基因總覽
MRPL15 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 mitochondrial ribosomal protein L15。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 8q11.23。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000260102 ★ | 54,135,241–54,148,514 | 5 |
| ENST00000867845 | 54,135,183–54,149,588 | 6 |
| ENST00000938846 | 54,135,183–54,149,588 | 5 |
| ENST00000938847 | 54,135,183–54,149,588 | 5 |
| ENST00000938848 | 54,135,183–54,149,588 | 5 |
| ENST00001092423 | 54,135,183–54,149,588 | 4 |
| ENST00001121034 | 54,135,183–54,147,242 | 5 |
| ENST00001138269 | 54,135,183–54,149,588 | 5 |
| ENST00000519831 | 54,135,277–54,142,827 | 4 |
| ENST00000522521 | 54,136,508–54,147,858 | 5 |
顯示 10/10 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>MRPL15 ENST00000260102 GRCh38 chr8:54134241-54135341 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GACGCAGTTATACCTAGAGACAGACGCCCTCCAAAAATTGTCTCACCTTCATTATTTGTGATTACTAGTT AGAGCTAGCAGAAAAAACTCCCCAGCAAGTGAAATGTCAAACCACTACTAAAAGAAAGAAAAAGAAAGGA ACAGTCTTTTCTATATTTAAGTCACTTGAGAGAAAAAAGAAGAGCTGGTATTTTTCGAGTAATAATGTTC GTATTTTGTGATGCAGATACTCAATTTTACATTCTAAAAATACTACTTTTATAGTAGGAAGCAGTGTACG TTTGAATCCTGGCTCTGCCGCTTGTTGCAAGAAGTTGGTCAAGCTATCGGACCTTGCTAAGCCTTCCCTG TTGTAACTGTAAAATGTAGTAACACCATTTACCTCTAGAATGGCTGTAAATCGAGTAAGGCTTATTTAAT ACAGCGTCTGGCATACACCAGGCATTCAGTATGGCGCCAGTCATTAACAATAGGTGGTTACTAACTGCGA TTCACTCAAAACAATACAGATGCACACGGATGAGAGTTCACACTTTGAGTCTTATTCAAAGATTGGTTAT TAGCCAGGCATTTTGATAGGTGCACTCAGTTTTATTTTCGTACCTCACGGTGTATAATTACGCAAGCTCA AAAGCTAATAATTGACAGCTCACTTTGCTTTACTCTGGGTTCTGCATTGACCTCAGAGAAGACACGGCCT AGACAAACAGGCAAGGCCCAACACTGACTCAAAAAAGATCCTTTATTTAACGCAGTGTTTTTAGTGCATG CTCTCGTTTGGCGAAAGAGAAGGTTTTACGTTCAGAATATTAAAAGGGACCCCGAGGACAAAGCAGGATC TCGGAAAATAAGATCACATCCCCAAACAACTAAAAGGACAACCGAGACAAGGTTGCAGACTCCCACGCCT CTGCCCGACTCCCGGGCTTGCGCGCGCGGCTGCAGCGCGACAGGGGCGGGGCCACGGCCACAAAGCAGCC CCCGAGACCACGTGGCCTCCGAGCAGCTCAGGGCGCCCTTGAAAGTTCTTGGATCTGCGGGTTATGGCCG GTCCCTTGCAGGGCGGTGGGGCCCGGGCCCTGGACCTACTCCGGGGCCTGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| MRPL15_1 ↗ | 8:54,135,241 | 正股 | 54,135,192–54,135,251 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR8_9RH63 · promoter · 54134751–54135251 · regulatory
ENSR8_83KZDM · enhancer · 54139255–54139475 · regulatory
ENSR8_5GPS68 · CTCF_binding_site · 54139360–54139381 · regulatory
· motif · 54132583–54132597 · motif
· motif · 54132869–54132883 · motif
· motif · 54132869–54132883 · motif
· motif · 54134203–54134218 · motif
· motif · 54134277–54134289 · motif
· motif · 54134338–54134353 · motif
· motif · 54134759–54134774 · motif
· motif · 54134760–54134773 · motif
· motif · 54134764–54134776 · motif
· motif · 54134857–54134866 · motif
· motif · 54134857–54134866 · motif
· motif · 54134882–54134895 · motif
· motif · 54135017–54135028 · motif
· motif · 54135138–54135151 · motif
· motif · 54135142–54135152 · motif
· motif · 54135163–54135174 · motif
· motif · 54135163–54135174 · motif
· motif · 54135192–54135202 · motif
· motif · 54135227–54135236 · motif
· motif · 54135227–54135236 · motif
· motif · 54139362–54139378 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:296 aa
MRPL15 蛋白長 296 個胺基酸,屬於 universal ribosomal protein uL15 家族。其第 1 至 21 位胺基酸為粒線體轉運肽,此註解依序列相似性推定;第 22 至 66 位胺基酸則被註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- CCNDBP1O95273 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- RUNDC3AQ59EK9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SNRPAP09012 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- U2AF2P26368-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
MRPL15 是粒線體大型核糖體次單元(mt-LSU)的組成成分。成熟哺乳類 55S 粒線體核糖體由 28S 小次單元與 39S 大次單元構成;小次單元含有 12S 粒線體核糖體 RNA(12S mt-rRNA)及 30 種蛋白質,大次單元則含有 16S mt-rRNA、一份具有結構作用的粒線體纈胺酸轉運 RNA(mt-tRNA(Val)),以及 52 種蛋白質。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 交互作用 | MRPL15 是粒線體大型核糖體次單元(mt-LSU)的組成成分。成熟哺乳類 55S 粒線體核糖體包含 28S 小次單元與 39S 大次單元;前者由 12S mt-rRNA 和 30 種蛋白質構成,後者含 16S mt-rRNA、一份具有重要結構作用的 mt-tRNA(Val),以及 52 種蛋白質。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the mitochondrial large ribosomal subunit (mt-LSU). Mature mammalian 55S mitochondrial ribosomes consist of a small (28S) and a large (39S) subunit. The 28S small subunit contains a 12S ribosomal RNA (12S mt-rRNA) and 30 different proteins. The 39S large subunit contains a 16S rRNA (16S mt-rRNA), a copy of mitochondrial valine transfer RNA (mt-tRNA(Val)), which plays an integral structural role, and 52 different proteins PMID 25278503 ↗ · PMID 25838379 ↗ · PMID 28892042 ↗ · PMID 35177605 ↗ |
| 細胞定位 | MRPL15 的細胞內定位為粒線體。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GAGCAGCTCAGGGCGCCCTTGAAAGTTCTTGGATCTGCGG40GTTATGGCCGGTCCCTTGCAGGGCGGTGGGGCCCGGGCCC80TGGACCTACTCCGGGGCCTGCCGCGTGTGAGCCTGGCCAA120CTTAAAGCCGAATCCCGGCTCCAAGAAACCGGAGAGAAGA160CCAAGAGGTCGGAGAAGAGGTAGAAAATGTGGCAGAGGCC200ATAAAGGAGAAAGGCAAAGAGGAACCCGGCCCCGCTTGGG240CTTTGAGGGAGGCCAGACTCCATTTTACATCCGAATCCCA280AAATACGGGTTTAACGAAGGACATAGTTTCAGACGCCAGT320ATAAGCCTTTGAGTCTCAATAGACTGCAGTATCTTATTGA360TTTGGGTCGTGTTGATCCTAGTCAACCTATTGACTTAACC400CAGCTTGTCAATGGGAGAGGTGTGACCATCCAGCCACTTA440AAAGGGATTATGGTGTCCAGCTGGTTGAGGAGGGTGCTGA480CACCTTTACGGCAAAAGTTAATATTGAAGTACAGTTGGCT520TCAGAACTAGCTATTGCTGCCATTGAAAAAAATGGTGGTG560TTGTTACTACAGCCTTCTATGATCCAAGAAGTCTGGACAT600TGTATGCAAACCTGTTCCATTCTTTCTTCGTGGACAACCC640ATTCCAAAAAGAATGCTTCCACCAGAAGAACTGGTACCAT680ATTACACTGATGCAAAGAACCGTGGGTACCTGGCGGATCC720TGCCAAATTTCCTGAAGCACGACTTGAACTCGCCAGGAAG760TATGGTTATATCTTACCTGATATCACTAAAGATGAACTCT800TCAAAATGCTCTGTACTAGGAAGGATCCAAGGCAGATTTT840CTTTGGTCTTGCTCCAGGATGGGTGGTGAATATGGCCGAT880AAGAAAATCCTAAAACCTACAGATGAAAATCTCCTTAAGT920ATTATACCTCATGAATTCCCGTCCAAGGAAGCAGAGTTGT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。