基因總覽
LINC01549 是人類非蛋白質編碼 RNA 基因，正式名稱為 long independently transcribed non-coding RNA 1549。登錄類型為 RNA, long non-coding。此基因座位於 21q21.1。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000440664 ★ | 17,438,802–17,450,104 | 4 |
| ENST00000736547 | 17,438,752–17,449,189 | 2 |
| ENST00000736548 | 17,438,809–17,449,185 | 3 |
| ENST00000736549 | 17,438,813–17,449,182 | 4 |
| ENST00000736550 | 17,438,858–17,449,188 | 4 |
| ENST00000736551 | 17,438,871–17,449,171 | 3 |
| ENST00000736552 | 17,441,616–17,449,185 | 3 |
| ENST00000613691 | 17,441,781–17,448,908 | 3 |
顯示 8/8 個RNA轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>LINC01549 ENST00000440664 GRCh38 chr21:17437802-17438902 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AGAATCTTTTAAATAGTCCTGCTCTCTTCTCTGTCAGGTCGCTTCTCTATTCACTCTCATCTACTTTGTG AATCATAAGGCAAATTGTCAATGAATTTGACTAAAATTTCAAGAAATAAATCAAGGTGAGAAAAGTAAGC TGACAACAGAGTTGAGAATAAAAGGGGAAGTATTTGACTGGGTCTGTTTTGCTTCCCCGCCCAAAACCAT CCCAGACGTTCCTTAAATAGAGCCCACAGTTTGTGGGCTTTCTAATGAATAGTGGCCAAGAGGCAGCCTC ACATTTGAGGCATGCTATTACCATTTTTTCTTCATTCCCTCTCCTTAATTAGGGTCTTTAAAGGGAGGCT GCCCTCAGATTCTGACAAACAGTATTAGCTTCCTCATAATGCAATGCCTGATCCTGGAGCTATTTTTCAG GATGGTTTGCACTGAGTCTGTGACATTGTCTATATTTCTAGAATGCAGGAGGAATACCTCAACAGAGAAT TAGCTGTGGAGGTTCTAAAAAGCCTATTCCTGAAGGCCTGAAGAACTGATTTTAATAACCCATAATAATA CGGGAGGGAGATAGAGTTGACTAATTTTCAGTTTCACAGTTTGGCTAATGCCTACAGTAAGATGTATTTT ACCTGTACCAAACACACACACACCAAAAAATTCATGAAACAATATTTATCCCTTTTCCATGCAATTCCTT CTATTTTCCATTCTAATTTATTTCAGTTTCTAAATGCAAACCTCCACCCACTGAATTGATTCTCTCACAC TAAAGAGTGGCAACCCACTGTTTGAAAAGCACTCAATGGGATGCCCTTTATTTTTCTAACCCTGTAATTC AATATAGAGAGACTCTGAATTGAGGACAAGCCTGATGAGTTTGAGGTATGGAATAAAGGAATCTGATCGG CTCCGGGTTTGTTGTGTTTTTAAATCTTCCTGTGTGTTCATTCTCTTCACCACAGAGAGGACTCTATTAT CTTTGCTCAAAGAGCAGACAGTGCTCTAGCTGTTTTCCCCTGCTTAGCTTTGATCCCTGCAGCCATGCTC AGCCCTTCCCCCAAGCCCTCCCTTCCAGATGGATTGAGGCTGTTGAGACTC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| LINC01549_1 ↗ | 21:17,438,878 | 正股 | 17,438,829–17,438,888 |
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR21_98WT4 · enhancer · 17435689–17435968 · regulatory
ENSR21_732NGM · promoter · 17436880–17436980 · regulatory
ENSR21_8HSPW · enhancer · 17436981–17437148 · regulatory
ENSR21_732NJQ · promoter · 17438712–17438812 · regulatory
ENSR21_8HSQX · enhancer · 17438813–17438981 · regulatory
ENSR21_98WWQ · enhancer · 17441375–17441761 · regulatory
· motif · 17433929–17433943 · motif
· motif · 17433929–17433943 · motif
· motif · 17436321–17436335 · motif
· motif · 17441342–17441356 · motif
· motif · 17441432–17441443 · motif
RNA 轉錄本與序列
LINC01549 依 HGNC／Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000440664 ★ | lncRNA | 1,721 nt | 4 |
| ENST00000736547 | lncRNA | 571 nt | 2 |
| ENST00000736548 | lncRNA | 628 nt | 3 |
| ENST00000736549 | lncRNA | 786 nt | 4 |
| ENST00000736550 | lncRNA | 752 nt | 4 |
| ENST00000736551 | lncRNA | 567 nt | 3 |
| ENST00000736552 | lncRNA | 667 nt | 3 |
| ENST00000613691 | lncRNA | 219 nt | 3 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
DNA 與 RNA 序列
GTGCTCTAGCTGTTTTCCCCTGCTTAGCTTTGATCCCTGC40AGCCATGCTCAGCCCTTCCCCCAAGCCCTCCCTTCCAGAT80GGATTGAGGCTGTTGAGACTCCAGGGGTGTTCGGGGCTGG120GAGCCTGCTGAGTGTTCCCTGTTCCCACCTCCAATCTGCT160CCATCCTCCAGCTGCATTTCATTCCGGATCTACCAGGATC200CAACTTTACTACTGTCATGGAGGGAATTACAGTAATTCTA240CCAACTTTTGAGGCAACCTTCTTCTGACACTGTGTGAAAC280AGACTGAAAAGACTCTAAAGATGGAGAGAGCTCAATGCTT320GAGAAAAGGAATTCTGTCCTTTGAAAGGTCTCTAGAACAA360AGGAGTCTTATTCTGTCACCTAGGCTGGAGTACAGTGGTG400CAATCACAGCTCACTGCAGCCTCGATCTCCTGGACTCAAC440TAATCCTCCTGCCTCAGCCTTCTGGGTAGTTGAGACTACA480GATACAGAAGATGAGAGAGAGAAAAAGAGAGAAATTACAG520AGTGACGGAGAAGGCAGACATCATGCAACATGCTCAAGGG560CTATTCATTTTAAGCTGAAACATACATGTGTAGAAAGCAT600CCTTGTACTTATAATCCCAATGACTATGAAGAAAAATAAT640TTAGCCAAATAGTTCCTAGAACAGGAAAAATAAGGAATTA680TATTTTGAGATAAGAAGTTAAGCTCTAGTATAACAATGAT720ATGGGTCAAAGAAAAATGAAAACAAATTTTAAAAACGTTG760CAACATGAATAAAAGTTTCACCAAATCGGGAGTCTATTAT800AAGCATGTTTTGAGTTATTTTCTTTCCCAAAGACTTCATT840TTTGTTTCAATTTATTTCAGTAGTATACACTTCTGAAAAT880ATTTAACTAATGTCGTACTGGTTCTCGTAAAAGGTGAGGT920GGAGCAATTCCATTAAGCTATAGTGAGGTGAAGAGAGAAT960cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。