基因總覽
LXN(latexin)是蛋白質編碼基因,其產物屬於蛋白酶抑制劑 I47(latexin)家族。latexin 長 222 個胺基酸,具有兩個 Cystatin LXN-type 結構域,中間由一段 α 螺旋連接區相連。來源將其描述為 CPA1、CPA2 與 CPA4 的抑制劑,並指出它可能參與發炎;作用方式與可能的生物學意義詳見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000264265 ★ | 158,666,414–158,672,648 | 6 |
| ENST00001126396 | 158,591,891–158,672,732 | 6 |
| ENST00000482640 | 158,645,822–158,669,593 | 4 |
| ENST00001126397 | 158,659,434–158,672,732 | 6 |
| ENST00001093529 | 158,666,414–158,672,732 | 6 |
| ENST00001143698 | 158,666,414–158,672,732 | 6 |
| ENST00001114406 | 158,669,132–158,672,732 | 3 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
latexin 是 CPA1、CPA2 與 CPA4 的強效抑制劑。來源指出,這種抑制作用具有非競爭性,且幾乎不可逆;也就是說,latexin 對這些標的的抑制並非以競爭方式描述,並具有難以逆轉的特性。這項資料未進一步說明作用的分子步驟或其發生條件,因此不宜延伸推論更細部的機制。
除對上述三種 CPA 的抑制作用外,來源也提出 latexin 可能在發炎中發揮作用。不過,這項描述保留「可能」的限定,未指出其在發炎中的具體作用方向、涉及的細胞或分子環節,也未提供足以判定因果關係的細節。因此,目前可概括為:latexin 的已述功能包括抑制 CPA1、CPA2 與 CPA4,並可能與發炎相關;來源未進一步界定兩者之間是否存在直接關聯。
Promoter 與基因調控
>LXN ENST00000264265 GRCh38 chr3:158672548-158673648 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TCCCAGCTACTCTGGAGGCTGAGGCAGGAGAACTGCTTGAACCCAGGAGGCGGACGTTGCAGTGAGCCGA GATAGCACCATTGCACTCCAGCCTAGGCAACAAGAGTGAAATTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA GAAAAGAAAAGAAAAAAAGGTCTCAATCCAGGCAGCGAAGACCTTGGCCAAACTTTGGTAGAATCTCCAA GTTATCCTAGCCCAATTAACCTAAGACCACCAAGGATAAACCTGTACTTCTACAAAGTCAGGTTTATAGG CCCATTGCAATGAGGTAGACCACATACCAGAGAGAGTGCTTTGTATAAGTTCAGTTTTTAAGTTTATTTT AATCCTTGAAGTAAAATATTCAAAATGACTCAAGTTGGAAGCATGGCGTTACATCAAAACTTATCATTTT AAGATTAGTAAAGGAGAGGGGTACAGGTGCATTTTTTTATTTCTCCTGATCCAAATTACATAATCTCCCA ATTTAATACTATAGTTTGCAGATTCTCATACTTTGATTTGGGCAGAACTGGTCCAAACCCACAAAAAGCT GAGGATGAGCAAGCCTCTTCCTGGACTCTCATAAGGGGAAGGGAAATGAAGGAATCGAATCACTACCTGG AGTACTGTGTACCTTGCCCTGCCAGGGACGCTGCATGCGGTGTATAAGGAAGTTGTGCTCCAGTATGCAA GCGAAGCAACCAGACTTTTTTCCCATGGACAGGAAACTAGAGTCTTCAGAGATGTCCTATATCAGCGAAA GCCCCACCCTGCACTTCTATAAAGGTTAATGAAACGAAAGATGCAATCCCAGCGAACCTAGCCCACTGAC TCCCTCCCCACACCTCCACCTGCTGGTGCCTGACAAGCATGCTGGCCTCTCCTCCAGTAGGAACCAGCAG GCGGAGTAAGGAAGCCCGCTGCAGGCAGTAGTGGGGCGGGGCCTCAGAAGCAGTCAGCCCAGGGCTCTCG GATGCAGGGAGCCTGGGCCCAAACAGCAGCTTCCGGAGTCGGAAGGAGCTGAGGAAGAAGACTGACTGAA GGAGCTTGCGACTTTTCCGCCTCGGCAACCGGACCCAGCAGCAAGCAGGAC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| LXN_1 ↗ | 3:158,672,644 | 負股 | 158,672,634–158,672,693 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR3_86MXS6 · enhancer · 158668596–158668832 · regulatory
ENSR3_94BZG9 · promoter · 158672638–158673106 · regulatory
ENSR3_53DBN92 · CTCF_binding_site · 158672729–158672750 · regulatory
ENSR3_53DBN98 · CTCF_binding_site · 158672779–158672800 · regulatory
· motif · 158672363–158672375 · motif
· motif · 158672366–158672373 · motif
· motif · 158672366–158672381 · motif
· motif · 158672731–158672747 · motif
· motif · 158672781–158672797 · motif
· motif · 158672965–158672976 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:222 aa
latexin 長 222 個胺基酸,含有兩個 Cystatin LXN-type 結構域:第一個位於第 1–97 個胺基酸,第二個位於第 118–222 個胺基酸。兩者之間的第 98–117 個胺基酸區段為 α 螺旋連接區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
latexin 位於細胞質。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 25 個夥伴
- BOCQ96DN7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CA3P07451 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- COX6A1P12074 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CYBC1Q9BQA9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DNAJC11Q9NVH1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DPYDQ12882 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FCGR3AA0A1W2PQB1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GSG1LQ6UXU4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- IGSF11Q5DX21-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MAGEA8P43361 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MCMDC2Q4G0Z9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NSMFQ6X4W1-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PAX6P26367 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PPP1R3CQ9UQK1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RNF4P78317 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SHKBP1Q8TBC3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SPAG7O75391 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TMEM14AQ9Y6G1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRAIPQ9BWF2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRIM39Q9HCM9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- YIF1BQ5BJH7-5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZCCHC17Q9NP64 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZKSCAN4Q969J2 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- ZNF430Q2NKJ9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZNF679Q8IYX0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | latexin 是 CPA1、CPA2 與 CPA4 的強效、非競爭性且幾乎不可逆的抑制劑;來源另指出它可能參與發炎,但未說明具體作用方式或關聯。 | 含實驗來源 | 證據與來源Hardly reversible, non-competitive, and potent inhibitor of CPA1, CPA2 and CPA4. May play a role in inflammation PMID 15738388 ↗ |
| 細胞定位 | latexin 位於細胞質。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
AAACAGCAGCTTCCGGAGTCGGAAGGAGCTGAGGAAGAAG40ACTGACTGAAGGAGCTTGCGACTTTTCCGCCTCGGCAACC80GGACCCAGCAGCAAGCAGGACGGGCGGCGCTCTGCTACTG120GTCCCGTTAAGCCAGAGTAGCCCAAGCCCTGAAGTCACTG160CTCATCCGGAATGGAAATCCCGCCGACCAACTACCCAGCC200TCCAGGGCGGCCTTGGTGGCACAGAACTACATCAACTACC240AGCAGGGGACCCCGCACAGGGTGTTTGAGGTGCAGAAGGT280CAAACAAGCCAGCATGGAGGATATTCCAGGAAGAGGACAT320AAGTATCACCTTAAATTTGCTGTTGAAGAAATTATACAAA360AACAAGTTAAGGTGAACTGCACAGCTGAAGTACTTTACCC400TTCAACGGGACAAGAAACTGCACCAGAAGTCAACTTCACA440TTTGAAGGAGAAACTGGAAAGAATCCAGATGAAGAAGACA480ACACATTTTATCAAAGACTTAAGTCCATGAAGGAACCGCT520AGAAGCACAAAATATTCCAGACAATTTTGGAAATGTATCT560CCAGAAATGACGCTCGTTCTACATTTAGCCTGGGTTGCCT600GTGGTTATATAATATGGCAAAATTCTACTGAAGACACATG640GTATAAAATGGTAAAAATTCAAACTGTCAAGCAAGTGCAA680AGAAATGATGACTTTATTGAATTAGACTACACCATTCTAC720TTCATAATATAGCATCTCAGGAGATTATTCCCTGGCAAAT760GCAAGTTCTCTGGCATCCACAATACGGCACTAAAGTAAAA800CATAATAGCCGTCTGCCAAAGGAAGTACAACTGGAATAAA840CAAAAACCCTAACACTGGAAGTGTAAACATGTCTATTGAT880GTGTATGCCAATTTCACTGGCATCTAGCTTATGAGGCCAA920ATAATCCCAAAGTGTCACTTTATATAAATGTCTTGATTAC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。