基因總覽
MRPL19 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 mitochondrial ribosomal protein L19。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 2p12。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000393909 ★ | 75,646,783–75,662,206 | 6 |
| ENST00000358788 | 75,646,777–75,690,759 | 6 |
| ENST00000409374 | 75,646,777–75,670,753 | 7 |
| ENST00000884931 | 75,646,777–75,666,194 | 7 |
| ENST00000930104 | 75,646,777–75,664,685 | 7 |
| ENST00000930105 | 75,646,777–75,655,728 | 6 |
| ENST00001095199 | 75,646,777–75,670,807 | 5 |
| ENST00001095200 | 75,646,777–75,655,005 | 5 |
| ENST00001107555 | 75,646,777–75,692,058 | 7 |
| ENST00001119624 | 75,646,777–75,692,058 | 6 |
| ENST00001119625 | 75,646,777–75,692,058 | 5 |
| ENST00001125767 | 75,646,777–75,692,058 | 7 |
顯示 12/16 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>MRPL19 ENST00000393909 GRCh38 chr2:75645783-75646883 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CCCGCCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGGTTAAAGGCGTGAGCCACTGCGCCCGGCTGTGTGTTTGTTTCT TAGAGATACGGTCTCACTATATTGCCCAGGCTGGTTTCCAACTCATGAGCTCAAGGGACCCTCCTGTCTC GGCCTCCCACAGTGCTGGGATTACAGGCATGCCTGGCCACGCCCAGTCATTTTCCAAATTTCTTAACAAG ACTTACAATTTACCTTTTCCAGCTTTACTTCTCCCACCTATCCATACCCACAGTTGCCCAGCCCAAATTC ATTTGGGTTCCTCAAAGGGTTAATGCTTTGTGTAGTCTCAAGGACTATGGGCCAGCAGTTCTGTCAGGAA CTATTCTATTCTCTTTTCTGTGCATTCAGCAAAGAATTAGAAAAATTAGCTGGGCGTGATGGTGCGAGAC TGTAGTCTTGGCTACTCGGGAGGCTGAGGTGAGAGGATCTCCTGACATCAGGAGTTGGAGGCTGCAGAGC CATGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTAACAGAGGAAGACCTTGTCTCAACAAAACAAAAGATGTT AGTGAGGGCCCAGGTAGGTGCTAGGTGCTGGGATAACATGGTGAGCAAAAAGAAGACTTTATCCCTTCCC TTGCCTCATTATAGTATAATGGCAGATTTAAATACTAATCTAATAATTACACAAGAAAGAATTGCAAATG AGATCAGAGCTGCCAATCGAAGGCACCCAGTGGGAAAGACGGCCTACAATGGGATTTTCGCATAGCGAAA GCTTGTCTGAGAAGATAGAGTGGATTCATAGGGGGAGGAAAAAGCTTTCTAGGCTGGGAGAACACCCCTG TGGAGGGGTGTAACTTGGCGCATTACGAGGAACTAGAGAAACGTGCACTTTTCCTAAGACATCAGGAAAG GAGCGAGGAGAGACTTATCCATTTTGTCCCATAGCAGCCGCCATATGGTGGCAGACAGCAACAACCTCGT CGCACTGATTACTGGGAGCTGTAGTCTTGACGTGAGCTAGCTGGCATGGCGGCCTGCATTGCAGCGGGGC ACTGGGCTGCAATGGGCCTAGGCCGGAGTTTCCAAGCCGCCAGGACTCTGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| MRPL19_1 ↗ | 2:75,646,783 | 正股 | 75,646,734–75,646,793 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR2_BK2C8 · promoter · 75646293–75646813 · regulatory
ENSR2_5MRDX9 · CTCF_binding_site · 75646491–75646512 · regulatory
ENSR2_5MRF24 · CTCF_binding_site · 75646879–75646900 · regulatory
· motif · 75646429–75646439 · motif
· motif · 75646485–75646498 · motif
· motif · 75646493–75646509 · motif
· motif · 75646728–75646738 · motif
· motif · 75646881–75646897 · motif
· motif · 75647076–75647083 · motif
· motif · 75647329–75647338 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:292 aa
MRPL19 的蛋白質全長為 292 個胺基酸,屬於 bacterial ribosomal protein bL19 family。序列註解標示其 N 端含粒線體轉運胜肽,位置為第 1 位起;資料未提供該區段的終止位置。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- LRRK2Q5S007 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
MRPL19 是粒線體大型核糖體次單元(mt-LSU)的組成成員。成熟哺乳類 55S 粒線體核糖體由 28S 小次單元與 39S 大次單元構成;其中 39S 次單元含有 16S 粒線體核糖體 RNA、1 個具結構作用的粒線體 valine transfer RNA,以及 52 種不同蛋白質。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 交互作用 | MRPL19 是粒線體大型核糖體次單元(mt-LSU)的組成成員。成熟哺乳類 55S 粒線體核糖體由 28S 小次單元與 39S 大次單元構成;28S 次單元含有 12S 粒線體核糖體 RNA 與 30 種不同蛋白質,39S 次單元則含有 16S 粒線體核糖體 RNA、1 個在結構上具有重要作用的粒線體 valine transfer RNA,以及 52 種不同蛋白質。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the mitochondrial large ribosomal subunit (mt-LSU). Mature mammalian 55S mitochondrial ribosomes consist of a small (28S) and a large (39S) subunit. The 28S small subunit contains a 12S ribosomal RNA (12S mt-rRNA) and 30 different proteins. The 39S large subunit contains a 16S rRNA (16S mt-rRNA), a copy of mitochondrial valine transfer RNA (mt-tRNA(Val)), which plays an integral structural role, and 52 different proteins PMID 25278503 ↗ · PMID 25838379 ↗ · PMID 28892042 ↗ · PMID 35177605 ↗ |
| 細胞定位 | MRPL19 位於粒線體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Mitochondrion PMID 10600119 ↗ · PMID 11543634 ↗ · PMID 25278503 ↗ · PMID 25838379 ↗ · PMID 28892042 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GTAGTCTTGACGTGAGCTAGCTGGCATGGCGGCCTGCATT40GCAGCGGGGCACTGGGCTGCAATGGGCCTAGGCCGGAGTT80TCCAAGCCGCCAGGACTCTGCTCCCCCCGCCGGCCTCTAT120CGCCTGCAGGGTCCACGCGGGGCCTGTCCGGCAGCAGAGC160ACTGGGCCTTCCGAGCCCGGTGCGTTCCAACCGCCGCCGA200AACCGGTCATCGTGGACAAGCACCGCCCCGTGGAACCGGA240ACGCAGGTTCTTGAGTCCTGAATTCATTCCTCGAAGGGGA280AGAACAGATCCTCTGAAATTTCAAATAGAAAGAAAAGATA320TGTTAGAAAGGAGAAAAGTACTCCACATTCCAGAGTTCTA360TGTTGGAAGTATTCTTCGTGTTACTACAGCTGACCCATAT400GCCAGTGGAAAAATCAGCCAGTTTCTGGGGATTTGCATTC440AGAGATCAGGAAGAGGACTTGGAGCTACTTTCATCCTTAG480GAATGTTATCGAAGGACAAGGTGTCGAGATTTGCTTTGAA520CTTTATAATCCTCGGGTCCAGGAGATTCAGGTGGTCAAAT560TAGAGAAACGGCTGGATGATAGCTTGCTATACTTACGAGA600TGCCCTTCCTGAATATAGCACTTTTGATGTGAATATGAAG640CCAGTAGTACAAGAGCCTAACCAAAAAGTTCCTGTTAATG680AGCTGAAAGTAAAAATGAAGCCTAAGCCCTGGTCTAAACG720CTGGGAACGTCCAAATTTTAATATTAAAGGAATCAGATTT760GATCTTTGTTTAACTGAACAGCAAATGAAAGAAGCTCAGA800AGTGGAATCAGCCATGGCTTGAATTTGATATGATGAGGGA840ATATGATACTTCAAAAATTGAAGCTGCAATATGGAAGGAA880ATTGAAGCGTCGAAAAGGTCTTGATTCTGAGAATGAATTT920GGTTAGTTGCAGAAGATACATTGGCTCTAAGAGGATATAT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。