01 / GENE OVERVIEW
基因總覽
LINC01548 是人類非蛋白質編碼 RNA 基因，正式名稱為 long independently transcribed non-coding RNA 1548。登錄類型為 RNA, long non-coding。此基因座位於 21q22.11。
Official symbol
LINC01548
Gene name
long independently transcribed non-coding RNA 1548
Organism
Homo sapiens
Gene type
Non-coding RNA
HGNC ID
HGNC:1296
RNA type
RNA, long non-coding
02 / NOMENCLATURE
基因異名與舊稱
Alternative gene names & synonyms
C21orf54
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
03 / GENOMIC CONTEXT
染色體位置與基因結構
Chromosome 2121q22.11
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr21:33,164,806–33,170,672
Gene span
5,867 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000451980 ★ | 33,164,806–33,170,672 | 5 |
| ENST00000796078 | 33,165,493–33,170,655 | 4 |
| ENST00000796079 | 33,165,501–33,170,651 | 3 |
| ENST00000796080 | 33,165,501–33,170,634 | 5 |
| ENST00000796082 | 33,165,512–33,170,616 | 5 |
| ENST00000796081 | 33,165,516–33,170,643 | 4 |
| ENST00000637328 | 33,165,611–33,170,236 | 4 |
顯示 7/7 個RNA轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
04 / BIOLOGICAL FUNCTION
分子功能與生物學過程
目前匯入的來源未提供可採用的功能敘述。這不代表此基因缺乏生物學作用；有新的可用註解時可再補充。
05 / GENE REGULATION
Promoter 與基因調控
依所選 TSS 來源，取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算；調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>LINC01548 ENST00000451980 GRCh38 chr21:33170572-33171672 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TTAATTAGCGCTGGAGCCCAGGAAGCCCCATCTGTTCCCAGCACTTGTGTTGCTCTGATCTCTCCATTTC CCTGACTCCCAGGCCAGGGAGAGTTCTTGTCCTCCTACCCTGCAATCCCTGGAGATGCGCTCCCCCCAAC CGCAGCCCAAAGTGCCTTTTCATGGGGCTGTAAGGCAGCTGTCACGAGGTAAATCCCACTCTTTACCCCG CCAGCAGGACAGGTAGGGACAGGTGGGAGGAATACGGGAGGAAACAGCTCCCACTGGTGACTGCCGGACC CTCTCCTCGCTGGCCGCAGACCCTGGAGCCACTTCCCTACCGTATCCAGAGCAGGCCCAGCCCCCGACAA AGGGACCTTTATATGGTGGTCCTGGAATTTTAGTTGGGTTCCCGTAAATGCAGACCCTGACAAGGTCTTG GGCACAGGAGGTTTATCTGAGGGGACTCCAGGAAGCAGGAGTCAGGGAGAAGGAAGCAGGAAACAGAAGT AGACGTCATTACTGAGATTGCTGCTGGAGGCAACAGGGGTCTTGAAGGTAAGAAACATGTCCTTACGGGA GAAGCTGCCTTGGTGGGTTTGGAAAGTGTGAAGAGTTCGCAGGCGTGCTCATCATCAACTAAGTGGACAG GTGAAAGCTGGAGGGGCTCTGCAGAAGCCCTGAGTTGCACTAAAATCTGTACTAATCCAAATAGTGGGTC TAGATTCCCTCTCCTACTCAAAATGACTTTAACTCCTCCAATTTAGCAAATATTGGTTGAACATCTCCTA CTGTATTTAATGGAATGTAAGAGATCATTGACTATAAGGCACGCCATTATTTTAAGAGGCTCTAAGAAAA GAGCTTCCAACTCAGCTATGACACTCTATGAAAAGTAAGACTTTCCTAGGTCAGAAGCACAGAAGTGTAA AAAGAATGTTGGTCTCGGGATGGGTACCATGTGCACTGTAGCTTAATGGGCATAGTGGGGCATTGTGACA TAGAAACTGCCCTTGCTCCCAGCAGAGGAGAAAAAGCGTGTAAAGCAATGTCAGTGATAACAAGCAAAAA TAGGACAGGGGAGAAAGCCAAGAGTCTTCAGACCACAAGAGAAGGAGAGAT
LINC01548 位於負股。上下游依轉錄方向計算，序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示；負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
· motif · 33169542–33169555 · motif
目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算；該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / RNA TRANSCRIPTS
RNA 轉錄本與序列
Non-coding RNA
LINC01548 依 HGNC／Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000451980 ★ | lncRNA | 1,383 nt | 5 |
| ENST00000796078 | lncRNA | 540 nt | 4 |
| ENST00000796079 | lncRNA | 390 nt | 3 |
| ENST00000796080 | lncRNA | 707 nt | 5 |
| ENST00000796082 | lncRNA | 670 nt | 5 |
| ENST00000796081 | lncRNA | 533 nt | 4 |
| ENST00000637328 | lncRNA | 454 nt | 4 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX
Contextual Functional Evidence Matrix
功能證據與細胞情境矩陣
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
0 筆功能證據／註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預／量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」，空白實驗欄位不以推測補齊。
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 0 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀，不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識；未逐篇核對原始方法的紀錄，不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER
DNA 與 RNA 序列
完整非編碼轉錄本 · FASTA
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列，保留非編碼區。
1
AGCAGAGGAGAAAAAGCGTGTAAAGCAATGTCAGTGATAA4041
CAAGCAAAAATAGGACAGGGGAGAAAGCCAAGAGTCTTCA8081
GACCACAAGAGAAGGAGAGATTAATTCTGGAAAATCCACC120121
TGGATGGACAGCAGCAGAGGGAGGAGGAGGCAGGACAGAC160161
CAGAAGAGAGACAATGAGGTTCTGAACCTAGATGTTGGCC200201
AAGGGAGCAGAGGAGGGCAGGTCAGGAGGCCCTCGCCCTG240241
CAATCACCCTTCCTGGGAGCCTTCACTTCACCTGTGATCT280281
CAAGACCTCTCCCTACTGCCTGACTCGCGCCGAGCTTATG320321
GAACATCTTCCCTTGAGGGTCGCAGTCCATTCGATGAGCC360361
CTTGTCACAGGTCCTGCTTCTGTGGGGAGCTCAAGCGCGG400401
ACACCCTTGGAACACTCCCCAAGTCTCTTCCTTCCCATCC440441
AGCACCACTTCCCTAAGTCACAGCTGCACCACCTCTCATC480481
TGGACTGCTCACAGCAGGTGGAGTCAGGATCAAAATAGCC520521
AAAGAAAAAGTAAGAATCCGTATACAGGAAACAAATATGT560561
GATGATGACCGGAGCAGCTCAGAATCAGAACTTGAGCAAG600601
ACCTGGGCTGCTTTGATTTTCTGAAGGTCTCAAAATATTA640641
GGGGCAAAAAAGAAAATAAAAAAAGAAAAAAAAGAAGGAA680681
TACCAAAAGCAAGTTACATAAAGTATGAGATATATTACAT720721
GTTTCCAGTGAACAAGTGAACAGTTTGGCACGTCAAAGAC760761
ACAACGTCAGAGCATTTAGCCTCAATTGGCGATAACCTGA800801
AAAGCCTGAAAAGCAAAGCCTTCTGGGAATGTGAGCTCCA840841
GTTCTGGGATGAACCCTGAAAAGGACAGAGTGAGCCACAC880881
GTGGTGGCCGGACCATGGGTAAGGGGTGAGCACTGCTGGG920921
CTCCATTCTGCTGGAAGGACGGACAATCTCCTTCTGCACA960cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。
13 / DATA PROVENANCE