基因總覽
KDM6A（lysine demethylase 6A）是位於 X 染色體的蛋白質編碼基因，產物屬於 UTX family。其主要角色與組蛋白修飾及染色質調控相關；來源亦指出，KDM6A 可參與由 T-box family member 調控的基因表現，且此作用不依賴其去甲基化活性。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000611820 ★ | 44,873,188–45,112,779 | 30 |
| ENST00000674586 | 44,873,130–45,114,135 | 30 |
| ENST00000674867 | 44,873,130–45,114,135 | 27 |
| ENST00000675577 | 44,873,130–45,114,135 | 28 |
| ENST00000382899 | 44,873,130–45,114,135 | 29 |
| ENST00000536777 | 44,873,130–45,114,135 | 28 |
| ENST00000543216 | 44,873,130–45,114,135 | 27 |
| ENST00000377967 | 44,873,130–45,114,135 | 29 |
| ENST00000867282 | 44,873,130–45,114,135 | 29 |
| ENST00000867283 | 44,873,130–45,114,135 | 29 |
| ENST00000967038 | 44,873,130–45,114,135 | 27 |
| ENST00001108293 | 44,873,130–44,977,299 | 5 |
顯示 12/15 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
KDM6A 的組蛋白去甲基化作用具有位點與甲基化狀態的選擇性：它作用於 histone H3 的 Lys-27，可去除三甲基與二甲基修飾，但不作用於單甲基修飾。反應中，三甲基化的 Lys-27 轉為單甲基化狀態，並伴隨 2-oxoglutarate、氧氣參與及 succinate、二氧化碳與 formaldehyde 生成。
這項修飾變化與組蛋白標記之間的關聯，涉及 histone H3 Lys-4 甲基化，並調節 PRC1 complex 的招募及 histone H2A 單泛素化。KDM6A 因而參與 histone code 的調控，並可透過調節 HOX gene expression，影響後部發育相關調控。
除去甲基化作用外，KDM6A 也被描述具有不依賴去甲基化酶活性的功能：它參與染色質重塑，調節 T-box family member 依賴的基因表現。此項描述標示為依相似性推定，應與有實驗文獻支持的去甲基化功能區分。
Promoter 與基因調控
>KDM6A ENST00000611820 GRCh38 chrX:44872188-44873288 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AAGAAGGCTCCACTGAAATCATGGCAATAGAACCCAACATTCTGCAGATCCCGCTTCACAATTTCTCATT GCTTTTTCTTGTAAGACTGTAATGAACTACTGATAAGACACAGGGTAAACACAGCACGAAAATCTGGCCC CAAAGTGCCGCCAACAGACAGACCTTTGGCGGTGGGGAGCCATGGTCGGCAAGCCAGGCCCCGCGGGCGA CTCTTCATTCCCTCCGGCCTGGGGCGTATGGGCGGGGGTCAGGGGAGCCCTTCCCCCTTCACTTTCGGCG CGGGTGAGGTGATCGGGGCTGCCAGCGCAGGTCTGGCCTAGGGCGGCACCCGGACCGCGGGGCACGGGAC CGGCAGCCGCTCCCCGAGCGCCCTCCTCGCGGAGGCCATTATTTCCAGCAGTGCCAAAAGTCTGAGCCTT CTTCGGAGGGCAGAGGTCGAGGGCCGTGCGCCGCCTCCCGGCTACGCGACCTGTACCAGGCCCTGTGGGG TCCCGGGACCCCTGGAGCGCGCGCGGGACGGCCGGAGCCGCGGTCTGGGCACATCCCAGAGCTCGCGGGC AGGCAAATGCCGTCCTTGGCGTCTTCGCCCGCCGCTCGCGCCCGCCGCGGGCGGTGCCGGACCTCGCCCT TCCCCACCACTCCCCTCCCCCTCCAGAGCCCGCCGCGGTTCCCGAGGTGACACGGCCCGGACCCTCCATT CTCTGCCCCAGTGTATTTAACCAGCACAACCTAACAGGAAGCTCCCTCTCGGTGACAACCCTTCCCCCGA CAGACGCGCCCAGCAGCCAACCACCGGCTAGAATTGGCCTGCGTCCCGCTCCCATCTCGGTGGCGGCCTC GGTGGGCGGGGCTCGGGCAGCTAGCAAGTTAAGTGGAGCCACGGCTGACGTGAGTCAACAAAGGTCACGT GAGGCGTGCGGGCCGCGCCGATTGGTGGCGCCAGCCGGGCGGGGAGGGGGGGTCACGGCGGCGGCGTGGG GTTCGCTGTGTGACACAATTACAACAACTTTGTGCTGGTGCCGGGGAAGTTTGTGTCTCCAACGAATCCC CTCAGTGCTCCCCAGCCCCGCGCGCTCCGGCCGTTCCCGCCGTCCCCGCCT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| KDM6A_1 ↗ | X:44,873,188 | 正股 | 44,873,139–44,873,198 |
| KDM6A_3 ↗ | X:44,873,455 | 正股 | 44,873,406–44,873,465 |
| KDM6A_2 ↗ | X:44,873,600 | 正股 | 44,873,551–44,873,610 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSRX_9MRTL · enhancer · 44871240–44871509 · regulatory
ENSRX_BBWFX · enhancer · 44871905–44872578 · regulatory
ENSRX_BBWG3 · promoter · 44872579–44873562 · regulatory
ENSRX_5DJZ7P · CTCF_binding_site · 44872632–44872653 · regulatory
ENSRX_5DJZ9X · CTCF_binding_site · 44873111–44873132 · regulatory
ENSRX_5DJZCL · CTCF_binding_site · 44873472–44873493 · regulatory
ENSRX_5DJZFR · CTCF_binding_site · 44873945–44873966 · regulatory
ENSRX_5DJZMH · CTCF_binding_site · 44875179–44875200 · regulatory
ENSRX_9MRX2 · enhancer · 44876047–44876398 · regulatory
· motif · 44872430–44872442 · motif
· motif · 44872432–44872439 · motif
· motif · 44872613–44872626 · motif
· motif · 44872618–44872630 · motif
· motif · 44872634–44872650 · motif
· motif · 44872823–44872833 · motif
· motif · 44872828–44872838 · motif
· motif · 44872850–44872867 · motif
· motif · 44873029–44873039 · motif
· motif · 44873086–44873098 · motif
· motif · 44873091–44873100 · motif
· motif · 44873091–44873100 · motif
· motif · 44873113–44873129 · motif
· motif · 44873140–44873150 · motif
· motif · 44873141–44873151 · motif
· motif · 44873146–44873153 · motif
· motif · 44873380–44873397 · motif
· motif · 44873474–44873490 · motif
· motif · 44873622–44873632 · motif
· motif · 44873947–44873963 · motif
· motif · 44874066–44874083 · motif
· motif · 44874100–44874111 · motif
· motif · 44874749–44874759 · motif
· motif · 44875179–44875191 · motif
· motif · 44875181–44875197 · motif
· motif · 44875292–44875306 · motif
· motif · 44875292–44875306 · motif
· motif · 44875356–44875368 · motif
· motif · 44875358–44875373 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：1401 aa
KDM6A 蛋白長 1,401 個胺基酸，屬於 UTX family。其 N 端附近包含 8 個 TPR 重複序列；JmjC domain 位於蛋白質後段。來源亦註記多段預測為無序的區域，並標示與 SUPT6H 互作的區域涵蓋第 1 至 1,095 個胺基酸。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- GSC2O15499 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MEOX2Q6FHY5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- WDR5P61964 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
KDM6A 是 MLL2/3 complex（亦稱 ASCOM complex）的組成成員；該複合體包含 KMT2D/MLL2 或 KMT2C/MLL3，以及其他列出的成員。另有互作紀錄指出 KDM6A 與 SUPT6H、PROSER1 互作；與 TLE1、SMARCA4 的互作則標示為依相似性推定。這些互作紀錄不等同於其複合體成員身分。
疾病與遺傳關聯
KDM6A 的變異與 Kabuki syndrome 2 有關。此症候群屬先天性智能障礙症候群，可伴隨出生後生長遲緩、特徵性臉部表現、腭裂或高弓腭、脊柱側彎、第五指較短、指腹持續存在，以及脊椎、手部和髖關節的影像學異常；嬰兒期也可能反覆發生中耳炎。來源將此病描述為由影響 KDM6A 的變異所致。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | KDM6A 可選擇性去除 histone H3 Lys-27 的三甲基與二甲基修飾，但不作用於單甲基修飾；此作用參與 histone code 調控及後部發育相關的 HOX gene expression。去甲基化伴隨 Lys-4 甲基化，並調節 PRC1 complex 招募與 histone H2A 單泛素化。另有依相似性推定的非去甲基化功能，涉及染色質重塑及 T-box family member 依賴的基因表現。 | 含實驗來源 | 證據與來源Histone demethylase that specifically demethylates 'Lys-27' of histone H3, thereby playing a central role in histone code. Demethylates trimethylated and dimethylated but not monomethylated H3 'Lys-27'. Plays a central role in regulation of posterior development, by regulating HOX gene expression. Demethylation of 'Lys-27' of histone H3 is concomitant with methylation of 'Lys-4' of histone H3, and regulates the recruitment of the PRC1 complex and monoubiquitination of histone H2A. Plays a demethylase-independent role in chromatin remodeling to regulate T-box family member-dependent gene expression (By similarity) PMID 17713478 ↗ · PMID 17761849 ↗ · PMID 17851529 ↗ · PMID 18003914 ↗ |
| 分子活性 | N(6),N(6),N(6)-trimethyl-L-lysyl(27)-[histone H3] + 2 2-oxoglutarate + 2 O2 = N(6)-methyl-L-lysyl(27)-[histone H3] + 2 formaldehyde + 2 succinate + 2 CO2 | 含實驗來源 | 證據與來源N(6),N(6),N(6)-trimethyl-L-lysyl(27)-[histone H3] + 2 2-oxoglutarate + 2 O2 = N(6)-methyl-L-lysyl(27)-[histone H3] + 2 formaldehyde + 2 succinate + 2 CO2 PMID 17713478 ↗ · PMID 17761849 ↗ · PMID 17851529 ↗ · PMID 18003914 ↗ |
| 交互作用 | KDM6A 是 MLL2/3 complex（亦稱 ASCOM complex）的組成成員；該複合體至少包含 KMT2D/MLL2 或 KMT2C/MLL3、ASH2L、RBBP5、WDR5、NCOA6、DPY30、KDM6A 或 KDM6B、PAXIP1/PTIP、PAGR1，以及 alpha- 和 beta-tubulin。KDM6A 另與 SUPT6H、PROSER1 互作；與 TLE1、SMARCA4 的互作依相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with TLE1 (By similarity). Component of the MLL2/3 complex (also named ASCOM complex), at least composed of KMT2D/MLL2 or KMT2C/MLL3, ASH2L, RBBP5, WDR5, NCOA6, DPY30, KDM6A (or KDM6B), PAXIP1/PTIP, PAGR1 and alpha- and beta-tubulin. Interacts with SUPT6H. Interacts with SMARCA4 (By similarity). Interacts with PROSER1 PMID 17500065 ↗ · PMID 17713478 ↗ · PMID 34667079 ↗ |
| 細胞定位 | KDM6A 位於細胞核。 | 推論支持 | |
| 疾病關聯 | KDM6A 的變異與 Kabuki syndrome 2 有關；此先天性智能障礙症候群可伴隨出生後生長遲緩、特徵性臉部表現、腭裂或高弓腭、脊柱側彎、第五指短、指腹持續存在，以及脊椎、手部和髖關節影像學異常，嬰兒期也可能反覆中耳炎。來源描述為影響 KDM6A 的變異造成此病。 | 含實驗來源 | 證據與來源Kabuki syndrome 2 KABUK2 A congenital intellectual disability syndrome with additional features, including postnatal dwarfism, a peculiar facies characterized by long palpebral fissures with eversion of the lateral third of the lower eyelids, a broad and depressed nasal tip, large prominent earlobes, a cleft or high-arched palate, scoliosis, short fifth finger, persistence of fingerpads, radiographic abnormalities of the vertebrae, hands, and hip joints, and recurrent otitis media in infancy. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 300867 PMID 22197486 ↗ |
核酸與蛋白質序列
ACAACAACTTTGTGCTGGTGCCGGGGAAGTTTGTGTCTCC40AACGAATCCCCTCAGTGCTCCCCAGCCCCGCGCGCTCCGG80CCGTTCCCGCCGTCCCCGCCTGTGGCTGCCCCCTGCCCAA120CCCCGCGATGTGACCCTACAGCCGAAAGCCGCCGCTGCCG160ACCCGGGGGCTCCGCAGCCCCTGCCGCCGCCGCCGCCGCC200TTCACCGCCGCCGCGTTGGGATTTTTCGTCGCCGCCGCCC240GCGGCGGAGGAGGAGGCGGCGATAAAGTTGGTGTGCTGGT280CCCGCGCGCAGATTGGGGGCGTCACTGCGGGCCCCGGTCC320GAGGGGGGGTGTCGGCGTTGGAGTTGTGAATTCGCTGCGT360TTCCATGAAATCCTGCGGAGTGTCGCTCGCTACCGCCGCC400GCTGCCGCCGCCGCTTTCGGTGATGAGGAAAAGAAAATGG440CGGCGGGAAAAGCGAGCGGCGAGAGCGAGGAGGCGTCCCC480CAGCCTGACAGCCGAGGAGAGGGAGGCGCTCGGCGGACTG520GACAGCCGCCTCTTTGGGTTCGTGAGATTTCATGAAGATG560GCGCCAGGACGAAGGCCCTACTGGGCAAGGCTGTTCGCTG600CTATGAATCTCTAATCTTAAAAGCTGAAGGAAAAGTGGAG640TCTGATTTCTTTTGTCAATTAGGTCACTTCAACCTCTTAT680TGGAAGATTATCCAAAAGCATTATCTGCATACCAGAGGTA720CTACAGTTTACAGTCTGACTACTGGAAGAATGCTGCCTTT760TTATATGGTCTTGGTTTGGTCTACTTCCATTATAATGCAT800TTCAGTGGGCAATTAAAGCATTTCAGGAGGTGCTTTATGT840TGATCCCAGCTTTTGTCGAGCCAAGGAAATTCATTTACGA880CTTGGGCTTATGTTCAAAGTGAACACAGACTATGAGTCTA920GTTTAAAGCATTTTCAGTTAGCTTTGGTTGACTGTAATCC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。