基因總覽
LINC00112 是人類非蛋白質編碼 RNA 基因，正式名稱為 long independently transcribed non-coding RNA 112。登錄類型為 RNA, long non-coding。此基因座位於 21q22.3。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000661908 ★ | 41,715,799–41,717,974 | 3 |
| ENST00000669036 | 41,715,806–41,717,580 | 2 |
| ENST00000667584 | 41,715,806–41,717,975 | 3 |
| ENST00000432830 | 41,715,807–41,717,580 | 4 |
| ENST00000669012 | 41,715,825–41,717,975 | 3 |
| ENST00000656530 | 41,715,833–41,717,973 | 3 |
| ENST00000815113 | 41,715,833–41,717,582 | 4 |
| ENST00000815114 | 41,715,837–41,717,582 | 4 |
| ENST00000658211 | 41,715,851–41,717,580 | 4 |
| ENST00000815115 | 41,715,851–41,717,580 | 4 |
| ENST00000657727 | 41,716,373–41,717,975 | 2 |
顯示 11/11 個RNA轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>LINC00112 ENST00000661908 GRCh38 chr21:41714799-41715899 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TGACTACTTAACTTCTGTAAAATTGTTCTAACTAGACCCCCCTCCCCTTCCTAAACCAAGATGTAAAAGT TAATCAAGCCCCTTCCTCGGGGCCAAGAGAATTTTGAGCGTTAGCTGTCTCTTGGTTGCCAGCTAATAGA GGACTCCTAATTCATCTCAAAGTGTGGCGTTTTTCTAACTCGCTCAGGTACAACATCCCCACATGCCCTG CCCCCGCTTTGTATGCACACAGCACACACCTGTGCACATACAAACATCTGCTTTCACACATGGACACACT CACTGAGGTGAAGAGGCACACTCAGGCACACACACACTCACATTTGGTACATGCAGCTCCTGAGGGGCAA GGCTGAGCTCCTTCTCAGGAACGGACACAAGACTGAGGGCTGGGTCACTCAGATACTTTGCCCCTCGGGC CCCACGGATTGATTTAGGGGTGAACTGTGAATCCCTGGGAGATTCCTTCCTGCCACGCATTCCTGCTGAT GGGAAACAAAGCGGTCTTTGAGGGATGCTGGAGGAGGCAGCAGTTTGTGATAAAGAGCTGTGAGAGGAGA AGCCCCTTTGCCACCTGCCCTCCTTTGTGCATTGGATGTTGTCCTCAATGGACGTGATGCCTGGAGTCCC TGCAGCCATCTTGCCTCCATGGGGCAAGCCAGGAAAACCTCACCGACTTAATGGCTTCCCTCCAGCCTTT CCAAAGCCTTGCTCTGGTCTCAGAGAGTTAGGAATTCTGTCACTTAAGGCCCAGAGCATCCTGCTGCTCC CTTCACTCCAGAACCAGAGCCACACGGCTAACAGGCAAAGGGTCAGGAACATAGCCCGTGTTTTCTGCTC TCGGCACTTGGTCATTCTGCATAGAATTTGGCTCCAAGGCCTGGCCTGACACCTTCGCACCAAGGTGCCG TAAATGAAACCTTTACTCCTGAGACTTCCTCACCTCTGCGTTCCCAGGGATCCACAATCTTCTATTTGTA AAATGATTCCCGGTTGTCATGGAGACCAGGGCACCGCAGTGGAGCTGGAATGTTAGGTGGGGTCCAAGGT TCAGTCCTGGGGGTAGGGAGTGGGGCAGGCAGCTTCACTGGGCCCTTTATC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR21_5CRW7C · CTCF_binding_site · 41711608–41711629 · regulatory
ENSR21_9LK2K · enhancer · 41712195–41712599 · regulatory
ENSR21_9LK3G · enhancer · 41715368–41715742 · regulatory
ENSR21_74G886 · promoter · 41715743–41715861 · regulatory
ENSR21_9LK3M · enhancer · 41715862–41716370 · regulatory
· motif · 41711610–41711626 · motif
· motif · 41715838–41715851 · motif
· motif · 41715838–41715852 · motif
· motif · 41715838–41715853 · motif
· motif · 41715838–41715853 · motif
· motif · 41715918–41715927 · motif
· motif · 41716074–41716087 · motif
· motif · 41716080–41716090 · motif
· motif · 41716122–41716132 · motif
RNA 轉錄本與序列
LINC00112 依 HGNC／Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000661908 ★ | lncRNA | 1,180 nt | 3 |
| ENST00000669036 | lncRNA | 1,235 nt | 2 |
| ENST00000667584 | lncRNA | 1,149 nt | 3 |
| ENST00000432830 | lncRNA | 611 nt | 4 |
| ENST00000669012 | lncRNA | 1,181 nt | 3 |
| ENST00000656530 | lncRNA | 1,146 nt | 3 |
| ENST00000815113 | lncRNA | 613 nt | 4 |
| ENST00000815114 | lncRNA | 584 nt | 4 |
| ENST00000658211 | lncRNA | 791 nt | 4 |
| ENST00000815115 | lncRNA | 816 nt | 4 |
| ENST00000657727 | lncRNA | 1,147 nt | 2 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
DNA 與 RNA 序列
GGAGACCAGGGCACCGCAGTGGAGCTGGAATGTTAGATGG40GGGCCCCTGCGGTGGGCAGAATAACGGCCACTGCAAAGAT80GCCAAATCTTATCCCCAGAGCTTCCGCAGAGATCCTGCAG120ATGTGATTCGAGTCTTCCAGCAACACCACCTCACTCTGCT160TTGCACAATCACTCCACCTCCCCACATGTTGCGGAGATTC200TCCTGGGGATTCACACTCTTCCTACTTGCAGCTGTGACAC240GGGAAACATCCTCCACCAGGTCTTCTCTCACAGTGTGGCC280TCTGCGCACAGGTTATCCACCTGTAGACCTGGACGGGACC320CTCGAGGCTCCCTACTCTGACCATCTGGTTTTATAGTTGA360GGAACCAGAAGCCGAGGCAGGTAACTTGGTGCAGCCTAAA400GGCCTCCATCCCTCCAGTGCCCACAACTTAGGTGCCCACG440ACAACAACACTGGCCTACCGCAAAGACCCAGCCCAGAGGA480ACAAGGTGCCACTGTATGTCTGAAAAGGGGGCCCTCGGCC520TCACTGGGGAGCACCTTCCTCCATCAGGGTCTCGACGGTG560AAGAAGCAGGCTGTTTCCATCTTCAGGATACAAGCCATCT600GCGCATAGGAAGAGGGTCCAGAGGCTCATCTGGAATCCCT640CCTCACTCACTGGACGGAGGACCTGACCCCGTTCCCATCA680TTGGTTCTGAATCCATCAGCCCAGCAAGACAGGTGTCTCC720AGCAAGTTCTGTAAAATACAACCATAGCCGGGCCTGGAGT760CAGCCCCCAATAAAGGGTTCACCATGGAGTCAAAGCTTCC800TTCACATTGGGAAGAGCCTGATGATGCCGCCTTGGTGCCA840CCCGTGCAGGCCGTGTTCCACTTCTGTCATGGGCTGGAGA880GAAAAGAGCGACATGGACCTGTTCATGAAAGGCTCTTCCC920GCAACACCAAGCCTGGGGCCTGCAGGGCCGCCATGAAGAA960cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。