGGGACGCGGGTCCGGCCCCGCGGGCGGGAGTAACTAAGGGATGGCCCCGGGCCCTGGCGGGAAGGCCGG GCCAGAGCCTGGGGGCGGGATGCGGACGTCCGCAGGGTCGCCGCTTCGGTTCCAGAGGCCACACGGCCGG GCGGGGCGTGAGGGACAGCCCGAGGACTACAGGTCCCAAGGTTCCCCGCGCCGCTTCCGGGGCACGGTGG CGTCCCGGCACCGCGGCCGCAGTGAGGAGACTCGGCCATGCTACGCGCGCTGAGCCGCCTGGGCGCGGGG ACCCCGTGCAGGCCCCGGGCCCCTCTGGTGCTGCCAGCGCGCGGCCGCAAG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| MRPS26_1 ↗ | 20:3,046,052 | 正股 | 3,046,003–3,046,062 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR20_BLB8 · enhancer · 3042591–3043235 · regulatory
ENSR20_76SHK · promoter · 3044322–3044422 · regulatory
ENSR20_937MB · promoter · 3045562–3046062 · regulatory
ENSR20_5PCC5 · CTCF_binding_site · 3046268–3046289 · regulatory
· motif · 3042687–3042697 · motif
· motif · 3045483–3045498 · motif
· motif · 3045497–3045510 · motif
· motif · 3045497–3045510 · motif
· motif · 3045613–3045624 · motif
· motif · 3045677–3045692 · motif
· motif · 3045684–3045699 · motif
· motif · 3046013–3046022 · motif
· motif · 3046143–3046160 · motif
· motif · 3046270–3046286 · motif
· motif · 3046326–3046339 · motif
· motif · 3046593–3046608 · motif
· motif · 3046595–3046608 · motif
· motif · 3046598–3046610 · motif
· motif · 3046601–3046608 · motif
· motif · 3046733–3046742 · motif
· motif · 3048212–3048223 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:205 aa
MRPS26 的產物為 205 個胺基酸的蛋白質,屬於粒線體專一性核糖體蛋白 mS26 家族。其序列第 1 至 27 位被註記為粒線體轉運胜肽。
蛋白質三維結構
細胞內定位
MRPS26 位於粒線體;其蛋白質序列包含第 1 至 27 位的粒線體轉運胜肽。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
MRPS26 是粒線體小核糖體次單元(mt-SSU)的組成部分。成熟哺乳類 55S 粒線體核糖體由 28S 小次單元與 39S 大次單元組成;小次單元含有 12S 粒線體核糖體 RNA(12S mt-rRNA)及 30 種不同蛋白質。大次單元則含有 16S mt-rRNA、具有重要結構作用的一份粒線體纈胺酸轉運 RNA(mt-tRNA(Val)),以及 52 種不同蛋白質。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 交互作用 | MRPS26 是粒線體小核糖體次單元(mt-SSU)的組成部分。成熟哺乳類 55S 粒線體核糖體分為 28S 小次單元與 39S 大次單元:小次單元含 12S mt-rRNA 和 30 種不同蛋白質;大次單元含 16S mt-rRNA、一份具有重要結構作用的 mt-tRNA(Val),以及 52 種不同蛋白質。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the mitochondrial small ribosomal subunit (mt-SSU). Mature mammalian 55S mitochondrial ribosomes consist of a small (28S) and a large (39S) subunit. The 28S small subunit contains a 12S ribosomal RNA (12S mt-rRNA) and 30 different proteins. The 39S large subunit contains a 16S rRNA (16S mt-rRNA), a copy of mitochondrial valine transfer RNA (mt-tRNA(Val)), which plays an integral structural role, and 52 different proteins PMID 25838379 ↗ |
| 細胞定位 | MRPS26 位於粒線體。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
AGTGAGGAGACTCGGCCATGCTACGCGCGCTGAGCCGCCT40GGGCGCGGGGACCCCGTGCAGGCCCCGGGCCCCTCTGGTG80CTGCCAGCGCGCGGCCGCAAGACCCGCCACGACCCGCTGG120CCAAATCCAAGATCGAGCGAGTGAACATGCCGCCCGCGGT160GGACCCTGCGGAGTTCTTCGTGCTGATGGAGCGTTACCAG200CACTACCGCCAGACCGTGCGCGCCCTCAGGATGGAGTTCG240TGTCCGAGGTGCAGAGGAAGGTGCACGAGGCCCGAGCCGG280GGTTCTGGCGGAGCGCAAGGCCCTGAAGGACGCCGCCGAG320CACCGCGAGCTGATGGCCTGGAACCAGGCGGAGAACCGGC360GGCTGCACGAGCTGCGGATAGCGAGGCTGCGGCAGGAGGA400GCGGGAGCAGGAGCAGCGGCAGGCGTTGGAGCAGGCCCGC440AAGGCCGAAGAGGTGCAGGCCTGGGCGCAGCGCAAGGAGC480GGGAAGTGCTGCAGCTGCAGGAAGAGGTGAAAAACTTCAT520CACCCGAGAGAACCTGGAGGCACGGGTGGAAGCAGCATTG560GACTCCCGGAAGAACTACAACTGGGCCATCACCAGAGAGG600GGCTGGTGGTCAGGCCACAACGCAGGGACTCCTAGGGGCC640CAGTAAGGACAGTGCCCGCCAGGGACCATGTATGTATCAT680GGCGGAAGAGTTGGCCCTGACCTGGAATAAAGCAGTTGGT720GTTGCTTATGAGGAAGGTTCAGCCTTATCCAGCACAGCCT760TCACGTTTTGCCCTCTGCTGTCACCACTTGGTCAGAAACT800TCCAAACGCAGTGCCCTGTTCTGCCGGTGTGTACAGCCTC840AGCGCACCAGGAGACCCTAGAGTGGTTTCCATCTCACAGA880GAATCAGACAGGGCCACAGCCCCCTCAGGCAGCCAGGTCA920TCTGAGTATCATTAAGAGTAGTGATGGGAAGATTACAGTC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。