基因總覽
LY6G5B 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 lymphocyte antigen 6 family member G5B。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 6p21.33。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000375864 ★ | 31,669,976–31,673,546 | 3 |
| ENST00000409525 | 31,670,379–31,673,546 | 2 |
顯示 2/2 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>LY6G5B ENST00000375864 GRCh38 chr6:31668976-31670076 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGAAGGGGCCTCTGGACAGAGGTGGGAGGAGTGGGGGACAGAGTGGTATGGGTTGGGCTGCGAAGGGAGT TGCCTCTTCTTTACATCTACCTGCCAACCCCTTCCATTGTATTCACCTCAGTTGGAAAAGTACCAGCAAG GAGACTTTGGTTACTGTCCTCGTGTGTACTGTGAGAACCAGCCAATGCTTCCCATTGGTGAGTGTTGAAG AAGGGAAAGGAAAGCACCGTGTGGCAGTCTTATGGGAAGGAGTTGGGGCTCAACACATTGGAGCCTGAGT CCTGAGGGGAGGTTAGGTAGGAATAGGGGGATACCTGGCCTGCTGAGTCTGGCTGTCTCCCAGGCCTTTC AGACATCCCAGGTGAAGCCATGGTGAAGCTCTACTGCCCCAAGTGCATGGATGTGTACACACCCAAGTCA TCAAGACACCATCACACGGATGGCGCCTACTTCGGCACTGGTTTCCCTCACATGCTCTTCATGGTGCATC CCGAGTACCGGCCCAAGAGACCTGCCAACCAGTTTGTGCCCAGGTAGGGAGCAGGGAGAGTCATTAAGGG TCAAAGGAAAGGCCCAAGATCCCCCAGAGAGGGGAGGACAGGGCATGGCCCTTTCTTGAGGTCTGCTTCT CCCAGAATCAGGGCATCTCCCTGCTGAGTGACTGTGGGAAAGTTATTTGATTATCTGTGCTTGAGTTACC TTATTGTAGAATGTTCTTGAGCTGAGAAGTTGGGAACCACGAGGCTTTAGCTCTGAGCAGGTCCATAGAG GAGCTCAGGTGGGGAGGTGGGAATGCAGGTGACTGGCAGGGCCTGGATGGGGCTCATGCTGCTGCCTCTC TGACCTCTGCCCTGGCCTAGGCTCTACGGTTTCAAGATCCATCCGATGGCCTACCAGCTGCAGCTCCAAG CCGCCAGCAACTTCAAGAGCCCAGTCAAGACGATTCGCTGATTCCCTCCCCCACCTGTCCTGCAGTCTTT GACTTTTCCTTTCTTTTTTGCCACCCTTTCAGGAACCCTGTATGGTTTTTAGTTTAAATTAAAGGAGTCG TTATCGTGGTGGGAATATGAAATAAAGTAGAAGAAAAGGCCATGAGCTAGT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| LY6G5B_1 ↗ | 6:31,672,016 | 正股 | 31,671,967–31,672,026 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR6_9GKCC · promoter · 31664987–31665246 · regulatory
ENSR6_9GKCK · promoter · 31665620–31666112 · regulatory
ENSR6_59G4NG · CTCF_binding_site · 31665902–31665923 · regulatory
ENSR6_8X5PC · enhancer · 31666113–31666272 · regulatory
ENSR6_B89ND · promoter · 31666273–31666830 · regulatory
· motif · 31665048–31665059 · motif
· motif · 31665048–31665059 · motif
· motif · 31665076–31665084 · motif
· motif · 31665076–31665091 · motif
· motif · 31665104–31665115 · motif
· motif · 31665104–31665115 · motif
· motif · 31665413–31665428 · motif
· motif · 31665414–31665427 · motif
· motif · 31665419–31665431 · motif
· motif · 31665421–31665433 · motif
· motif · 31665445–31665458 · motif
· motif · 31665863–31665874 · motif
· motif · 31665869–31665878 · motif
· motif · 31665892–31665902 · motif
· motif · 31665904–31665920 · motif
· motif · 31666033–31666045 · motif
· motif · 31666045–31666056 · motif
· motif · 31666045–31666056 · motif
· motif · 31666084–31666094 · motif
· motif · 31666091–31666101 · motif
· motif · 31666123–31666138 · motif
· motif · 31666268–31666283 · motif
· motif · 31673162–31673176 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:201 aa
LY6G5B 蛋白質長 201 個胺基酸,序列第 1–18 位註記為訊號肽;第 26–118 位含有 UPAR/Ly6 結構域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
LY6G5B 的定位註記為分泌。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
LY6G5B 可形成寡聚體;來源未提供寡聚體的組成或形成條件。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 交互作用 | LY6G5B 可形成寡聚體,表示該蛋白質能以多個分子組成的形式存在;此敘述未指出寡聚體包含的分子數、組成成員或形成條件。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | Secreted | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
CCACCCTTTCAGGAACCCTGTATGGTTTTTAGTTTAAATT40AAAGGAGTCGTTATCGTGGTGGGAATATGAAATAAAGTAG80AAGAAAAGGCCATGAGCTAGTCTGCTGGTGCTTGCTGTTG120GGGAAGGGAAGGTGATGGTGTGTTGGACTCCAGGGGCCCT160CATGGCCCAGCCCACCCTCCCCAGATTGAAAACCAGGACA200GATTTGTGCTCAGTGGATTGGGTGGTGTTTTTAGTATGGA240GCAGAACAGAATTCCTAGGACTGCGTGTGATGAAATGCAA280GGTCAAAAGGAAAAGACAAAGCATATTTCAAAGATGAGAA320ATATTTGTTTGGATATCTATGACTGTCTGTTTATACTGTA360AGGGGCTTAATCAGCAGCTCCATCTTTTAGTTTTAGTTCT400AAAGGAAAAGTAGCCTAAAGTCAGTATAACTAAAGGGTGG440AACGAGGTGGGACAAGGTCCGGAATTGCTGCTCAGTGATG480TGTGTGTGCCTGCCGCTGGTGGAGCTGAGACTGCTCATCT520CAGAAGGATGGGGATGCTTGATTTCCTGGCCAGGTTGTCC560CAGCACAGTGGGGATTGGCCCTGTTGTATGACGAAGACAG600CACATGGTGGCAGAGATAGATACTAACCCATGGACTTTCC640AAGGGAGGGAATAGGTCTTTGGAGGGTATGCAAGACAAAG680GTAGACACTGGATAAAGAACCCGGTAGTGCCCAGGTATTA720CCCCATCTGGGCCATTACTCCCACACTCAGGAACCAGACG760TTGTGGGTGAGGACATGCTGTCCCTCCTGCCAAGTAATAA800CTTCCTTCCCAGCCAGGATCCTGCCCCAAGTAGGAATATA840GCTCTGCATTTACAGCAGCTCCTGCTCAGACCTTGTCAAA880ACCACCCTGCAGCTTAGGATTAAGGAGCATGGTCACAGGA920AGGTGGGGTTTCAGGGCATCCCCTCAGGAACTGCCCATCT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。