基因總覽
KLF9（KLF transcription factor 9）是蛋白質編碼基因，產物屬於 Sp1 C2H2-type zinc-finger protein family。這個家族的名稱反映其含有 C2H2-type zinc finger 結構；KLF9 的蛋白質全長為 244 個胺基酸，並具有三個此類鋅指區域。作為轉錄因子，KLF9 的主要角色是參與基因轉錄調節；其對啟動子 GC box 的辨識及不同排列所對應的轉錄作用，詳見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000377126 ★ | 70,384,604–70,414,657 | 2 |
| ENST00001134941 | 70,384,586–70,414,657 | 2 |
顯示 2/2 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
KLF9 是可結合 GC box promoter elements 的轉錄因子。它對 GC box 的排列方式呈現選擇性反應：當基因啟動子含有串聯重複的 GC box 時，KLF9 會活化該基因的 mRNA 合成；若啟動子只有單一 GC box，則會抑制基因表現。因此，轉錄結果並非單由是否存在 GC box 決定，GC box 的組織方式也與 KLF9 所促成的作用方向相關。
在表皮中，KLF9 也作為晝夜節律轉錄因子，調節角質形成細胞的增殖。這項功能將 KLF9 的轉錄調節角色與表皮細胞增殖的時間性調控連結起來；現有資料指出其參與此調節，但未提供更細節的分子途徑或增殖變化方向。
Promoter 與基因調控
>KLF9 ENST00000377126 GRCh38 chr9:70414557-70415657 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TTTTTTTTATTATTATTATTTTTGATGTACCACTTTAAAAACAAAGTCAAAAGAAACTACTGTAGATCTC ACATTGGTAGAGTCAATTTGAGACCCTTGCCTCGGAGACCAGAACCTGGTGTAACTTTCTCTTAACAAAG GTTAATAGCCAGTGGGGGGTCAGGGTTGGAACTCACCGAATCTGCATCACATAGAATCAGGTACCTCTCA CATTCACGAAAGTGAATTATTTTTAATGAATTGTGCTGACAGTATGCCTCTTGCAAAAAGAACTAGCCCT AGATTCTTTTCTAGCTATCAAGATGGAAAACAACCACATCGTTAATTCAGACGGAGGGGTAAACCAAGTT AATCAGACTCCAAGACCCATACTAATTGTTGACCAAGTAATGCCACAGTATTCCATGGCTAAGGATTTCC AGCTTGTTCCAGTCCCTAAAAATCTGTTCTGCACAGTTAATATTTCACAAAACCAAAAGGGCTTAGTTGC AAGCACAAAGAGCTAGAAATCAGGAGACTTGTGGTTTCTATTGAGTTCTATCATTATCTGTCTAATAAGA TAAATAAGTCACTTCTCTGTAACTCAGTTTCCACATTTGTGAAGTGAGGGAAGAGAAACATGTCCTAAAA ACCATGCAGGGGCTCTGGAAAGAAAAAGAGCTAAGAATGGTGGGTTTTTTATAAAAGTTACACAAATGAA TGGTTTTTGTCTCCGTTTTTCTGAAAGTGGGTTAAAAATAGCCTCCAAATAAAGCTAAAAGAATTTATTT AGACTAAATTGCACCAGAGAAGTAGAGGAATTAAGAGATATGACAAGCAAAGATGGGATGTTTCAATGGA AGAATCTCAGGCAGTAAAAAGGCTATGCTGTAAAACCAGAACTTTTGTTAGCACTGCATTTTTAAGATGA ATTGGTCATAGTTAATGTATTGGATGGAAGAATTTTTAAACATCTGCCCCAAAGTATGCTGCATCCAAAA AATATATAACAAAACGAATTCTTACTCATTTGTGTTTATTCTTGGACTTATCCTGACATAATGGGGTTTT TTTAATTATAGATTCACACTGCATTTATTCATCACCCCTGTCCTCTCATCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| KLF9_1 ↗ | 9:70,413,952 | 負股 | 70,413,942–70,414,001 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR9_D5HBP · enhancer · 70410308–70412568 · regulatory
ENSR9_5LK6GR · CTCF_binding_site · 70412488–70412509 · regulatory
ENSR9_BHZB7 · promoter · 70413569–70414191 · regulatory
ENSR9_932XLJ · enhancer · 70414192–70414646 · regulatory
ENSR9_932XLM · promoter · 70414647–70414936 · regulatory
ENSR9_C8ZMX · promoter · 70418108–70419189 · regulatory
ENSR9_C8ZN2 · enhancer · 70419190–70420367 · regulatory
· motif · 70412135–70412150 · motif
· motif · 70412142–70412150 · motif
· motif · 70412261–70412271 · motif
· motif · 70412490–70412506 · motif
· motif · 70412610–70412625 · motif
· motif · 70412695–70412706 · motif
· motif · 70412732–70412740 · motif
· motif · 70413699–70413708 · motif
· motif · 70413699–70413708 · motif
· motif · 70413701–70413717 · motif
· motif · 70413701–70413717 · motif
· motif · 70413730–70413740 · motif
· motif · 70413748–70413768 · motif
· motif · 70413817–70413832 · motif
· motif · 70413973–70413986 · motif
· motif · 70413973–70413986 · motif
· motif · 70413987–70413997 · motif
· motif · 70414089–70414104 · motif
· motif · 70414305–70414320 · motif
· motif · 70414305–70414320 · motif
· motif · 70418258–70418267 · motif
· motif · 70418258–70418269 · motif
· motif · 70418290–70418300 · motif
· motif · 70418581–70418590 · motif
· motif · 70418581–70418590 · motif
· motif · 70418581–70418590 · motif
· motif · 70418632–70418642 · motif
· motif · 70418776–70418786 · motif
· motif · 70418847–70418860 · motif
· motif · 70418847–70418860 · motif
· motif · 70418873–70418883 · motif
· motif · 70418995–70419008 · motif
· motif · 70418995–70419008 · motif
· motif · 70419081–70419091 · motif
· motif · 70419186–70419199 · motif
· motif · 70419318–70419328 · motif
· motif · 70419349–70419362 · motif
· motif · 70419353–70419363 · motif
· motif · 70419355–70419368 · motif
· motif · 70419388–70419402 · motif
· motif · 70419399–70419412 · motif
· motif · 70419404–70419414 · motif
· motif · 70419408–70419418 · motif
· motif · 70419409–70419422 · motif
· motif · 70419414–70419424 · motif
· motif · 70419479–70419489 · motif
· motif · 70419481–70419494 · motif
· motif · 70419485–70419495 · motif
· motif · 70419551–70419561 · motif
· motif · 70419609–70419619 · motif
KLF9 的表現對 glucocorticoids 高度敏感，並呈現日夜表現模式。角質形成細胞分化期間，其表現會強烈誘導；這種誘導依賴 cortisol。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：244 aa
KLF9 蛋白質長 244 個胺基酸，屬於 Sp1 C2H2-type zinc-finger protein family。其序列含三個 C2H2-type zinc finger，分別位於第 143–167、第 173–197 與第 203–225 個胺基酸；另有一段被註記為無序區域，位於第 80–142 個胺基酸。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
KLF9 與 ZZEF1 有交互作用；資料未進一步說明此關係是否代表直接結合、是否屬於同一複合體，或其功能後果。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | KLF9 是結合 GC box promoter elements 的轉錄因子；對含有 GC box 串聯重複的基因，會選擇性活化 mRNA 合成，而對只有單一 GC box 的基因則會抑制轉錄。此外，它在表皮中作為晝夜節律轉錄因子，調節角質形成細胞增殖。 | 含實驗來源 | 證據與來源Transcription factor that binds to GC box promoter elements. Selectively activates mRNA synthesis from genes containing tandem repeats of GC boxes but represses genes with a single GC box. Acts as an epidermal circadian transcription factor regulating keratinocyte proliferation PMID 22711835 ↗ |
| 交互作用 | 資料指出 KLF9 與 ZZEF1 有交互作用，但未說明此交互作用是否為直接實體結合、是否形成複合體，或是否造成特定功能影響，因此不宜據此推定其作用機制。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | KLF9 的細胞內定位為細胞核；此項資料僅提供核定位資訊，沒有描述定位改變的條件、細胞狀態差異或異構型之間的差異。 | 含實驗來源 | |
| 調控 | KLF9 表現對 glucocorticoids 高度敏感，且呈現日夜變化。角質形成細胞分化期間會出現強烈的表現誘導，而此誘導依賴 cortisol；資料未進一步交代其調控機制。 | 含實驗來源 | 證據與來源Expression is highly sensitive to glucocorticoids and shows diurnal expression patterns. A strong induction of expression seen during keratinocyte differentiation in a cortisol dependent manner PMID 22711835 ↗ |
核酸與蛋白質序列
CTTACTCATTTGTGTTTATTCTTGGACTTATCCTGACATA40ATGGGGTTTTTTTAATTATAGATTCACACTGCATTTATTC80ATCACCCCTGTCCTCTCATCCATAACTCAAATTTACTACC120AGCAACACAAAATACAAAGATGTGTCCAGTTTCACTACAG160CTCTTCGCGTTTACAAGTGTCGAGCGCTTGCTTTCGGAAC200GCCCTTGTGATTGGCCGAGCCAATGCCAGTGACATCAACC240AACTTACTTTTGATTGGAAGGCTGGTTGCTGGGACTGTAG280CGTTTGCAGGAAGTCACTTAACTGTTTGGGAGCTGGAAAA320CCGAAGCTGAAGTTCTCTTTTGCCATAGGAACGAGCGCAA360CTGACTAGGAAAGATGTGTCCCAAAGCTCCGCAAGCTGGA400ACGTGAGCCAGGAGGCCCGGACCGGCCACGGGACCGCGAG440GCACTCCGAAAGTGTGCGGCTGCCCCTTCCCTGCCTCCCA480GCTGTTACCCTTTTAAATGTCAGTGTTCGAGGCTGTAGGG520GTAGCACGAGGCAGCGAAACGGAACAGTCGGATTGGCCGC560ACGCCTCAGTTCTAGACGCACCTCTCCACCGAAGGCCGTT600CTGACTGGCAGGGGGAGAAAGTAAACAGAGTTGAATCACC640CTCCCCACTGGCCAATTGGAGGGGGTTTGGTTTGTGACGT680GATGGGATTCTGCGAAATTGTTACTGAGCAAGAGAATGCC720GGAACGGTGCGGACCGGCCGGAGCAGGGGTTCAGAAGCCG760TCAGTGGACTCGGGAAAAAGTGTCTCTTAGACCTGGCGCT800CGGCGGGACCCTCGCCACCCGCGTCGGGGTGATCGGGTGA840ATGTCCTGGGGCTTTGGCTCGACGGCGAGGCGGCCGAGGG880CGTGCACCTCTCTTGCAGTTTCCTCTCCCAGCGCCTCGGG920GGCGTTTTCAGTCGAATAAACTTGCGACCGCCACGTGTGG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。