基因總覽
MIR429 的正式名稱為 microRNA 429,基因類型為非編碼 RNA。NCBI RefSeq 條目所代表的是預測的 microRNA stem-loop;因此,該條目描述的是 RNA 前體的預測結構,而非蛋白質產物。來源未提供此 RNA 的序列長度或更具體的結構資訊。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000362106 ★ | 1,169,005–1,169,087 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
microRNA(miRNA)是一類短的非編碼 RNA,長度約為 20–24 個核苷酸;在多細胞生物中,這類 RNA 參與轉錄後基因表現調控,可影響 mRNA 的穩定性與翻譯。MIR429 所屬的 miRNA 類別,因而與轉錄後調控相關;來源提供的是 miRNA 的一般作用機制,並未列出 MIR429 的特定標的或專屬作用結果。
miRNA 由 RNA polymerase II 轉錄,形成帶有帽端與多腺苷酸尾端的初級轉錄本(pri-miRNA);這些轉錄本可以是蛋白質編碼或非編碼 RNA。初級轉錄本經 Drosha ribonuclease III enzyme 切割,形成約 70 個核苷酸的髮夾狀前體 miRNA(pre-miRNA),之後再由細胞質中的 Dicer ribonuclease 切割,產生成熟 miRNA 與反義 miRNA star(miRNA*)產物。
成熟 miRNA 會併入 RNA-induced silencing complex(RISC),並透過與標的 mRNA 不完全互補的鹼基配對辨認標的。這種辨認最常造成翻譯受抑制,或使標的 mRNA 穩定性下降。由於來源將 RefSeq 條目界定為預測的 microRNA stem-loop,對 MIR429 的具體功能解讀應限於上述 miRNA 類別機制,不應視為已證實的 MIR429 特異性標的或效應。
Promoter 與基因調控
>MIR429 ENST00000362106 GRCh38 chr1:1168005-1169105 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GGCTGGGGCGGAGGGCCGAGCGGGGCCAGCAGACGGGTGAGGGCGGAGGGCCGAGCGGGGCCAGCAGACG GGTGAGGGCGGAGGGCCGAGCGGGGCCAGCAGACGGGTGAGGGCGGAGGGCTGAGCGGGCGGCAGAGGGC CTGTGTCAGCTCCGAAGTCCAGCCCCCAGGGGAGGGGCCGGCCTCTGCCGGGGGTGCCCCCGGGGTCACT CACGCCCAGGCTGGGTCTGACACCTTGAGGACCCCTTGGTGCCTCCACAGGTGGCCTGGAGGGCATCCTG CTCCCCCTCCCGGAGCCGCTGTGCCTCCCCCACCCAACCTCCCAGGCTGGGTTTTAGGGTGACCTGGCTC CAGGAAAGGCCATAGGGCTGGGATGCCAGGGCTGGAGAGGGAAGAGCAACAGTGGCCTCTCTCACGTGGT CCGGGCTCCGTGGAGGGTCTGCTGGGGGCGCAGGAAGGACAAGGTGGGTTCAGATTCCCGAGCCCCACCA TGCAGGGGAGCGGGGACGCTCTGCGCTTGCCCTCTGAGGGACAAGGGGTCTCATTCCTTCCCCCAGTCAA CAAGAACAGGAACTTTGTCCAAAACCCACCAGGCCAGGATGACCCATTGTTTCATCTTTTCCATCTGCAA CCAGGGCGCCTGGGACCGCACCCCCACACAAGGCCCCAGCCTGGGGAGGGGGCAGCCACCGGGGAGAGGC TGCCCTTCACTGTTACTCATTAACCCGACCGAGCTTCAGGAAGCCAGCGAGGGGCTGCAGGGAACCTTTG CCAAGAGCAGGGCCTGGGTGACCAGGTGGCTCCCGGGTACCCCCACACAGCCAGGCTGGGCTGGGACCAG GTGCTGGGATGGGGGCTGTCAGGGAAGTGCCTCGGGGGCTCGTTCTGCAGACCCAGGAGGGATCAGGGCA GCTGCAGGAGGTGGCAGGAGCCGCCCCCGGGGCCTTCCCTTCACAGGCCCCGCAGACACCAGCCCAGGAC CCGGAGGCCACCCACACCACCGCCGGCCGATGGGCGTCTTACCAGACATGGTTAGACCTGGCCCTCTGTC TAATACTGTCTGGTAAAACCGTCCATCCGCTGCCTGATCACCGTTAGAGGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR1_C555 · enhancer · 1162344–1164077 · regulatory
ENSR1_C559 · enhancer · 1164582–1165843 · regulatory
ENSR1_9GJ8 · enhancer · 1168769–1169149 · regulatory
ENSR1_73T5D · promoter · 1169267–1169367 · regulatory
ENSR1_C55M · enhancer · 1169398–1170522 · regulatory
ENSR1_9GJQ · enhancer · 1170625–1170902 · regulatory
ENSR1_C55R · enhancer · 1171374–1172614 · regulatory
ENSR1_9GKL · promoter · 1173474–1173890 · regulatory
ENSR1_9GKP · enhancer · 1173891–1174381 · regulatory
· motif · 1164196–1164209 · motif
· motif · 1164196–1164209 · motif
· motif · 1164619–1164629 · motif
· motif · 1167977–1167986 · motif
· motif · 1169766–1169773 · motif
· motif · 1169805–1169818 · motif
· motif · 1169805–1169818 · motif
· motif · 1171388–1171399 · motif
· motif · 1171390–1171399 · motif
· motif · 1171870–1171883 · motif
· motif · 1171870–1171883 · motif
· motif · 1171912–1171925 · motif
· motif · 1171912–1171925 · motif
· motif · 1172031–1172039 · motif
· motif · 1172269–1172282 · motif
· motif · 1172302–1172315 · motif
· motif · 1172302–1172315 · motif
· motif · 1172320–1172333 · motif
· motif · 1172320–1172333 · motif
· motif · 1172351–1172366 · motif
· motif · 1172445–1172460 · motif
RNA 轉錄本與序列
MIR429 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000362106 ★ | miRNA | 83 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | miRNA 是長約 20–24 個核苷酸的非編碼 RNA,在多細胞生物中參與轉錄後基因表現調控,影響 mRNA 穩定性與翻譯。其成熟產物併入 RISC,透過不完全鹼基配對辨認標的 mRNA,通常抑制翻譯或降低 mRNA 穩定性;該 RefSeq 條目代表預測的 microRNA stem-loop。 | 推論支持 | 證據與來源microRNAs (miRNAs) are short (20-24 nt) non-coding RNAs that are involved in post-transcriptional regulation of gene expression in multicellular organisms by affecting both the stability and translation of mRNAs. miRNAs are transcribed by RNA polymerase II as part of capped and polyadenylated primary transcripts (pri-miRNAs) that can be either protein-coding or non-coding. The primary transcript is cleaved by the Drosha ribonuclease III enzyme to produce an approximately 70-nt stem-loop precursor miRNA (pre-miRNA), which is further cleaved by the cytoplasmic Dicer ribonuclease to generate the mature miRNA and antisense miRNA star (miRNA*) products. The mature miRNA is incorporated into a RNA-induced silencing complex (RISC), which recognizes target mRNAs through imperfect base pairing with the miRNA and most commonly results in translational inhibition or destabilization of the target mRNA. The RefSeq represents the predicted microRNA stem-loop. |
DNA 與 RNA 序列
CGCCGGCCGATGGGCGTCTTACCAGACATGGTTAGACCTG40GCCCTCTGTCTAATACTGTCTGGTAAAACCGTCCATCCGC80TGC83cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。