基因總覽
LINC01621 是人類非蛋白質編碼 RNA 基因，正式名稱為 long independently transcribed non-coding RNA 1621。登錄類型為 RNA, long non-coding。此基因座位於 6q14.1。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000784459 ★ | 79,803,539–79,878,549 | 4 |
| ENST00000693479 | 79,803,556–79,833,386 | 5 |
| ENST00000784476 | 79,803,573–79,817,182 | 4 |
| ENST00000438797 | 79,803,574–79,833,387 | 4 |
| ENST00000784464 | 79,803,574–79,833,368 | 5 |
| ENST00000784465 | 79,803,574–79,833,368 | 6 |
| ENST00000784478 | 79,803,574–79,813,124 | 4 |
| ENST00000784460 | 79,803,577–79,868,822 | 6 |
| ENST00000784461 | 79,803,577–79,833,381 | 5 |
| ENST00000784462 | 79,803,577–79,833,373 | 6 |
| ENST00000784463 | 79,803,577–79,833,372 | 5 |
| ENST00000784469 | 79,803,577–79,833,368 | 5 |
顯示 12/24 個RNA轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>LINC01621 ENST00000784459 GRCh38 chr6:79878449-79879549 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CTGGAACTGGGGATGTGGTGATGTAAGCATCCCTGTGGCCACACCACTGAGACTGCATTGGGTCAGACCT GAAGCCAGCATAGCACAAGATTTTGCCCAAGGCCTGCTGTAACCACCCCCTGGCTACCATCTTTGTTCAC TCAATGACCTAGGGCTCTAAAATCAGCACATGGCAAGGCCAGCCAGGCTGGCTCTTCAGGGTGGTGAGGT CCTCTAGGCCCAAAGCAGATCCAGAGATGCTCTCTAGTGGCCAGGGATTGCAGTTAAAAACCTTAGAAAT TTGCCTGATGTTCTATTCTACTATGGCTAAGCTGGCACTCAAACCACAATATAAAGTTCTTCCCATTTTT TCTTCCCCTTTCCATAGGCAGAGGAGCCTCTCCTTGTTGGCACCATCCTACTGGCCCATGGGGGTGGGGA GTGGTCTGACAGGCTACTACTGATGTTCACTTAAAGCCTAAGGGCTCTTCAGTTAGCTTGTGGTGAATGC TGCCAGGCCTGAGACTCAGCTTTCAGGGAAGTGGGTTCCCCTCTGGTCCAGGGCAGGTCCAGAAATGCTG TCCAGGAGCCTAGGCCTGAACTCGGGGATCTCAAGAGTCTTCTAGTTGCTCTATCCCATTGTGGCTGAGC TGGCACCTAAAGTGCATGACAAAGTTCTCTTTATTTTTGCCTCTGCTTTTCTCAAACAGAAGGAGTTTTA CACTGTAGCCACCACAACTGGGGCTGTGCTAGGTTACACTTGTAGTTAGCATGTTTCAGATGCCTTATCT TACTGAGTCTGAGCTGGTATCCAAGATGCAAGGCAAAGTTCTCTTTACTCTTCGCTCTCCTCACCTTAAG CAGAAGGAAGGAGACACATTTGTTGCTGTGAGCTGTTTTGCCTCAGGTTGAGGGAGGACTGGCGCAAGCA TTCCCTTAGCTACTCCAGCTGGTGTCTCTCTAGGTCACATGCCACCCCAGTCCTCTGGCTCTAAGCCCAG CCCAGCACTAGGAGTTGCCTAGGAATTGCAGTCCCTGTGTCCTAGACTGTCTTTCAAGTTTACCTAGAGC CCCAGAACCCTCTGGCCTGCTGTGGTGAGGCTTGCCAAGAAATTTGAGTTC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR6_84CDZX · enhancer · 79874831–79875080 · regulatory
ENSR6_936P32 · enhancer · 79878404–79878711 · regulatory
ENSR6_5NR9L5 · CTCF_binding_site · 79878549–79878570 · regulatory
· motif · 79874845–79874855 · motif
· motif · 79878312–79878327 · motif
· motif · 79878312–79878327 · motif
· motif · 79878551–79878567 · motif
RNA 轉錄本與序列
LINC01621 依 HGNC／Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000784459 ★ | lncRNA | 1,027 nt | 4 |
| ENST00000693479 | lncRNA | 1,011 nt | 5 |
| ENST00000784476 | lncRNA | 1,315 nt | 4 |
| ENST00000438797 | lncRNA | 839 nt | 4 |
| ENST00000784464 | lncRNA | 949 nt | 5 |
| ENST00000784465 | lncRNA | 1,049 nt | 6 |
| ENST00000784478 | lncRNA | 1,270 nt | 4 |
| ENST00000784460 | lncRNA | 1,303 nt | 6 |
| ENST00000784461 | lncRNA | 854 nt | 5 |
| ENST00000784462 | lncRNA | 1,001 nt | 6 |
| ENST00000784463 | lncRNA | 914 nt | 5 |
| ENST00000784469 | lncRNA | 1,615 nt | 5 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
DNA 與 RNA 序列
AGGAATTGCAGTCCCTGTGTCCTAGACTGTCTTTCAAGTT40TACCTAGAGCCCCAGAACCCTCTGGCCTGCTGTGGTGAGG80CTTGCCAAGAAATTTGAGTTCTGACTTATGGAATGTGTGA120TTCCCCTCTGACTAGGTCTGCTCCAAATGCACCTTCCATG160TGCAGTCAGTGGCTGAACCTAGCATGGCTTTGCTTTCTGC200TATGACAGGTCAGCACTGAGTTCAGGGTAAAGTACGCCAG240TCACTGCACTCTCTCTCTCTCCGAAGTGCATAGACTCTGT280GCTACACGGCCACTGCCAGGGCTGGAGGAGGAATGATGTC320GGCAACTCAAGGCTGTCTCTTCAACCCTTTTCAATGCCTC360TGTCAACAACATGAAGTTAAAACCAGATAAACTAGAAGAT400TTGGTGCCCAGCATGAAGAATAGTTCCTTTCAAGTACCTG440TATGTCCTGAATGTATTCCTTCCAGTGGGTTCTTGGTCTC480GCTGACTTCAAGAATGAAGCCTTGGACCCTCGTGATATGT520GCTCACCCTTCTCTGCTCAGCTCTGTGCCTGGGAGGCTGA560CCTCTACAAACTGCATCACCAGGCTTCCGCCCTCTGGCTT600CCAGATGGATTTGGCCAATGGGCAGCACCAGTGGGAAAGG640AGAGGACAGGAGGAGAGACAGGCTGAGGCCTCCCTCCTCC680TGTGTCCCTGACATACAGTGACAGTGCTGCCCTGCAGCTC720AGGATGGATGCAGTCAAGGACGACAGCGCATGTCCAAAAA760AGCTGTCTGCTGAACATTTGCCCAGCAGATTTTAGAAAGA800AAGGAAACATCTTAGTGATTTTCTTGCCTCCAGAAGATTC840CCTGATCCAATCTTTCCTTGGCACAAACTTTTAGTTATTG880TGTTTACATATACATTTTATATATGTGTGGTCATTATTGT920ATCTGTTTTATTTGGGGACTTTATCTTGATGTGTGTTATA960cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。