基因總覽
LINC00254 是人類非蛋白質編碼 RNA 基因，正式名稱為 long independently transcribed non-coding RNA 254。登錄類型為 RNA, long non-coding。此基因座位於 16p13.3。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000563416 ★ | 1,878,285–1,884,231 | 3 |
| ENST00000633813 | 1,878,559–1,884,233 | 4 |
顯示 2/2 個RNA轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>LINC00254 ENST00000563416 GRCh38 chr16:1884131-1885231 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GTTGTGAGAAAATGTATCATTCTTTTACACTCAACTGTGTCAAACATCCTAAATAAAGTTCCCAAACCCA GGAAAGCCAGGGACTGTCTGCGATTTGCTGTTCCCAAACCCATGAAACCCAGGGACCGTCTATGATTTGC TGTGGCTTCACCTGTATGGGTCCAGGTTGCTCACGCCCACCTGTTCACCCTTATGAGAACCCATCACATT AAGAAGATGGAAAACAGGCCGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCTAGCACTTTGAAAAGCTCAGGCC AGGATCACTTGAGACCAGGAGTTCAAGACCAGCATGGCCAACATGGCGAAATTCCATCTCTACTGAAAAA ACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTAGCACATGGCTGGAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAAAAT CGCTTGAACCCGGGAGGCAGAAGTTGCAGTGAGCAGAGATCGTGCCATTGCAATCCAGCCTGGGCCACAA GCGCGAAACTCTGTCTCAAAATAAATAATAAAAGTTTATCATATTTTATTATTTAGTCATAGCTTATTTA GACGATACTTGTATTGATTTGCCCACAGAGTCACTCTGGGTTGAGACAGAAAGCAGTCAGAAGCAATTCG TGCTCTCTGTTGGCATTAGCGCTAAGAATAAAATAAGTCAATACAGTCGCTTCCACAGTATGACAAAAGG TTCCGTCTTGATCAGTCATTTTCTGACCCAAGGTCACAGCTCTTGCAAAATTTTACTGTAGCTCGACAAA CTCTCCATATCAACTCCACATTACAAGATCTTTCGTTTCTTCAATTAAACAACTGGAAATGGATACCATC CATGCTCTCAGATTTATGATGTCAATAAAGCCCATTATGATCACACCCTGCTGTTGAAAAATGGGATGGC AGGGAACTGACAGGCTGTTTTTAGGTCACCGTCTTACACAATACCAACCGCCCATCAGGTTGTTTCAAAG GCTTTCAGCCACTGACTAATAGAAAAAGAGACTGCATACAACGTTTCATTCATGTTTTGCTAGGCTAGAT ACATTTGTTGTAGCGGTCTCATATTTGTAAGTCCGTGGAAAAACCTGAAAG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR16_83HDG · promoter · 1884221–1884433 · regulatory
· motif · 1884280–1884289 · motif
· motif · 1884486–1884499 · motif
RNA 轉錄本與序列
LINC00254 依 HGNC／Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000563416 ★ | lncRNA | 662 nt | 3 |
| ENST00000633813 | lncRNA | 439 nt | 4 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
DNA 與 RNA 序列
AGAAAAAGAGACTGCATACAACGTTTCATTCATGTTTTGC40TAGGCTAGATACATTTGTTGTAGCGGTCTCATATTTGTAA80GTCCGTGGAAAAACCTGAAAGTATTTTTTTCTTGAAAATT120TTTTTGAAAAAAAAGTAAAATGTCATTAGGAGTGAGAATC160AGGAATGATGGATTCACGGTCTAGTTGCAAGACTCATCAC200AGGCCATTAACCTCTGAAAAGCCTTTATCTGCTTCGCTTT240GTTACATATCAGACGCGGATATTACTTACGAGTATTGAAT280GATCCCCTCAGTAAACACCAGCTATGCAGGAGGTGCTACC320TTAGCAATAGGAGCTTCAGTCTGGGAGGAGAGTGGGACAT360ATAAGCAAATAAATACATCACGTTTCCCACAGGGCGCGTA400TTTTGTGTTCATCTTCGTCCCACTGGATCTGTCCAAACTT440TTCATTTTTGACAGATAAGGAAAATGAAGTTCAGATGCTT480GAGTGACACAGCTAATTAGTGGCAAGGCTGAGACTTTTGA520CCAGACAGCCTGACTTTTAGTTTCTACCATGCATGTTAAC560TCCTCCTAAACCCCATTTATTTTCTCATTTCAGACAACTG600CGCAATAACACTGCTAAGATAAAAGCACTCTGATTAATAA640ACACTGAAATTAAGCAGGTTAA662cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。