基因總覽
LY6G5C(lymphocyte antigen 6 family member G5C)是蛋白質編碼基因,其產物為 Lymphocyte antigen 6 complex locus protein G5c。蛋白質長 150 個胺基酸,具有 UPAR/Ly6 結構域;來源註記其可能與造血細胞分化有關,但未提供更詳細的功能描述。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000383237 ★ | 31,676,684–31,681,067 | 3 |
| ENST00000375863 | 31,676,684–31,684,040 | 4 |
顯示 2/2 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
LY6G5C 的產物可能參與造血細胞分化。現有資料僅指出這項可能角色,未說明其作用機制、涉及的細胞類型或分化階段,因此無法據此進一步描述它如何影響造血細胞分化。
Promoter 與基因調控
>LY6G5C ENST00000383237 GRCh38 chr6:31680967-31682067 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GTAGAAACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGCTGGGTGCGAACTCCTGACCTCAGGTAGTCCACCCGCCT TGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCAGTCCGGCCCTAATATAGTTTTTAAATTC ATTCATTCCAAGGCTTTTGGGAGGCGCTCAGTGGCGTGCAGTTTCCTCTCGAATTTCTTTCTTCCCGCAG TCTTTCTGGGCGGGCGTCTCCCGTCTGTTTCTTCCCATCTTCCCCCTTATCATCCTGGGACTGGATAATT CTTGAATAGTCTGGGAGGTAGCAGGGAACCCGAGTTCGGAGCCTCGACCAGAACCTCCAGACGGGAAATT GGAGCAGGTGGTGTCGTTCCAGGACGCTGAGGACCACCTCCTCCCCTAACGCACAGCCCAACGATCCTAA AAGTAAAAACCCTGAGTTTCTGAGTCAAGACTGAGCTGGTGGGGTGGGGACCGAGTAGGCGTGGATGGGG AGCCCAGCGGGTCCCCAGCGGAGAAAATGGGTGAGACGCCTGGGGCCGCGGTCTCCAGAATTCGCCTGGG AGGGAGAGTGGCGCTACGGCGCCGCCTTCCTGGGGAGCCGCTTCGGGCTCCGGATGTCCGCTGGGGCCCG ACGCTTGGGTCCCGACGCGCGGTTCGCACTTTCCAGGTTTCTTCCCCAGGGAACAGAGCTTGAGCGGGGG GCCACCCCCCCGTCCTACCGGAGTTCTGAGGTGCGGTCAGGCGCGGAGAGCGGACGCCCAGCGCCAGATT CTGTGGGCTCCGGAGTTCAGGCCCACTGAGCCGCAGCTGAGCACAGGCGGGGCAGGAAAAAGGATGAGGT GAGGGAAGGCGCTGGGTTCCTGGAACCCCAAGGGAGCACTGAGCTGAGTACGTATCGCTTGGGATCCAGG TGTCCTTGTTTTAGGATGTCTGACAGGTGTCCCCAGGGTATGAGAAGTGGGACTGGGCACCCCCTATTTG CTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGACCACATGTTTCCTATCTTGGAAAATGGTACCACTTCCTTGTGC AAGCCTACCCCTGTTCCCTCACCCCTCGTTCAGTCCAACAGCAAATCTGTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR6_59G78R · CTCF_binding_site · 31680878–31680899 · regulatory
ENSR6_9GKJ3 · promoter · 31681057–31681557 · regulatory
ENSR6_59G79P · CTCF_binding_site · 31681084–31681105 · regulatory
ENSR6_C55TW · enhancer · 31682788–31683930 · regulatory
· motif · 31676411–31676422 · motif
· motif · 31676704–31676715 · motif
· motif · 31677763–31677778 · motif
· motif · 31678080–31678092 · motif
· motif · 31680745–31680760 · motif
· motif · 31680880–31680896 · motif
· motif · 31680887–31680897 · motif
· motif · 31680933–31680946 · motif
· motif · 31681019–31681030 · motif
· motif · 31681086–31681102 · motif
· motif · 31681117–31681130 · motif
· motif · 31681117–31681130 · motif
· motif · 31681191–31681204 · motif
· motif · 31681191–31681204 · motif
· motif · 31681384–31681397 · motif
· motif · 31681384–31681397 · motif
· motif · 31681505–31681518 · motif
· motif · 31682836–31682849 · motif
· motif · 31682836–31682850 · motif
· motif · 31682836–31682851 · motif
· motif · 31682843–31682856 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:150 aa
Lymphocyte antigen 6 complex locus protein G5c 長 150 個胺基酸。序列註解標示第 1–41 位為訊號肽,第 60–150 位為 UPAR/Ly6 結構域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
LY6G5C 蛋白質被註記為分泌型;資料未提供定位改變的條件或不同異構型之間的定位差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
LY6G5C 蛋白質可形成寡聚體。來源未指出寡聚體的組成、形成條件或其他互作關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | LY6G5C 可能參與造血細胞分化;這項描述表示其角色具有不確定性,資料未提供更具體的作用機制或細胞情境。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | LY6G5C 蛋白質會形成寡聚體;資料未進一步說明寡聚體的組成、形成條件或其功能。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | Secreted | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
AGACAGACCACATGTTTCCTATCTTGGAAAATGGTACCAC40TTCCTTGTGCAAGCCTACCCCTGTTCCCTCACCCCTCGTT80CAGTCCAACAGCAAATCTGTCCAGTCTTCTAACTGTATCT120CAGGTTCATTAGCCCCGCTTCCTCGTCCCTGCTCGTCTTC160TGCCGGACCAGTCCGCCATCTTGTGACCGGACTCGGGAAT200AGCGTCCTACTTCCCGGCGGCCTCCACTCTTGACCCAAAT240GCAATGTGCAGCCATGGCAATCTTTTATAAACAGAAATCC280GATCAAGTTACTCCTCTGCCGAAATCCCTCTGGTCAGTGG320TTTAACTGTCGAGGTGCTCCTGGCAGCACTCTGCCCTCCC360CACATCATTGCTGGTGGACTTGTCTCCCCTACTAGACTGT400GCCCTGTGAGGGTGGAGACTTTGTGCAGGGTTGTATCCCC440AGCATCTGATGCAGTGATTCAATAAACATCTGTCCAATTA480ATAGGAAAGACAGTTCCTTTTCTCATTCCCCTATTGCTGG520TCCCCTGCCCTCAAGCAGGATGTTATGCCCCAGAGTGGCT560GTGGGTGCGAACATTCTGCCCCTCTGGCTGGTCTGGCACT600GATTTCCACCCTGAGCTGGTGTTGCCTCTCTCCTTCCTCT640TGGCCAACCTCTCTTCCACCAATATAAGCCCAAACTGGAG680GCCAGCAGGCAGTCATGCGTTTTATGGCAGGCCCTGCAGG720GAGCCAGAGTCTGGGTCCCCTGTGCTTCCACAGCAGCCCC760CAAGCCCTCTACACGGTCCTCTTAATAGTGCTGGTCATGA800TGAGCTTGGTGTTTGGTAAGTTTGTTCCTGTCAATTGGGA840ACCCCCTCAACCACTTCCATTCCCCAAATACCTGCGCTGC880TACCGATGCCTCTTGGAGACCAAGGAGTTAGGGTGCCTTC920TGGGATCTGACATCTGCCTCACCCCAGCTGGCAGCAGCTG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。