基因總覽
LINC00235 是人類非蛋白質編碼 RNA 基因，正式名稱為 long independently transcribed non-coding RNA 235。登錄類型為 RNA, long non-coding。此基因座位於 16p13.3。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000622160 ★ | 525,155–527,407 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>LINC00235 ENST00000622160 GRCh38 chr16:527307-528407 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GACCGCACGATGGGCCCGGATATAAGGGCACTCAAGGGCAGGCAGGGCCGAGGCCGCCTCCGGTGTGCGC GGCCCCCGGGGCTGGCCTCAAGTGACCCACATGGCCCAGGTCCCTGCCGACTTCCCGCCTTCCTCTGGGT TCCTCTGCGAAGCATCGCCCAGCCCTGGCCCCCACCAGCCTGGAGGCGCCAGCGGGCGGCGGGCTGACCC CACTCCGGGGGCCCTGCCGTCCCTGCCCTGGCTCGGAGCCCGGCGCGCCCGGCCCCCGAGGCCTCCTGCG CCCCGCCGAGCCCGCGCTCCCCGCCGCCCTCCGGGCCCGCGCTCCCCGCCCGGGGTCCCCGGCTGGGCGC CCGGCCGGGCCCGGCCGACGGGACTCACCTCCACAGCCCGGCGGCGCCGCCTCGTCCTCGCGGCCCGGGC AGCGCGGCCCCGGCCCCCGGGCCCGCTCGCCCCCGCCGGCCGATCCACAACTTCTGCCTCCGGAGAGCGG CGGGGCCCCTCTCGCCGCCGGCCGCGCTGCCCGGACGGCCTCCCGCTCCTCAGCCGCGGGGCGCCCCGAC CCGGCTCCGGCCCCGGCCCCTGCCCGCGTCCGGCGCCCGCCTTACGCTGCCTTCGTAGCGTAGCGCCCGG CCCGGGCCCCGCGGCTACGGCGCGCCCGGGGCGCACGCGGCGCTGTGAATCGCGCGCCCGGACTACGGCT CCCACAGGGCTGCGCGGCGCCGACGGGGCGGAAGCTCGGGGCGGTGCCTGCGCGAGGCAGGCCGGGAGTT GTAGTCCTCGGGTGGCGCCCTCCCAGTCCGCCGACCGCCCGGGCCACTTCTCCTGCCCTCGCTGCTGGAG ACGGCCGGGCCCGAGGCCTCGGTCCCCGGGAGGCGCCGCGCTCCAGGATTATCAGGGAGTGGGGCGGCCC GAGGAGGAGCTGGAACTACAACTCCCAGAGGGCCTTGCGAGGGGCACGGAGGGGCGGGGCCTGCAGCCGC GGCGTCTGCGCATCAGCGGCGTCACAGACGCGTGGGGCTCGCGGGGAGCCGGGCTGGGGCCGTCCGTGTC CCGCGGGGCTCTGGGCGGCCGCTCGACCGAGGACCCACGACTCCGCCCCGA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| LINC00235_1 ↗ | 16:527,369 | 負股 | 527,359–527,418 |
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR16_7SF3 · enhancer · 522721–522822 · regulatory
ENSR16_B4RT · enhancer · 524015–524908 · regulatory
ENSR16_DP2 · enhancer · 525190–527396 · regulatory
ENSR16_97MM · promoter · 527397–527722 · regulatory
ENSR16_C3F8 · enhancer · 527723–529709 · regulatory
· motif · 525721–525729 · motif
· motif · 525771–525779 · motif
· motif · 527099–527109 · motif
· motif · 527348–527361 · motif
· motif · 527348–527361 · motif
· motif · 527383–527399 · motif
· motif · 527383–527399 · motif
· motif · 528197–528204 · motif
· motif · 528378–528393 · motif
· motif · 528384–528393 · motif
· motif · 528426–528443 · motif
· motif · 528535–528546 · motif
· motif · 528535–528546 · motif
· motif · 528975–528984 · motif
· motif · 529201–529213 · motif
· motif · 529297–529308 · motif
· motif · 529299–529308 · motif
· motif · 529579–529592 · motif
· motif · 529700–529713 · motif
· motif · 529974–529987 · motif
· motif · 529977–529989 · motif
· motif · 529980–529987 · motif
RNA 轉錄本與序列
LINC00235 依 HGNC／Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000622160 ★ | lncRNA | 2,253 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
DNA 與 RNA 序列
GTCACAGACGCGTGGGGCTCGCGGGGAGCCGGGCTGGGGC40CGTCCGTGTCCCGCGGGGCTCTGGGCGGCCGCTCGACCGA80GGACCCACGACTCCGCCCCGACCCCGCCGTGTTCGCGAGA120CCCGGAGACCCCTTCGCGCCTTCCAGGACCGCCCCTTTCG160CGACGCTGCGTGCTGTGCTTGGTCCTGGCGGCCAAGAGCG200GCGGTGGCAAGGGGACCGCCCTGGCCCGAGACGCGGCCTG240GCCTCGCAGCGTCGCTTGGGCACAGCCTCTCTAGGCCCCT280TCGTCCTCGGTCGCGGAGGGACGCCATTAAACGGCCACGC320CGGGCTCAACTGGGACGCGGCCCACGGCGCCCAACCAGGG360CCTGGGGGAGGGAAGCCGGGGCGACTCCTGGGTCCTTCCA400GGACCCTTGCGCAGGCCTCATTCTCTCCCCGGAGGTCCCC440TTCCCGCTGCCCTGAGGCCACTCTCCTGCCAGCAGCTGCT480GGGCCGGCTCTCGGGAGAATGCCTTGGCGTCAAGCTTATC520AGGCTGCAGGGCGGGACGCGAGTGCTGAGGGCAGCCAGAC560TCCCGCTCTTAGGTGCACTTGAGGAGCCTGAGAAGGCAGT600GGCTCTGCGGGAGAGGGAGACACAGGAGCAGGGCTGGTCC640GCCGAGATTCCGGAGAGACGGTTGTGGGCCGATTCTGTGG680CGAGATTTACAAGTGGGAGGTTGGGTGACGATTGCTCCTG720GGCCAGAAAATCTAAGCCAGTCTCAGCAAGACCTACAAGG760CCAGGGCCAGTGCTCCTCAGAGGATATTCATGCTCCAGGA800AAGCCAAGGATGGGCCTCCGTCATGCTGAGATGCCGCAGC840AGGGACACCTGTGTCCCACGTGGAGCTCGGCTTCTAGCTG880CAGTCAGTGCAGAAGCTGGCAGGAGGGGTTTATTTCTGTC920CTCGGAAGCTTTTGGTAAGGACACTTCATTCCTGTGTCTT960cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。