基因總覽
MRPL28 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 mitochondrial ribosomal protein L28。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 16p13.3。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000199706 ★ | 366,969–370,538 | 6 |
| ENST00000648346 | 365,449–371,289 | 6 |
| ENST00000389675 | 365,449–370,509 | 6 |
| ENST00000875015 | 365,449–370,555 | 6 |
| ENST00000875017 | 365,449–370,509 | 6 |
| ENST00000875018 | 365,449–370,452 | 6 |
| ENST00000875019 | 365,449–370,451 | 6 |
| ENST00000875020 | 365,449–370,345 | 5 |
| ENST00000933144 | 365,449–370,464 | 6 |
| ENST00000933145 | 365,449–370,445 | 6 |
| ENST00000933146 | 365,449–370,555 | 6 |
| ENST00000933147 | 365,449–370,509 | 6 |
顯示 12/26 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>MRPL28 ENST00000199706 GRCh38 chr16:370438-371538 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CTGGCCCCTGTGTGGCCCTGATGCCAGCCTGCCTGGGGCATGGAGGATCCCCCTCTGCTGCTGTGGTCAC CATAGGGACGGGAGACGGAGGTTTCCCCCAGAGCTGATGGGCACTGGGGATGCAGGCTCCCGCCCCGCCC CTCCCTTTTTCCTGGCTCTGGAGCCTTGGGTCCCTGAGAAGAGCTTCCTTGGACTGGGGTGCTCTGCTGC TCTGGGGGTTTGGCCCAGAAGGAACCCCTACCCAGCCCTGTCCACCCACCCCAGCGTTCCTGGGCCCCCC TCTGGGAGCTTCCTCTTGGTCCCAGGAGCTGCGGTGGTGTCTGCCCCCTGCACTGGGCTCTGTGCCCTGT GGGTGTTCAGGAGACTGGACTGTCTCTGCTCCTCATGCAAACCTTGTGGGGGAAGCAATGACCAGGAGCA GCACCTGGCCCCTCCCTGAGGCCTGTGAGTGTCTCGGATCCGCCCTGGAGAAGTGAGTGGCTGAGACCCG GGTGGGGCCCTCCTACCCTTGGCTCTGGGGGCTTCCCTTCTGGGTCTTGTCCGGGATATGGCCTTCCTGA AGGTCTTACCTCCCCCAGCCGCCCTGCACTTGACCACCAAAGCAATCTCTAAGCTTATAAAGGAGAAACA TATATATATGGGGTTTTTTGGAGTAAAGGAAAATTCTAAGATATTAAGACATATTTTTATGTAGATCTGA TCTATCTGTGTTTGGTGAATTTAATATTCTACATTGATTTTTCAAACTAAACGAGTTTTTACATTTTTTC TGTGCTCCTTCCCGGGTAGGGTAAGTGGGGCCCGGGAGAACAAGCACCGCCCCGCCCGTGCCGCCCTTCG CGGAAACGCCGGGGCCGCACGTAGCTAACGGTGCCTTGAGCTGCTGCTGCTGTATGTGGGGTGTTTTTTA CGGTCCCTAAAGACGGAAGCGGGGCGGGACGAGGGGGTAGACGGATGGCTTTTACAGCCAGTCAGCGGTG GGAGGAGGGCCAGGCGCGGCAGATCGGCTTCCGGTTCCGGTGGGCTCTGAACCCTGAAAGGTGGGCGCGG GCAGGTGGGGTGTGGGGGGGCGCCGGGGCAGAAGGGGAGGGGCAGGTGGGT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| MRPL28_2 ↗ | 16:370,234 | 負股 | 370,224–370,283 |
| MRPL28_1 ↗ | 16:370,538 | 負股 | 370,528–370,587 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR16_B3ZM · promoter · 370499–371028 · regulatory
ENSR16_95ZH · promoter · 371279–371779 · regulatory
· motif · 365973–365985 · motif
· motif · 365976–365983 · motif
· motif · 365976–365991 · motif
· motif · 366190–366197 · motif
· motif · 369721–369729 · motif
· motif · 370488–370498 · motif
· motif · 370524–370533 · motif
· motif · 370608–370619 · motif
· motif · 374785–374799 · motif
· motif · 375125–375139 · motif
· motif · 375125–375139 · motif
· motif · 375132–375143 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:256 aa
mitochondrial ribosomal protein L28 長 256 個胺基酸,屬於細菌核糖體蛋白 bL28 家族。其第 1 至 55 個胺基酸為粒線體轉運胜肽,註解為粒線體定位訊號。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 22 個夥伴
- ABI2Q9NYB9-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BANPQ8N9N5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CDCA7LQ96GN5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CDR2Q01850 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ENKD1Q9H0I2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM9BQ8IZU0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HMBOX1Q6NT76 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- IKZF3Q9UKT9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LARP1BQ659C4-6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LENG1Q96BZ8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NFKBIDQ8NI38 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PPLO60437 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SCNM1Q9BWG6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TEFQ10587 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRAF3IP2O43734 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRAF4Q9BUZ4 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- TSHZ3Q63HK5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TSSK3Q96PN8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UPP2O95045-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- USP2O75604 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- USP20Q9Y2K6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZNF655Q8N720 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
MRPL28 是粒線體大型核糖體次單元(mt-LSU)的組成成員。成熟哺乳類 55S 粒線體核糖體由 28S 小次單元與 39S 大次單元構成;後者含有 16S mt-rRNA、具結構作用的 mt-tRNA(Val),以及 52 種蛋白質。另有來源記載 MRPL28 與 OXA1L 互作。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 交互作用 | MRPL28 是粒線體大型核糖體次單元(mt-LSU)的組成成員。成熟哺乳類 55S 粒線體核糖體由 28S 小次單元和 39S 大次單元構成;小次單元含有 12S mt-rRNA 與 30 種不同蛋白質,大次單元則含有 16S mt-rRNA、具有重要結構作用的一份粒線體纈胺酸轉運 RNA(mt-tRNA(Val)),以及 52 種不同蛋白質。MRPL28 也與 OXA1L 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the mitochondrial large ribosomal subunit (mt-LSU). Mature mammalian 55S mitochondrial ribosomes consist of a small (28S) and a large (39S) subunit. The 28S small subunit contains a 12S ribosomal RNA (12S mt-rRNA) and 30 different proteins. The 39S large subunit contains a 16S rRNA (16S mt-rRNA), a copy of mitochondrial valine transfer RNA (mt-tRNA(Val)), which plays an integral structural role, and 52 different proteins. Interacts with OXA1L PMID 11551941 ↗ · PMID 25278503 ↗ · PMID 28892042 ↗ · PMID 35177605 ↗ |
| 細胞定位 | MRPL28 位於粒線體。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
AGATCGGCTTCCGGTTCCGGTGGGCTCTGAACCCTGAAAG40GCTCGCGATGCCTCTACACAAGTATCCCGTGTGGCTCTGG80AAGCGGCTGCAGCTGCGGGAGGGCATCTGTTCCCGCCTGC120CCGGCCACTACCTGCGCTCCCTGGAGGAGGAGCGGACGCC160CACTCCCGTGCACTATAGGCCTCATGGGGCCAAGTTCAAG200ATCAACCCCAAGAACGGGCAGCGGGAGCGTGTGGAGGACG240TGCCCATTCCCATCTACTTTCCCCCCGAATCCCAGCGGGG280GTTGTGGGGCGGCGAGGGCTGGATCCTGGGCCAAATATAT320GCCAACAACGACAAGCTCTCCAAGAGGCTGAAGAAAGTGT360GGAAGCCACAGCTGTTTGAGCGAGAGTTCTACAGTGAGAT400CCTGGACAAGAAGTTCACAGTGACTGTGACCATGCGGACC440CTGGACCTCATCGATGAGGCTTATGGGCTCGACTTTTACA480TCCTCAAGACCCCGAAGGAGGACCTGTGCTCCAAGTTTGG520GATGGACCTGAAGCGAGGGATGCTGCTGCGGCTTGCCCGG560CAGGACCCCCAGCTGCACCCCGAGGACCCCGAGCGGCGGG600CAGCCATCTACGACAAGTACAAGGAATTTGCCATCCCAGA640GGAGGAGGCAGAGTGGGTGGGCCTCACGCTGGAGGAGGCC680ATTGAGAAGCAGAGACTTTTGGAGGAGAAGGACCCTGTAC720CCCTGTTCAAGATCTATGTGGCGGAGCTGATCCAGCAGCT760GCAGCAGCAGGCACTGTCAGAGCCGGCGGTGGTGCAGAAG800AGAGCCAGTGGCCAGTGACCACACAGCTCCTCCATGCCTG840ACCAACAGGCCCAGCTTTCCCTGCCAGGCCCTTTGCACTG880AGGACACAGATCCCGGGGAGCTGTGAGGGCCACCGGTGGG920CAGTGGGTGGATCCTGGTTTCGTGTGCTGCCCATGCACCT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。