演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

LPAR5KPG_010

lysophosphatidic acid receptor 5

LPAR5 編碼 lysophosphatidic acid receptor 5,是細胞膜上的多次跨膜受體,可辨識 lysophosphatidic acid(LPA);LPA 能介導多種細胞活動。

Homo sapiens12p13.31UniProt Q9H1C0
OFFICIAL SYMBOL
LPAR5
CHROMOSOME
12
UNIPROT
Q9H1C0
PDB / ALPHAFOLD
20ZX
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

LPAR5 是蛋白質編碼基因,產物 lysophosphatidic acid receptor 5 屬於 G protein-coupled receptor 1 family。此受體位於細胞膜,具有多次穿越膜的結構,並以 lysophosphatidic acid(LPA)為受體配體。其基本特徵是將細胞膜上的受體身分與 LPA 所介導的多種細胞活動連結;現有資料未提供更細的下游機制或特定生理情境。

Official symbol
LPAR5
Gene name
lysophosphatidic acid receptor 5
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:13307
UniProt
Q9H1C0
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
KPG_010LPA5GPR93GPR92

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1212p13.31
chr12 · 133,275,309 bp · GRCh38chr12p13.33 · 1–3200000 · gnegchr12p13.32 · 3200001–5300000 · gpos25chr12p13.31 · 5300001–10000000 · gnegchr12p13.2 · 10000001–12600000 · gpos75chr12p13.1 · 12600001–14600000 · gnegchr12p12.3 · 14600001–19800000 · gpos100chr12p12.2 · 19800001–21100000 · gnegchr12p12.1 · 21100001–26300000 · gpos100chr12p11.23 · 26300001–27600000 · gnegchr12p11.22 · 27600001–30500000 · gpos50chr12p11.21 · 30500001–33200000 · gnegchr12p11.1 · 33200001–35500000 · acenchr12q11 · 35500001–37800000 · acenchr12q12 · 37800001–46000000 · gpos100chr12q13.11 · 46000001–48700000 · gnegchr12q13.12 · 48700001–51100000 · gpos25chr12q13.13 · 51100001–54500000 · gnegchr12q13.2 · 54500001–56200000 · gpos25chr12q13.3 · 56200001–57700000 · gnegchr12q14.1 · 57700001–62700000 · gpos75chr12q14.2 · 62700001–64700000 · gnegchr12q14.3 · 64700001–67300000 · gpos50chr12q15 · 67300001–71100000 · gnegchr12q21.1 · 71100001–75300000 · gpos75chr12q21.2 · 75300001–79900000 · gnegchr12q21.31 · 79900001–86300000 · gpos100chr12q21.32 · 86300001–88600000 · gnegchr12q21.33 · 88600001–92200000 · gpos100chr12q22 · 92200001–95800000 · gnegchr12q23.1 · 95800001–101200000 · gpos75chr12q23.2 · 101200001–103500000 · gnegchr12q23.3 · 103500001–108600000 · gpos50chr12q24.11 · 108600001–111300000 · gnegchr12q24.12 · 111300001–111900000 · gpos25chr12q24.13 · 111900001–113900000 · gnegchr12q24.21 · 113900001–116400000 · gpos50chr12q24.22 · 116400001–117700000 · gnegchr12q24.23 · 117700001–120300000 · gpos50chr12q24.31 · 120300001–125400000 · gnegchr12q24.32 · 125400001–128700000 · gpos50chr12q24.33 · 128700001–133275309 · gnegLPAR5pq1 bp133,275,309 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr12:6,618,835–6,636,444
Gene span
17,610 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000329858 ★6,618,835–6,635,9592
ENST000004319226,618,835–6,631,6492
ENST000008897876,618,835–6,636,4442
ENST000008897896,618,835–6,636,1352
ENST000008897916,618,835–6,636,1983
ENST000008897926,618,835–6,631,5962
ENST000008897946,618,835–6,626,8272
ENST000009602066,618,835–6,636,1983
ENST000011437976,618,835–6,636,1982

顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

lysophosphatidic acid receptor 5 是 lysophosphatidic acid(LPA)的受體。LPA 被描述為能介導多種細胞活動的分子,因此 LPAR5 參與細胞感知 LPA 的受體層級。現有資料將其功能概括為 LPA receptor,未進一步指出受體辨識配體後所引發的訊號傳遞步驟、下游分子或作用方向。

就功能意義而言,來源支持的範圍是:LPA 可介導多樣的細胞活動,而 LPAR5 是辨識 LPA 的受體之一。這項描述將受體與配體所關聯的細胞活動相連,但沒有列明哪些活動由 LPAR5 特異調控,也沒有提供特定細胞類型、組織、實驗系統或條件。因此,不宜據此推定 LPAR5 在某一生物學過程中的具體作用或效應。

來源亦未說明 LPAR5 的配體結合特性、受體活化方式、訊號分支或其功能是否依細胞情境而異。故目前可確定的功能摘要限於其為 LPA receptor,以及 LPA 本身與多種細胞活動有關;更細緻的分子機制與生物學後果並無資料支持。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 6635959 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>LPAR5 ENST00000329858 GRCh38 chr12:6635859-6636959 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
CACCGTGCCTGGCTCAGCATTGGCCTTTAATAAGTTGACATATCCCAAAGTATGTTCCAGGGACACTGTA
GAGTCTCTCTCCCTTCTATAGGTTCGCAGTAATTAACAGCATTTTGTTAAAGCTTGCTTACTATGACAGT
TCAAACATGCACAAAAATAGAAAAGTATAATGCACTGTCATGTACCCTTCACCCAGTTTCCATGATCAAC
ACAAGGCCTATCATCTGACAGCATGTTAAGGCCCTCCGGAGCGCGGTAATAGAGAAACCTGTTTAACCTA
GTGCTTCCCAAACTCATTTCACCACAATCCCTTTTCCACCTACCACCAAAAAACTTGAACTTGTTTTTAT
TTATTGAGCATGGACAACATGCCCAGCCCTGTGCCCACAGGGCCACTTGTCTCTGTGTTGTCTGGCCCGA
GGACACAAGACAACGGGCTGAGGAGAAACAGACCTAAGCAAAGAGGAACCATCCAGCCTAGTGACTGCTC
GATGCGGGAGCCAAGTGTGCTCAGTGGGAGGCAGGACCTAGCAGAGCACTGTCATGAAGAGGGCCCCGGG
CAGGGTGGGGCACAAGCCACGAGTGGCATGGACTAAGCCACGAGTAGCATGGACTAAACCACCTGGCAGA
CCTAGGAAAGGAAGACAGACACCCAGGGGGAACCGGTGAGGACAGCGAGAGGCTGGTGGGTTAGTCATCT
GGCATCAGACGGTGGGTGTGCCAGGAAGAGTTCCCAGACACAGCAGGAATATCTGAACGATGGGTGGGGG
CAGTTCCTAGTCGGGGCTGGATTAAGTATCCTTAGCTGCTGGGGTTTCTTCTCTGGCCAGTCCGTGAAGG
CCTCTGAGGGCAATGCTTCCTCTTCACTCTCTCCTTGGCCCGTGTGGGGTTGGGTGAGTGCACTGAGCTG
GGAGGGATGGGCTGAGATCTGCTGAGGTGGGTGTGTCCCCTCCCGCCCTGGGAGCAGGTCCTACCAGCCC
AGCCCAGCCCAGCCCAGCCCAGAGCAGGCAGCGGAAGCCAGCTTGGGGCAGCGCAGAGCAACACGGAGCA
CAGGTATGGGGGTGTCACGAATTGAACTGCACAGGGAGCACAAGGGGAGCA
LPAR5 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR12_B3BJD · enhancer · 6631067–6631638 · regulatory

ENSR12_94M3W · promoter · 6631639–6631972 · regulatory

ENSR12_CMQR · enhancer · 6632221–6633408 · regulatory

ENSR12_B3BK2 · enhancer · 6635277–6635948 · regulatory

ENSR12_94M57 · promoter · 6635949–6636449 · regulatory

· motif · 6630971–6630980 · motif

· motif · 6631112–6631123 · motif

· motif · 6631199–6631214 · motif

· motif · 6631278–6631287 · motif

· motif · 6631560–6631569 · motif

· motif · 6631688–6631697 · motif

· motif · 6632191–6632206 · motif

· motif · 6632196–6632208 · motif

· motif · 6632199–6632214 · motif

· motif · 6632320–6632332 · motif

· motif · 6632322–6632335 · motif

· motif · 6632446–6632455 · motif

· motif · 6632710–6632721 · motif

· motif · 6632710–6632721 · motif

· motif · 6633384–6633404 · motif

· motif · 6634225–6634240 · motif

· motif · 6634230–6634242 · motif

· motif · 6634233–6634240 · motif

· motif · 6634233–6634248 · motif

· motif · 6635503–6635520 · motif

· motif · 6635562–6635575 · motif

· motif · 6635562–6635575 · motif

· motif · 6638954–6638969 · motif

· motif · 6638961–6638969 · motif

· motif · 6639316–6639322 · motif

· motif · 6639387–6639393 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:372 aa

1 aa372 aa功能區域跨膜區拓樸區域
依 Q9H1C0 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

lysophosphatidic acid receptor 5 長 372 個胺基酸,屬於 G protein-coupled receptor 1 family。序列註解預測其具有七段跨膜螺旋,並由細胞外與細胞質區段交替連接;C 端細胞質區域(312–372)另標註為無序區。

拓樸區域Extracellular1–26 aa
跨膜區Helical; Name=127–47 aa
拓樸區域Cytoplasmic48–55 aa
跨膜區Helical; Name=256–76 aa
拓樸區域Extracellular77–96 aa
跨膜區Helical; Name=397–117 aa
拓樸區域Cytoplasmic118–136 aa
跨膜區Helical; Name=4137–157 aa
拓樸區域Extracellular158–187 aa
跨膜區Helical; Name=5188–208 aa
拓樸區域Cytoplasmic209–239 aa
跨膜區Helical; Name=6240–260 aa
拓樸區域Extracellular261–276 aa
跨膜區Helical; Name=7277–297 aa
拓樸區域Cytoplasmic298–372 aa
功能區域Disordered312–372 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 20ZX…

PDB · 20ZX

EM · 2.96 A · R=1-372

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cell membrane

LPAR5 位於細胞膜,屬多次跨膜膜蛋白。 來源未描述其定位隨條件改變的情形、不同異構型的定位差異或細胞內運輸動態。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
KPG_010LPAR5
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

目前未取得此類註解。
10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能lysophosphatidic acid receptor 5 是 lysophosphatidic acid(LPA)的受體;LPA 與多種細胞活動的介導有關。此描述指出受體與配體及其廣泛細胞活動之間的關聯,但未提供特定細胞活動、作用條件或受體下游機制。資料庫紀錄
證據與來源

Receptor for lysophosphatidic acid (LPA), a mediator of diverse cellular activities

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位lysophosphatidic acid receptor 5 位於細胞膜,並屬於多次跨膜膜蛋白。此定位描述未指出特定細胞條件、定位變化或異構型差異。資料庫紀錄
證據與來源

Cell membrane / Multi-pass membrane protein

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000329858 · 2,683 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AGAGCAGGCAGCGGAAGCCAGCTTGGGGCAGCGCAGAGCA40
41ACACGGAGCACAGGTCTCTGCTGCTGATGAAGCTGTGACC80
81AAACGCACCCAACCCTTGGCAGCCATCTGTCCCTGCAGCC120
121ATAGCCCACATTCCCATGACCTCCCTCTGCTTGTTTTGGG160
161ACCATGTCTGTACAGCCTCTAGGCCCCAGCCCCGGAGGTG200
201AATGCCATGCCATGATTCTGGTGTGCTCCATGGCATCCCC240
241AGCCTAGCTCCCAATCCCACTTTGGCACGATGTTAGCCAA280
281CAGCTCCTCAACCAACAGTTCTGTTCTCCCGTGTCCTGAC320
321TACCGACCTACCCACCGCCTGCACTTGGTGGTCTACAGCT360
361TGGTGCTGGCTGCCGGGCTCCCCCTCAACGCGCTAGCCCT400
401CTGGGTCTTCCTGCGCGCGCTGCGCGTGCACTCGGTGGTG440
441AGCGTGTACATGTGTAACCTGGCGGCCAGCGACCTGCTCT480
481TCACCCTCTCGCTGCCCGTTCGTCTCTCCTACTACGCACT520
521GCACCACTGGCCCTTCCCCGACCTCCTGTGCCAGACGACG560
561GGCGCCATCTTCCAGATGAACATGTACGGCAGCTGCATCT600
601TCCTGATGCTCATCAACGTGGACCGCTACGCCGCCATCGT640
641GCACCCGCTGCGACTGCGCCACCTGCGGCGGCCCCGCGTG680
681GCGCGGCTGCTCTGCCTGGGCGTGTGGGCGCTCATCCTGG720
721TGTTTGCCGTGCCCGCCGCCCGCGTGCACAGGCCCTCGCG760
761TTGCCGCTACCGGGACCTCGAGGTGCGCCTATGCTTCGAG800
801AGCTTCAGCGACGAGCTGTGGAAAGGCAGGCTGCTGCCCC840
841TCGTGCTGCTGGCCGAGGCGCTGGGCTTCCTGCTGCCCCT880
881GGCGGCGGTGGTCTACTCGTCGGGCCGAGTCTTCTGGACG920
921CTGGCGCGCCCCGACGCCACGCAGAGCCAGCGGCGGCGGA960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。