基因總覽
LZTS1 是一種蛋白質編碼基因,其產物為 leucine zipper tumor suppressor 1,歸屬於 LZTS family。蛋白質全長為 596 個胺基酸,序列中有兩段被註解為無序區域,分別位於第 136 至 193 個胺基酸及第 295 至 324 個胺基酸。現有資料將其描述為參與細胞生長調控的蛋白質,並指出它可能具有腫瘤抑制作用;其細胞週期相關機制詳見功能段落。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000381569 ★ | 20,246,165–20,303,963 | 4 |
| ENST00000265801 | 20,246,165–20,255,292 | 3 |
| ENST00001138525 | 20,246,165–20,303,970 | 4 |
| ENST00000522290 | 20,249,722–20,255,181 | 4 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
LZTS1 參與細胞生長調控,來源資料並指出它可能具有腫瘤抑制作用。這項角色與細胞增殖的控制相關,但資料以「可能」描述其作用,因此不宜將腫瘤抑制視為無條件確立的功能。
在細胞週期調控方面,LZTS1 可能穩定具活性的 CDC2-cyclin B1 複合體。藉由維持這個活性複合體,LZTS1 可能進一步參與細胞週期的調節。來源未提供更細部的分子步驟或作用條件,因此其對複合體穩定性的影響,應保留為可能的作用方式。
資料將上述作用與防止細胞不受控制地增殖相連結:LZTS1 可能透過影響細胞週期調控,協助限制失控的細胞增殖。這使其可能的腫瘤抑制角色與細胞生長控制相互關聯;不過,來源未說明這項作用是否涵蓋特定細胞類型,也未提供可據以擴大推論至其他生物學過程的細節。
Promoter 與基因調控
>LZTS1 ENST00000381569 GRCh38 chr8:20303863-20304963 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AATCCTAATCCATTACATCTATCCCCCACCCCCCAACACACACACACACACACACACACACACACACACA CACACACAGGCTTCTTTCAAGATGAGGCTAACACTCCTTGGGCAGAGCTGCCATCTTCCCGCCAAGCCTG GTTTTAGAGGATTAGCCTCAGTGCACCCTCAAGCCCCCAAGCCTCATGCTGCACCTAGCACTCCGGTTAA CTGACCCTTTGTCCTACAAAACCTTGTAAGCTTGAATCCTCTCCTGGCTCAGTTGCTAGAAGTTAAAAGT GAGGGTGGTTGAGAAAATGATAGTATTATAAGGGGACTGGGTGAGACTAATAGCTATAAACTTGAAACAG GCCTCTGCTGTCACCTGAAACTCAGCTCCCTCAGAGCTGGAAAAGTTTGCTTTTGACATGTTTTGGGAGT GGGAGTCCCGGTGCTCTGGACTCTAGCCTGTAATCCTGGTGTGGTTCGCAATGCCCCTCACTTGGGTGCT AGTCCAGTCCTTGAACAAAACACACGCCCTTTAGTGCGAGTCGGGAGCGGGAGAGACGGTATTAAGAAAA ATAAACTGGCGATTAAGAGGAAGGGGTAATGAAGAAAGGGGAACATACACAGAACGGGAGAAGGAATGGA TTTTAAACAAAACTGGAGTAAGAATTTCAGGTAATGAAAGGGAAAAAAGGATGCGACAAGAGCAAGACAG GAACAATCGGAGAAAGGGGGCCAGGCAAGAAAGGAAGACTGAGGGGGCAGGGTCGCCCAATGGGGCTGAT GGAAGTGAGAGCAGAGAGACGGGACCCGGGACCCCGCGCAGGCCGCGGGCGCGAAGGAGCCGCGAGGTCG CGAGCAGCCCCAGCTGTCAGCCCGGAACAAAGGCCGCCGAGCGGCACAGACCAGGCTGCCGGCAGCTCGC TGCCAATCAGCGGCGCCGGCTCTGGCCCCGCCCCGGGCCGGCCCCGCCCCGCCCCGCCCCGCCCCGCCCC GCCCCGGCTCCGGGACCCGCGCAGAGGCCGGCGCGCCTGGAGCTGGCGGGTTGGCAGCGGCCGGGCGGGG AGGCCGAAAGTTTCTCTGCCCGCCTCGGCCAGTGAGTGGGAGCCGGGAGCT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| LZTS1_2 ↗ | 8:20,255,329 | 負股 | 20,255,319–20,255,378 |
| LZTS1_1 ↗ | 8:20,303,963 | 負股 | 20,303,953–20,304,012 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR8_C42DN · enhancer · 20302130–20303952 · regulatory
ENSR8_9B3L3 · promoter · 20303953–20304453 · regulatory
ENSR8_B62RW · enhancer · 20306510–20307085 · regulatory
ENSR8_56QZB7 · CTCF_binding_site · 20308785–20308806 · regulatory
ENSR8_8L59S · enhancer · 20308794–20308993 · regulatory
· motif · 20308787–20308803 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:596 aa
LZTS1 蛋白質全長為 596 個胺基酸,屬於 LZTS family。序列註解指出兩段無序區域:第 136 至 193 個胺基酸,以及第 295 至 324 個胺基酸。這些區域的註解描述其序列特徵,來源未提供更多結構或功能細節。
蛋白質三維結構
細胞內定位
LZTS1 與細胞質、細胞膜、樹突棘及突觸後密度等位置相關,也與質膜及微管相關。 資料指出它可見於樹突棘,尤其是突觸後密度;此定位資訊標示為相似性推定(By similarity),應保留其推論性質。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
未繪示構造:Cell projection, dendritic spine;Postsynaptic density;Synapse。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 96 個夥伴
- AMOTA2BDD9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AP1M1Q9BXS5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BYSLQ13895 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CARD9Q9H257-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCDC102BQ68D86 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCDC120Q96HB5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCDC13Q8IYE1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCDC57Q2TAC2-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCHCR1Q8TD31-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CDC23Q9UJX2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CDC25CP30307 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CDC37Q16543 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CDC7O00311 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CEP83Q9Y592-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CKS1BP61024 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- COG2Q14746 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- COPB1P53618 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CWF19L2Q2TBE0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DDX6P26196 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ELOAQ14241 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ENKD1Q9H0I2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EXOC8Q8IYI6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM161AQ3B820 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- FAM161BQ96MY7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM50BQ9Y247 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
LZTS1 與 EEF1G、TLK2 及 CDK1 有結合關係。資料僅列出這些結合對象,未進一步說明其是否形成共同複合體,或各互作對 LZTS1 功能造成的影響。
疾病與遺傳關聯
LZTS1 條目列有食道癌(esophageal cancer)關聯,並指出影響該基因的變異可能造成此疾病。食道癌是食道的惡性腫瘤,常見類型包括食道鱗狀細胞癌與腺癌;來源並提到此病常在進展至晚期、難以治療時才被發現。這項資料表述的是可能因果關係,未提供特定變異或更進一步的證據細節。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | LZTS1 參與細胞生長調控,並可能穩定具活性的 CDC2-cyclin B1 複合體,因而參與細胞週期調節及防止細胞不受控制地增殖。來源也指出 LZTS1 可能具有腫瘤抑制作用,相關表述保留其不確定性。 | 含實驗來源 | 證據與來源Involved in the regulation of cell growth. May stabilize the active CDC2-cyclin B1 complex and thereby contribute to the regulation of the cell cycle and the prevention of uncontrolled cell proliferation. May act as a tumor suppressor PMID 10097140 ↗ · PMID 11464283 ↗ · PMID 11504921 ↗ |
| 交互作用 | LZTS1 與 EEF1G、TLK2 及 CDK1 有結合關係;此資料僅列出結合對象,未描述互作的條件或其功能後果。 | 資料庫紀錄 | |
| 細胞定位 | LZTS1 與細胞質、細胞膜、樹突棘、突觸後密度及突觸等位置相關,也與質膜及微管相關。資料指出它可見於樹突棘,尤其是突觸後密度;該定位描述標示為相似性推定(By similarity)。 | 推論支持 | 證據與來源Cytoplasm; Cell membrane; Cell projection, dendritic spine; Postsynaptic density; Synapse; Associated with the plasma membrane and with microtubules. Detected in dendritic spines, especially in the postsynaptic density (By similarity) |
| 疾病關聯 | 資料列出食道癌與 LZTS1 的疾病關聯,並指出影響該基因的變異可能造成此病。食道癌是食道惡性腫瘤,常見類型為食道鱗狀細胞癌與腺癌;來源另指出此病通常在進展至晚期、難以治療時才被發現。 | 含實驗來源 | 證據與來源Esophageal cancer ESCR A malignancy of the esophagus. The most common types are esophageal squamous cell carcinoma and adenocarcinoma. Cancer of the esophagus remains a devastating disease because it is usually not detected until it has progressed to an advanced incurable stage. The disease may be caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 133239 PMID 10097140 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCAGAGGCCGGCGCGCCTGGAGCTGGCGGGTTGGCAGCGG40CCGGGCGGGGAGGCCGAAAGTTTCTCTGCCCGCCTCGGCC80AGTGAGTGGGAGCCGGGAGCTGCATCCCGCGCAGTGGGAC120CGGCCCGGCCCGCTCAGCAGCTCTGGAAAAAGAGAGACGG160GAACACACCGGGAAACACTGGGAAAAAAAAAAAGTCTCAA200GTGCGCCCGAGGCGCAGGGGGCAGGTCTACGGCTCTCGCA240GGCTCTGTGAGGGCTTTGCTATGACCTCAGTCCCCTCACG280GAGCCACGACTGCCCCTTGCTGCCACAGCCTTTCCAAGAC320CCTGCCCGGCCCTGCCCCATCCTCAGCCCCGAGTCACCAT360GGGCAGCGTCAGTAGCCTCATCTCCGGCCACAGCTTCCAC400AGCAAGCACTGCCGGGCTTCGCAGTACAAGCTGCGCAAGT440CCTCCCACCTCAAGAAGCTCAACCGGTATTCCGACGGGCT480GCTGAGGTTTGGCTTCTCCCAGGACTCCGGTCACGGCAAG520TCCAGCTCCAAAATGGGCAAGAGCGAAGACTTCTTCTACA560TCAAGGTCAGCCAGAAAGCCCGGGGCTCCCATCACCCAGA600TTACACGGCACTGTCCAGCGGGGATTTAGGGGGCCAGGCT640GGGGTGGACTTTGACCCGTCCACACCCCCCAAGCTCATGC680CCTTCTCCAATCAGCTAGAAATGGGCTCCGAGAAGGGTGC720AGTGAGGCCCACAGCCTTCAAGCCTGTGCTGCCACGGTCA760GGAGCCATCCTGCACTCCTCCCCGGAGAGTGCCAGCCACC800AGCTGCACCCCGCCCCTCCAGACAAGCCCAAGGAGCAGGA840GCTGAAGCCTGGCCTGTGCTCTGGGGCGCTGTCAGACTCC880GGCCGGAACTCCATGTCCAGCCTGCCCACACACAGCACCA920GCAGCAGCTACCAGCTGGACCCGCTGGTCACACCCGTGGG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。