演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

LAT2WSCR5

linker for activation of T cells family member 2

LAT2 是一種膜相關接合蛋白,參與多種免疫受體訊號傳遞,並可透過招募 GRB2,連結受體與其相關激酶的活化及細胞內後續訊號。

Homo sapiens7q11.23UniProt Q9GZY6
OFFICIAL SYMBOL
LAT2
CHROMOSOME
7
UNIPROT
Q9GZY6
PDB / ALPHAFOLD
3MAZ
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

LAT2(linker for activation of T cells family member 2)是由蛋白質編碼基因產生的膜相關接合蛋白,屬於 linker for activation of T cells family。其蛋白質長 243 個胺基酸,具有單次跨膜結構,膜外部分短,膜內部分則延伸至細胞質。這種拓樸使 LAT2 能作為膜上的訊號連結元件;來源資料指出,它參與免疫受體相關訊號傳遞。此處所述為蛋白質的基本性質與結構概貌,具體參與的受體及訊號連結方式見功能說明。

Official symbol
LAT2
Gene name
linker for activation of T cells family member 2
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:12749
UniProt
Q9GZY6
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
WSCR5HSPC046LABNTALWBSCR15WBSCR5

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 77q11.23
chr7 · 159,345,973 bp · GRCh38chr7p22.3 · 1–2800000 · gnegchr7p22.2 · 2800001–4500000 · gpos25chr7p22.1 · 4500001–7200000 · gnegchr7p21.3 · 7200001–13700000 · gpos100chr7p21.2 · 13700001–16500000 · gnegchr7p21.1 · 16500001–20900000 · gpos100chr7p15.3 · 20900001–25500000 · gnegchr7p15.2 · 25500001–27900000 · gpos50chr7p15.1 · 27900001–28800000 · gnegchr7p14.3 · 28800001–34900000 · gpos75chr7p14.2 · 34900001–37100000 · gnegchr7p14.1 · 37100001–43300000 · gpos75chr7p13 · 43300001–45400000 · gnegchr7p12.3 · 45400001–49000000 · gpos75chr7p12.2 · 49000001–50500000 · gnegchr7p12.1 · 50500001–53900000 · gpos75chr7p11.2 · 53900001–58100000 · gnegchr7p11.1 · 58100001–60100000 · acenchr7q11.1 · 60100001–62100000 · acenchr7q11.21 · 62100001–67500000 · gnegchr7q11.22 · 67500001–72700000 · gpos50chr7q11.23 · 72700001–77900000 · gnegchr7q21.11 · 77900001–86700000 · gpos100chr7q21.12 · 86700001–88500000 · gnegchr7q21.13 · 88500001–91500000 · gpos75chr7q21.2 · 91500001–93300000 · gnegchr7q21.3 · 93300001–98400000 · gpos75chr7q22.1 · 98400001–104200000 · gnegchr7q22.2 · 104200001–104900000 · gpos50chr7q22.3 · 104900001–107800000 · gnegchr7q31.1 · 107800001–115000000 · gpos75chr7q31.2 · 115000001–117700000 · gnegchr7q31.31 · 117700001–121400000 · gpos75chr7q31.32 · 121400001–124100000 · gnegchr7q31.33 · 124100001–127500000 · gpos75chr7q32.1 · 127500001–129600000 · gnegchr7q32.2 · 129600001–130800000 · gpos25chr7q32.3 · 130800001–132900000 · gnegchr7q33 · 132900001–138500000 · gpos50chr7q34 · 138500001–143400000 · gnegchr7q35 · 143400001–148200000 · gpos75chr7q36.1 · 148200001–152800000 · gnegchr7q36.2 · 152800001–155200000 · gpos25chr7q36.3 · 155200001–159345973 · gnegLAT2pq1 bp159,345,973 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr7:74,199,652–74,242,501
Gene span
42,850 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000460943 ★74,210,006–74,229,83414
ENST0000046511674,199,652–74,219,7846
ENST0000034499574,209,388–74,229,83413
ENST0000039847574,209,388–74,226,50813
ENST0000027563574,209,388–74,229,83414
ENST0000085850274,209,388–74,229,83414
ENST0000085850374,209,388–74,229,83412
ENST0000085850474,209,388–74,229,83413
ENST0000096240674,209,388–74,234,45814
ENST0000096240774,209,388–74,229,83414
ENST0000096240874,209,388–74,229,83414
ENST0000096240974,209,388–74,229,83411

顯示 12/27 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

LAT2 參與肥大細胞中由 FCER1(高親和力免疫球蛋白 epsilon 受體)介導的訊號傳遞。它的角色是協助把細胞膜受體及其相關激酶的活化,連結到細胞內較下游的訊號事件;來源所述的連結方式是招募 GRB2。因此,LAT2 在此訊號路徑中作為接合元件,將受體端的活化資訊導向後續的細胞內反應。

除肥大細胞的 FCER1 訊號外,LAT2 也可能參與 B 細胞中由 BCR(B 細胞抗原受體)介導的訊號,以及髓系細胞中由 FCGR1(高親和力免疫球蛋白 gamma Fc 受體 I)介導的訊號。這兩項作用在來源中以「可能參與」描述,應與明確指出的肥大細胞 FCER1 訊號區分;資料並未進一步說明各細胞類型中的下游事件或作用條件。

整體而言,來源支持 LAT2 透過招募 GRB2,連接特定免疫受體及其相關激酶的活化與較下游的細胞內訊號。其功能涵蓋不同免疫細胞與受體系統,但來源未提供更細節的分子反應、下游路徑或生理結果,因此不宜延伸推定其他機制。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 74210006 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>LAT2 ENST00000460943 GRCh38 chr7:74209006-74210106 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GTCTTCTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGAAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCG
CTATCTTGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGC
TGGGATTACAGGCACCCGCCACCACACCCAGATAATTTTTGTATTTTTGGTAGATATGGGGTTTCACCAT
GTTGGTCAGGCTGGTTTTGAACCCCTGACTTCATGACCTGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATT
ACAGGCATGAGCCACCGCGCCCGGCCCATGGGTGTGAATTTCTGCCTGTGTGTGTCTTTTTAGCGTATGT
GTGTCTCCATATCTGCCATCTGCAGGAGCACCTCAGTTTCATTATCTTGCTCCCTGTCTATTGGAGTGTA
TCTCTCTTCCTCTCTGTGTGACTTTTTGTGTTTATGTGTGTGTTTAGTGTGTGTCCATATTTTCCTGTTC
TCTTGTGTCTCTCTGCTGTGTCTCTCTCTTTTTCTTTCTGTTTTTTGAGACGGAGTCTCCCTCTGTCACC
CAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCTTCTGAGGTTCAAACGATTCTCCT
GCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGAATTACAGACACATGCCACCATGCCCAGCTAATTTTGTATTTTTAAT
AGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTAAACTCTTGACCTTACGTGATCCACCCGCCTCG
GCCTCCCAAAGTTTTTGGATTACAGGTGTGAGCCACCTCGCCCGGTCCTATCTCTCTTTCTTCTCTTTCT
CCCTCTCACTTTGTTTCTCTTCTCTCTCTCTCTCCCGCCTCCTTCCCCCGTCTCCCCTCCCTTCCCCCCA
CCGCCCTCTTCATAGCTGAGCCTGTCCGGCAGTGCGGCGGATGTACGGATGATTCAGTGGCTGGCAGGAA
GCCCGCCCTGCCCGCCCGCCAGTGTCAGTGGTGTTGGCATCAGCTTGGGCAGGTGTGCGGGCTCAGGATG
GGGCGGCCGTGGTGAGGAACCCTGGACTCTCAGGTAAGCCTTTCCCAGGGG
LAT2 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
LAT2_2 ↗7:74,209,488正股74,209,439–74,209,498
LAT2_1 ↗7:74,210,009正股74,209,960–74,210,019

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR7_BJPLX · enhancer · 74206346–74207234 · regulatory

ENSR7_5MG93R · CTCF_binding_site · 74206745–74206766 · regulatory

ENSR7_846WK7 · promoter · 74209272–74209406 · regulatory

ENSR7_BJPMC · promoter · 74209491–74210016 · regulatory

ENSR7_BJPMG · enhancer · 74210017–74210627 · regulatory

ENSR7_BJPMK · enhancer · 74210938–74211598 · regulatory

· motif · 74206747–74206763 · motif

· motif · 74209314–74209326 · motif

· motif · 74209741–74209756 · motif

· motif · 74209746–74209758 · motif

· motif · 74209749–74209756 · motif

· motif · 74210033–74210042 · motif

· motif · 74210096–74210109 · motif

· motif · 74210096–74210109 · motif

· motif · 74210243–74210250 · motif

· motif · 74210408–74210424 · motif

· motif · 74210443–74210455 · motif

· motif · 74210790–74210801 · motif

· motif · 74211105–74211120 · motif

· motif · 74211151–74211164 · motif

· motif · 74211151–74211164 · motif

· motif · 74211199–74211208 · motif

· motif · 74211217–74211237 · motif

· motif · 74211223–74211243 · motif

· motif · 74211630–74211641 · motif

· motif · 74211763–74211774 · motif

· motif · 74211810–74211825 · motif

· motif · 74211815–74211827 · motif

· motif · 74211818–74211825 · motif

· motif · 74211867–74211879 · motif

· motif · 74212896–74212907 · motif

· motif · 74213569–74213584 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:243 aa

1 aa243 aa功能區域跨膜區拓樸區域
依 Q9GZY6 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

LAT2 蛋白質長 243 個胺基酸。第 1–5 位為細胞外區域,第 6–26 位是螺旋狀跨膜區,並作為第三型膜蛋白的訊號錨定序列;第 27–243 位位於細胞質。第 174–243 位被註記為無序區。

拓樸區域Extracellular1–5 aa
跨膜區Helical; Signal-anchor for type III membrane protein6–26 aa
拓樸區域Cytoplasmic27–243 aa
功能區域Disordered174–243 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 3MAZ…

PDB · 3MAZ

X-ray · 1.90 A · B=133-143

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cell membrane

LAT2 位於細胞膜,屬於單次跨膜的第三型膜蛋白,並可見於脂筏。 來源未指出其定位會因條件或異構型而改變。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
WSCR5LAT2
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

LAT2 磷酸化時會與 GRB2 互作。來源另指出 LAT2 可能與 SOS1、GAB1 及 CBL 互作,但未進一步說明這些互作是否涉及直接結合或特定複合體。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

LAT2 位於 Williams-Beuren syndrome(WBS)的關鍵區域。WBS 與染色體 7q11.23 多個基因的單套缺失有關;此缺失被認為可能源自缺失區兩側高度同源低拷貝重複序列間的不等交叉。來源提出,LAT2 劑量不足可能是患者某些心血管及肌肉骨骼異常的原因之一,但未將此關聯確立為因果。

個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

4 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 4 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能LAT2 參與肥大細胞中由 FCER1 介導的訊號傳遞,並可能參與 B 細胞的 BCR 及髓系細胞的 FCGR1 訊號。它透過招募 GRB2,將這些受體及其相關激酶的活化連結至較下游的細胞內事件。含實驗來源
證據與來源

Involved in FCER1 (high affinity immunoglobulin epsilon receptor)-mediated signaling in mast cells. May also be involved in BCR (B-cell antigen receptor)-mediated signaling in B-cells and FCGR1 (high affinity immunoglobulin gamma Fc receptor I)-mediated signaling in myeloid cells. Couples activation of these receptors and their associated kinases with distal intracellular events through the recruitment of GRB2

PMID 12486104 ↗ · PMID 12514734 ↗ · PMID 15010370 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用LAT2 在磷酸化時會與 GRB2 互作;此外,它也可能與 SOS1、GAB1 和 CBL 互作。含實驗來源
證據與來源

When phosphorylated, interacts with GRB2. May also interact with SOS1, GAB1 and CBL

PMID 12486104 ↗ · PMID 12514734 ↗ · PMID 14722116 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位LAT2 位於細胞膜,是單次跨膜的第三型膜蛋白,並存在於脂筏。含實驗來源
證據與來源

Cell membrane / Single-pass type III membrane protein; Present in lipid rafts

PMID 12486104 ↗ · PMID 12514734 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

疾病關聯LAT2 位於 Williams-Beuren syndrome(WBS)關鍵區域。WBS 涉及染色體 7q11.23 多個基因的單套缺失,該缺失被認為可能由缺失區兩側高度同源的低拷貝重複序列發生不等交叉所致。LAT2 劑量不足可能是疾病中某些心血管及肌肉骨骼異常的原因。含實驗來源
證據與來源

LAT2 is located in the Williams-Beuren syndrome (WBS) critical region. WBS results from a hemizygous deletion of several genes on chromosome 7q11.23, thought to arise as a consequence of unequal crossing over between highly homologous low-copy repeat sequences flanking the deleted region. Haploinsufficiency of LAT2 may be the cause of certain cardiovascular and musculo-skeletal abnormalities observed in the disease

PMID 11003705 ↗ · PMID 11124535 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 4 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000460943 · 1,942 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AGTGTCAGTGGTGTTGGCATCAGCTTGGGCAGGTGTGCGG40
41GCTCAGGATGGGGCGGCCGTGGTGAGGAACCCTGGACTCT80
81CAGAGATGGAATTTCACCGTGTTGCCTAGGCTGGTCTGGA120
121GCTCTTGATCTCAAGCGATCCTCCCTGCCTCGGCCTCCCA160
161ACGTGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACCGCTCCTGGCCA200
201GGGTCTGTTCCTAGTTGCAACAGTTCTTGGAAACCCACTC240
241GAGAGGGCCACGCCTCCATTCACCAGGCCACGCATCACAA280
281GAGGCAACACCAGGAGCCAACATGAGCTCGGGGACTGAAC320
321TGCTGTGGCCCGGAGCAGCGCTGCTGGTGCTGTTGGGGGT360
361GGCAGCCAGTCTGTGTGTGCGCTGCTCACGCCCAGGTGCA400
401AAGAGGTCAGAGAAAATCTACCAGCAGAGAAGTCTGCGTG440
441AGGACCAACAGAGCTTTACGGGGTCCCGGACCTACTCCTT480
481GGTCGGGCAGGCATGGCCAGGACCCCTGGCGGACATGGCA520
521CCCACAAGGAAGGACAAGCTGTTGCAATTCTACCCCAGCC560
561TGGAGGATCCAGCATCTTCCAGGTACCAGAACTTCAGCAA600
601AGGAAGCAGACACGGGTCGGAGGAAGCCTACATAGACCCC640
641ATTGCCATGGAGTATTACAACTGGGGGCGGTTCTCGAAGC680
681CCCCAGAAGATGATGATGCCAATTCCTACGAGAATGTGCT720
721CATTTGCAAGCAGAAAACCACAGAGACAGGTGCCCAGCAG760
761GAGGGCATAGGTGGCCTCTGCAGAGGGGACCTCAGCCTGT800
801CACTGGCCCTGAAGACTGGCCCCACTTCTGGTCTCTGTCC840
841CTCTGCCTCCCCGGAAGAAGATGAGGAATCTGAGGATTAT880
881CAGAACTCAGCATCCATCCATCAGTGGCGCGAGTCCAGGA920
921AGGTCATGGGGCAACTCCAGAGAGAAGCATCCCCTGGCCC960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。