演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN NON-CODING RNA GENE

MIR429hsa-mir-429

microRNA 429

MIR429 是非編碼 RNA,官方名稱為 microRNA 429。其 RefSeq 條目代表預測的 microRNA stem-loop。

Homo sapiens1p36.33
OFFICIAL SYMBOL
MIR429
CHROMOSOME
1
RNA TYPE
miRNA
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

MIR429 的正式名稱為 microRNA 429,基因類型為非編碼 RNA。NCBI RefSeq 條目所代表的是預測的 microRNA stem-loop;因此,該條目描述的是 RNA 前體的預測結構,而非蛋白質產物。來源未提供此 RNA 的序列長度或更具體的結構資訊。

Official symbol
MIR429
Gene name
microRNA 429
Organism
Homo sapiens
Gene type
Non-coding RNA
HGNC ID
HGNC:13784
RNA type
RNA, micro
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
hsa-mir-429MIRN429

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 11p36.33
chr1 · 248,956,422 bp · GRCh38chr1p36.33 · 1–2300000 · gnegchr1p36.32 · 2300001–5300000 · gpos25chr1p36.31 · 5300001–7100000 · gnegchr1p36.23 · 7100001–9100000 · gpos25chr1p36.22 · 9100001–12500000 · gnegchr1p36.21 · 12500001–15900000 · gpos50chr1p36.13 · 15900001–20100000 · gnegchr1p36.12 · 20100001–23600000 · gpos25chr1p36.11 · 23600001–27600000 · gnegchr1p35.3 · 27600001–29900000 · gpos25chr1p35.2 · 29900001–32300000 · gnegchr1p35.1 · 32300001–34300000 · gpos25chr1p34.3 · 34300001–39600000 · gnegchr1p34.2 · 39600001–43700000 · gpos25chr1p34.1 · 43700001–46300000 · gnegchr1p33 · 46300001–50200000 · gpos75chr1p32.3 · 50200001–55600000 · gnegchr1p32.2 · 55600001–58500000 · gpos50chr1p32.1 · 58500001–60800000 · gnegchr1p31.3 · 60800001–68500000 · gpos50chr1p31.2 · 68500001–69300000 · gnegchr1p31.1 · 69300001–84400000 · gpos100chr1p22.3 · 84400001–87900000 · gnegchr1p22.2 · 87900001–91500000 · gpos75chr1p22.1 · 91500001–94300000 · gnegchr1p21.3 · 94300001–99300000 · gpos75chr1p21.2 · 99300001–101800000 · gnegchr1p21.1 · 101800001–106700000 · gpos100chr1p13.3 · 106700001–111200000 · gnegchr1p13.2 · 111200001–115500000 · gpos50chr1p13.1 · 115500001–117200000 · gnegchr1p12 · 117200001–120400000 · gpos50chr1p11.2 · 120400001–121700000 · gnegchr1p11.1 · 121700001–123400000 · acenchr1q11 · 123400001–125100000 · acenchr1q12 · 125100001–143200000 · gvarchr1q21.1 · 143200001–147500000 · gnegchr1q21.2 · 147500001–150600000 · gpos50chr1q21.3 · 150600001–155100000 · gnegchr1q22 · 155100001–156600000 · gpos50chr1q23.1 · 156600001–159100000 · gnegchr1q23.2 · 159100001–160500000 · gpos50chr1q23.3 · 160500001–165500000 · gnegchr1q24.1 · 165500001–167200000 · gpos50chr1q24.2 · 167200001–170900000 · gnegchr1q24.3 · 170900001–173000000 · gpos75chr1q25.1 · 173000001–176100000 · gnegchr1q25.2 · 176100001–180300000 · gpos50chr1q25.3 · 180300001–185800000 · gnegchr1q31.1 · 185800001–190800000 · gpos100chr1q31.2 · 190800001–193800000 · gnegchr1q31.3 · 193800001–198700000 · gpos100chr1q32.1 · 198700001–207100000 · gnegchr1q32.2 · 207100001–211300000 · gpos25chr1q32.3 · 211300001–214400000 · gnegchr1q41 · 214400001–223900000 · gpos100chr1q42.11 · 223900001–224400000 · gnegchr1q42.12 · 224400001–226800000 · gpos25chr1q42.13 · 226800001–230500000 · gnegchr1q42.2 · 230500001–234600000 · gpos50chr1q42.3 · 234600001–236400000 · gnegchr1q43 · 236400001–243500000 · gpos75chr1q44 · 243500001–248956422 · gnegMIR429pq1 bp248,956,422 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr1:1,169,005–1,169,087
Gene span
83 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000362106 ★1,169,005–1,169,0871

顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

microRNA(miRNA)是一類短的非編碼 RNA,長度約為 20–24 個核苷酸;在多細胞生物中,這類 RNA 參與轉錄後基因表現調控,可影響 mRNA 的穩定性與翻譯。MIR429 所屬的 miRNA 類別,因而與轉錄後調控相關;來源提供的是 miRNA 的一般作用機制,並未列出 MIR429 的特定標的或專屬作用結果。

miRNA 由 RNA polymerase II 轉錄,形成帶有帽端與多腺苷酸尾端的初級轉錄本(pri-miRNA);這些轉錄本可以是蛋白質編碼或非編碼 RNA。初級轉錄本經 Drosha ribonuclease III enzyme 切割,形成約 70 個核苷酸的髮夾狀前體 miRNA(pre-miRNA),之後再由細胞質中的 Dicer ribonuclease 切割,產生成熟 miRNA 與反義 miRNA star(miRNA*)產物。

成熟 miRNA 會併入 RNA-induced silencing complex(RISC),並透過與標的 mRNA 不完全互補的鹼基配對辨認標的。這種辨認最常造成翻譯受抑制,或使標的 mRNA 穩定性下降。由於來源將 RefSeq 條目界定為預測的 microRNA stem-loop,對 MIR429 的具體功能解讀應限於上述 miRNA 類別機制,不應視為已證實的 MIR429 特異性標的或效應。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 1169005 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>MIR429 ENST00000362106 GRCh38 chr1:1168005-1169105 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GGCTGGGGCGGAGGGCCGAGCGGGGCCAGCAGACGGGTGAGGGCGGAGGGCCGAGCGGGGCCAGCAGACG
GGTGAGGGCGGAGGGCCGAGCGGGGCCAGCAGACGGGTGAGGGCGGAGGGCTGAGCGGGCGGCAGAGGGC
CTGTGTCAGCTCCGAAGTCCAGCCCCCAGGGGAGGGGCCGGCCTCTGCCGGGGGTGCCCCCGGGGTCACT
CACGCCCAGGCTGGGTCTGACACCTTGAGGACCCCTTGGTGCCTCCACAGGTGGCCTGGAGGGCATCCTG
CTCCCCCTCCCGGAGCCGCTGTGCCTCCCCCACCCAACCTCCCAGGCTGGGTTTTAGGGTGACCTGGCTC
CAGGAAAGGCCATAGGGCTGGGATGCCAGGGCTGGAGAGGGAAGAGCAACAGTGGCCTCTCTCACGTGGT
CCGGGCTCCGTGGAGGGTCTGCTGGGGGCGCAGGAAGGACAAGGTGGGTTCAGATTCCCGAGCCCCACCA
TGCAGGGGAGCGGGGACGCTCTGCGCTTGCCCTCTGAGGGACAAGGGGTCTCATTCCTTCCCCCAGTCAA
CAAGAACAGGAACTTTGTCCAAAACCCACCAGGCCAGGATGACCCATTGTTTCATCTTTTCCATCTGCAA
CCAGGGCGCCTGGGACCGCACCCCCACACAAGGCCCCAGCCTGGGGAGGGGGCAGCCACCGGGGAGAGGC
TGCCCTTCACTGTTACTCATTAACCCGACCGAGCTTCAGGAAGCCAGCGAGGGGCTGCAGGGAACCTTTG
CCAAGAGCAGGGCCTGGGTGACCAGGTGGCTCCCGGGTACCCCCACACAGCCAGGCTGGGCTGGGACCAG
GTGCTGGGATGGGGGCTGTCAGGGAAGTGCCTCGGGGGCTCGTTCTGCAGACCCAGGAGGGATCAGGGCA
GCTGCAGGAGGTGGCAGGAGCCGCCCCCGGGGCCTTCCCTTCACAGGCCCCGCAGACACCAGCCCAGGAC
CCGGAGGCCACCCACACCACCGCCGGCCGATGGGCGTCTTACCAGACATGGTTAGACCTGGCCCTCTGTC
TAATACTGTCTGGTAAAACCGTCCATCCGCTGCCTGATCACCGTTAGAGGA
MIR429 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR1_C555 · enhancer · 1162344–1164077 · regulatory

ENSR1_C559 · enhancer · 1164582–1165843 · regulatory

ENSR1_9GJ8 · enhancer · 1168769–1169149 · regulatory

ENSR1_73T5D · promoter · 1169267–1169367 · regulatory

ENSR1_C55M · enhancer · 1169398–1170522 · regulatory

ENSR1_9GJQ · enhancer · 1170625–1170902 · regulatory

ENSR1_C55R · enhancer · 1171374–1172614 · regulatory

ENSR1_9GKL · promoter · 1173474–1173890 · regulatory

ENSR1_9GKP · enhancer · 1173891–1174381 · regulatory

· motif · 1164196–1164209 · motif

· motif · 1164196–1164209 · motif

· motif · 1164619–1164629 · motif

· motif · 1167977–1167986 · motif

· motif · 1169766–1169773 · motif

· motif · 1169805–1169818 · motif

· motif · 1169805–1169818 · motif

· motif · 1171388–1171399 · motif

· motif · 1171390–1171399 · motif

· motif · 1171870–1171883 · motif

· motif · 1171870–1171883 · motif

· motif · 1171912–1171925 · motif

· motif · 1171912–1171925 · motif

· motif · 1172031–1172039 · motif

· motif · 1172269–1172282 · motif

· motif · 1172302–1172315 · motif

· motif · 1172302–1172315 · motif

· motif · 1172320–1172333 · motif

· motif · 1172320–1172333 · motif

· motif · 1172351–1172366 · motif

· motif · 1172445–1172460 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / RNA TRANSCRIPTS

RNA 轉錄本與序列

Non-coding RNA

MIR429 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000362106 ★miRNA83 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

RNA 細胞內定位

動物細胞結構與RNA定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:尚未取得定位註解

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

1 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 1 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能miRNA 是長約 20–24 個核苷酸的非編碼 RNA,在多細胞生物中參與轉錄後基因表現調控,影響 mRNA 穩定性與翻譯。其成熟產物併入 RISC,透過不完全鹼基配對辨認標的 mRNA,通常抑制翻譯或降低 mRNA 穩定性;該 RefSeq 條目代表預測的 microRNA stem-loop。推論支持
證據與來源

microRNAs (miRNAs) are short (20-24 nt) non-coding RNAs that are involved in post-transcriptional regulation of gene expression in multicellular organisms by affecting both the stability and translation of mRNAs. miRNAs are transcribed by RNA polymerase II as part of capped and polyadenylated primary transcripts (pri-miRNAs) that can be either protein-coding or non-coding. The primary transcript is cleaved by the Drosha ribonuclease III enzyme to produce an approximately 70-nt stem-loop precursor miRNA (pre-miRNA), which is further cleaved by the cytoplasmic Dicer ribonuclease to generate the mature miRNA and antisense miRNA star (miRNA*) products. The mature miRNA is incorporated into a RNA-induced silencing complex (RISC), which recognizes target mRNAs through imperfect base pairing with the miRNA and most commonly results in translational inhibition or destabilization of the target mRNA. The RefSeq represents the predicted microRNA stem-loop.

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 1 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000362106 · 83 nt · GRCh38
完整非編碼 RNA 轉錄本的參考序列。
1CGCCGGCCGATGGGCGTCTTACCAGACATGGTTAGACCTG40
41GCCCTCTGTCTAATACTGTCTGGTAAAACCGTCCATCCGC80
81TGC83

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。