基因總覽
LHX5 的正式名稱為 LIM homeobox 5，屬於蛋白質編碼基因。其蛋白質產物為 LIM homeobox 類蛋白，具有兩個 LIM zinc-binding 區域及一個 Homeobox DNA 結合區域。來源指出，LHX5 在中樞神經系統發育期間參與神經元分化與遷移的調控；至於蛋白質的其他基本性質或更細緻的功能機制，現有資料未提供說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000261731 ★ | 113,462,033–113,471,871 | 5 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
LHX5 的蛋白質產物在中樞神經系統發育期間，對神經元分化與遷移的調控具有重要作用。來源將其角色概括為調節這兩項神經發育過程，並指出其作用具有重要性。
現有資料未進一步說明 LHX5 如何調節神經元分化或遷移，也未提供相關分子作用方式、發育階段、細胞類型或實驗條件。因此，依據目前資訊，能確認的功能範圍僅限於其在中樞神經系統發育期間對神經元分化與遷移的調控角色。
Promoter 與基因調控
>LHX5 ENST00000261731 GRCh38 chr12:113471771-113472871 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TGCCGAGCACGGAACATACGTGCGCCGCTTCTCCTGCGCCCAATGAGGGGACGAACTTGCACACCCAGCC CGCACGGCGTGAATACAAACAGCGCTCTCATAGTCGCTGGTGTCCCCCGCCTCAGCCGTACGACCCACTC ACCACAGTGCCCCATAGGCTGACCTGGAATCTGGAAGGTGCAGCGAGGAAAGGAGAGACGTGGTGAGTGC CACCTCCGAGCTGTCTGCGGGAAGACCCGTCCACCCTGAATCTCCCCCTGTCCACATCTCCCTCAGAGCC CCGTGAGCAGCGCACTCAGGCCTGAAACTCTGGAGTTCGGGACCAGGCCAAATGGCACCCCTCCTGCTCC CCCGCCTCCCCACCCTGGGCCTGGGCCTGGGCTCGGCGGCCGGGCGGGGAAAACTACCCAGGCCGCGCGG TCTCCACTAGCTCTCTCCATGAGAAAGGCCCGGCTGGGCCCCAGCCCCGTGTATGACAAAAAGAAGCCGG GGCCGGCTCCAGGAGCCGGGAGAACCGCGCTGACGCAGCTTCAGGGCGCAGAGGGGGCGCGGGGGTGGGG GAATCCAATCTGGGCTGGCTGGGCTGGAGAAGGGGAGCGAAGTGTGGGGCGTGGGGCAACTTCTGCAAGT TCCAGGGATGGCGAAGGGGGCAGGGGTACCTCCCGGACTAGGCCTTGGAACCCGTGACCCCCAAATATTT GTGAGGAGAAAGAGAGAGGAAGAGAGACGCAATTTTCGTTTCGCGCTGCCCCCGCCCCGTCAGCCCCAAA CTGGAAGGTAAATACTTACTTAGCCTCCGAACCAGGTACAAGCTAATACTCAACAATACTGATGCCTTGT TTTTTTTGCTCTGTCCGGACAGCAACGCTGTAGCCAATTTAGATATGCTATAAATTTAAGAGGTTGCCAT GGCCACGGTGCGCCCATTGGCCGCTGGGCCCCCTACGTGCAGCGCCACGTCACCAAATCTGAATAAGGAT GCGCGAATTACGCGGCGACCAGACAAAGATGAGGATCCGGACCGCTTGAAAGTGGGGGAAAGTGCCGGCG CCTCCGCCACCGGGGAAAGCCGCTCCGCAGCGCCGAGGCCAGCAGCCACCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| LHX5_1 ↗ | 12:113,471,871 | 負股 | 113,471,861–113,471,920 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR12_78N675 · enhancer · 113471759–113471860 · regulatory
ENSR12_85C44M · promoter · 113471861–113472055 · regulatory
ENSR12_85C44T · promoter · 113472263–113472408 · regulatory
ENSR12_BSJ2R · enhancer · 113472409–113473141 · regulatory
ENSR12_93N33X · enhancer · 113473858–113474285 · regulatory
· motif · 113467319–113467330 · motif
· motif · 113467319–113467330 · motif
· motif · 113467521–113467532 · motif
· motif · 113472913–113472923 · motif
· motif · 113472948–113472958 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：402 aa
LIM homeobox protein Lhx5 長 402 個胺基酸。其序列包含兩個 LIM zinc-binding 區域，分別位於第 3–61 與第 62–125 個胺基酸；Homeobox DNA 結合區位於第 180–239 個胺基酸。另有兩段被註記為無序區，分別位於第 124–186 與第 298–402 個胺基酸。
蛋白質三維結構
細胞內定位
LHX5 蛋白質的定位註記為細胞核。 資料未提供定位隨條件變化的資訊，也未指出異構型之間的定位差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 25 個夥伴
- CASP6P55212 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCKP06307 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- COQ8AQ8NI60 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DMWDG5E9A7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FGFR3P22607 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GRIN2CQ14957 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GSNP06396 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HIP1O00291 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HLA-AQ5SUL5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HTTP42858 · UniProt INTERACTION · 15 experiments
- KAT5Q92993 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LAMP2P13473-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LMO3Q8TAP4-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PEX26Q7Z412 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PMP22A0A6Q8PF08 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PPIBP23284 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PRPF40AO75400-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RANP62826 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SETDB1Q15047-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SNCAP37840 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SPRED1Q7Z699 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TSC1Q86WV8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UBQLN1Q9UMX0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UQCRC2P22695 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- YWHAGP61981 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | LHX5 在中樞神經系統發育期間，對神經元分化與遷移的調控具有重要作用；現有敘述未進一步指出具體的調節機制或實驗條件。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Plays an essential role in the regulation of neuronal differentiation and migration during development of the central nervous system |
| 細胞定位 | 此定位註記將 LHX5 標示於細胞核，但未提供定位變化的條件、異構型差異、細胞類型或實驗系統等進一步資訊。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
AGACAAAGATGAGGATCCGGACCGCTTGAAAGTGGGGGAA40AGTGCCGGCGCCTCCGCCACCGGGGAAAGCCGCTCCGCAG80CGCCGAGGCCAGCAGCCACCCGAGATACCTGGGGAAGCCC120GGAACAGGCGCCGGGGCGTGCGGCCCGTGGCATGAGGTTG160TGAACGCCACCCGCCCCCCACCACCCCACTCCGGGCAGCC200CAGCGCCAGGCCAGAGATTGCCCAAGGACTGGACCGGCTG240AGTCTTGGTCCGGACCAGACTCGCCCTGCAGCTGCTGAGA280CAAGAGGCGAAGGGCAGCGGAGGGCCCGGCAGGCCCGAGG320GCCAGGGGCCCAAAGGGAGGGCAAGGCGGCCGAAGCCGCC360GGGGCGCGGGGCTATGATGGTGCACTGCGCCGGTTGCGAG400CGGCCCATCCTCGACCGCTTTCTGCTGAACGTGCTGGACC440GCGCGTGGCACATCAAATGTGTTCAGTGCTGCGAGTGCAA480AACCAACCTCTCGGAGAAGTGCTTCTCGCGCGAGGGCAAG520CTCTACTGCAAAAATGACTTTTTCAGGCGCTTTGGCACGA560AATGCGCCGGCTGCGCGCAAGGCATCTCGCCCAGCGACCT600GGTGCGCAAGGCCCGGAGCAAAGTCTTTCACCTCAACTGT640TTCACCTGCATGGTGTGTAACAAGCAGCTGTCCACCGGCG680AGGAGCTCTACGTCATCGACGAGAACAAGTTCGTGTGCAA720AGACGACTACCTGAGCTCATCCAGCCTCAAGGAGGGCAGC760CTCAACTCAGTGTCATCCTGTACGGACCGCAGTTTGTCCC800CGGACCTCCAGGACGCACTGCAGGACGACCCCAAAGAGAC840GGACAACTCGACCTCGTCGGACAAGGAGACGGCCAACAAC880GAGAACGAGGAGCAGAACTCGGGCACCAAGCGGCGCGGCC920CCCGCACCACCATCAAGGCCAAGCAGCTGGAGACGCTCAA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。