演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

LY6G5CG5c

lymphocyte antigen 6 family member G5C

LY6G5C 編碼的蛋白質可能參與造血細胞分化,並具有 UPAR/Ly6 結構域。

Homo sapiens6p21.33UniProt Q5SRR4
OFFICIAL SYMBOL
LY6G5C
CHROMOSOME
6
UNIPROT
Q5SRR4
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

LY6G5C(lymphocyte antigen 6 family member G5C)是蛋白質編碼基因,其產物為 Lymphocyte antigen 6 complex locus protein G5c。蛋白質長 150 個胺基酸,具有 UPAR/Ly6 結構域;來源註記其可能與造血細胞分化有關,但未提供更詳細的功能描述。

Official symbol
LY6G5C
Gene name
lymphocyte antigen 6 family member G5C
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:13932
UniProt
Q5SRR4
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
G5cNG33C6orf20

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 66p21.33
chr6 · 170,805,979 bp · GRCh38chr6p25.3 · 1–2300000 · gnegchr6p25.2 · 2300001–4200000 · gpos25chr6p25.1 · 4200001–7100000 · gnegchr6p24.3 · 7100001–10600000 · gpos50chr6p24.2 · 10600001–11600000 · gnegchr6p24.1 · 11600001–13400000 · gpos25chr6p23 · 13400001–15200000 · gnegchr6p22.3 · 15200001–25200000 · gpos75chr6p22.2 · 25200001–27100000 · gnegchr6p22.1 · 27100001–30500000 · gpos50chr6p21.33 · 30500001–32100000 · gnegchr6p21.32 · 32100001–33500000 · gpos25chr6p21.31 · 33500001–36600000 · gnegchr6p21.2 · 36600001–40500000 · gpos25chr6p21.1 · 40500001–46200000 · gnegchr6p12.3 · 46200001–51800000 · gpos100chr6p12.2 · 51800001–53000000 · gnegchr6p12.1 · 53000001–57200000 · gpos100chr6p11.2 · 57200001–58500000 · gnegchr6p11.1 · 58500001–59800000 · acenchr6q11.1 · 59800001–62600000 · acenchr6q11.2 · 62600001–62700000 · gnegchr6q12 · 62700001–69200000 · gpos100chr6q13 · 69200001–75200000 · gnegchr6q14.1 · 75200001–83200000 · gpos50chr6q14.2 · 83200001–84200000 · gnegchr6q14.3 · 84200001–87300000 · gpos50chr6q15 · 87300001–92500000 · gnegchr6q16.1 · 92500001–98900000 · gpos100chr6q16.2 · 98900001–100000000 · gnegchr6q16.3 · 100000001–105000000 · gpos100chr6q21 · 105000001–114200000 · gnegchr6q22.1 · 114200001–117900000 · gpos75chr6q22.2 · 117900001–118100000 · gnegchr6q22.31 · 118100001–125800000 · gpos100chr6q22.32 · 125800001–126800000 · gnegchr6q22.33 · 126800001–130000000 · gpos75chr6q23.1 · 130000001–130900000 · gnegchr6q23.2 · 130900001–134700000 · gpos50chr6q23.3 · 134700001–138300000 · gnegchr6q24.1 · 138300001–142200000 · gpos75chr6q24.2 · 142200001–145100000 · gnegchr6q24.3 · 145100001–148500000 · gpos75chr6q25.1 · 148500001–152100000 · gnegchr6q25.2 · 152100001–155200000 · gpos50chr6q25.3 · 155200001–160600000 · gnegchr6q26 · 160600001–164100000 · gpos50chr6q27 · 164100001–170805979 · gnegLY6G5Cpq1 bp170,805,979 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr6:31,676,684–31,684,040
Gene span
7,357 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000383237 ★31,676,684–31,681,0673
ENST0000037586331,676,684–31,684,0404

顯示 2/2 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

LY6G5C 的產物可能參與造血細胞分化。現有資料僅指出這項可能角色,未說明其作用機制、涉及的細胞類型或分化階段,因此無法據此進一步描述它如何影響造血細胞分化。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 31681067 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>LY6G5C ENST00000383237 GRCh38 chr6:31680967-31682067 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GTAGAAACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGCTGGGTGCGAACTCCTGACCTCAGGTAGTCCACCCGCCT
TGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCAGTCCGGCCCTAATATAGTTTTTAAATTC
ATTCATTCCAAGGCTTTTGGGAGGCGCTCAGTGGCGTGCAGTTTCCTCTCGAATTTCTTTCTTCCCGCAG
TCTTTCTGGGCGGGCGTCTCCCGTCTGTTTCTTCCCATCTTCCCCCTTATCATCCTGGGACTGGATAATT
CTTGAATAGTCTGGGAGGTAGCAGGGAACCCGAGTTCGGAGCCTCGACCAGAACCTCCAGACGGGAAATT
GGAGCAGGTGGTGTCGTTCCAGGACGCTGAGGACCACCTCCTCCCCTAACGCACAGCCCAACGATCCTAA
AAGTAAAAACCCTGAGTTTCTGAGTCAAGACTGAGCTGGTGGGGTGGGGACCGAGTAGGCGTGGATGGGG
AGCCCAGCGGGTCCCCAGCGGAGAAAATGGGTGAGACGCCTGGGGCCGCGGTCTCCAGAATTCGCCTGGG
AGGGAGAGTGGCGCTACGGCGCCGCCTTCCTGGGGAGCCGCTTCGGGCTCCGGATGTCCGCTGGGGCCCG
ACGCTTGGGTCCCGACGCGCGGTTCGCACTTTCCAGGTTTCTTCCCCAGGGAACAGAGCTTGAGCGGGGG
GCCACCCCCCCGTCCTACCGGAGTTCTGAGGTGCGGTCAGGCGCGGAGAGCGGACGCCCAGCGCCAGATT
CTGTGGGCTCCGGAGTTCAGGCCCACTGAGCCGCAGCTGAGCACAGGCGGGGCAGGAAAAAGGATGAGGT
GAGGGAAGGCGCTGGGTTCCTGGAACCCCAAGGGAGCACTGAGCTGAGTACGTATCGCTTGGGATCCAGG
TGTCCTTGTTTTAGGATGTCTGACAGGTGTCCCCAGGGTATGAGAAGTGGGACTGGGCACCCCCTATTTG
CTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGACCACATGTTTCCTATCTTGGAAAATGGTACCACTTCCTTGTGC
AAGCCTACCCCTGTTCCCTCACCCCTCGTTCAGTCCAACAGCAAATCTGTC
LY6G5C 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR6_59G78R · CTCF_binding_site · 31680878–31680899 · regulatory

ENSR6_9GKJ3 · promoter · 31681057–31681557 · regulatory

ENSR6_59G79P · CTCF_binding_site · 31681084–31681105 · regulatory

ENSR6_C55TW · enhancer · 31682788–31683930 · regulatory

· motif · 31676411–31676422 · motif

· motif · 31676704–31676715 · motif

· motif · 31677763–31677778 · motif

· motif · 31678080–31678092 · motif

· motif · 31680745–31680760 · motif

· motif · 31680880–31680896 · motif

· motif · 31680887–31680897 · motif

· motif · 31680933–31680946 · motif

· motif · 31681019–31681030 · motif

· motif · 31681086–31681102 · motif

· motif · 31681117–31681130 · motif

· motif · 31681117–31681130 · motif

· motif · 31681191–31681204 · motif

· motif · 31681191–31681204 · motif

· motif · 31681384–31681397 · motif

· motif · 31681384–31681397 · motif

· motif · 31681505–31681518 · motif

· motif · 31682836–31682849 · motif

· motif · 31682836–31682850 · motif

· motif · 31682836–31682851 · motif

· motif · 31682843–31682856 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:150 aa

1 aa150 aa結構域訊號胜肽
依 Q5SRR4 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

Lymphocyte antigen 6 complex locus protein G5c 長 150 個胺基酸。序列註解標示第 1–41 位為訊號肽,第 60–150 位為 UPAR/Ly6 結構域。

訊號胜肽1–41 aa
結構域UPAR/Ly660–150 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · Q5SRR4…

AlphaFold · Q5SRR4

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。細胞外定位以細胞周圍、與細胞膜保持距離的圓點表示。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Secreted

LY6G5C 蛋白質被註記為分泌型;資料未提供定位改變的條件或不同異構型之間的定位差異。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
G5cLY6G5C
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

LY6G5C 蛋白質可形成寡聚體。來源未指出寡聚體的組成、形成條件或其他互作關係。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

3 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 3 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能LY6G5C 可能參與造血細胞分化;這項描述表示其角色具有不確定性,資料未提供更具體的作用機制或細胞情境。資料庫紀錄
證據與來源

May have a role in hematopoietic cell differentiation

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用LY6G5C 蛋白質會形成寡聚體;資料未進一步說明寡聚體的組成、形成條件或其功能。含實驗來源
證據與來源

Forms oligomers

PMID 17008713 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位Secreted推論支持
證據與來源

Secreted

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 3 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000383237 · 1,420 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AGACAGACCACATGTTTCCTATCTTGGAAAATGGTACCAC40
41TTCCTTGTGCAAGCCTACCCCTGTTCCCTCACCCCTCGTT80
81CAGTCCAACAGCAAATCTGTCCAGTCTTCTAACTGTATCT120
121CAGGTTCATTAGCCCCGCTTCCTCGTCCCTGCTCGTCTTC160
161TGCCGGACCAGTCCGCCATCTTGTGACCGGACTCGGGAAT200
201AGCGTCCTACTTCCCGGCGGCCTCCACTCTTGACCCAAAT240
241GCAATGTGCAGCCATGGCAATCTTTTATAAACAGAAATCC280
281GATCAAGTTACTCCTCTGCCGAAATCCCTCTGGTCAGTGG320
321TTTAACTGTCGAGGTGCTCCTGGCAGCACTCTGCCCTCCC360
361CACATCATTGCTGGTGGACTTGTCTCCCCTACTAGACTGT400
401GCCCTGTGAGGGTGGAGACTTTGTGCAGGGTTGTATCCCC440
441AGCATCTGATGCAGTGATTCAATAAACATCTGTCCAATTA480
481ATAGGAAAGACAGTTCCTTTTCTCATTCCCCTATTGCTGG520
521TCCCCTGCCCTCAAGCAGGATGTTATGCCCCAGAGTGGCT560
561GTGGGTGCGAACATTCTGCCCCTCTGGCTGGTCTGGCACT600
601GATTTCCACCCTGAGCTGGTGTTGCCTCTCTCCTTCCTCT640
641TGGCCAACCTCTCTTCCACCAATATAAGCCCAAACTGGAG680
681GCCAGCAGGCAGTCATGCGTTTTATGGCAGGCCCTGCAGG720
721GAGCCAGAGTCTGGGTCCCCTGTGCTTCCACAGCAGCCCC760
761CAAGCCCTCTACACGGTCCTCTTAATAGTGCTGGTCATGA800
801TGAGCTTGGTGTTTGGTAAGTTTGTTCCTGTCAATTGGGA840
841ACCCCCTCAACCACTTCCATTCCCCAAATACCTGCGCTGC880
881TACCGATGCCTCTTGGAGACCAAGGAGTTAGGGTGCCTTC920
921TGGGATCTGACATCTGCCTCACCCCAGCTGGCAGCAGCTG960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。