基因總覽
MMP26 是一個蛋白質編碼基因,產物為 matrix metallopeptidase 26,屬於 peptidase M10A 家族。其蛋白質全長為 261 個胺基酸,具有位於 N 端的訊號序列,並含有標註為 Cysteine switch 的區域。這些特徵構成其基本的蛋白質架構;來源資料另指出每個次單元可結合一個鋅離子。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000380390 ★ | 4,704,784–4,992,429 | 8 |
| ENST00001143440 | 4,704,784–4,992,431 | 8 |
| ENST00000300762 | 4,704,927–4,992,431 | 8 |
| ENST00000690848 | 4,987,557–4,992,431 | 7 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
MMP26 的資料顯示,它可能具有水解多種蛋白質的能力,底物包括 IV 型膠原蛋白、纖維連接蛋白、纖維蛋白原、β-酪蛋白、I 型明膠,以及 α-1 蛋白酶抑制劑。由於來源以「可能」描述這些水解作用,這些底物關係應保留為可能性,而非視為無條件成立的作用。
Promoter 與基因調控
>MMP26 ENST00000380390 GRCh38 chr11:4703784-4704884 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TCAGGTTCTTTATGAACTTCTGGGAAAAAATGCATCTTTCCAGATTTTCCTAGGGATCTAGAATCTTGTG ACATGAGAAGAAGAAAAAAATTAAACAGGATAATTAAATTTTCTGCTCTGTAGCAACTCTAACGGGAATA GTTAACTCGTCCCCTTCTTCCATACAGCAGGACTTTGTAAGGTAATGGCCTCTTGATACAGCCTCTTATG CCAAGAAACATGTTTAAATAGTTGTCCTTGAAATTTACCAAGCTTCCAAGCTCACCATTAATTGTGAAAC GCTGTATTAATGACAAAGCTGAAAGCCATTTATGAGTGTCCACAGCTTAAATAGAAGCTGTCTGTCAAAC ATGGTTAATTCTCCACCACAGTGGTAAACATGCTGGTAGCAGTTTTAGGACAGAGCAGACTAGTATCTCT GTAAGCTAGCAAGGGACACACAAGGGACTCATAAAGTTTTGTAGTCTTCCTTTAGTCACTTCCTCTTAAG TTGTCATTTTCTGTGACTATGCACAGGTTAGCAACAGCTCCCAGGAAATTCAGGGGAGGGCCTGGGCCCT CAATCAGAAAACCACTGCACTACCTTCAGTGAATGTAGTAACTCAGCAACCCCTTTCCTATTTGGGTTCC GTGTCTCGTGATTGCTGTGAAACCGGCAAATGGCAGCTGAGCAAACTCAGCTGTTAATGATCCGTTAACA ACAACACTTCTTCCTTACTCTGGCTCTATGCAAAGTTGTCCTACAGCTGTTTAGGGCTCAAATTGCTCTT GAATGAGAATTGAAATTGCAGTTCATCTATAGAATTATCTTTTGGGGAAGAAAGAGTGAAGATAGACTGA AAATATGTTGCCTTTTACAATTTGTTATTTGGAGCACAAAGGGTTAACAGGACACAGCTGTAGGGAGTTC TCCCCTAGGAATTTGCTTTTCTGCTGGGTAAATGACTCTCACCAGGTGACTTCTAGGCTCCTTATAAAGG CTGTTTTTCTCAAATCTGGTAGTTCTCCTATTCCTGAATTTTTTCCCTATGTTTTCTCCTGGCAGAAGAG GACCTCTTTGTCCAGGGGCAGGGCTGATCAGGGGCTGATTCCGCAGCTATA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR11_93TF9 · promoter · 4704294–4704794 · regulatory
· motif · 4699881–4699895 · motif
· motif · 4704421–4704434 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:261 aa
matrix metallopeptidase 26 長 261 個胺基酸,屬於 peptidase M10A 家族。序列註解標示第 1–17 位為訊號序列,並在第 80–87 位標示 Cysteine switch。每個次單元結合一個鋅離子。
蛋白質三維結構
細胞內定位
MMP26 被標示為分泌型蛋白質,位於細胞外空間及細胞外基質。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | MMP26 可能水解多種蛋白質,包括 IV 型膠原蛋白、纖維連接蛋白、纖維蛋白原、β-酪蛋白、I 型明膠及 α-1 蛋白酶抑制劑;此外也能活化 progelatinase B。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源May hydrolyze collagen type IV, fibronectin, fibrinogen, beta-casein, type I gelatin and alpha-1 proteinase inhibitor. Is also able to activate progelatinase B |
| 分子活性 | 每個次單元可結合一個鋅離子。 | 資料庫紀錄 | |
| 細胞定位 | MMP26 為分泌型蛋白質,位於細胞外空間與細胞外基質。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
AGTTCTCCTATTCCTGAATTTTTTCCCTATGTTTTCTCCT40GGCAGAAGAGGACCTCTTTGTCCAGGGGCAGGGCTGATCA80GGGGCTGATTCCGCAGCTATAGTAGTACAGAACCTTTCTG120CAAGTAAGTTAGTGAGGTTGAGATAACTCTCTCTCACTTG160CTTTGCATTAATAGATTCTCTGCTGTGTGGGATGATCCTT200CAAATAGCAGGGGGCAGGATCAAATAACCTCACCTTCCAG240ACCCAAGAATTCTGTGCACAAGAGTTTCTTACAAAATCGT280CCTATCCAGCATGCACTTTTGGATACTCTTTCAACTCAGA320AGTCAACATAAAGGGTATGGATGATGACGCCACTCACAGA360TTCAAAGAAAGGGCAAACTGGCAGAGTGAGTCATTGGATG400TTGCTGGCACAGCTATAAAGATCCAGTGGCCCAAGTTGTG440TACCTGAATTCAAGCAGTGGGACAAATGAGGGTTTGGCAT480GCAGCTCGTCATCTTAAGAGTTACTATCTTCTTGCCCTGG520TGTTTCGCCGTTCCAGTGCCCCCTGCTGCAGACCATAAAG560GATGGGACTTTGTTGAGGGCTATTTCCATCAATTTTTCCT600GACCAAGAAGGAGTCGCCACTCCTTACCCAGGAGACACAA640ACACAGCTCCTGCAACAATTCCATCGGAATGGGACAGACC680TACTTGACATGCAGATGCATGCTCTGCTACACCAGCCCCA720CTGTGGGGTGCCTGATGGGTCCGACACCTCCATCTCGCCA760GGAAGATGCAAGTGGAATAAGCACACTCTAACTTACAGGA800TTATCAATTACCCACATGATATGAAGCCATCCGCAGTGAA840AGACAGTATATATAATGCAGTTTCCATCTGGAGCAATGTG880ACCCCTTTGATATTCCAGCAAGTGCAGAATGGAGATGCAG920ACATCAAGGTTTCTTTCTGGCAGTGGGCCCATGAAGATGG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。