基因總覽
LSM2 homolog, U6 small nuclear RNA and mRNA degradation associated 是一種蛋白質編碼基因，其產物屬於 snRNP Sm proteins family。LSM2 與 LSM3、LSM4、LSM5、LSM6、LSM7 及 LSM8 組成七聚體 LSM2-8 複合體；這個複合體是環狀結構，也是 U4/U6-U5 tri-snRNP 的組成部分。來源描述的主要角色與 pre-mRNA 剪接相關，詳細作用見下方功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000375661 ★ | 31,797,396–31,806,966 | 5 |
| ENST00000904318 | 31,797,019–31,806,992 | 5 |
| ENST00000936482 | 31,797,019–31,806,992 | 2 |
| ENST00000936483 | 31,797,019–31,806,992 | 4 |
| ENST00000936484 | 31,797,019–31,806,992 | 5 |
| ENST00000936486 | 31,797,019–31,806,992 | 3 |
| ENST00000936487 | 31,797,019–31,806,992 | 4 |
| ENST00001139888 | 31,797,019–31,806,992 | 5 |
| ENST00000936485 | 31,797,396–31,806,992 | 5 |
| ENST00001087146 | 31,797,396–31,806,992 | 5 |
| ENST00001090662 | 31,797,396–31,806,992 | 3 |
| ENST00000979631 | 31,797,399–31,806,992 | 5 |
顯示 12/13 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
LSM2 參與 pre-mRNA 剪接，來源所述的作用脈絡包括 U4/U6-U5 tri-snRNP 複合體，以及尚未進入催化階段的剪接體，即 spliceosome B complex。U4/U6-U5 tri-snRNP 是剪接體組裝所涉及的組成單元；LSM2 作為其中一員，也存在於 precatalytic spliceosome。這些資料支持 LSM2 在剪接體形成及其前催化階段中的角色，但未提供其在剪接反應各步驟中的具體作用細節。
LSM2 與 LSM3、LSM4、LSM5、LSM6、LSM7、LSM8 共同形成七聚體 LSM2-8 複合體。該複合體會專一性結合 U6 snRNA 的 3′ 端 U-tract。這項結合特性將 LSM2-8 與 U6 snRNA 相連，並與其作為 U4/U6-U5 tri-snRNP 及 precatalytic spliceosome 組成部分的角色相呼應。來源未進一步說明結合如何影響 U6 snRNA，或其對剪接結果的個別貢獻。
Promoter 與基因調控
>LSM2 ENST00000375661 GRCh38 chr6:31806866-31807966 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ACCCAGGCTGGAATGCAGTGGGGAGATTGTAGCTCACTGTAACTCTTGGGTTCAAATGATCCTCCTGCCT CAGCCTCCCCAAATGCTGGGATTTACAGGCCTCAACATTTTTTGTTTTTTGGGATGGAGTTTTGCTCTTG TTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCAAGATCTCCACTCACTGCAACCTATGCCTCCTGGATTTACAGGCGC GTGCCACCACACCCGGCTAATTTTTGGGTTTTTAGTAGAGACAGAATTTCGCCATGTTGACCAGGCTGGT CTCGAACTCCTGACCTCAGGCGATCCACTTGCCTTGGCCGCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCC ACTGCTCCCGGTCATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGCAGTG CAGTGGCGCGATCTCGGTTCACTGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCTTCCCTCAGCCTCC CGAGTAGCTGGTATTACAGGAGCCTGCGACCACGCCTAATTTTTTTTGTATTTTTAGTGAAGATGGGGTT TCACCATGTTGGCTAGACTGGTCTCGAACTCCTGACCTCACACAATCCACCCACCTAGGCCTCCCAGAGT GCTGGGATTAAAGGCTTGAGCCACGGCCCTCGGCCTTTTTTTCTTTTTATCAGCTGAATTTAAGATTCAA AACATTTTTTAATTTTATTTTTTAAATTTTATGTTTTTACTTTAACAAATATAGAAAAGTGCACACTTCA TAATCTTAACAAACTCCCCACAATTCTCGATAGGAAGTGTGTGTAGGGCACAAACACATCACGCTGTAGA TGGCAGGATTCTGGAAAAGAACAAAATCCTTTGAGCTCAGGCGCTGAGTCCCGCCACCCGTCTGGCAGCC CAGGCTAGGGTCCGCGCCTGCGCAATGGGAGCCGGCCGGCCAGGGAGGAAGTCGGAATGAAGGAAACCCC GCCCCTTTCCCGGCTTCCTCCTCCCCTCTACTCTACCCAGCTTGCGCTCCCCAGCCGCAAGTCGGCCGCG CTTTGCCCGTCAGCGCTTGGAGCTTTCTGCGTCGCTTCCCGCTGCGCCTGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| LSM2_1 ↗ | 6:31,806,966 | 負股 | 31,806,956–31,807,015 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：95 aa
LSM2 蛋白長 95 個胺基酸，屬於 snRNP Sm proteins family。其第 2 至第 76 個胺基酸區段註解為 Sm domain。
蛋白質三維結構
細胞內定位
LSM2 的細胞定位記錄為細胞核。 來源未提供定位改變的條件、動態或異構型差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 25 個夥伴
- BANPQ8N9N5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CBX8Q9HC52 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CLNS1AP54105 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- DNAAF11Q86X45 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRT13A1A4E9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LGALS7BP47929 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LNX1Q8TBB1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LSM1O15116 · UniProt INTERACTION · 13 experiments
- LSM12Q3MHD2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LSM3P62310 · UniProt INTERACTION · 75 experiments
- LSM6P62312 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- LSM7Q9UK45 · UniProt INTERACTION · 15 experiments
- LSM8O95777 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- LZTS1Q9Y250 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MAGEA3P43357 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MAGEA6P43360 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- MEOX2P50222 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PATL1Q86TB9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RELQ04864 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SNRPBP14678-2 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- SNRPD2P62316 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- SNRPEP62304 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- TLE5Q08117 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRIM54Q9BYV2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZNF408Q9H9D4 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
LSM2 與 LSM3、LSM4、LSM5、LSM6、LSM7、LSM8 形成七聚體、環狀的 LSM2-8 複合體。此複合體是 U4/U6-U5 tri-snRNP 與 precatalytic spliceosome 的組成部分；來源另指出 LSM2-8 可結合 U6 snRNA 的 3′ 端 U-tract。U4/U6-U5 tri-snRNP 亦包含 U4、U6、U5 snRNA，以及 PRPF3、PRPF4、PRPF6、PRPF8、PRPF31、SNRNP200、TXNL4A、SNRNP40、SNRPB、SNRPD1、SNRPD2、SNRPD3、SNRPE、SNRPF、SNRPG、DDX23、CD2BP2、PPIH、SNU13、EFTUD2、SART1、USP39。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | LSM2 參與 pre-mRNA 剪接，是參與剪接體組裝的 U4/U6-U5 tri-snRNP 複合體及前催化剪接體（spliceosome B complex）的組成部分。由 LSM2 等蛋白質形成的七聚體 LSM2-8 複合體，會專一性結合 U6 snRNA 的 3′ 端 U-tract。 | 含實驗來源 | 證據與來源Plays a role in pre-mRNA splicing as component of the U4/U6-U5 tri-snRNP complex that is involved in spliceosome assembly, and as component of the precatalytic spliceosome (spliceosome B complex). The heptameric LSM2-8 complex binds specifically to the 3'-terminal U-tract of U6 snRNA PMID 10523320 ↗ · PMID 28781166 ↗ |
| 交互作用 | LSM2 是 precatalytic spliceosome（spliceosome B complex）及 U4/U6-U5 tri-snRNP 的組成部分；後者是前催化剪接體的組成單元，含 U4、U6、U5 snRNA 及多種蛋白質。LSM2 與 LSM3、LSM4、LSM5、LSM6、LSM7、LSM8 形成七聚體環狀 LSM2-8 複合體，該複合體也屬於上述 tri-snRNP 與前催化剪接體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the precatalytic spliceosome (spliceosome B complex). Component of the U4/U6-U5 tri-snRNP complex, a building block of the precatalytic spliceosome (spliceosome B complex). The U4/U6-U5 tri-snRNP complex is composed of the U4, U6 and U5 snRNAs and at least PRPF3, PRPF4, PRPF6, PRPF8, PRPF31, SNRNP200, TXNL4A, SNRNP40, SNRPB, SNRPD1, SNRPD2, SNRPD3, SNRPE, SNRPF, SNRPG, DDX23, CD2BP2, PPIH, SNU13, EFTUD2, SART1 and USP39, plus LSM2, LSM3, LSM4, LSM5, LSM6, LSM7 and LSM8. LSM2, LSM3, LSM4, LSM5, LSM6, LSM7 and LSM8 form a heptameric, ring-shaped subcomplex (the LSM2-8 complex) that is part of the U4/U6-U5 tri-snRNP complex and the precatalytic spliceosome PMID 10523320 ↗ · PMID 11991638 ↗ · PMID 26912367 ↗ · PMID 28781166 ↗ |
| 細胞定位 | LSM2 的細胞內定位記錄為細胞核。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
CTCCCCTCTACTCTACCCAGCTTGCGCTCCCCAGCCGCAA40GTCGGCCGCGCTTTGCCCGTCAGCGCTTGGAGCTTTCTGC80GTCGCTTCCCGCTGCGCCTGCGCGGTCCCGCCTCGCCCCA120CGCGCGGGCTCGCGCTTCGGTTTCCCCAGACCTGCTCGCA160GCACCCTGCTGTCTTCCCGGTCCGGCCCGCTGCCCGCGGC200GCCAGCACCATGCTCTTCTATTCTTTTTTCAAGTCCCTTG240TGGGCAAGGATGTGGTCGTGGAACTAAAGAATGACCTGAG280CATCTGTGGAACCCTCCATTCTGTGGATCAGTATCTCAAC320ATCAAACTAACTGACATCAGTGTCACAGACCCTGAGAAAT360ACCCTCACATGTTATCAGTGAAGAACTGCTTCATTCGGGG400CTCAGTGGTCCGATACGTGCAGCTGCCAGCAGATGAGGTC440GACACACAGTTGCTACAGGATGCGGCAAGGAAGGAAGCCC480TGCAGCAGAAACAGTGATGGCTCCTCCTCCTCTTCCCCTC520CCTCTTTCATTGGTGACCCATAACCCCAAGTCCCAGCCCA560GAACCCCTAACCCCCAATACTTGAAGGGGTTTTGTTTTTT600TACTAATGATGGTTTTGTGGGTTTTTTTTAAGGGATGAGT640GGATGAGAGGAGTAATAGGGAACAGCTATCCTCTCTTGAG680AAGGGGAGGATAAGTAGGCTGGGAAACTTCAAAGCCTTCC720CAGTCCCCAGCACCTGCCTTTCTCACTACTTCTCTGGAGA760TGGTAGGAGAGTTTCCTAGGTCTTTCCAGGGCAGCATGTG800ATTCATTTGGGGATGGAAGGAATCTGTCCCGCATCGGGAA840TAAAATTTATGATGCAAA858cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。