基因總覽
MED21 是一個蛋白質編碼基因，其產物為 mediator complex subunit 21，屬於 Mediator complex subunit 21 family。它是 Mediator 複合體的組成部分；該複合體參與 RNA polymerase II 依賴基因的受調控轉錄。現有資料未提供 MED21 蛋白質的序列長度或結構域資訊。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000282892 ★ | 27,022,558–27,030,673 | 4 |
| ENST00000546323 | 27,022,544–27,030,756 | 6 |
| ENST00000924664 | 27,022,544–27,029,750 | 4 |
| ENST00001004633 | 27,022,544–27,029,749 | 4 |
| ENST00001051976 | 27,022,544–27,029,756 | 4 |
| ENST00001051978 | 27,022,544–27,029,748 | 4 |
| ENST00001141510 | 27,022,544–27,030,673 | 4 |
| ENST00000924665 | 27,022,566–27,029,750 | 4 |
| ENST00000943693 | 27,022,569–27,029,749 | 4 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
MED21 是 Mediator 複合體的組成部分。Mediator 是轉錄共活化因子，參與幾乎所有 RNA polymerase II 依賴基因的受調控轉錄。其作用涉及將基因專一性調控蛋白所傳遞的資訊，連結至 RNA polymerase II 的基礎轉錄機制。
Mediator 可透過與調控蛋白直接交互作用而被招募至啟動子，並作為支架，協助 RNA polymerase II 與一般轉錄因子組成具功能的轉錄起始前複合體。這些描述反映 Mediator 複合體的功能；現有資料未進一步說明 MED21 單獨執行這些步驟的方式。
Promoter 與基因調控
>MED21 ENST00000282892 GRCh38 chr12:27021558-27022658 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GAAGCAGAAGTGGTGCTTCACAGTAAGTGTTGGGATAAATCCAACAAGCTGAGTTCCCCAGGGACTGTGT CTTCCACCTTCCCCGCAGCCACAGGAAGGTAATCACGGATAATCAGCCTGAGAAAGAGGATATGAGAGTT TTTTGAAGTCTACAAACCTGTTATTTGCCGATTCCAAACTCATTTCTTACCAGACTATCCTCAGGCTAAA TTTCCTTAAATACCAAGTTTCGATTATCACTTTTCACACTTAAACTCTCAATAAGTCCCAACTCTAAATC TAAATTGTGCAGCTAATTTTTCTTGGCCGAGCACGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGAGAGG CCGAGGCGGGCGGAGCACGAGGTCGGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACATGGTGAAACCCCGTCTCTA CTAAAAGTACAAAAAAAAAAAAAAAATGCCGGGCGTGGTGCGGACGCCTGTAGTCCCAGCTACTCCGGAG GCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTGGCAGTGAGCCGAGATCGCACCACTGCACT CCAGCCTGGGCGACAGAACGAGACTCCGTCTCAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAAAT AAATATATTTACTCTTCAATTTGGTCAATAAATAAACACGAGAGGGTACGAGAAATTACTTAAAAAAAAA AAATCCCCGCAGAATCCAACAATCTCTGAAGCCTTTAACACCTAACAACCCCAAGGGGAGTATTTCGGCT CTTGGACTGTATTTCAAAGCGATTGGACCCCAGACCATTCCCCCAGTTACTCAAAAGATCCAGCCTCTCC TCAGGTGTAGCCCGCTCTAGAAAGGCCGCCTCGGGAGTACCACCCACTCCTGACGGGGCGGGGAGTTCTC TCCGACCCCACCCGTTCCAAGGACGCAGCCCTGTGATTGGCCATGACGCGTGCCAGAGCTGCCCAGTCGC GGAAGAGCAGCTGTTTTGGCGTCTGTTTGCTGCGGTAGGAACATGGCGGATCGGCTCACGCAGCTTCAGG ACGCTGTGAATTCGGTGAGGAATTTCATTCGATTAGCCTCTGTCTTTCTCT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| MED21_1 ↗ | 12:27,022,566 | 正股 | 27,022,517–27,022,576 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR12_9DPJL · enhancer · 27017413–27017845 · regulatory
ENSR12_8RG4J · enhancer · 27018141–27018319 · regulatory
ENSR12_9DPKQ · enhancer · 27021377–27021875 · regulatory
ENSR12_B7CRG · promoter · 27022056–27022568 · regulatory
ENSR12_58CLFW · CTCF_binding_site · 27022219–27022240 · regulatory
ENSR12_B7CRK · enhancer · 27022569–27023414 · regulatory
· motif · 27017607–27017613 · motif
· motif · 27021610–27021623 · motif
· motif · 27021610–27021623 · motif
· motif · 27021797–27021809 · motif
· motif · 27022221–27022237 · motif
· motif · 27022289–27022301 · motif
· motif · 27022533–27022544 · motif
· motif · 27022578–27022588 · motif
· motif · 27022888–27022905 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：144 aa
MED21 蛋白質屬於 Mediator complex subunit 21 family。現有資料未提供其結構域、功能區域或序列註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
MED21 的細胞內定位記載於細胞核。 來源未提供其定位隨條件或異構型而改變的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 16 個夥伴
- BLOC1S6Q9UL45 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BORCS6Q96GS4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HGSO14964 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KLF11O14901 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LSAMPQ13449 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MAGEB4O15481 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- MED1Q15648 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- MED4Q9NPJ6 · UniProt INTERACTION · 12 experiments
- MED7O43513 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- MED9Q9NWA0 · UniProt INTERACTION · 11 experiments
- MIEF1Q9NQG6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NUP58Q9BVL2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SKP1P63208-1 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- SSC5DA1L4H1 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- TRIM72Q6ZMU5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZNF655Q8N720 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
MED21 是由多個 MED、CCNC、CDK8 與 CDC2L6/CDK11 等次單元構成的 Mediator 複合體成員。MED12、MED13、CCNC 與 CDK8 組成稱為 CDK8 module 的獨立模組；含此模組的 Mediator 在支持轉錄活化方面，活性低於不含此模組者。MED21 與 PPARG 的交互作用依相似性推定；與 THRA 的交互作用則依賴配體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | MED21 是 Mediator 複合體的組成部分；該複合體作為轉錄共活化因子，參與幾乎所有 RNA polymerase II 依賴基因的受調控轉錄。Mediator 將基因專一性調控蛋白傳遞的資訊連結至 RNA polymerase II 基礎轉錄機制，並可經由與調控蛋白直接交互作用而被招募至啟動子，協助組成轉錄起始前複合體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the Mediator complex, a coactivator involved in the regulated transcription of nearly all RNA polymerase II-dependent genes. Mediator functions as a bridge to convey information from gene-specific regulatory proteins to the basal RNA polymerase II transcription machinery. Mediator is recruited to promoters by direct interactions with regulatory proteins and serves as a scaffold for the assembly of a functional pre-initiation complex with RNA polymerase II and the general transcription factors PMID 15249124 ↗ · PMID 9660976 ↗ |
| 交互作用 | MED21 是 Mediator 複合體的成員；該複合體包含多個 MED 次單元，以及 CCNC、CDK8 與 CDC2L6/CDK11。MED12、MED13、CCNC 與 CDK8 組成 CDK8 module，含此模組的 Mediator 支持轉錄活化的活性較低。MED21 與 PPARG 的交互作用屬相似性推定，與 THRA 的交互作用則依賴配體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with PPARG (By similarity). Component of the Mediator complex, which is composed of MED1, MED4, MED6, MED7, MED8, MED9, MED10, MED11, MED12, MED13, MED13L, MED14, MED15, MED16, MED17, MED18, MED19, MED20, MED21, MED22, MED23, MED24, MED25, MED26, MED27, MED29, MED30, MED31, CCNC, CDK8 and CDC2L6/CDK11. The MED12, MED13, CCNC and CDK8 subunits form a distinct module termed the CDK8 module. Mediator containing the CDK8 module is less active than Mediator lacking this module in supporting transcriptional activation. Individual preparations of the Mediator complex lacking one or more distinct subunits have been variously termed ARC, CRSP, DRIP, PC2, SMCC and TRAP. Interacts with THRA in a ligand-dependent fashion PMID 10024883 ↗ · PMID 15175163 ↗ · PMID 15249124 ↗ · PMID 15989967 ↗ · PMID 8598913 ↗ · PMID 8609996 ↗ · PMID 9734358 ↗ · PMID 9933582 ↗ |
| 細胞定位 | MED21 的細胞內定位記載於細胞核。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GTCTGTTTGCTGCGGTAGGAACATGGCGGATCGGCTCACG40CAGCTTCAGGACGCTGTGAATTCGCTTGCAGATCAGTTTT80GTAATGCCATTGGAGTATTGCAGCAATGTGGTCCTCCTGC120CTCTTTCAATAATATTCAGACAGCAATTAACAAAGACCAG160CCAGCTAACCCTACAGAAGAGTATGCCCAGCTTTTTGCAG200CACTGATTGCACGAACAGCAAAAGACATTGATGTTTTGAT240AGATTCCTTACCCAGTGAAGAATCTACAGCTGCTTTACAG280GCTGCTAGCTTGTATAAGCTAGAAGAAGAAAACCATGAAG320CTGCTACATGTCTGGAGGATGTTGTTTATCGAGGAGACAT360GCTTCTGGAGAAGATACAAAGCGCACTTGCTGATATTGCA400CAGTCACAGCTGAAGACAAGAAGTGGTACCCATAGCCAGT440CTCTTCCAGACTCATAGCATCAGTGGATACCATGTGGCTG480AGAAAAGAACTGTTTGAGTGCCATTAAGAATTCTGCATCA520GACTTAGATACAAGCCTTACCAACAATTACAGAAACATTA560AACACTATGACACATTACCTTTTTAGCTATTTTTAATAGT600CTTCTATTTTCACTCTTGATAAGCTTATAAAATCATGATT640GAATCAGCTTTAAAGCATCATACCATCATTTTTTAACTGA680GTGAAATTATTAAGGCATGTAATACATTAATGAACATAAT720ATAAGGAAACATATGTAAAATTCTGTTATGACATAATTTA760TGTCTCCATTTTGTTGTATTGGCCAGTACTTTTACAAATC800AAAACATCTCTCAAGCCAAAGGAGAAGACAGTAAGAACAG840ACATAAGGGACATTTTAGTTTGGGCTAGTGTCCTGCCTCT880TAGAGGTGGCATTGTGTAAATCTGAGCTTTGAGCAAGAAA920GTTTTGGAAATTGTGTTGCTTTTAAGAAATAGAGTTAGTG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。