基因總覽
KIF13B(kinesin family member 13B)是蛋白質編碼基因,所產生的蛋白質屬於 kinesin family,並歸入 TRAFAC class myosin-kinesin ATPase superfamily。其序列包含 kinesin motor、FHA 與 CAP-Gly 結構域,另有多段被註記為無序的區域。這些家族與結構特徵構成辨識 KIF13B 蛋白質的基本資訊;來源亦指出它與皮質細胞骨架重組及軸突形成相關。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000524189 ★ | 29,067,278–29,263,070 | 40 |
| ENST00000997808 | 29,067,278–29,263,104 | 40 |
| ENST00001135170 | 29,067,278–29,263,104 | 40 |
| ENST00000523130 | 29,070,494–29,108,192 | 5 |
| ENST00000521515 | 29,145,863–29,263,104 | 18 |
| ENST00001110382 | 29,160,113–29,263,104 | 13 |
| ENST00001123689 | 29,262,303–29,263,104 | 2 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
KIF13B 參與皮質細胞骨架的重組,並與軸突形成的調節有關。來源指出,它可促進額外軸突的形成;因此,KIF13B 的功能與軸突形成過程相連。現有資料沒有進一步說明此作用涉及的分子步驟或條件,故不宜據此推定更具體的機制。
KIF13B 也可能在 MAGUKs 及其相關蛋白質複合體的細胞內運輸中具有功能重要性。此敘述帶有「可能」的限制,表示來源提出其潛在作用,但未將其表述為已確立的必要功能。資料未交代運輸的方向、目的地或所依賴的分子互作,因此無法進一步描述其運輸機制。
Promoter 與基因調控
>KIF13B ENST00000524189 GRCh38 chr8:29262970-29264070 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TTTCACACTCTGTTACCCAAGCTGGTCTCAAACTCCTGGCCTCAAGCAATCCTCCTGCCTCAGCATCCTA AAATGCTGGGATTCCAGGTGTGAGCCCCTGCACCTGGCCACAAATCTGATTTTTATGTGTTGGCCAACAC TGTTGGGCCAAACAGAACATGTTTGCGTGCTGGCTCTGGCACCCAGGCCACCTGTTAGAATGTCTGCCAG GGCTAATAAAAAGCTAATTTTAGTGTGGCCTCATTCATTAATTCATGCAATTAATGTTTATGGGTCTCTA CTAAAGGCTAGGTTACACATATGTTAATCTTATTTAAAAATGTACCTATTTTACTAGGTATTAGTATCAT ATCCACTTTTCATATTAAAGACAAGCCCAGAGCGGTCAAATAACTTGCCCCTGGTCACACAGTGGGAAGC GCTGAGGTGGGCTTTGAACTCAGATGGTTTTCAGAGCCCAAGGTCCTGTCTCAAAGGAGGGGGACTCACA GGACAATGTTAACCCGTGGACCTATGGACACTCCCAGAAAACGTGATTTGCAACTTGTCGTGAAGGACGA GCTCAGCAAACAAGGCCGGACGTCAATCCAGGCAGAGGAAATAACTTGAGCCAGGGATCAAACACTAAGA TTGGCAGGAAATGAGCAGGAAGAGGTAGCGGGGTCCCTGACGCCATCTATTCAATTGTTTTTCAGAAGAG GTATCAGCTCTTGAAGGCTTACTTCTCAATACTGGCTGCGAGAGCAAGAATGGTGTGTAATTTACAAAAG CCGTCATTGCTGTAGGTAAGTTGTAGCAAACGACTCGCGCCCGAGCATTCCCGCCCCCGCCTTCGCTGCG GCCCCGCCCACGACGACCCTGGGGAACTACAAGTCCCGCCATACAGCGGGGAGCGCCCGGAGCTCGCGCC GGCCCCGCCCCCAGCCCGGTCCCCACCCCCGGCTCCGCCCCCGGCCCCCTCCCGCCGGGTCAACCCCGAA GAGTCGCCGGTGGCCGCGGCAGACGGAAGCCGAACGAGTTCCTCGGCGGCTGCAGGATGGGGGACTCCAA AGTGAAAGTGGCGGTGCGGATACGACCCATGAACCGGCGAGGTGAGAGCCG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| KIF13B_1 ↗ | 8:29,263,070 | 負股 | 29,263,060–29,263,119 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:1826 aa
KIF13B 蛋白質長 1,826 個胺基酸,屬於 kinesin family。其 N 端包含 kinesin motor 結構域(第 5–353 位),另有 FHA(第 471–535 位)與 CAP-Gly(第 1,721–1,763 位)結構域。序列中另有四段被註記為無序區域,分布於第 546–582、1,367–1,420、1,579–1,650 及 1,662–1,698 位。
蛋白質三維結構
細胞內定位
KIF13B 位於細胞質與細胞骨架,也見於軸突細胞突起。 它會累積在軸突尖端微管的遠端區域;來源特別指出,這種累積未見於樹突的微管尖端。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
未繪示構造:Cell projection, axon。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- ADAP1O75689 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- DLG1Q12959-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
KIF13B 可與 DLG1 及 DLG4 結合。它也會與 14-3-3 互作,但此互作有明確條件:KIF13B 的 Ser-1381 與 Ser-1410 必須經磷酸化。來源未指出這些互作所形成的複合體或其功能後果。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | KIF13B 參與皮質細胞骨架重組,並透過促進額外軸突形成來調節軸突形成;它也可能對 MAGUKs 及其相關蛋白質複合體的細胞內運輸具有功能重要性。 | 含實驗來源 | 證據與來源Involved in reorganization of the cortical cytoskeleton. Regulates axon formation by promoting the formation of extra axons. May be functionally important for the intracellular trafficking of MAGUKs and associated protein complexes PMID 20194617 ↗ |
| 交互作用 | KIF13B 可與 DLG1 和 DLG4 結合;此外,當 KIF13B 的 Ser-1381 與 Ser-1410 經磷酸化時,會與 14-3-3 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Binds to DLG1 and DLG4. Interacts (when phosphorylated at Ser-1381 and Ser-1410) with 14-3-3 PMID 10859302 ↗ · PMID 20194617 ↗ |
| 細胞定位 | KIF13B 位於細胞質、細胞骨架及軸突細胞突起,並累積於軸突尖端微管的遠端部分;來源指出,樹突的微管尖端沒有這種累積。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm, cytoskeleton; Cell projection, axon; accumulates at the distal part of the microtubules in the tips of axons, but not of dendrites PMID 20194617 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGACGGAAGCCGAACGAGTTCCTCGGCGGCTGCAGGATGG40GGGACTCCAAAGTGAAAGTGGCGGTGCGGATACGACCCAT80GAACCGGCGAGAGACTGACTTGCATACCAAATGTGTGGTG120GATGTGGATGCAAACAAGGTTATTCTTAATCCTGTAAATA160CGAATCTTTCCAAAGGAGATGCCCGGGGCCAGCCGAAGGT200GTTTGCTTATGATCATTGTTTCTGGTCTATGGATGAATCT240GTCAAAGAAAAGTATGCAGGTCAAGATATTGTTTTCAAGT280GCCTTGGAGAGAATATCCTGCAGAATGCTTTTGATGGCTA320CAATGCATGTATCTTTGCCTATGGACAGACTGGCTCTGGA360AAATCTTATACCATGATGGGCACAGCTGACCAACCTGGAT400TAATCCCAAGACTTTGCAGTGGACTCTTTGAACGAACTCA440GAAAGAGGAAAATGAAGAACAGAGTTTTAAAGTAGAAGTG480TCCTACATGGAAATTTATAATGAAAAAGTTCGAGACCTTC520TTGATCCCAAAGGAAGCCGTCAGACGTTGAAAGTCAGAGA560GCATAGTGTGTTGGGACCTTATGTCGACGGACTTTCTAAA600CTGGCTGTCACAAGCTACAAGGATATTGAGTCGTTGATGT640CTGAGGGTAACAAATCTCGCACAGTTGCTGCAACCAACAT680GAACGAGGAGAGTAGCCGATCCCATGCAGTTTTCAAAATC720ACCCTCACACATACTCTCTACGATGTGAAGTCTGGGACAT760CTGGAGAGAAAGTGGGCAAACTCAGCCTGGTGGATTTAGC800TGGCAGTGAACGAGCAACGAAGACAGGCGCTGCAGGGGAC840AGGCTGAAGGAAGGGAGCAACATTAACAAGTCCCTCACAA880CCCTCGGTCTGGTTATCTCAGCTCTTGCAGATCAGAGTGC920TGGCAAAAACAAGAATAAATTTGTTCCATATCGTGACTCA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。