基因總覽
LINC00229 是人類非蛋白質編碼 RNA 基因，正式名稱為 long independently transcribed non-coding RNA 229。登錄類型為 RNA, long non-coding。此基因座位於 22q13.3。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000443783 ★ | 44,606,289–44,625,431 | 5 |
| ENST00000834593 | 44,606,290–44,625,411 | 5 |
| ENST00000834596 | 44,606,290–44,622,818 | 4 |
| ENST00000834599 | 44,606,290–44,608,769 | 3 |
| ENST00000834597 | 44,606,293–44,618,683 | 2 |
| ENST00000834594 | 44,606,318–44,625,411 | 5 |
| ENST00000834598 | 44,606,318–44,618,582 | 3 |
| ENST00000834595 | 44,606,326–44,624,026 | 5 |
顯示 8/8 個RNA轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>LINC00229 ENST00000443783 GRCh38 chr22:44625331-44626431 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CTTCTCTTCATCAACCACTAGGTGGCAGCAGTGCCCCACAGATCCCATCAGGCCGCCTGCAGGCGGAGAC TGGAGAGCCACCGTCCTTCCTGGGGTTGCCTCACACCTGGCCCCCTTCGTGGGCGCCGTCCAGGACGGTT CTGGACGATGAAAATTCCAGCTGTGGGCCCTCCTAGGGCTGGGCTGGGGAAGCCACACCTGCGCCCCTCA GTGTTCCCCAAGGATCACCATGTAGCCCATCAGCAAACCCTTCCTGCTGTGTCTGACCCCTGCCCAGGCT GTGGGAGGGAGGCCCCCAGGTGAGGGGGGATGGCAGTCAGGGAAGTTTCCCGGGAGGAAGGCCCAGCGGG GAGGCGGCCAGCCTGCCCCGGCCGGGGGTGTGTGGGGGCAGCCTGAGGAGGAGGGCTGCATCCTGGGGCT GCCCACATCCAGGACCAGCCAAATAATGAGCTGGCCCAGCCAAGGTGAACCAGAATGGGGGCTCTCCTTC ACCAATGACTAAGAATCTCAAGACAGGATGGCAGAGCACTCAACCCAGCGCGGGGTCCTCTGGTCATGGG ACCTGCTAGTTCCCTGCACTCCCCTTCCCAAATGTCTGGAGAAATGCTGTCCACAAAGTCTTACCCTCTG CCTGGTCAGCTCCCAGCAGCCCTGCCTGCCCTGGGATGGGCCAGCCTCATCCCCATTTTACAGAGGAGGA AACTGAGGCTCAGGGAGGGGAAGGGGCCTCCCTGGGAACCCCCATCCCTTTCATCTCCCTGGCCTTCTGC TCGTGAGCCACTGTCACTGCCATAGGAGCTGGGGGTTGGCCCTCAGAGTCCCAGGCCAGTCCCCACCCAC CAGCGGTGTGTCCCTGCCCATCCGCCTCCTGATGGGGTGTGGAGAGGACCCCCTGGGATGGGTGAGTGAG GCTCCCGGCGCTCAGCGTCCAGCAAGTAATGATGATGATGAAAACAATGACGCTGTCACTTTAACAAACA GCCACTGTTGTTTCCATGACACTGGGAACCTGGACCACCTAGAACTGCCTCCTTCCAAGCGACACTGGGG CTGGCTCCCCATCTGAGCCGTCTGGAGACCCTGTGGCTGGCAGGCGACGCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| LINC00229_1 ↗ | 22:44,625,391 | 負股 | 44,625,381–44,625,440 |
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR22_C6FJQ · enhancer · 44619884–44621044 · regulatory
ENSR22_83BFF4 · enhancer · 44622198–44622396 · regulatory
ENSR22_9MP7Z · enhancer · 44623573–44624015 · regulatory
ENSR22_5DHDJX · CTCF_binding_site · 44623850–44623871 · regulatory
ENSR22_74LSW7 · promoter · 44624016–44624082 · regulatory
ENSR22_83BFG6 · enhancer · 44624083–44624258 · regulatory
ENSR22_BBT5C · enhancer · 44625846–44626711 · regulatory
ENSR22_5DHDZQ · CTCF_binding_site · 44626401–44626422 · regulatory
· motif · 44620461–44620468 · motif
· motif · 44620546–44620561 · motif
· motif · 44620546–44620561 · motif
· motif · 44622263–44622278 · motif
· motif · 44622263–44622278 · motif
· motif · 44623852–44623868 · motif
· motif · 44626325–44626340 · motif
· motif · 44626403–44626419 · motif
RNA 轉錄本與序列
LINC00229 依 HGNC／Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000443783 ★ | lncRNA | 877 nt | 5 |
| ENST00000834593 | lncRNA | 745 nt | 5 |
| ENST00000834596 | lncRNA | 856 nt | 4 |
| ENST00000834599 | lncRNA | 595 nt | 3 |
| ENST00000834597 | lncRNA | 559 nt | 2 |
| ENST00000834594 | lncRNA | 843 nt | 5 |
| ENST00000834598 | lncRNA | 566 nt | 3 |
| ENST00000834595 | lncRNA | 1,155 nt | 5 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
DNA 與 RNA 序列
ACTGGGAACCTGGACCACCTAGAACTGCCTCCTTCCAAGC40GACACTGGGGCTGGCTCCCCATCTGAGCCGTCTGGAGACC80CTGTGGCTGGCAGGCGACGCCGTCCCCCCGCCCAGGGCCA120AGGGGGAGCAGGGCTGTGGAGAGCATGACCCCCTTGTTAA160ACCACGTCTGCCTTTATGCCTCGATACACCACACAGAGAG200ATGACGGGAGATACCACCAAGATGAGATGCCAACCCGGGA240GAGGCTCTGCAGGTCCCCTGGTGCCCACGTCTACCTGGCT280TGTCCCCACAGGTGGGTTTTCTGAGACAAGGGGGCTTTTG320GACACAGGTCTGTCCCCAGAGCCAGCCAGCAGCTCCAGAG360AAGAGACAGCAGGTGCCCAGGACGATGCGGCTTAGTTGCC400AGGTTGCCACGAAACATCCAATATTTGAAAGTGTTCTATG440GACCTCAAAGGGCAAGAGACACCTTAAAATGTTTGCTGGA480TGGCTGTAGGAGGGTAGAGCCCTGGTGGGCACACCTGGTG520AGGCTCTGCTGCTCATGTTCATGGAGTCCCACGTCCACCA560GGCCCTTTGAATCTCGAGTTTCTGGCTTCAGATGCCCCCA600GGTTTCCAGAAGTCAAGATTTCTAACAAATGGACCCAAAC640CCCAAGCCAGCACCTGGAAGTGGCAGCAACACGGCTGTGT680GGACCCCGGTGCTGGGAACCTTCTGGAGGCAGCTGGACAC720AGGGGCTGCCAGTGTGGAGAGGGACGCTGCTCATTTTGAC760ATTTCATCTGAATAACGTTCCAAGTGTTCTAATGAAAGCC800TCTGCGCTCCCTTTGAAATACTAGCAATTACAAAGATGAA840TAATTGCATGATAAATATTAATTTGCACCATCGTAAT877cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。