基因總覽
KMT2C 是位於人類第 7 號染色體、屬於蛋白質編碼型的基因，其產物正式名稱為 lysine methyltransferase 2C。該蛋白屬於組蛋白賴氨酸甲基轉移酶家族，並歸在 TRX/MLL 子家族；其甲基轉移酶分類屬 class V-like SAM-binding methyltransferase 超家族。蛋白質全長 4,911 個胺基酸，具有多種鋅指結構、DNA 結合區域，以及 SET 和 Post-SET 結構域。這些結構特色與其作為染色質調控機制一部分的角色相符；具體的甲基轉移作用與相關生物學過程見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000262189 ★ | 152,134,925–152,436,003 | 59 |
| ENST00000360104 | 152,134,922–152,194,568 | 31 |
| ENST00000418061 | 152,134,925–152,167,378 | 19 |
| ENST00000679882 | 152,134,925–152,436,567 | 56 |
| ENST00001141080 | 152,134,925–152,436,567 | 59 |
| ENST00000680877 | 152,134,928–152,182,594 | 25 |
| ENST00000424877 | 152,134,929–152,167,378 | 19 |
| ENST00000679560 | 152,134,933–152,182,594 | 25 |
| ENST00000683200 | 152,134,977–152,235,933 | 44 |
| ENST00000683178 | 152,135,215–152,167,378 | 19 |
| ENST00000683502 | 152,135,611–152,167,378 | 19 |
| ENST00000684261 | 152,135,980–152,182,594 | 25 |
顯示 12/35 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
KMT2C 的產物是組蛋白甲基轉移酶，可將 S-adenosyl-L-methionine 提供的甲基轉移至組蛋白 H3 第 4 位賴氨酸（H3K4）的 ε-胺基。此反應會生成甲基化的 H3K4，並產生 S-adenosyl-L-homocysteine 與質子。來源指出，KMT2C 主要形成 H3K4me1 標記，亦即 H3K4 的單甲基化標記。
KMT2C 是染色質重塑機制的一部分；其形成的 H3K4me1 標記主要出現在活化染色質區域，這些區域涉及轉錄與 DNA 修復。這項作用將組蛋白修飾與染色質中的相關活動連結起來，但現有資料未進一步描述 KMT2C 如何影響各項轉錄或修復步驟。
在預備活化及活化的增強子元素上，KMT2C 可能與 KMT2D 具有冗餘作用，共同提高 H3K4me1 標記。此處的冗餘關係帶有可能性，來源未將兩者的作用描述為完全相同，也未提供其在不同條件下各自貢獻的細節。整體而言，來源支持 KMT2C 透過組蛋白 H3K4 甲基化參與染色質調控，並指出其標記與活躍染色質中的轉錄、DNA 修復及增強子狀態相關。
Promoter 與基因調控
>KMT2C ENST00000262189 GRCh38 chr7:152435903-152437003 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CTCCATTCCTTTTCCTCCCCGTAGTGTGGGCGCTACGAGGAAAGACCTCGGCGAGAACCAGCGAAGCCCG GGCTGCCCTCGCCGTGCGGGCGCACATTTGCTCCTCGCGCCGGGCTGCGCCGGGCGACCGCGGCCGCCTC GGCGTGTGTCCGCGGCTCCCTCCCGCCCTCGCCCGCAGTTCCCCGATCCCGATCCCGGATCTCTGGGTCC ACAGCTTGGCTACCTCCCGAGCCGGAGCCGGAGCCGGAGCCGGAGTCGCGGCTGGGCCCGGCCGCCGCGT CACAGGGGGAGGGAACCCGGGGGGGAGGGGGAGGGGCGGTGAGGTCAGCGGCGGCGGCGCGTCCGCGGGC GGCGGGAGCGGCGCATGCGCGGAGCGAGGCCCGTGAGTGGCAGCGGCGGCGCGCGGGGGGCGGGCGAGGG GCCGAGTGTGGGGGAGCGGGCGGGGGCCGTCGAGGCGGCGGTGTGTGGGCGCGACGGCTGCGAGTTGGAG AGGTCTGTGGTGCGGGTCGCCCCGGGGGATCCCCGGCGCGGGCCTCGCGCGACGGCCACGGTCGCGCGGC GTGTGTGTGGGGTCCAAGCACACCCGCAAAACTTCCTCCTCCCCTGCTCCGGGAGAGCGAGCGAGCGTGT GTGAGAGAGCGAGTGTGAGGAGCGAGCCGCGGCCCGGCGCCCAGCGCCGCCACTGGAGCAGCTGTCAAAA CTTCGCCGCCGCCGCCGCCCGGGCCTGACGGGCCTGACGCGCGGGGGAGGGGCGGCCGGCCGGGGGCGCG ACCCCCTCGCCGCCCCCGCCGGGCCCCGCGGCCGGCCCTCCCCGCGCCGGGCCCCTTTCTCCTCCTGCCG CGGGCGGCTCGGGGGAGGGGCCGCGGGCGGAGACCCCGGGGGCCGGCGCCCCTCACGCCGCCCGCCCGCC CGGCTGCCCCGCCCGCCCGCACCCGCCGGCCCCGCCCGCCCCGCACCGCCCGCCCCGCCCGCCGCCCCCC GCCCGGCCCCTGCGCGCGGAGGTGCGCGCGCCCGCGCCGATGTGTGTGAGTGCGTGTCCTGCTCGCTCCA TGTTGCCGCCTCTCCCGGTACCTGCTGCTGCTCCCGGGGCTGCGGGAAATG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| KMT2C_3 ↗ | 7:152,178,034 | 負股 | 152,178,024–152,178,083 |
| KMT2C_1 ↗ | 7:152,435,976 | 負股 | 152,435,966–152,436,025 |
| KMT2C_2 ↗ | 7:152,436,552 | 負股 | 152,436,542–152,436,601 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR7_86H26K · enhancer · 152432986–152433174 · regulatory
ENSR7_86H26Q · enhancer · 152433328–152433457 · regulatory
ENSR7_B358RJ · enhancer · 152433663–152434204 · regulatory
ENSR7_948HLG · promoter · 152435205–152435705 · regulatory
ENSR7_CK5DX · promoter · 152435776–152437134 · regulatory
· motif · 152432573–152432583 · motif
· motif · 152432750–152432760 · motif
· motif · 152433844–152433855 · motif
· motif · 152433844–152433855 · motif
· motif · 152433862–152433873 · motif
· motif · 152433862–152433873 · motif
· motif · 152433864–152433875 · motif
· motif · 152433870–152433881 · motif
· motif · 152433870–152433881 · motif
· motif · 152433910–152433922 · motif
· motif · 152434297–152434310 · motif
· motif · 152435642–152435655 · motif
· motif · 152436212–152436225 · motif
· motif · 152436253–152436266 · motif
· motif · 152436283–152436296 · motif
· motif · 152436306–152436319 · motif
· motif · 152436403–152436414 · motif
· motif · 152436495–152436511 · motif
· motif · 152436531–152436544 · motif
· motif · 152436533–152436548 · motif
· motif · 152436554–152436567 · motif
· motif · 152436633–152436644 · motif
· motif · 152436633–152436644 · motif
· motif · 152436666–152436679 · motif
· motif · 152436673–152436685 · motif
· motif · 152436676–152436683 · motif
· motif · 152436687–152436697 · motif
· motif · 152436693–152436703 · motif
· motif · 152436709–152436719 · motif
· motif · 152436982–152437002 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：4911 aa
KMT2C 蛋白長 4,911 個胺基酸，具有多個 PHD-type 鋅指、C2HC pre-PHD-type 鋅指及一個 A.T hook DNA 結合區域。其 C 端含有 SET 與 Post-SET 結構域，另有 FYR N-terminal 和 FYR C-terminal 區域；序列亦註解出 DHHC domain 及 WDR5 interaction motif（WIN）。蛋白多處區域被註解為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
來源未提供定位隨條件改變、異構型差異或動態變化的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- ASH2LQ9UBL3-3 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- NCOA6Q14686 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- WDR5P61964 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
KMT2C 是 MLL3（亦稱 ASCOM）複合體的催化次單元。它與 WDR5、RBBP5、ASH2L 和 DPY30 組成 WRAD 核心次複合體；WRAD 會以不同方式刺激甲基轉移酶活性。KMT2C 另透過 WIN motif 與 WDR5 互作。MLL3 複合體的組成還包括 NCOA6、KDM6A、PAXIP1/PTIP、PAGR1，以及 α-與 β-tubulin。
疾病與遺傳關聯
KMT2C 的變異與 Kleefstra syndrome 2（KLEFS2）相關；來源將此病描述為常染色體顯性遺傳疾病，可有程度不一的智能障礙、精神動作發展遲緩、癲癇、行為異常及面部特徵異常。來源指出，影響 KMT2C 的變異會造成此疾病。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | KMT2C 產物是組蛋白甲基轉移酶，將甲基由 S-adenosyl-L-methionine 轉移至組蛋白 H3 第 4 位賴氨酸。它是染色質重塑機制的一部分，主要在涉及轉錄與 DNA 修復的活化染色質區域形成 H3K4me1 標記；在預備活化及活化的增強子元素上，可能與 KMT2D 具有冗餘作用。 | 含實驗來源 | 證據與來源Histone methyltransferase that catalyzes methyl group transfer from S-adenosyl-L-methionine to the epsilon-amino group of 'Lys-4' of histone H3 (H3K4). Part of chromatin remodeling machinery predominantly forms H3K4me1 methylation marks at active chromatin sites where transcription and DNA repair take place. Likely plays a redundant role with KMT2D in enriching H3K4me1 mark on primed and active enhancer elements PMID 22266653 ↗ · PMID 24081332 ↗ · PMID 25561738 ↗ |
| 分子活性 | L-lysyl(4)-[histone H3] + S-adenosyl-L-methionine = N(6)-methyl-L-lysyl(4)-[histone H3] + S-adenosyl-L-homocysteine + H(+) | 含實驗來源 | 證據與來源L-lysyl(4)-[histone H3] + S-adenosyl-L-methionine = N(6)-methyl-L-lysyl(4)-[histone H3] + S-adenosyl-L-homocysteine + H(+) PMID 25561738 ↗ |
| 交互作用 | KMT2C 是 MLL3（亦稱 ASCOM）複合體的催化次單元；該複合體至少包括 ASH2L、RBBP5、WDR5、NCOA6、DPY30、KDM6A、PAXIP1/PTIP、PAGR1 及 α-與 β-tubulin。KMT2C 與 WDR5、RBBP5、ASH2L/ASH2、DPY30 組成 WRAD 核心次複合體，WRAD 會以不同方式刺激甲基轉移酶活性；KMT2C 亦透過 WIN motif 與 WDR5 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the MLL3 complex (also named ASCOM complex), at least composed of catalytic subunit KMT2C/MLL3, ASH2L, RBBP5, WDR5, NCOA6, DPY30, KDM6A, PAXIP1/PTIP, PAGR1 and alpha- and beta-tubulin. Forms a core complex with the evolutionary conserved subcomplex WRAD composed of WDR5, RBBP5, ASH2L/ASH2 and DPY30 subunits; WRAD differentially stimulates the methyltransferase activity. Interacts (via WIN motif) with WDR5 PMID 17021013 ↗ · PMID 17500065 ↗ · PMID 22266653 ↗ · PMID 22665483 ↗ · PMID 23508102 ↗ · PMID 25561738 ↗ |
| 細胞定位 | KMT2C 的細胞內定位記錄為細胞核。此項資訊未提供定位改變的條件、不同異構型的差別或細胞內移動情形，因此不宜據此延伸描述其他定位或動態。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | Kleefstra syndrome 2（KLEFS2）是 Kleefstra syndrome 的一種形式，屬常染色體顯性疾病；其表現可包括程度不一的智能障礙、精神動作發展遲緩、癲癇、行為異常與面部特徵異常。來源指出，此疾病由影響該基因的變異造成。 | 含實驗來源 | 證據與來源Kleefstra syndrome 2 KLEFS2 A form of Kleefstra syndrome, an autosomal dominant disease characterized by variable intellectual disability, psychomotor developmental delay, seizures, behavioral abnormalities, and facial dysmorphisms. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 617768 PMID 22726846 ↗ · PMID 29069077 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GGTGCGCGCGCCCGCGCCGATGTGTGTGAGTGCGTGTCCT40GCTCGCTCCATGTTGCCGCCTCTCCCGGTACCTGCTGCTG80CTCCCGGGGCTGCGGGAAATGCGAGAGGCTGAGCCGGGGA120GGAGGAACCCGAGCAGCAGCGGCGGCGGCGGCGGCCGCGG160CGGCGGGAGCCCCCCAGGAGGAGGACCGGGATCCATGTGT200CTTTCCTGGTGACTAGGATGTCGTCGGAGGAGGACAAGAG240CGTGGAGCAGCCGCAGCCGCCGCCACCACCCCCCGAGGAG280CCTGGAGCCCCGGCCCCGAGCCCCGCAGCCGCAGACAAAA320GACCTCGGGGCCGGCCTCGCAAAGATGGCGCTTCCCCTTT360CCAGAGAGCCAGAAAGAAACCTCGAAGTAGGGGGAAAACT400GCAGTGGAAGATGAGGACAGCATGGATGGGCTGGAGACAA440CAGAAACAGAAACGATTGTGGAAACAGAAATCAAAGAACA480ATCTGCAGAAGAGGATGCTGAAGCAGAAGTGGATAACAGC520AAACAGCTAATTCCAACTCTTCAGCGATCTGTGTCTGAGG560AATCGGCAAACTCCCTGGTCTCTGTTGGTGTAGAAGCCAA600AATCAGTGAACAGCTCTGCGCTTTTTGTTACTGTGGGGAA640AAAAGTTCCTTAGGACAAGGAGACTTAAAACAATTCAGAA680TAACGCCTGGATTTATCTTGCCATGGAGAAACCAACCTTC720TAACAAGAAGGACATTGATGACAACAGCAATGGAACCTAT760GAGAAAATGCAAAACTCAGCACCACGAAAACAAAGAGGAC800AGAGAAAAGAACGATCTCCTCAGCAGAATATAGTATCTTG840TGTAAGTGTAAGCACCCAGACAGCTTCAGATGATCAAGCT880GGTAAACTGTGGGATGAACTCAGTCTGGTTGGGCTTCCAG920ATGCCATTGATATCCAAGCCTTATTTGATTCTACAGGCAC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。