基因總覽
MEG8(maternally expressed 8, small nucleolar RNA host gene)是非蛋白質編碼 RNA 基因,位於染色體 14q32.31,屬於一群基因組印記基因所在區域。其轉錄本在骨骼肌中較常由母源等位基因表現;現有資料將其描述為非蛋白質編碼轉錄本,未提供更多 RNA 結構或家族特徵。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000638012 ★ | 100,897,922–100,986,938 | 37 |
| ENST00000699458 | 100,883,057–100,907,490 | 6 |
| ENST00000699459 | 100,884,030–100,960,214 | 26 |
| ENST00000789029 | 100,884,308–100,890,090 | 2 |
| ENST00000789030 | 100,889,437–100,893,383 | 2 |
| ENST00000553584 | 100,894,770–100,913,743 | 6 |
| ENST00000554852 | 100,894,889–100,907,006 | 5 |
| ENST00000668102 | 100,894,964–100,967,053 | 26 |
| ENST00000636052 | 100,894,964–100,967,054 | 25 |
| ENST00000668725 | 100,897,922–100,967,053 | 24 |
| ENST00000553465 | 100,897,949–100,929,162 | 7 |
| ENST00000741821 | 100,898,788–100,913,742 | 5 |
顯示 12/65 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
MEG8 的轉錄本不編碼蛋白質。資料指出,它在骨骼肌中較常由母源等位基因表現,顯示其表現具有親本來源偏向;此描述限於骨骼肌,未提供其他組織中的表現情形或表現程度資訊。
MEG8 位於染色體 14q32.3 的印記基因群中,並且似乎與該區域其他印記基因受到協同調控。來源以「似乎」描述這種調控關係,並未進一步說明調控方式或其分子機制,因此不能據此推定具體的調控因子或作用途徑。
Promoter 與基因調控
>MEG8 ENST00000638012 GRCh38 chr14:100896922-100898022 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GGTCTCATTCCACTCGGCTAATCTCCAAGAACACCGGCCAGGGCATTGGCTTTCGGGTCCTTTTAAAGAC CAAAAAGTAAAGCACTCCCCCGTGGGTGCTGGACAGCTTGGGAGGGATTTGGGGCTGTGGGTGGTGAAAT CACAGCCCTGGGCACACACCTGCCAGCCCGATGTCACTGACAGGCTGCTCGGAGGCTTGGGGCTCCAGTG AGAGCATATAGATATTTTTTAAAAAACATATTCGCGATAAAATAAATCCCCTGTGTCTGCAGAACTTGCT CTGGGCATGTACCCACTCCCAATCCATCAGGAAACATGCCCTTTGCTTTGTATTTGTAAAAACAGAAACA AAAACAAAAACAACCCACAGGCGAACAAGCAAATTAAATCCCCCCCACACAAAATGTTTATTCTAATTAT GCAAGAAATGGATTGATAATTAATACACGCATTAGTAAAAATCAAACACTGCAGATAAAGCCATCTTTAA TGCTTCCCTCGATCCCTCCCCATCACCCCCCAGCAAATTAACTGCTCTTCTCAGTTTCAGGCGTCTGGTT CCAGATATTTTTTTCTGTGCATTTGCATATGTAGATAAATATACCTCTAAAATCTATGACTTTGTTTATT TTTTACATAAACTATATCATAGTGTACATTTCCTCTCGCAGCAGCTTGTGTTTCTTCCTTCAAGAGTCTG CTTAGAGATAATAAAGATCAACACTATTCCTTATAACAACACCTCAGTATCCTGCGAGCTGTACACACCA GAGTTTATTTAACCACCTTGCTGCTGGCATGAAAGCCTCAGGTCCTTTACCCTGGTTGGCGGGGGGGGGG GTGGGGGGGTGGGGGGCGGGGGGGGGCAGTGAATTGGTGGCGGCAGGTGTAAGTAATTGCTGAGATTTGG GTTTGGGGAGTGGGCTCACGAGTGTTTATGACATTATTATAAATGAATATATGAGTGCATAAATTAGCAA AATAAAAGGGGGCTTTTCTGGACCAATGATGAGACAGTGTTTATGAACAAAAGATCATGATTAATCCAGT TCTGCACAAAACACTGAGGTCCATTAGAAGACAATAGGTCTTGGCTGTTTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| MEG8_2 ↗ | 14:100,897,921 | 正股 | 100,897,872–100,897,931 |
| MEG8_1 ↗ | 14:100,936,492 | 正股 | 100,936,443–100,936,502 |
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR14_BQ2MQ · enhancer · 100899364–100899995 · regulatory
ENSR14_CD2BX · enhancer · 100900110–100901369 · regulatory
ENSR14_BQ2N6 · enhancer · 100902203–100903037 · regulatory
RNA 轉錄本與序列
MEG8 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000638012 ★ | lncRNA | 5,163 nt | 37 |
| ENST00000699458 | lncRNA | 2,511 nt | 6 |
| ENST00000699459 | lncRNA | 2,395 nt | 26 |
| ENST00000789029 | lncRNA | 503 nt | 2 |
| ENST00000789030 | lncRNA | 382 nt | 2 |
| ENST00000553584 | lncRNA | 1,046 nt | 6 |
| ENST00000554852 | lncRNA | 557 nt | 5 |
| ENST00000668102 | lncRNA | 3,862 nt | 26 |
| ENST00000636052 | lncRNA | 2,532 nt | 25 |
| ENST00000668725 | lncRNA | 5,299 nt | 24 |
| ENST00000553465 | lncRNA | 1,723 nt | 7 |
| ENST00000741821 | lncRNA | 944 nt | 5 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | MEG8 位於染色體 14q32.3 的印記基因群中,產生不編碼蛋白質的轉錄本;在骨骼肌中,該轉錄本較常由母源等位基因表現。它似乎與此區域其他印記基因受到協同調控,但來源未說明調控機制。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源This gene is located in a cluster of imprinted genes on chromosome 14q32.3. It encodes a a non-protein coding transcript that is preferentially expressed from the maternal allele in skeletal muscle, and appears to be coordinately regulated with other imprinted genes in this region. |
DNA 與 RNA 序列
GACCAATGATGAGACAGTGTTTATGAACAAAAGATCATGA40TTAATCCAGTTCTGCACAAAACACTGAGGTCCATTAGAAG80ACAATAGGTCTTGGCTGTTTCATTCCTTTTAAGAGCTGTT120TAATATTCCACGGAGCCCTGGGCTCCCCCAGTGTTGCCTG160GGTCTGACTTTGCCTCAGTGAAAACTGCCTCGAATTCTTT200CTTGCACCGATGGGCAGATGGGCAGTGTCGGAGGATCGTG240TCATCTGTCCCGTGGCGCTGGTTGGCTTGGTCAAGTCAGT280GTTCAAACTATCTCCTGCTCTTTCAAGGGGATCTGGGGCT320CTAGAAGATTAGAGGACTTGGAGAGGTTAGTGACTTGCTC360GAGGTCGGCTAGGAAGCAAGACCCAGGATTCCAACTCAGG400TCTGTGTGATTCCTCTGCAAAATGGAGAGGTGGAAGGATG440GATGTCAGGTCTGATGGATGGATGGATGCCTACATCAAGA480TACATGCATAGATGGAGAGATGGCTGGCTACCTCATGAAT520GCTGGACTGTTGTGAGAATCAAACGAGATAATGTATGCTG560AGGCATGCTGTGAACACTACGTGCTGGGTACAGGAGAATG600GAGGCTCCAGAGTGAAATTAATGACACTTTGTCGATGAAG640ATCTTGATTGTGACCTCTGTGGAAAATGAGCCATGAACCA680ACCAATGATAAGTCTACTTTTCTTCCACGTAACAACCACA720GGATAGATGACATTCATTTTCTAAGAAACAAAATCTTGGC760AGTTAGATCCGTGGGGTAAAGAATATAGATACTAATGTAA800GTTAACACCTCAAGTTCATGTCCTTGGTTTGGATGCTTTG840TTCAGGAGTGTTTAGTGGTATTTCAAAGGAATCAATATCT880ATAACAAATTAAAATAACCAGGAATGGACCAGTGATGGAA920ATGTGTTCCGAAAATATGTTTAATATAATTTGGCACAACT960cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。