基因總覽
LHX9 的正式名稱為 LIM homeobox 9，屬於蛋白質編碼基因。現有資料指出，其產物與性腺發育相關；可用來源未提供更多足以說明蛋白質家族、結構特色或其他基本性質的資訊。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000367387 ★ | 197,917,372–197,935,478 | 5 |
| ENST00000606127 | 197,911,902–197,917,991 | 4 |
| ENST00000475727 | 197,912,488–197,917,959 | 3 |
| ENST00000367391 | 197,912,491–197,935,297 | 6 |
| ENST00000367390 | 197,912,491–197,935,478 | 6 |
| ENST00000561173 | 197,915,837–197,935,297 | 6 |
| ENST00000367388 | 197,917,355–197,918,766 | 3 |
| ENST00000982108 | 197,917,372–197,935,297 | 5 |
顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
LHX9 的蛋白質產物參與性腺發育。現有資料未進一步說明其作用機制、參與的具體發育階段或相關細胞過程，因此目前只能確認其與性腺發育有關，不能據此推定更細節的功能。
Promoter 與基因調控
>LHX9 ENST00000367387 GRCh38 chr1:197916372-197917472 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TGCGCCCAGTTTTACAAGTCCTCTGTCCTGCCAGGGTAGTGGGAGAAGCACGCGATGGGGCTAGCGCCCA GTCCTGCGGGGGCAGGCGCCAAGCTCCCGGGAGTCCGCAAGTCGCTTCCTATATTGGCAAGCTTCAAATG AGACATTAGAATCTCCGGCAACCTTCCTTCAAACCTGAACCGGGGAAGAGAATAAGCCGCCCTATGGCCA AGGCGCAATTGCGTACCCGTGTGTACAGGTCCATGCCCTGTCCCCTACACTCTAATTTTCTCAAAGAAAA TTGTTTTGCCAAAAGTAACCCTGAGAAATGCAGACGCTCCAAACGCCCTCTCCACTTCGGATGAAGCCAG CATCTAGTAGGGTCTCCGGCCCTCAAGAAGGTGAGGCAAAGAGATGAATTGTCAGACAGCTGCTTTTAAA AGTGGATTGAGGAAGATGGGATGGGGAGGAGAGGAACCAGCATTATCTCCACCTCAGTAAATTGCTTACA TTTCTGCTCAATATTTATGCATTTCGGGTGACAGTCCTGCAGGCTGGGGATGAAAAAGTCCACAAGGAGG AAATCCAAAGTTTGAAGTTGATATTCTCTGTGTCCTGAGCCAAGGTCTGATCTTGAACTCGGATCAAATA GGCGGGTTCTAGGCCTTCTGCAACAGGGCGGGGACAACAAGAGCTCCTTTTCCCCTTTAAAACATGACTG CTGGGAACTCTTGGAAGGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTTT TGTGGGGAGGTAAATGCCCCCTCCTCCTGCCTCCCCGCTCTCTATCCCCCCACCCCTTTGTAATGTTTGT CCTGCTTGCCCATCACCAGGGGGTTGAGAGGAGTATGACAGGTCTTTGTTGTCTGAATAAAAATCCGTGG CAGCTCCGGGGAGAGAACTCCTCCTACTAAATTATCAAAAATGGGCTGGCTTTAGTCTCTTAACAAATTG GACACAGCTCAGGCAGGAGCAGTCCCCAACCCAATCTACAGGCACTGGGAACTTGCAAGCAGCCAGGGAA CGCTGAAAATAGCACGTCTTTTTCTTTCTTTGTGTTCAAAACTATTTTCTT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| LHX9_3 ↗ | 1:197,912,480 | 正股 | 197,912,431–197,912,490 |
| LHX9_2 ↗ | 1:197,916,074 | 正股 | 197,916,025–197,916,084 |
| LHX9_1 ↗ | 1:197,917,372 | 正股 | 197,917,323–197,917,382 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_B3G9H5 · promoter · 197912001–197912515 · regulatory
ENSR1_CPM8M · enhancer · 197912516–197913868 · regulatory
ENSR1_94WJZZ · enhancer · 197914586–197914860 · regulatory
ENSR1_94WK28 · promoter · 197915347–197915847 · regulatory
ENSR1_53PJW6R · CTCF_binding_site · 197915775–197915796 · regulatory
ENSR1_53PJW7J · CTCF_binding_site · 197915935–197915956 · regulatory
ENSR1_B3G9HS · promoter · 197916865–197917382 · regulatory
· motif · 197915777–197915793 · motif
· motif · 197915937–197915953 · motif
· motif · 197920182–197920192 · motif
· motif · 197920184–197920194 · motif
· motif · 197920361–197920371 · motif
· motif · 197920693–197920703 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：397 aa
LIM homeobox 9 蛋白長 397 個胺基酸。序列註解包含兩個 LIM zinc-binding 結構域，分別位於第 69–130 與 131–193 個胺基酸；Homeobox DNA 結合區位於第 267–326 個胺基酸。另有三段預測為無序區，分別位於第 248–272、第 330–364 與第 378–397 個胺基酸。
蛋白質三維結構
細胞內定位
LHX9 蛋白的定位註解為細胞核；現有資料未提供定位隨條件改變或不同異構型之間存在差異的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 6 個夥伴
- CSNK2A1P68400 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CWF19L2Q2TBE0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- IGFN1Q86VF2-5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KHKP50053 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- LDB1Q86U70-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UBTFL1P0CB47 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
LHX9 與 LDB1、LDB2 有交互作用註解。現有資料未進一步說明這些關係是直接結合或屬於同一複合體，也未提供其功能後果。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
核酸與蛋白質序列
AGTCCCCAACCCAATCTACAGGCACTGGGAACTTGCAAGC40AGCCAGGGAACGCTGAAAATAGCACGTCTTTTTCTTTCTT80TGTGTTCAAAACTATTTTCTTTCTTCACCAGATTTTGTTT120TCCTCCCCCCGCTGCAGTTGTTTCCCATTAGTAACTCGAT160CTCTCAGAGCAGTAAGATTCGCCTTCTACGCCTCTTTTTC200CCTCCGCCCGAATTGTTTGTTTTCTGCACATCTCCTTCAG240GGAGCCGCTGAGGCTTCCCCCCAACTCTTCCCAGTTCTTT280TTGCTTCCCCTCGGCCCCCCAAGCAGACCGATTTCCACTC320CATCTGTTTCTTCTCCTCCTTTCTCTCCCTCTTTCCCTCC360ATCCTCGAGCGTCTCTGCGCTCCTACAGGGCAGCCCTCTC400TGGTCCCTTGCCTCCTTCACTCGGATGAGCTGAAAGCCCC440GGGCGTGTGTATATGGAAATAGTGGGGTGCCGAGCAGAAG480ACAACTCGTGTCCTTTCCGCCCCCCAGCCATGCTCTTTCA520CGGGATCTCCGGAGGCCACATCCAAGGCATCATGGAGGAG560ATGGAGCGCAGATCCAAGACTGAGGCCCGTCTGGCCAAAG600GCGCCCAGCTCAACGGCCGCGACGCGGGCATGCCCCCGCT640CAGCCCGGAGAAGCCCGCCCTGTGCGCCGGCTGCGGGGGC680AAGATCTCGGACAGGTACTATCTGCTGGCTGTGGACAAAC720AGTGGCATCTGAGATGCCTGAAGTGCTGTGAATGTAAGCT760GGCCCTCGAGTCCGAGCTCACCTGCTTTGCCAAGGACGGT800AGCATTTACTGCAAGGAGGATTACTACAGAAGGTTCTCTG840TGCAGAGATGTGCCCGCTGCCACCTTGGCATTTCCGCCTC880GGAGATGGTCATGCGCGCCCGAGACTCTGTCTACCACCTG920AGCTGCTTCACCTGCTCCACTTGCAACAAGACTCTGACCA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。