基因總覽
KLF13（KLF transcription factor 13）是由蛋白質編碼基因產生的轉錄因子，屬於 Sp1 C2H2 型鋅指蛋白家族。其蛋白質全長 288 個胺基酸，含有三個 C2H2 型鋅指，集中於序列後段；另有數段被註解為無序區域。這些結構特徵構成其辨識 DNA 並參與轉錄調控的分子基礎。來源資料指出，KLF13 可促進或抑制基因表現，具體作用取決於所涉及的啟動子 DNA 元件及轉錄調控因子。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000307145 ★ | 31,326,835–31,377,899 | 2 |
| ENST00001136711 | 31,326,687–31,377,899 | 2 |
| ENST00000870899 | 31,326,706–31,377,899 | 2 |
| ENST00000560473 | 31,339,933–31,377,899 | 2 |
| ENST00000558844 | 31,366,154–31,372,182 | 2 |
顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
KLF13 是轉錄因子，能調節特定基因的轉錄。它可活化富含 GC 的最小啟動子區域所驅動的表現；在紅血球系細胞中的相關基因也被列為可能受其活化的對象，但這項描述標示為依相似性推定，並非直接確證。
KLF13 也能抑制轉錄。一種方式是結合 BTE 位點；BTE 是富含 GC 的 DNA 元件，而 KLF13 與活化因子 SP1 競爭該位點。這種競爭關係與轉錄抑制相關，顯示 KLF13 可藉由 DNA 位點的佔據，影響其他轉錄因子的作用。
另一種抑制途徑涉及與共抑制因子 Sin3A 及 HDAC1 互動。來源指出 KLF13 透過這些因子抑制轉錄，但未進一步說明其作用步驟或特定標的基因，因此不宜延伸推定其完整機制。
在 T 細胞中，KLF13 可活化 RANTES 與 CCL5 的表現。這項觀察提供了特定細胞類型與基因標的下的功能例子；至於其在其他細胞或生物過程中的作用，現有資料未作進一步界定。總體而言，來源支持 KLF13 具有情境依賴的轉錄調控能力，既可促進基因表現，也可透過 DNA 位點競爭或與共抑制因子互動而抑制轉錄。
Promoter 與基因調控
>KLF13 ENST00000307145 GRCh38 chr15:31325835-31326935 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CTGGTGGCGTTTGAAGCCCCCCCGACCGCGGTGGGAGAGGGGCAGCCTAGAAGAGTTGGCAGCGGGCCTG CGGCGGGATGGGGAGGAAGGGGCCCCGCGTTCCCTCAGCAGCGGCGCCGGCCGCCCTGGCACGTAGTTCG CTTCTGGAGGCACAGGCCGCGGTGGGCGCGCCACCCGGGCTGCCAGGCTCACCGCCAGCCGAGGCCAGTC CTGCTCGGGCTGACCCGAGCTGAAGGGCAGCGCGGCCGCACCCCGGACCCCAGGAACGAGCCCGAGTCTG TCCCTCCCGCGGGAGCTGCCCCGCCCGGACTCCCGGAGCTCTGCAAGGCAGGGGCGTGGGGAGGGCGAGC GGCCTGAGGCTCTAGGCGCGGCCACCCGGCAAGCCGGCGGCGGAGGGCGCGGCGCGAGTGCGTTCCGCCC CTAGGCAGCCCCGCGCCCGGCCGGGCAGACACGCCTCCCCGCCGGCGCCCATCGCGGGAGGAACAAATGG CGCCCTCCAGAAACCGCTCCCCTCCATGCCGGGGGCCAAGGCTGTCACCACATAAAAGCTCCGGCAGAGA AGTGCTCGCTGTGTCCCCGCCGCGGGGGGTACAAGCAGCCGCTCCGCGCCGCGACTACCCGGCCCGCCGC CCCCGGACGTCATGCGTCAGCGCGCCCCGCTCCAGTTTCCGCCCCTCCTCCCACCGGCCCAGGGGACACG CCCACTGGCGCGCGCAGGGCCCGGGACCGGGCACGCCCCTCTAACGGCTCGGATTGGCCTGGCCGTGCAC TCACGGACCAATGGCGTCTGTCCCGGCCCTCGGTCACGCCCCCTTGCCCAGGCGCGGGCACGCGACCGCT CCGTTCCGCCGGTGCGCGCTCTGGGGTCCCCGCCCCCTCCGCGCGCGCAGCTCCCCGCAGCCGCCGCCGC CTGTAACCTGCGCCGCCAGGATGTGGCTGGGGGCTGACGTCGGGTCCAGATGTGGCCCCGGCCCCGCCCA CCCCCGGGGCCGGGCCGCCCACACGGAGCCGCGGCGCGCACGGCAGCTGTCCCGCCTGCCACAATGCGCG GCGAAGCTGCGGCCGCGACTTGGCGAGGTGGTCCCTAACGTTGCCGCTCGG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| KLF13_1 ↗ | 15:31,326,875 | 正股 | 31,326,826–31,326,885 |
| KLF13_2 ↗ | 15:31,327,131 | 正股 | 31,327,082–31,327,141 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR15_8WTD8 · enhancer · 31323781–31323949 · regulatory
ENSR15_9GFNQ · enhancer · 31324087–31324567 · regulatory
ENSR15_C54X2 · enhancer · 31324684–31326448 · regulatory
ENSR15_9GFPF · promoter · 31326449–31326845 · regulatory
ENSR15_59CXQJ · CTCF_binding_site · 31328099–31328120 · regulatory
· motif · 31323913–31323928 · motif
· motif · 31325056–31325064 · motif
· motif · 31325309–31325324 · motif
· motif · 31325323–31325338 · motif
· motif · 31325411–31325422 · motif
· motif · 31325414–31325429 · motif
· motif · 31326159–31326172 · motif
· motif · 31326319–31326329 · motif
· motif · 31326460–31326473 · motif
· motif · 31326472–31326488 · motif
· motif · 31326505–31326515 · motif
· motif · 31326529–31326539 · motif
· motif · 31326564–31326574 · motif
· motif · 31326637–31326647 · motif
· motif · 31326649–31326660 · motif
· motif · 31326649–31326660 · motif
· motif · 31326703–31326716 · motif
· motif · 31326734–31326747 · motif
· motif · 31326801–31326814 · motif
· motif · 31326807–31326820 · motif
· motif · 31326828–31326841 · motif
· motif · 31327052–31327065 · motif
· motif · 31327052–31327065 · motif
· motif · 31327115–31327128 · motif
· motif · 31327785–31327797 · motif
· motif · 31327787–31327802 · motif
· motif · 31327850–31327863 · motif
· motif · 31328006–31328019 · motif
· motif · 31328021–31328034 · motif
· motif · 31328052–31328065 · motif
· motif · 31328101–31328117 · motif
· motif · 31328118–31328127 · motif
· motif · 31328142–31328157 · motif
· motif · 31328177–31328190 · motif
· motif · 31328218–31328231 · motif
· motif · 31328275–31328288 · motif
· motif · 31328474–31328487 · motif
· motif · 31328576–31328589 · motif
· motif · 31328613–31328622 · motif
· motif · 31328661–31328674 · motif
· motif · 31328744–31328764 · motif
· motif · 31328840–31328849 · motif
· motif · 31328840–31328849 · motif
· motif · 31329091–31329104 · motif
· motif · 31329091–31329104 · motif
· motif · 31329099–31329116 · motif
· motif · 31329123–31329132 · motif
· motif · 31329123–31329132 · motif
· motif · 31329178–31329185 · motif
· motif · 31329227–31329240 · motif
· motif · 31329306–31329315 · motif
· motif · 31330129–31330140 · motif
· motif · 31330225–31330242 · motif
· motif · 31330234–31330251 · motif
· motif · 31330243–31330258 · motif
· motif · 31330573–31330590 · motif
· motif · 31330679–31330687 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：288 aa
KLF13 蛋白質長 288 個胺基酸，屬於 Sp1 C2H2 型鋅指蛋白家族。序列第 167–191、197–221 與 227–249 位各有一個 C2H2 型鋅指；第 23–57、71–166 與 249–288 位則註解為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
來源未提供定位隨條件或異構型改變的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- GATA4P43694 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PRP4KQ13523 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | KLF13 是轉錄因子，可活化富含 GC 的最小啟動子區域，包括紅血球系細胞中的基因；紅血球系相關作用為依相似性推定。它也能結合富含 GC 的 BTE DNA 元件，與活化因子 SP1 競爭而抑制轉錄，並可透過與共抑制因子 Sin3A、HDAC1 互動抑制轉錄。此外，KLF13 在 T 細胞中可活化 RANTES 與 CCL5 的表現。 | 含實驗來源 | 證據與來源Transcription factor that activates expression from GC-rich minimal promoter regions, including genes in the cells of the erythroid lineage (By similarity). Represses transcription by binding to the BTE site, a GC-rich DNA element, in competition with the activator SP1. It also represses transcription by interacting with the corepressor Sin3A and HDAC1. Activates RANTES and CCL5 expression in T-cells PMID 11477107 ↗ · PMID 17513757 ↗ |
| 細胞定位 | KLF13 位於細胞核。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
ACACGGAGCCGCGGCGCGCACGGCAGCTGTCCCGCCTGCC40ACAATGCGCGGCGAAGCTGCGGCCGCGACTTGGCGAGGTG80GTCCCTAACGTTGCCGCTCGGCATCCTTAGAACCGGCCGC120CCCTGACGCCGCGCGGGGACCCCAGTCGCCCGCGCGCCCC160ATGCGCTCACTCTTCGGTGCCCGGCCGGGCCGGCGCCTCG200CAGACGCGGAGCCGCGCGGGTGACGGCACAGGCGGCTGCG240CGCCCAGCCCAGCCCAGCCCAGCCCGAGGAGAGGGCGCGC280CGCGCCCCCGCCCCCCGCCCGCTCTCCCGAGGCCGTGGGT320GCGGATGCGCGGCTGACGACTCGCAGCAAGAGCACCGCCG360CCGGCCCCAGCCCGCAGCATGGCAGCCGCCGCCTATGTGG400ACCACTTCGCCGCCGAGTGCCTCGTGTCCATGTCGAGCCG440CGCGGTCGTGCACGGGCCGCGGGAGGGGCCGGAGTCCCGG480CCCGAGGGCGCGGCCGTGGCCGCCACCCCCACGCTGCCCC520GCGTCGAGGAGCGCCGCGACGGTAAGGACAGCGCCTCGCT560CTTCGTGGTGGCGCGGATCCTAGCGGACCTCAACCAGCAA600GCGCCGGCGCCCGCCCCGGCGGAGCGCAGGGAGGGCGCCG640CGGCCCGGAAGGCGAGGACCCCCTGCCGCCTGCCGCCGCC680CGCCCCCGAGCCCACCTCCCCCGGCGCCGAAGGCGCGGCG720GCCGCGCCCCCCAGCCCGGCGTGGAGCGAGCCGGAGCCCG760AGGCGGGGCTGGAGCCCGAGCGGGAGCCGGGGCCCGCGGG800GAGCGGCGAGCCCGGCCTCAGACAAAGGGTCCGGCGGGGC840CGAAGTCGCGCCGACCTCGAGTCCCCGCAGAGGAAGCACA880AGTGCCACTACGCGGGCTGCGAGAAAGTTTACGGGAAATC920TTCGCACCTCAAGGCGCACCTGAGAACTCACACAGGTGAG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。