基因總覽
MAP1LC3C（microtubule associated protein 1 light chain 3 gamma）是人類的蛋白質編碼基因，產物屬於 ATG8 家族，具有 ubiquitin-like modifier 的性質。其名稱將它歸入 microtubule associated protein 1 light chain 3 相關成員；來源資料亦指出，MAP1LC3 基因所產生的 LC3 可與 MAP1A 或 MAP1B 重鏈關聯。這些資訊概述其家族歸屬與蛋白質身分；其參與自噬的具體方式另見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000357246 ★ | 241,995,490–241,999,098 | 4 |
| ENST00000943070 | 241,995,188–242,001,584 | 5 |
| ENST00001126938 | 241,995,188–241,999,107 | 3 |
| ENST00001142127 | 241,995,188–241,999,107 | 4 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
MAP1LC3C 的產物參與選擇性自噬，其中一項明確描述的角色是抗菌自噬（xenophagy）。在這個過程中，它會選擇性結合 CALCOCO2，並參與對細菌的自噬反應；來源指出，感染細菌包括 S. typhimurium。這項功能將 MAP1LC3C 與細胞針對細菌的清除途徑連結起來，但資料未進一步說明其作用所需的完整分子步驟。
來源也指出，MAP1LC3C 可招募所有 ATG8 家族成員至感染中的細菌。這項描述強調它在抗菌自噬中的招募角色，並與其對細菌的選擇性辨識相關；不過，資料沒有提供各 ATG8 家族成員在此情境中的個別功能或相對貢獻，因此不宜推論它們彼此具有相同作用。
此外，MAP1LC3C 可能參與 aggrephagy，也就是透過巨自噬降解帶有泛素標記並形成聚集體的蛋白質。這項功能以「可能」描述，表示來源支持其潛在角色，而非在所有情況下都已確立。另有資料將 MAP1LC3C 與 WDR81 的互作連結至泛素化蛋白聚集體的招募，為其參與聚集蛋白清除提供了具體關聯；但這不改變其功能描述所保留的不確定性。
因此，現有資料支持 MAP1LC3C 參與兩類選擇性自噬情境：抗菌自噬的細菌相關反應，以及可能的聚集蛋白降解。前者涉及 CALCOCO2 的選擇性結合與 ATG8 家族成員的招募，後者則涉及泛素化聚集蛋白的巨自噬清除；來源未提供足以延伸至其他生物學作用或更完整因果機制的資訊。
Promoter 與基因調控
>MAP1LC3C ENST00000357246 GRCh38 chr1:241998998-242000098 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AAGTGATTGCTCGGTGTATGGGGAACCCCCACCCACCCACACACACACACACACATCTAGTGTCAAAAGT GATCTGTGTTGTGAGAATATAGGAGAAATGGAGTTTGGTTTCCCCTATGTATGACCAGAGACCCAGTTTC TTAACTCTAAAAGCAAGATCTTGGGGACAATTGTCCTTCCTTCCTTCTTTTATCCCAGAGAAAACTAAGT GACAGAATATACTGGAGTGTAGTACTTGGACTTCCTTGTAACAACTCTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTG TTTTGTTTTGAGATGAAGTTTCGCTCTTGTTGCCGAGGCTGGAGTGCAATGGTGTGACCTGAGCTCACTA CAACCTCCGCATCCTGGGTTCAAGCGATTCTCTTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGGTGGGATTACAGGTGCC AGCCACCACGTCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCAGCATGTTGGCCAGGTGATCC ACCCGCCTCGGCCTCCCACGTGCTGGGATTACAGGCGTGGGCCACTGCACCCAGTGTACAGCTCTAGGTT TTAATCCATACCGCTTCTCTTACTTGCTGTGTGCCCTCGAGCAAATCACTTCACCTTTCTTAGTATAGGT TTCCTTCTGTGATAAAGGGCATGGACCATTGTGAGAACTACACAGCACACTTCAGGCTGAGGTGGATCCA GCTTGGACCCCCCCTTGCTACTGAAGGGCAAAAACATCCCAGCACAAGGCAGTTTTACCTCTCCACAGTC CGCTGCCCAGCCAATGATTTTATTACAAACCCTAATTTCTTTTGCAAAGAAACATCTTGAACTGGTCATG AACAAAGTGGCTTTCTCTGACCAGCAAGCAGGTGGCGATTCCATTTCCATCAGAACTGACCTCCTGCTGC CCAGGGAGGGGGAGTGGGGAGAGGGGAGGGAGAGGAGAGGCCTGATGTCACTCAGCCCTACATAAGGGCC TCCTTCAGGCTCCTGCAGGCAGTTTGGAAGCAGCTGGAGGAATGAGTTAGGTTCCCGGTTGCGGGACAGT TTTTTTTTCTTTTTTAAAACAGACACAGCTACTGAGTGCAATGCCGCCTCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| MAP1LC3C_1 ↗ | 1:241,999,098 | 負股 | 241,999,088–241,999,147 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_544WSXG · CTCF_binding_site · 241998500–241998521 · regulatory
ENSR1_544WSZK · CTCF_binding_site · 241998740–241998761 · regulatory
ENSR1_8954TS · promoter · 241999088–241999290 · regulatory
ENSR1_544WT3R · CTCF_binding_site · 241999218–241999239 · regulatory
ENSR1_8954XT · enhancer · 242002574–242002818 · regulatory
· motif · 241998502–241998518 · motif
· motif · 241998742–241998758 · motif
· motif · 241999220–241999236 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：147 aa
MAP1LC3C 的蛋白質產物屬於 ATG8 家族。來源未提供其胺基酸長度、特定結構域或序列註解，因此不進一步描述蛋白質區段或結構特徵。
蛋白質三維結構
細胞內定位
資料列出細胞質囊泡與自噬體膜等定位，並指出 LC3-II 會結合自噬膜；這些膜相關定位伴隨脂質錨定。 另有細胞內膜系統及細胞質細胞骨架的定位紀錄，來源未說明其間的轉換條件或異構型差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Endomembrane system。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 38 個夥伴
- ACTA2P62736 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- ATG101Q9BSB4 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- ATG13O75143 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- ATG16L1Q676U5 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- ATG4BQ9Y4P1 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CALCOCO2Q13137 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CAPN3P20807-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DNAAF4Q8WXU2 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- FYCO1Q9BQS8 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- GMEB2Q9UKD1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- IPO5O00410 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- KBTBD6Q86V97 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- KBTBD7Q8WVZ9 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- LATO43561-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MISPQ8IVT2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NBR1Q14596 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NCOA7Q8NI08 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- NEK9Q8TD19 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- NIPSNAP2O75323 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- OPRM1P35372-10 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RASSF1Q9NS23 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- RASSF5Q8WWW0 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- RHOXF1Q8NHV9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RUFY4Q6ZNE9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SF3A1Q15459 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
MAP1LC3C 與 CALCOCO2、TP53INP1、TP53INP2、TECPR2、TBC1D5、UBQLN4、TRIM5、ATG13、MEFV、TRIM21、WDR81、MOAP1、RETREG1、RETREG2、RETREG3、TAX1BP1、IRGM、SPART 及 UBAC2 有互作紀錄。另有研究指出 MAP1LC3C 與 UBQLN1、UBQLN2 同處一複合體，並在 UBQLN4 存在時與 UBQLN1 互作。By similarity 的資料指出，MAP1LC3 基因產生的 LC3 可與 MAP1A 或 MAP1B 重鏈結合；此為相似性推論。功能關係方面，WDR81 會在 aggrephagy 過程中招募 MAP1LC3C 至泛素化蛋白聚集體；MOAP1 互作涉及其 LIR motif，UBQLN4 互作則涉及 STI1 1 和 2 domains。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | MAP1LC3C 是 ubiquitin-like modifier，透過選擇性結合 CALCOCO2，參與抗菌自噬（xenophagy）；它也會招募所有 ATG8 家族成員至感染中的細菌，例如 S. typhimurium。此外，它可能參與 aggrephagy，即以巨自噬降解帶有泛素標記並聚集的蛋白質。 | 含實驗來源 | 證據與來源Ubiquitin-like modifier that plays a crucial role in antibacterial autophagy (xenophagy) through the selective binding of CALCOCO2. Recruits all ATG8 family members to infecting bacteria such as S.typhimurium. May also play a role in aggrephagy, the macroautophagic degradation of ubiquitinated and aggregated proteins PMID 23022382 ↗ · PMID 28404643 ↗ |
| 交互作用 | 資料指出，LC1、LC2 與 LC3 可分別和 MAP1B 或 MAP1A 重鏈關聯，其中 LC1、LC2 分別是 MAP1B、MAP1A 的切割產物，LC3 則由 MAP1LC3 基因產生；此關係屬 By similarity。MAP1LC3C 另有多種互作紀錄，包括與 TP53INP1、TP53INP2、CALCOCO2、TECPR2、TBC1D5、UBQLN4、TRIM5、ATG13、MEFV、TRIM21、WDR81、MOAP1、RETREG1、RETREG2、RETREG3、TAX1BP1、IRGM、SPART 及 UBAC2 互作。它與 UBQLN1、UBQLN2 同處一複合體，且在 UBQLN4 存在時與 UBQLN1 互作；WDR81 會在 aggrephagy 過程中招募 MAP1LC3C 至泛素化蛋白聚集體，MOAP1 與其 LIR motif 互作，UBQLN4 則透過 STI1 1 和 2 domains 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源3 different light chains, LC1 (a cleavage product of MAP1B), LC2 (a cleavage product of MAP1A) and LC3 (produced by one of the MAP1LC3 genes), can associate with the MAP1A or MAP1B heavy chains (By similarity). Interacts with TP53INP1 and TP53INP2. Interacts with CALCOCO2. Interacts with TECPR2. Interacts with TBC1D5. Found in a complex with UBQLN1 and UBQLN2. Interacts with UBQLN4 (via STI1 1 and 2 domains). Interacts with UBQLN1 in the presence of UBQLN4. Interacts with TRIM5. Interacts with ATG13. Interacts with MEFV and TRIM21. Interacts with WDR81; recruits MAP1LC3C to ubiquitinated protein aggregates in the aggrephagy process. Interacts with MOAP1 (via LIR motif). Interacts with reticulophagy regulators RETREG1, RETREG2 and RETREG3. Interacts with TAX1BP1. Interacts with IRGM. Interacts with SPART. Interacts with UBAC2 PMID 20529957 ↗ · PMID 20562859 ↗ · PMID 22354992 ↗ · PMID 22470510 ↗ · PMID 23022382 ↗ · PMID 23459205 ↗ · PMID 24290141 ↗ · PMID 25127057 ↗ · PMID 26347139 ↗ · PMID 26451915 ↗ · PMID 28404643 ↗ · PMID 29420192 ↗ · PMID 33783314 ↗ · PMID 34338405 ↗ · PMID 37443287 ↗ · PMID 39284914 ↗ |
| 細胞定位 | MAP1LC3C 的定位資料包含細胞質囊泡、自噬體膜、內膜系統、細胞質與細胞骨架；細胞質囊泡及自噬體膜相關定位伴隨脂質錨定。資料另指出，LC3-II 會結合自噬膜。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasmic vesicle, autophagosome membrane / Lipid-anchor; Endomembrane system / Lipid-anchor; Cytoplasm, cytoskeleton; LC3-II binds to the autophagic membranes PMID 12740394 ↗ · PMID 20529957 ↗ · PMID 23459205 ↗ · PMID 31709703 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGTTTGGAAGCAGCTGGAGGAATGAGTTAGGTTCCCGGTT40GCGGGACAGTTTTTTTTTCTTTTTTAAAACAGACACAGCT80ACTGAGTGCAATGCCGCCTCCACAGAAAATCCCAAGCGTC120AGACCCTTCAAGCAGAGGAAAAGCTTGGCAATCAGACAAG160AGGAAGTTGCTGGAATCCGGGCAAAGTTCCCCAACAAAAT200CCCGGTGGTAGTGGAGCGCTACCCCAGGGAGACGTTCCTG240CCCCCGCTGGACAAAACCAAGTTCCTGGTCCCGCAGGAGC280TGACCATGACCCAGTTCCTCAGCATCATCCGGAGCCGCAT320GGTCCTGAGAGCCACGGAAGCCTTTTACTTGCTGGTGAAC360AACAAGAGCCTGGTCAGCATGAGCGCAACCATGGCAGAGA400TCTACAGAGACTACAAGGATGAGGATGGCTTCGTGTACAT440GACCTACGCCTCCCAGGAGACATTTGGCTGCCTGGAGTCA480GCAGCCCCCAGGGATGGGAGCAGCCTTGAGGACAGACCCT520GCAATCCTCTCTAGCCCATGTCGGGAAGGATGTGTGCTCT560GACAGACGTGTCAGATGCTGGCAGAAGGGATTGGTTTTCT600CCTGTGTATACAGTGGAGGAGTCTGAGAAGCAGGGATGCC640TGGGGTGATCAGCTCCAACCAGTGGCAGCAGAGTGGTGGC680TCTTCCTAGTTTAGTTTTTGTGCTCCGTGTTCTTGTGTCC720TTCTAAGAAAAATGTGGGCTGCTCTTGAAAGTTATATAAT760TATCATTTTTTTTTTTTTGAAACAGGGTCTTGCTCTATTG800CCTAGGCTGGAGCACAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCA840ACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTTCTGCCTCCAC880CCCCCGAGTGGCTGGTATTACAAGCACATGCCACCACACC920AGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。