基因總覽
MIR99AHG 的正式名稱為 mir-99a-let-7c cluster host gene,屬於非編碼 RNA。現有資料未提供其 RNA 結構或家族特徵;功能註釋則將其與 miRNA 介導的轉錄後基因沉默及 RISC 複合體相連,但兩項描述均為預測。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000653129 ★ | 15,928,429–16,622,350 | 11 |
| ENST00000635845 | 15,928,296–16,488,336 | 6 |
| ENST00000701389 | 15,928,382–16,071,710 | 2 |
| ENST00000698000 | 15,928,383–16,522,334 | 14 |
| ENST00000701447 | 15,928,383–15,972,820 | 5 |
| ENST00000701019 | 15,928,386–15,972,825 | 3 |
| ENST00000731427 | 15,928,414–16,071,713 | 4 |
| ENST00000731428 | 15,928,425–16,071,711 | 3 |
| ENST00000658708 | 15,928,449–16,488,336 | 7 |
| ENST00000697817 | 15,928,451–16,488,336 | 8 |
| ENST00000686312 | 15,928,456–16,071,710 | 3 |
| ENST00000731435 | 15,928,465–15,972,818 | 4 |
顯示 12/317 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
MIR99AHG 預測可能參與 miRNA 介導的轉錄後基因沉默。這項註釋指出其可能與 miRNA 相關的基因表現調控有關,但未提供其作用方式、調控對象或實驗條件,因此不能據此進一步確定具體分子機制。
此外,MIR99AHG 預測可能是 RISC 複合體的一部分。此項複合體關聯同樣屬於預測,現有資料未說明參與的條件、具體組成或對功能的影響;因此,對其在該複合體中的角色應維持此不確定性。
Promoter 與基因調控
>MIR99AHG ENST00000653129 GRCh38 chr21:15927429-15928529 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CATATTGATGATAAGGAGTGGCTTTTCATTCCGGTAAATTCATTCTGCTTTGAATTATGTAATTTAACAT GTATTCAAATTACTTCTATTTAAAAGTACACAAATTGATCTCATTTTCACTTGGCATTTTAATTTATCAA TACCTGTGTGGATATTTCACAGTATTTTCAGTACAGGAAATTTCCTTCCAAACAGTAGAGATTAGATACA TGTATTGTATAAGATGGTATATTTATATTGCCATAAATGGATACGTTAAAAATAATGTCTACTTCAAGAA AGATTGTGGGACTTTATTTTGTTAAAGTAATATTTTGGATTTCCTACATTTTTATGTCATTATTTTGAAA CAAATTTATATGCGTACCATTAATTATTATTGAATTTAAAACTGCTTGAAGATGTATATCATTCTGGGAT CAATTAGGATACAAGACCCACATTGTAATTTTAACAGAGAAAGTTTAATATAAAAATTAATAACTATAAC CTACCTACGTTACCAACCAAGTGAAAAAAGAACTCTAAACAATAGTGGAATTGTAGATATAGGAAACAGC CATTACCTGTGGGCCTAAGGCAAGAGCATCAAAGGAAGAAACAAATCTGGAGTAAGTACCCTTCTCTGCC ATTTGAGAGGCTGGGGTCACGGCCATGGCCCATTGATTAGTGGAAAAGTTCTCTGAGGAATATTGCCAGC AGAAATTGCTAAGAAGTTGTCTTCTGGGATGCTTGGGAAACTATCCACAGGGGCAGTTGCTTCATGGAAT TTGCTAGTAAGCTGCTTGAAGGGAGGCTGCCCTCTGAAATGCCAGGGGAAGCTGCCCATGCAAAGGTGCC ATGCAGCAGAGCTCACTGGAGGGTGGCCCTACTGCATTTTCCGTGCCCTGCTATATGCTGTGTACCACAG GAGCAAGCAGAGAAAAACACTGGAAACAAGCCCTGTTTTCCTTCAGTGTTTCCTAGAGCCATCTGCTGAC AACACGAACATTGGGCATCTGACAGAGGAGAAATATTTATAAGGTTTAGCTCCAGTATCACAGGCAGAGC AATGGAGGATGGATTTGGAGCTGCAAGGCAATAAACTGGTAACTGAACAAA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| MIR99AHG_1 ↗ | 21:16,194,540 | 正股 | 16,194,491–16,194,550 |
| MIR99AHG_2 ↗ | 21:16,419,563 | 正股 | 16,419,514–16,419,573 |
| MIR99AHG_3 ↗ | 21:16,588,704 | 正股 | 16,588,655–16,588,714 |
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR21_55Q6FS · CTCF_binding_site · 15929736–15929757 · regulatory
· motif · 15929738–15929754 · motif
RNA 轉錄本與序列
MIR99AHG 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000653129 ★ | lncRNA | 2,116 nt | 11 |
| ENST00000635845 | lncRNA | 1,595 nt | 6 |
| ENST00000701389 | lncRNA | 745 nt | 2 |
| ENST00000698000 | lncRNA | 1,612 nt | 14 |
| ENST00000701447 | lncRNA | 1,088 nt | 5 |
| ENST00000701019 | lncRNA | 735 nt | 3 |
| ENST00000731427 | lncRNA | 994 nt | 4 |
| ENST00000731428 | lncRNA | 761 nt | 3 |
| ENST00000658708 | lncRNA | 1,647 nt | 7 |
| ENST00000697817 | lncRNA | 1,721 nt | 8 |
| ENST00000686312 | lncRNA | 876 nt | 3 |
| ENST00000731435 | lncRNA | 777 nt | 4 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | MIR99AHG 預測可能參與 miRNA 介導的轉錄後基因沉默,也預測可能是 RISC 複合體的一部分;這兩項功能與複合體關聯均為預測。 | 推論支持 | 證據與來源Predicted to be involved in miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing. Predicted to be part of RISC complex. · CC BY 4.0 |
DNA 與 RNA 序列
GACAGAGGAGAAATATTTATAAGGTTTAGCTCCAGTATCA40CAGGCAGAGCAATGGAGGATGGATTTGGAGCTGCAAGGCA80ATAAACTGGTAACTGAACAAACATGCAACCTCAAAGAGAA120AAGTTTGAGGAAATCACTTCAAGGACAAAAAATTGCAATG160TAAAGAGAATTATTTATCTCCAAATTCCAGATTACCCCCC200TGCCCAACCCCTGCCAGCAGCACCGTCCACATGGTTTCTC240ATTTAGTTTTGTGTTAGTTTAACAAAGTAGACTCTGCAAT280CTGGATAAAATAGTAAGTCACCTCAGATGGATCTGAGAAC320GCTGTCTGGGCTTGGTACCAAGAGCTGGTATTTCACAGCA360GCGACCGCCTCACAGACGAGCTGTGGGAAGCAGGAGGGAG400ACTCTCTCTTAGGGTGCCACTACTATGGAGACACAGCTGG440GCTGAACAAGATTTGCTTCAAACGACAACAAGAGAGACAG480AAAGTATCTGGTTCAACCGCTGCCCGAGCAGGCAGGCACC520AGAAGAGCTAGCAGCCAATCCGGCCATGCTCGAAGCCAGC560TCTGCAGCTCAGCCAATCAGTGACATCATTGCTTTCTTTA600GCTTGCCCATGGTGATGTGAAGATGAGAAGAAATAGCAAG640GCCCAACCAGTTCTTCATCTGGAGACAGTTCAACGTTCTG680CAAACCAGATCTTCAGGAATTTTACTGGGATAATTATCCA720AATAAATTGCAAGCATTCTATCCAAATGGAGCTCTTTCTG760AGATGAAGAGAATTCTCAATGTCAAGATTTGAACAAGAAG800AGAATGGAATACACAATATGGACATCCATAAAAATTCATC840AGAGAGCATTTTACTACTGAGCTGCAAAGGGAAAAACTTA880AAATGGATATGAAAAGTGAAGAAAGTGATCATAGGAGAAA920ACCATTTCAGATGACAAGAGCACCTCAAAGGCAGCAGCCT960cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。