基因總覽
LPAR5 是蛋白質編碼基因,產物 lysophosphatidic acid receptor 5 屬於 G protein-coupled receptor 1 family。此受體位於細胞膜,具有多次穿越膜的結構,並以 lysophosphatidic acid(LPA)為受體配體。其基本特徵是將細胞膜上的受體身分與 LPA 所介導的多種細胞活動連結;現有資料未提供更細的下游機制或特定生理情境。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000329858 ★ | 6,618,835–6,635,959 | 2 |
| ENST00000431922 | 6,618,835–6,631,649 | 2 |
| ENST00000889787 | 6,618,835–6,636,444 | 2 |
| ENST00000889789 | 6,618,835–6,636,135 | 2 |
| ENST00000889791 | 6,618,835–6,636,198 | 3 |
| ENST00000889792 | 6,618,835–6,631,596 | 2 |
| ENST00000889794 | 6,618,835–6,626,827 | 2 |
| ENST00000960206 | 6,618,835–6,636,198 | 3 |
| ENST00001143797 | 6,618,835–6,636,198 | 2 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
lysophosphatidic acid receptor 5 是 lysophosphatidic acid(LPA)的受體。LPA 被描述為能介導多種細胞活動的分子,因此 LPAR5 參與細胞感知 LPA 的受體層級。現有資料將其功能概括為 LPA receptor,未進一步指出受體辨識配體後所引發的訊號傳遞步驟、下游分子或作用方向。
就功能意義而言,來源支持的範圍是:LPA 可介導多樣的細胞活動,而 LPAR5 是辨識 LPA 的受體之一。這項描述將受體與配體所關聯的細胞活動相連,但沒有列明哪些活動由 LPAR5 特異調控,也沒有提供特定細胞類型、組織、實驗系統或條件。因此,不宜據此推定 LPAR5 在某一生物學過程中的具體作用或效應。
來源亦未說明 LPAR5 的配體結合特性、受體活化方式、訊號分支或其功能是否依細胞情境而異。故目前可確定的功能摘要限於其為 LPA receptor,以及 LPA 本身與多種細胞活動有關;更細緻的分子機制與生物學後果並無資料支持。
Promoter 與基因調控
>LPAR5 ENST00000329858 GRCh38 chr12:6635859-6636959 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CACCGTGCCTGGCTCAGCATTGGCCTTTAATAAGTTGACATATCCCAAAGTATGTTCCAGGGACACTGTA GAGTCTCTCTCCCTTCTATAGGTTCGCAGTAATTAACAGCATTTTGTTAAAGCTTGCTTACTATGACAGT TCAAACATGCACAAAAATAGAAAAGTATAATGCACTGTCATGTACCCTTCACCCAGTTTCCATGATCAAC ACAAGGCCTATCATCTGACAGCATGTTAAGGCCCTCCGGAGCGCGGTAATAGAGAAACCTGTTTAACCTA GTGCTTCCCAAACTCATTTCACCACAATCCCTTTTCCACCTACCACCAAAAAACTTGAACTTGTTTTTAT TTATTGAGCATGGACAACATGCCCAGCCCTGTGCCCACAGGGCCACTTGTCTCTGTGTTGTCTGGCCCGA GGACACAAGACAACGGGCTGAGGAGAAACAGACCTAAGCAAAGAGGAACCATCCAGCCTAGTGACTGCTC GATGCGGGAGCCAAGTGTGCTCAGTGGGAGGCAGGACCTAGCAGAGCACTGTCATGAAGAGGGCCCCGGG CAGGGTGGGGCACAAGCCACGAGTGGCATGGACTAAGCCACGAGTAGCATGGACTAAACCACCTGGCAGA CCTAGGAAAGGAAGACAGACACCCAGGGGGAACCGGTGAGGACAGCGAGAGGCTGGTGGGTTAGTCATCT GGCATCAGACGGTGGGTGTGCCAGGAAGAGTTCCCAGACACAGCAGGAATATCTGAACGATGGGTGGGGG CAGTTCCTAGTCGGGGCTGGATTAAGTATCCTTAGCTGCTGGGGTTTCTTCTCTGGCCAGTCCGTGAAGG CCTCTGAGGGCAATGCTTCCTCTTCACTCTCTCCTTGGCCCGTGTGGGGTTGGGTGAGTGCACTGAGCTG GGAGGGATGGGCTGAGATCTGCTGAGGTGGGTGTGTCCCCTCCCGCCCTGGGAGCAGGTCCTACCAGCCC AGCCCAGCCCAGCCCAGCCCAGAGCAGGCAGCGGAAGCCAGCTTGGGGCAGCGCAGAGCAACACGGAGCA CAGGTATGGGGGTGTCACGAATTGAACTGCACAGGGAGCACAAGGGGAGCA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR12_B3BJD · enhancer · 6631067–6631638 · regulatory
ENSR12_94M3W · promoter · 6631639–6631972 · regulatory
ENSR12_CMQR · enhancer · 6632221–6633408 · regulatory
ENSR12_B3BK2 · enhancer · 6635277–6635948 · regulatory
ENSR12_94M57 · promoter · 6635949–6636449 · regulatory
· motif · 6630971–6630980 · motif
· motif · 6631112–6631123 · motif
· motif · 6631199–6631214 · motif
· motif · 6631278–6631287 · motif
· motif · 6631560–6631569 · motif
· motif · 6631688–6631697 · motif
· motif · 6632191–6632206 · motif
· motif · 6632196–6632208 · motif
· motif · 6632199–6632214 · motif
· motif · 6632320–6632332 · motif
· motif · 6632322–6632335 · motif
· motif · 6632446–6632455 · motif
· motif · 6632710–6632721 · motif
· motif · 6632710–6632721 · motif
· motif · 6633384–6633404 · motif
· motif · 6634225–6634240 · motif
· motif · 6634230–6634242 · motif
· motif · 6634233–6634240 · motif
· motif · 6634233–6634248 · motif
· motif · 6635503–6635520 · motif
· motif · 6635562–6635575 · motif
· motif · 6635562–6635575 · motif
· motif · 6638954–6638969 · motif
· motif · 6638961–6638969 · motif
· motif · 6639316–6639322 · motif
· motif · 6639387–6639393 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:372 aa
lysophosphatidic acid receptor 5 長 372 個胺基酸,屬於 G protein-coupled receptor 1 family。序列註解預測其具有七段跨膜螺旋,並由細胞外與細胞質區段交替連接;C 端細胞質區域(312–372)另標註為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
LPAR5 位於細胞膜,屬多次跨膜膜蛋白。 來源未描述其定位隨條件改變的情形、不同異構型的定位差異或細胞內運輸動態。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | lysophosphatidic acid receptor 5 是 lysophosphatidic acid(LPA)的受體;LPA 與多種細胞活動的介導有關。此描述指出受體與配體及其廣泛細胞活動之間的關聯,但未提供特定細胞活動、作用條件或受體下游機制。 | 資料庫紀錄 | |
| 細胞定位 | lysophosphatidic acid receptor 5 位於細胞膜,並屬於多次跨膜膜蛋白。此定位描述未指出特定細胞條件、定位變化或異構型差異。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
AGAGCAGGCAGCGGAAGCCAGCTTGGGGCAGCGCAGAGCA40ACACGGAGCACAGGTCTCTGCTGCTGATGAAGCTGTGACC80AAACGCACCCAACCCTTGGCAGCCATCTGTCCCTGCAGCC120ATAGCCCACATTCCCATGACCTCCCTCTGCTTGTTTTGGG160ACCATGTCTGTACAGCCTCTAGGCCCCAGCCCCGGAGGTG200AATGCCATGCCATGATTCTGGTGTGCTCCATGGCATCCCC240AGCCTAGCTCCCAATCCCACTTTGGCACGATGTTAGCCAA280CAGCTCCTCAACCAACAGTTCTGTTCTCCCGTGTCCTGAC320TACCGACCTACCCACCGCCTGCACTTGGTGGTCTACAGCT360TGGTGCTGGCTGCCGGGCTCCCCCTCAACGCGCTAGCCCT400CTGGGTCTTCCTGCGCGCGCTGCGCGTGCACTCGGTGGTG440AGCGTGTACATGTGTAACCTGGCGGCCAGCGACCTGCTCT480TCACCCTCTCGCTGCCCGTTCGTCTCTCCTACTACGCACT520GCACCACTGGCCCTTCCCCGACCTCCTGTGCCAGACGACG560GGCGCCATCTTCCAGATGAACATGTACGGCAGCTGCATCT600TCCTGATGCTCATCAACGTGGACCGCTACGCCGCCATCGT640GCACCCGCTGCGACTGCGCCACCTGCGGCGGCCCCGCGTG680GCGCGGCTGCTCTGCCTGGGCGTGTGGGCGCTCATCCTGG720TGTTTGCCGTGCCCGCCGCCCGCGTGCACAGGCCCTCGCG760TTGCCGCTACCGGGACCTCGAGGTGCGCCTATGCTTCGAG800AGCTTCAGCGACGAGCTGTGGAAAGGCAGGCTGCTGCCCC840TCGTGCTGCTGGCCGAGGCGCTGGGCTTCCTGCTGCCCCT880GGCGGCGGTGGTCTACTCGTCGGGCCGAGTCTTCTGGACG920CTGGCGCGCCCCGACGCCACGCAGAGCCAGCGGCGGCGGA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。