基因總覽
KLF10(KLF transcription factor 10)是人類蛋白質編碼基因,產物屬於 Sp1 C2H2-type zinc-finger protein family。其蛋白質長 480 個胺基酸,具有三個 C2H2 型 zinc finger,位於蛋白質序列後段。KLF10 的基本分子角色是轉錄抑制因子,能辨識特定 DNA 序列;其 DNA 結合與轉錄調控特性,構成此蛋白質參與基因表現調節的基礎。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000285407 ★ | 102,648,784–102,655,725 | 4 |
| ENST00000395884 | 102,648,783–102,654,375 | 4 |
| ENST00000911510 | 102,648,783–102,655,728 | 4 |
| ENST00001103471 | 102,648,783–102,655,728 | 3 |
| ENST00001134063 | 102,648,783–102,655,728 | 4 |
| ENST00000907828 | 102,648,784–102,655,728 | 4 |
| ENST00001060594 | 102,648,784–102,655,728 | 4 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
KLF10 是轉錄抑制因子,可結合共識序列 5'-GGTGTG-3'。在生理時鐘調節中,KLF10 會結合核心時鐘成分 ARTNL/BMAL1 啟動子中的 GC box 序列,並抑制其轉錄活性。這項作用將 KLF10 的 DNA 結合能力連結至核心時鐘成分的轉錄調控。
在肝臟,KLF10 參與調節脂質生成、糖質新生與糖解作用相關基因的晝夜表現。這表示其作用涉及這些代謝相關基因隨生理時鐘變化的表現調控;來源未進一步列明各基因或其調控方向。
KLF10 也會抑制 PCK2 的表現。來源指出 PCK2 是糖質新生過程中的限速酵素,並以相似性推定(By similarity)支持這項功能描述,因此不宜將其視為已在此處明確證實的結論。此外,KLF10 可能參與細胞週期調節,但來源僅指出可能性,未提供更具體的作用方式。
Promoter 與基因調控
>KLF10 ENST00000285407 GRCh38 chr8:102655625-102656725 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CCAGGCAGGACGCTTCCAGAGGTCTTGGTCCAGGGGTGGGGGTGAGGTGGGGTCTACCTTTGAAACAGCT ACAATTTAAACTTCAGCTACACCGAGCTCAAACTCGATTCCGCAGCCGAGTGTCGGCGCCAGAGAAGGAT AAAAACTCGGGTCTACGGCTCCCCACCACGCCCCTGGTCCGGTCCTCTGGGCTTCCAGGAGTCCTCACGC CATCCTCTGGGTTGCCCAGGAGGAAGGATGGGCGGGGCGGGCAGGCGCTGCGGGCGCTGCAGATGGGGAG GGCGAGCCCGCGGCACGGCGTGAGCGGGGGAGAGGCGCGCGAGCAGGTGTCGGCTCCGTGACAGGGTCCC CCATCCCGCGCCCCAGTGCTCCCCGAGGCTTAGTGAGGCAAAACCCAGCAAATGCTTCAGAAATGCAGCT CAGTCGGTCACCGGGTTCTGCTTCCTCATCAGACGCGCAAGAGGATGGCGCTTCCAATGCAAATCTCTTG GCTCCGGCCCCTTGGCTGGCAGCCGCCGCGTCCCCCGCCTGCCTGGCGTCCCGCCCACTCCGTGGCGGGC TGAGACGAGGCCCGGCGCGGAGGGGACGGGGCGGAGCGGGCATCCCTCCCCACCCCCCACGTGGGGCTGG CCCTCCGCAGTGCCTGGGCGCGCTGCAGTCGCCGCGCCTCCCCGGCCGCGGCACCGCCTCTCTAGGCAGG GGCGGGGGACGAGGGGCAAGGAGTGGGCGAGGGGTGGGCGAGGGGCGGGGGGCGTCACTCAATCAGGTGG CCTCTGGAGTTCCCCGGGGCAGGGCAGAGGGAACACGCTGCCGGGGATTGTGTACACGCTCCACTGACAC CAGCTTCACGCTGCCGGGCAGTCGCCGATCACGCGTGGCCCCGCGAGCCCATTGGCCGGCGCCTCACACA CCTTTGCCGTTGATTGGCCGGCCTCAGGCTCCGCCCCCACCCCCGCCCGCGGCGCGGGGCAGGCTGAGCG GCTACCTGAATGGGGAGGGGGCAGACGGCGCTGAGCGCGGCGGCGGCGGGAGCGGCGTCGAGTGTCTCCG TGCGCCCGTCTGTGGCCAAGCAGCCAGCAGCCTAGCAGCCAGTCAGCTTGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| KLF10_1 ↗ | 8:102,655,723 | 負股 | 102,655,713–102,655,772 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
來源指出,KLF10 受 TGFB1 與 BMP2 調控;未提供調控方向或具體條件。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:480 aa
KLF10 蛋白質長 480 個胺基酸,屬於 Sp1 C2H2-type zinc-finger protein family。蛋白質序列中有三個 C2H2 型 zinc finger,分別位於第 369–393、399–423 與 429–451 個胺基酸位置。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- SP1P08047 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | KLF10 是可結合 5'-GGTGTG-3' 共識序列的轉錄抑制因子,參與生理時鐘調節;它會結合核心時鐘成分 ARTNL/BMAL1 啟動子中的 GC box,抑制其轉錄活性。KLF10 也調節肝臟脂質生成、糖質新生與糖解作用相關基因的晝夜表現,並抑制糖質新生限速酵素 PCK2 的表現;此項 PCK2 描述為相似性推定(By similarity)。此外,KLF10 可能參與細胞週期調節。 | 含實驗來源 | 證據與來源Transcriptional repressor which binds to the consensus sequence 5'-GGTGTG-3'. Plays a role in the regulation of the circadian clock; binds to the GC box sequence in the promoter of the core clock component ARTNL/BMAL1 and represses its transcriptional activity. Regulates the circadian expression of genes involved in lipogenesis, gluconeogenesis, and glycolysis in the liver. Represses the expression of PCK2, a rate-limiting step enzyme of gluconeogenesis (By similarity). May play a role in the cell cycle regulation PMID 8584037 ↗ |
| 細胞定位 | KLF10 位於細胞核。 | 推論支持 | |
| 調控 | KLF10 受 TGFB1 與 BMP2 調控;來源未說明調控的方向或條件。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GCAGACGGCGCTGAGCGCGGCGGCGGCGGGAGCGGCGTCG40AGTGTCTCCGTGCGCCCGTCTGTGGCCAAGCAGCCAGCAG80CCTAGCAGCCAGTCAGCTTGCCGCCGGCGGCCAAGCAGCC120AACCATGCTCAACTTCGGTGCCTCTCTCCAGCAGACTGCG160GAGGAAAGAATGGAAATGATTTCTGAAAGGCCAAAAGAGA200GTATGTATTCCTGGAACAAAACTGCAGAGAAAAGTGATTT240TGAAGCTGTAGAAGCACTTATGTCAATGAGCTGCAGTTGG280AAGTCTGATTTTAAGAAATACGTTGAAAACAGACCTGTTA320CACCAGTATCTGATTTGTCAGAGGAAGAGAATCTGCTTCC360GGGAACACCTGATTTTCATACAATCCCAGCATTTTGTTTG400ACTCCACCTTACAGTCCTTCTGACTTTGAACCCTCTCAAG440TGTCAAATCTGATGGCACCAGCGCCATCTACTGTACACTT480CAAGTCACTCTCAGATACTGCCAAACCTCACATTGCCGCA520CCTTTCAAAGAGGAAGAAAAGAGCCCAGTATCTGCCCCCA560AACTCCCCAAAGCTCAGGCAACAAGTGTGATTCGTCATAC600AGCTGATGCCCAGCTATGTAACCACCAGACCTGCCCAATG640AAAGCAGCCAGCATCCTCAACTATCAGAACAATTCTTTTA680GAAGAAGAACCCACCTAAATGTTGAGGCTGCAAGAAAGAA720CATACCATGTGCCGCTGTGTCACCAAACAGATCCAAATGT760GAGAGAAACACAGTGGCAGATGTTGATGAGAAAGCAAGTG800CTGCACTTTATGACTTTTCTGTGCCTTCCTCAGAGACGGT840CATCTGCAGGTCTCAGCCAGCCCCTGTGTCCCCACAACAG880AAGTCAGTGTTGGTCTCTCCACCTGCAGTATCTGCAGGGG920GAGTGCCACCTATGCCGGTCATCTGCCAGATGGTTCCCCT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。