基因總覽
MAGEC2(MAGE family member C2)是位於 X 染色體的蛋白質編碼基因,屬於 MAGE family。現有資料將其產物與泛素連接酶活性調節相聯繫;其具體作用方式及條件,則見下方功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000247452 ★ | 142,202,342–142,205,290 | 3 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
MAGEC2 被提出可能增強含有 RING 型鋅指的 E3 泛素蛋白連接酶活性。這項作用被認為可能涉及泛素結合酶(E2)在 E3 與受質所形成複合體中的募集或穩定,但資料將此機制描述為推測,並非已確立的作用方式。
體外研究顯示,MAGEC2 可增強 TRIM28 的泛素連接酶活性;在 Ubl 結合酶 UBE2H 存在時,也會促進 p53/TP53 的泛素化,並導致 p53/TP53 降解。這些結果指出,MAGEC2 可能協助 E3 酵素與 E2 酵素共同促進受質泛素化;但其作用機制仍應保留為提議中的解釋,且所述結果來自體外實驗。
Promoter 與基因調控
>MAGEC2 ENST00000247452 GRCh38 chrX:142205190-142206290 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TTCTAGTTAAATCTGATGTGTGTATTTAAAACTTTAATCACGTATTGGTTTTTTAAAGGGTCACGGGTTG CTGAAAAGACAGTGGTTTTTTTCAGGGACTAGGATAGGAAAAGAAGCAACAATAAGGAAGCCTTTAACAC AGGGTATGGGAGAGATGACACTAATTTCACTCACAGCAGTAAAGTGGAAAAACTTGGAATGGAATTTAGA GGTCGAAGGAACAAATGTTGCTGTCTGGACAGGAGAAGGAAGGAGTATAGGCTCTTTTAGGAGTCATACC TTGAGAAAGACAGAGGGGCATTCCCACCCCATTTCAGAGGGCAGTGGAGGCCTGCCTTAGGGCTAGGAGG CCCTATCCCACTGTGGATGGATGTGATTCTCCCTCTCTTGCACCTTGCAGGTCTCAGGGATGGGAGGGGC TTATTCGGAGGTGAAAGACTCAGATGCACAGGGTCAGGCATCCCAGGCAGTATCAGGAGTCCAGGCACAG CCTCTCAGGAAGGCTGGAAGGGAACACCCATGACTGGTAGTGCCCCTCCCCTGTCCCTGCTGCCAGCTCT GGAGGACCCCATCAGGGTCCCCAGATGTACAATTTTCTGACTTCCATTTTGAGAGTCAGCAGAAGGGGAG GCTGTTGTCTCTGAGGAGGGCAGCTTCAGTTAAGCAGAGAAAGAAGTCCCAGAACTGGCCAAAAAACAAG AGAGATGTGGAAGGACGGTGACCTCCCAACACGGAGGGGAGGCGCAGACTGCACCAAGCCACTCCCTGCT GACACCCCTGGAAAAAGGAGAGTGGGGTGTCAAGGACTGGGGAGGTGGGAGTGAAGAGGTCCGCAAGGCT TAGGGAGTGAGCAGGAAGGGTTGGAGGGCAGCTGGGAGGTGGGGAGGAAGGGATGGAAAAAAAGCAGAGA GGTGGGGGGTGGTTCCTCCTCAGAGAGGAGGCCCCGCCCCACATTGACGCTGCGTCAGCCCTGGACAACC ACGGCAGGGTTCCCGGATGTGCTTTCCCGACGGCCATCTTGGGAATCTGACGGATCGAAGGCATTTGTGA GGAGGCGCGAATCAAGTTAGCGGGGGGAAGAGTCTTAGACCTGGCCAGTCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| MAGEC2_1 ↗ | X:142,205,282 | 負股 | 142,205,272–142,205,331 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:373 aa
MAGEC2 蛋白質長 373 個胺基酸。其第 141–336 位胺基酸區段註解為 MAGE domain;第 1–102 位為無序區。第 135–373 位另有與 TRIM28 互作的區域註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
MAGEC2 可位於細胞質或細胞核。 在生殖細胞中記錄為核定位;肝細胞癌中則與分化程度相關:高分化者為細胞質定位,中度及低度分化者為核定位。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 11 個夥伴
- GLE1Q53GS7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- P4HA3Q7Z4N8 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- PBX3Q5JS98 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SPRED1Q7Z699 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SSX1Q16384 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SSX2BQ16385 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TP53P04637 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRIM28Q13263 · UniProt INTERACTION · 14 experiments
- TSC1Q86WV8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UBE2HP62256 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- YARS1P54577 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
資料記載 MAGEC2 與 TRIM28、UBE2H 互作。另有功能資料指出,MAGEC2 在體外可增強 TRIM28 的泛素連接酶活性,並在 UBE2H 存在時促進 p53/TP53 泛素化;這些功能關係不等同於額外的直接結合證據。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | MAGEC2 被提出可能增強含 RING 型鋅指的 E3 泛素蛋白連接酶活性。體外實驗中,它增強 TRIM28 活性,並在 UBE2H 存在時促進 p53/TP53 泛素化及其後續降解。其可能機制是募集或穩定 E2,使其位於 E3 與受質複合體中;此機制仍屬推測。 | 含實驗來源 | 證據與來源Proposed to enhance ubiquitin ligase activity of RING-type zinc finger-containing E3 ubiquitin-protein ligases. In vitro enhances ubiquitin ligase activity of TRIM28 and stimulates p53/TP53 ubiquitination in presence of Ubl-conjugating enzyme UBE2H leading to p53/TP53 degradation. Proposed to act through recruitment and/or stabilization of the Ubl-conjugating enzymes (E2) at the E3:substrate complex PMID 20864041 ↗ |
| 交互作用 | MAGEC2 與 TRIM28 及 UBE2H 互作。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | MAGEC2 可位於細胞質或細胞核;在生殖細胞中記錄為核定位。肝細胞癌中,其定位與分化程度相關:高分化者為細胞質定位,中度及低度分化者為核定位。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Nucleus; Nuclear in germ cells. Cytoplasmic in well-differentiated hepatocellular carcinoma, nuclear in moderately- and poorly-differentiated hepatocellular carcinoma PMID 12920247 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCTTTCCCGACGGCCATCTTGGGAATCTGACGGATCGAAG40GCATTTGTGAGGAGGCGCGAATCAAGTTAGCGGGGGGAAG80AGTCTTAGACCTGGCCAGTCCTCAGGGTGAGGGCCCTGAG120GAAGAACTGAGGGACCTCCCACCATAGAGAGAAGAAACCC160CGGCCTGTACTGCGCTGCCGTGAGACTGGTGCTCCAGGAA200CCAGGTGGTGACGAACTGGGTGTGAGGCACACAGCCTAAA240GTCAGCACAGCAGAGGAGGCCCAGGCAGTGCCAGGAGTCA280AGGCCTGTTGGATCTCATCATCCATATCCCTGTTGATACG320TTTACCTGCTGCTCCTGAAGAAGTCGTCATGCCTCCCGTT360CCAGGCGTTCCATTCCGCAACGTTGACAACGACTCCCCGA400CCTCAGTTGAGTTAGAAGACTGGGTAGATGCACAGCATCC440CACAGATGAGGAAGAGGAGGAAGCCTCCTCCGCCTCTTCC480ACTTTGTACTTAGTATTTTCCCCCTCTTCTTTCTCCACAT520CCTCTTCTCTGATTCTTGGTGGTCCTGAGGAGGAGGAGGT560GCCCTCTGGTGTGATACCAAATCTTACCGAGAGCATTCCC600AGTAGTCCTCCACAGGGTCCTCCACAGGGTCCTTCCCAGA640GTCCTCTGAGCTCCTGCTGCTCCTCTTTTTCATGGAGCTC680ATTCAGTGAGGAGTCCAGCAGCCAGAAAGGGGAGGATACA720GGCACCTGTCAGGGCCTGCCAGACAGTGAGTCCTCTTTCA760CATATACACTAGATGAAAAGGTGGCCGAGTTAGTGGAGTT800CCTGCTCCTCAAATACGAAGCAGAGGAGCCTGTAACAGAG840GCAGAGATGCTGATGATTGTCATCAAGTACAAAGATTACT880TTCCTGTGATACTCAAGAGAGCCCGTGAGTTCATGGAGCT920TCTTTTTGGCCTTGCCCTGATAGAAGTGGGCCCTGACCAC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。