基因總覽
LDLRAD4（low density lipoprotein receptor class A domain containing 4）是蛋白質編碼基因，產生的蛋白質屬於 PMEPA1 family。蛋白質含有 LDL-receptor class A 結構域，並以單次跨膜方式嵌入膜中；其 N 端位於膜腔側，較長的 C 端區段位於細胞質側。這些特徵構成其基本的膜蛋白架構，而細胞質側區域亦含有與 SMAD 蛋白互作相關的基序。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000359446 ★ | 13,218,760–13,652,751 | 7 |
| ENST00000896326 | 13,216,173–13,652,755 | 7 |
| ENST00000896328 | 13,217,458–13,652,755 | 7 |
| ENST00000679177 | 13,217,620–13,652,755 | 6 |
| ENST00000896329 | 13,217,620–13,652,755 | 8 |
| ENST00000896330 | 13,217,686–13,652,755 | 8 |
| ENST00000896332 | 13,217,686–13,652,755 | 8 |
| ENST00000943635 | 13,217,686–13,652,755 | 7 |
| ENST00001055940 | 13,217,686–13,486,672 | 6 |
| ENST00001117647 | 13,217,686–13,526,672 | 6 |
| ENST00001117648 | 13,217,686–13,484,441 | 5 |
| ENST00000679167 | 13,217,972–13,652,755 | 6 |
顯示 12/45 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
LDLRAD4 是 TGF-beta 訊號的負向調節因子；來源指出，它可能藉此參與細胞增殖、分化、凋亡、細胞運動、細胞外基質生成與免疫抑制等過程。這些生物學作用屬於可能的功能關聯，並非來源所述的確定結果。
在典型 TGF-beta 訊號路徑中，ZFYVE9/SARA 會將細胞內訊號傳遞與轉錄調節因子 SMAD2、SMAD3 招募至 TGF-beta receptor。兩者受到受體磷酸化後，會與 SMAD4 形成異源複合體，接著移動至細胞核調節轉錄。
LDLRAD4 與 SMAD2、SMAD3 互作，可能因此與 ZFYVE9 及 SMAD4 競爭，使細胞內訊號的傳遞受到抑制。來源以「可能」描述這種競爭及其結果；因此，LDLRAD4 的調節作用可理解為介入 SMAD 訊號傳遞，但不應將其表述為已確立的唯一機制。
Promoter 與基因調控
>LDLRAD4 ENST00000359446 GRCh38 chr18:13217760-13218860 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CGGCGGGATTAGCAGGCGAGTGCGTTGGCCCTGCCCGCTCCGCGCGCCGCCGCGGCCGGCCGGGGATCCC CTGCAAGCCACTGAGCCGCTGCCGCCGCTGCAGCCAGACAGGCTGCGGGTGCCTGGGAAAGTGGAAGCAG GGCGGGGAGCGCGGGGGAGGCCCGGGGGTGAGGTCCTCAGCTCTTAAAGAACCCCGGCGCGCCGCGCTCC CCGCCGGCCCGCCGCGCGCCCCCTGCCGCGCCCCGCACAGCGCCCCTCCCCCTGGCCAGCAGGGCCGGTG GCCGCGGAGCCGCACTGCGGGCAGTCCCCGCCTCCGCTCCGGGGGGGCGGCCCAGGTGAGTGCGGACCCG AGGTGGCCGCAGTGGTCGGGGCTTCTGGCCCAAGTTCACCGCTGCGCTCCGGAGGGAGGGGTGGCGGGGG ACTCGGGAACCGGACGCTTTGGGAACTGGACGTCCGCGAGCCTGCGCCGTCGGCTGGGGCCGGAGGGAGA AGCTGGGCGCCGAGCGCGCGAGGTCTGTGAGGCTTGGTCCGGGTGGGCTTGCCGGTGGGCACGGCGGGGA TCCGGGGCTGGCCCGCGGGCGGGGTTACGCCGGTGGAGGGACTTCGCCGACCCCCACCCCGTTTTCTGTT TCCTGGTGCCCTGGGGCGCAGGGTGTCCCGCGGTTGCAAGACTGAATTCTGCACCGCCCGGAGGCCAGGA TGGGCGCGCGGATGGCAGCCCCAACTGTCTCCGCGCCCCTAGGCCTCGGCGAGCCGTGGCGGGCAGGGAC TGGAGGTCAGCGGGAAGCGGGAAGATCCTGCAGGACCTGACCGGGGAGTTTGCGGGAAGGAGGGGGCGGG CCAAGCCCCGCAGCCCCTCAGTCCCGCATCCTGCACCGCGCGCTCCCCGGCCCCGGCCCCTCGGGCCCGC TTCACCCGGCGTCCCCCCGGGTCCCCCCGCGCGCGTTGACGTCGGTCGCGGGACCGCCCGGAGCTCCCGG CATTGGCTGGGAAGTCGATTGTCTGGGGCTGCTGCTGTTGCACTTAGGCTGGGTCTCCGAGCCCCGGAGG AAGCAGGCGTGTGTTGAATTTCTCTCTGCCCCTCACCTTGGAATAAACAGG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| LDLRAD4_1 ↗ | 18:13,218,785 | 正股 | 13,218,736–13,218,795 |
| LDLRAD4_3 ↗ | 18:13,611,848 | 正股 | 13,611,799–13,611,858 |
| LDLRAD4_2 ↗ | 18:13,612,623 | 正股 | 13,612,574–13,612,633 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR18_978M4 · enhancer · 13215907–13216253 · regulatory
ENSR18_554X52 · CTCF_binding_site · 13215957–13215978 · regulatory
ENSR18_B4LS5 · promoter · 13216254–13216857 · regulatory
ENSR18_554X6F · CTCF_binding_site · 13216256–13216277 · regulatory
ENSR18_978MH · promoter · 13217196–13217696 · regulatory
ENSR18_978MM · promoter · 13217735–13218235 · regulatory
ENSR18_554XGF · CTCF_binding_site · 13217982–13218003 · regulatory
ENSR18_B4LSD · promoter · 13218270–13218797 · regulatory
ENSR18_978MX · enhancer · 13218798–13219304 · regulatory
ENSR18_978N6 · enhancer · 13219654–13219991 · regulatory
ENSR18_B4LSP · enhancer · 13220274–13221123 · regulatory
ENSR18_DMP8 · enhancer · 13221744–13223877 · regulatory
· motif · 13215959–13215975 · motif
· motif · 13216122–13216135 · motif
· motif · 13216122–13216136 · motif
· motif · 13216122–13216137 · motif
· motif · 13216122–13216137 · motif
· motif · 13216258–13216274 · motif
· motif · 13216945–13216952 · motif
· motif · 13216989–13217004 · motif
· motif · 13216995–13217007 · motif
· motif · 13217018–13217030 · motif
· motif · 13217984–13218000 · motif
· motif · 13223015–13223030 · motif
· motif · 13223057–13223070 · motif
· motif · 13223063–13223076 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：306 aa
LDLRAD4 蛋白質長 306 個胺基酸。其第 1–64 位為膜腔側區域，第 65–85 位為跨膜螺旋，第 86–306 位為細胞質區域；第 16–48 位含 LDL-receptor class A 結構域。蛋白質另有兩個 PPxY motif、一個 SMAD interaction motif（SIM），以及第 286–306 位的預測無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
LDLRAD4 位於早期胞內體膜，並屬於單次跨膜蛋白。 來源未提供不同條件下的定位變化或異構型差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- NEDD4P46934 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- GET3O43681 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SGTAO43765 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZDHHC22Q8N966 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
LDLRAD4 與 PMEPA1 互作；此外，它透過 SMAD interaction motif（SIM）與 SMAD2、SMAD3 互作。來源未說明這些互作是否構成同一複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | LDLRAD4 是 TGF-beta 訊號的負向調節因子，因此可能參與細胞增殖、分化、凋亡、運動、細胞外基質生成與免疫抑制。典型路徑中，ZFYVE9/SARA 招募 SMAD2、SMAD3 至受體；磷酸化後兩者與 SMAD4 結合並進入細胞核調節轉錄。LDLRAD4 與 SMAD2、SMAD3 互作，可能競爭 ZFYVE9 與 SMAD4，抑制訊號傳遞。 | 含實驗來源 | 證據與來源Functions as a negative regulator of TGF-beta signaling and thereby probably plays a role in cell proliferation, differentiation, apoptosis, motility, extracellular matrix production and immunosuppression. In the canonical TGF-beta pathway, ZFYVE9/SARA recruits the intracellular signal transducer and transcriptional modulators SMAD2 and SMAD3 to the TGF-beta receptor. Phosphorylated by the receptor, SMAD2 and SMAD3 then form a heteromeric complex with SMAD4 that translocates to the nucleus to regulate transcription. Through interaction with SMAD2 and SMAD3, LDLRAD4 may compete with ZFYVE9 and SMAD4 and prevent propagation of the intracellular signal PMID 24627487 ↗ |
| 交互作用 | LDLRAD4 與 PMEPA1 互作；它也會透過 SMAD interaction motif（SIM）與 SMAD2 及 SMAD3 互作。此敘述指出互作對象與 SMAD 互作所涉及的基序，未提供更多互作條件或功能結果。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with PMEPA1. Interacts (via the SMAD interaction motif) with SMAD2 and SMAD3 PMID 24627487 ↗ |
| 細胞定位 | LDLRAD4 被標示為位於早期胞內體膜的單次跨膜蛋白。此定位資訊未進一步描述條件依賴的變化或不同異構型之間的差異。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GTCTGGGGCTGCTGCTGTTGCACTTAGGCTGGGTCTCCGA40GCCCCGGAGGAAGCAGGCGTGTGTTGAATTTCTCTCTGCC80CCTCACCTTGGAATAAACAGGAAGCGACAAGCACCCAGCC120CGGCCCGGCACTTGCCTTTGTGAAGGGGTCTGCCCTGCAC160AGCCTTTAGGAAGCTTCCTCGGGACCCCTTCCCGGTGCGC200CGCCCCGGGTGGGCCTGGGGGCGCGCCCTCGGTTCAAGCT240CTACGTTCGTGACATCAAACCTCCTGTTGGGCCATTTCCG280AGAACTCCCATCAGTTTCTGTATAGTGTAAAAGTTTCAGA320GGCGGAGCACAGAGAGCTGCGGCTGGGACAAGGAGCACCC360GCGTGCAGGTGCGACCCTGCAGGATGCTGGCAGCGGCGTG400GCCAGGGGCGCCCGTGTTCTGAGGGCCTGAGGGCCAGCCC440CTCCACCCGCGCCATGGCCTCCGCGCCCTGGCTGGACGGC480TGACGGGAGCAGGGACCGCCGCCGCCCAGGTGCCACACCC520AGGTACCGCCCGCCCGCGCGAGAGCCGGGCAGGTGGGCCG560CGGATGCTCCCAGAGGCCGGCCCAGCAGAGCGATGGACTT600GGACAGGCTAAGATGGAAGTGACCTGAGCCTCGCCCGGCG640GCTTCCTCGACGGGACAGCGCAAGAGTTGGAGCACAGGCT680TGTCCGGGGAGCAGTATGCCGGAAGCTGGTTTTCAGGCCA720CAAATGCTTTCACAGAGTGCAAATTCACCTGCACCAGTGG760TAAATGCTTGTATCTTGGTTCGCTGGTCTGTAACCAACAG800AACGACTGTGGGGACAACAGTGACGAAGAGAACTGTCTCC840TGGTGACCGAGCACCCGCCTCCGGGCATCTTCAACTCGGA880GCTGGAGTTCGCCCAAATCATCATCATCGTCGTGGTGGTC920ACGGTGATGGTGGTGGTCATCGTCTGCCTGCTGAACCACT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。