基因總覽
MRPL2 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 mitochondrial ribosomal protein L2。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 6p21.1。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000388752 ★ | 43,054,029–43,059,434 | 7 |
| ENST00000230413 | 43,054,029–43,059,449 | 6 |
| ENST00000489623 | 43,054,029–43,059,449 | 3 |
| ENST00000927866 | 43,054,029–43,059,449 | 6 |
| ENST00000927867 | 43,054,029–43,059,449 | 2 |
| ENST00000927868 | 43,054,029–43,059,449 | 4 |
| ENST00000927869 | 43,054,029–43,059,449 | 7 |
| ENST00000927870 | 43,054,029–43,059,449 | 7 |
| ENST00000927871 | 43,054,029–43,059,421 | 6 |
| ENST00001076361 | 43,054,029–43,059,449 | 5 |
| ENST00001090798 | 43,054,029–43,059,449 | 7 |
| ENST00001141393 | 43,054,029–43,059,449 | 7 |
顯示 12/17 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>MRPL2 ENST00000388752 GRCh38 chr6:43059334-43060434 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CCCAGGACAAACACCCTCCCTCCCTCCCTCTGCCCACAGGTCTTCAAAGACGCCCAATTCCCGTCTCCTT CCCCAAGCCAGCCTCCCTCATTGCAGGCCTAGGGAGCTACTGTCTCCCAGGAAGGGAATGAGAGAGAGAG ACTTAACCAGAGACCTACAGCAAGAGGCGTGTCTGGGAAAGGGGAGGGAGGAACACCTGGTCACTCCAAA CCCAGTCACTTCCATGGTTTTGTCTCTGTCACGGTCACCTACAAACAGGCTCTGAGAGGAATCACCGTAG GGTGCCTCCACAATGCCCGATGATGCAGGAAAGAATGGGAGGTCTGCTGAACGGCTGCCGGGTCGCAAGG AACCGCGGCGCTGGAGTGGGTCTCCTGGGCCTGGAAACGCAGTAGAGGAGTGCCTCGGGCTGTCGACCTG CCCTGGTGCCCAGGGTTGGGAGAGTGAGATGGGCGGGGGCGGCAGGGGGGAGGTGTGGATGGACGACTGA GGTCCGCAGCTCCAGCGAGGACGTGGAGGCCTAACGACCCCGAGGTCACTGAGTCAGTCGGTGGCGCAGG GGGCGGGGCAGGTCGTCTGTCTATCTGTCTGGACGCCGAGGGGCGGGGAAGAATCGCGAAGGGCGGAGTT TTGGAGGCTGGAGTTTTGTAAGGTTGGTTGGAGGGGGTTTGTTCATCTTTCTGGTAGTGCGAGAATAAGA GATGGCAGAGACCTTAACCTTCAGCCCCAGGATACCCTCAAAGACTCACCTGCAATCTGCCGGTGTGGCT GCCGCTCTTGCCGGTACTGCCCCTTTAAATCCATGATGGCTGCCGCTCGAGGCAATTGTTTTGACGGGTC TGGGGGGGCGGGGCCTGTTTCCTAGTCACGCGACATTAGAGCTGCCCGCGGATTGGCTCTCACGGCGTTC AGGTAGGAAAGGAGGTGTGTATCCAGCTTGGGCTCCAGTTTTCTGCCCGCCTCCTTTTACGTTATTGCGG AGCGACGGCGCCGGACAGTCAACGTCATCTAGGAGCACCGAGCAGCTTGGCTAAAAGTAAGGGTGTCGTG CTGATGGCCCTGTGCGCACTGACCCGCGCTCTGCGCTCTCTGAACCTGGCG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| MRPL2_1 ↗ | 6:43,059,402 | 負股 | 43,059,392–43,059,451 |
| MRPL2_2 ↗ | 6:43,059,826 | 負股 | 43,059,816–43,059,875 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR6_5D5G9Q · CTCF_binding_site · 43059319–43059340 · regulatory
ENSR6_BBJPN · promoter · 43059384–43059905 · regulatory
ENSR6_5D5GDB · CTCF_binding_site · 43059875–43059896 · regulatory
ENSR6_BBJPR · enhancer · 43059906–43060656 · regulatory
· motif · 43054519–43054530 · motif
· motif · 43058731–43058739 · motif
· motif · 43059166–43059178 · motif
· motif · 43059220–43059235 · motif
· motif · 43059321–43059337 · motif
· motif · 43059346–43059361 · motif
· motif · 43059504–43059514 · motif
· motif · 43059561–43059570 · motif
· motif · 43059561–43059570 · motif
· motif · 43059581–43059591 · motif
· motif · 43059583–43059593 · motif
· motif · 43059707–43059720 · motif
· motif · 43059762–43059772 · motif
· motif · 43059826–43059836 · motif
· motif · 43059866–43059876 · motif
· motif · 43059877–43059893 · motif
· motif · 43059888–43059903 · motif
· motif · 43059893–43059905 · motif
· motif · 43059956–43059966 · motif
· motif · 43059959–43059969 · motif
· motif · 43059976–43059986 · motif
· motif · 43060502–43060517 · motif
· motif · 43060686–43060699 · motif
· motif · 43062103–43062110 · motif
· motif · 43062472–43062487 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:305 aa
MRPL2 的產物為 305 個胺基酸的 mitochondrial ribosomal protein L2,屬於 universal ribosomal protein uL2 family。其第 1–60 位胺基酸為粒線體轉運胜肽;第 264–283 位則被註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
MRPL2 是粒線體大型核糖體次單元(mt-LSU)的組成成分。成熟哺乳類 55S 粒線體核糖體由 28S 小型次單元與 39S 大型次單元構成;大型次單元含有 16S 粒線體 rRNA、具結構作用的粒線體 valine tRNA,以及 52 種不同蛋白質。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 交互作用 | MRPL2 是粒線體大型核糖體次單元(mt-LSU)的組成成分。成熟哺乳類 55S 粒線體核糖體包含 28S 小型次單元與 39S 大型次單元:小型次單元含 12S 粒線體 rRNA 和 30 種不同蛋白質;大型次單元含 16S 粒線體 rRNA、具有重要結構作用的一份粒線體 valine tRNA,以及 52 種不同蛋白質。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the mitochondrial large ribosomal subunit (mt-LSU). Mature mammalian 55S mitochondrial ribosomes consist of a small (28S) and a large (39S) subunit. The 28S small subunit contains a 12S ribosomal RNA (12S mt-rRNA) and 30 different proteins. The 39S large subunit contains a 16S rRNA (16S mt-rRNA), a copy of mitochondrial valine transfer RNA (mt-tRNA(Val)), which plays an integral structural role, and 52 different proteins PMID 25278503 ↗ · PMID 25838379 ↗ · PMID 28892042 ↗ · PMID 35177605 ↗ |
| 細胞定位 | MRPL2 位於粒線體。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
AACGTCATCTAGGAGCACCGAGCAGCTTGGCTAAAAGTAA40GGGTGTCGTGCTGATGGCCCTGTGCGCACTGACCCGCGCT80CTGCGCTCTCTGAACCTGGCGCCCCCGACCGTCGCCGCCC120CTGCCCCGAGTCTGTTCCCCGCCGCCCAGATGATGAACAA160TGGCCTCCTCCAACAGCCCTCTGCCTTGATGTTGCTCCCC200TGCCGCCCAGTTCTTACTTCTGTGGCCCTTAATGCCAACT240TTGTGTCCTGGAAGAGTCGTACCAAGTACACCATTACACC280AGTGAAGATGAGGAAGTCTGGGGGCCGAGACCACACAGGC320CGAATCCGGGTGCATGGTATTGGCGGGGGCCACAAGCAAC360GTTATCGAATGATTGACTTTCTGCGTTTCCGGCCTGAGGA400GACCAAGTCAGGACCCTTTGAGGAGAAGGTTATCCAAGTC440CGCTATGATCCCTGTAGGTCAGCAGACATAGCTCTGGTTG480CTGGGGGCAGCCGGAAACGCTGGATCATCGCCACAGAAAA520CATGCAGGCTGGAGATACAATCTTGAACTCTAACCACATA560GGCCGAATGGCAGTTGCTGCTCGGGAAGGGGATGCGCATC600CTCTTGGGGCTCTGCCTGTGGGGACCCTCATCAACAACGT640GGAAAGTGAGCCAGGCCGGGGTGCCCAATATATCCGAGCT680GCAGGGACGTGTGGTGTGCTACTGCGGAAGGTGAATGGCA720CAGCCATTATCCAGCTGCCCTCTAAGAGGCAGATGCAGGT760GCTGGAAACGTGCGTAGCAACAGTAGGCCGAGTATCCAAC800GTTGATCATAACAAACGGGTCATTGGCAAGGCAGGTCGCA840ACCGCTGGCTGGGCAAGAGGCCTAACAGTGGGCGGTGGCA880CCGCAAGGGGGGCTGGGCTGGCCGAAAGATTCGGCCACTA920CCCCCCATGAAGAGTTACGTGAAGCTGCCTTCTGCTTCTG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。