基因總覽
KDM2A（lysine demethylase 2A）是蛋白質編碼基因，產物屬於 JHDM1 組蛋白去甲基化酶家族。其蛋白質長 1,162 個胺基酸，含有 JmjC、F-box、CXXC-type 與 PHD-type 結構域，並帶有多個 LRR 重複序列；這些是其主要的結構註記。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000529006 ★ | 67,119,263–67,258,082 | 21 |
| ENST00000398645 | 67,119,247–67,257,665 | 21 |
| ENST00000956405 | 67,119,247–67,258,082 | 19 |
| ENST00001125627 | 67,119,247–67,186,219 | 6 |
| ENST00001125628 | 67,119,247–67,150,159 | 3 |
| ENST00001144501 | 67,119,247–67,258,082 | 21 |
| ENST00000308783 | 67,121,269–67,258,082 | 21 |
| ENST00000530342 | 67,240,047–67,258,082 | 10 |
顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
KDM2A 是組蛋白去甲基化酶，能移除組蛋白 H3 第 36 位 Lys 的甲基，且對二甲基化的 H3 Lys-36 有偏好；對同一位點的單甲基化與三甲基化形式，活性較弱或沒有活性。這項修飾作用使 KDM2A 參與組蛋白修飾所形成的調控資訊，並與維持異染色質狀態有關。
KDM2A 的催化反應涉及二甲基化 H3 Lys-36、2-oxoglutarate 與氧，產物包括去甲基化的 H3 Lys-36、甲醛、琥珀酸及二氧化碳。除此之外，KDM2A 也可能辨識並結合某些磷酸化蛋白質，促進其泛素化與降解；來源未將此能力限定於特定蛋白質。
在著絲粒，KDM2A 與衛星重複序列簇所編碼的小型非編碼 RNA 轉錄抑制相關。它對維持著絲粒完整性及基因組穩定性是必要的，尤其在有絲分裂期間。這些作用將 KDM2A 的染色質調控功能連結至染色體分離相關區域的穩定維護。
KDM2A 也參與晝夜節律基因表現調控：它能以不依賴催化活性的方式，抑制 CLOCK-BMAL1 異源二聚體與 RORA 的轉錄活化因子活性。因此，KDM2A 除了透過組蛋白去甲基化調節染色質，也能藉由抑制轉錄活化因子影響基因表現。
Promoter 與基因調控
>KDM2A ENST00000529006 GRCh38 chr11:67118263-67119363 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ACCGCTTCTGCGCCTGGTACCTGTGGACGCCCTTGTTAAGCGCCTGCAGCACCCCCGGGGAGCCGAGCCC AGGACAGACATGCTACTCCTGTTTCCTGCCCCTTCGGAGCGACGAGCAGTGGGTGAGGCGGGGCCAGGCC GCTGCACCGAGGAGCCCCCGGGCCCAGGGCAGACGGGCCCCGTGGCGGCGGCGCCGGGGCCTGCCCGGGA ATGGCGGGCAAGCCGGCCTCGGCCCACCGGCCGGCACGCGAAGGGAGGGCAGCCGGCGGCCATGCGCCCC TTCCCTGCGCCCTCTCGCCCTGGGCAGGCCTGAGCCGGGAGCCCAGGTCCCGCGGGCCCAGCCCGGCGGC TTGACCCCGGGAGACCCTGCTTTGAGGCGGGTATCGGTTGCCCTGGCCCAGGCCTCCCGGCCCTCAGGTT GTGTGACTGTGACGGGCAGCCTGGGGCCAAAGGCGGTTGAAGGGGAAGGGGACGCAGATCTCCCACTGCT TGGGGGGGGTGATGTGCTTTGTGGGGGGTCGGGGGTCACCACCCTCCCAGGGGGGTGGGGGAGGGCGGCC AGCACAGCTGGCCGCGAGGGGCGGGGTCGCAGAGGCGAAGTGTGTGTGAGGGTGTGTGGGGGGAGGGCGC GCGGAGGAGGATCGGTGCCCTGCGCGCAGGCGCGAGCAGCCAGCCAGGCCCGAGCCCTGGAAGAACGCCG ACGGGGAGCGGGGGCGGCGGGCTGGCGGGAGGGAGGGAGGGCGGGCGGCCTGACGCGAGGGGGCGCAGGG AGCCGCGTCGGCGTCGCGGGGCGCGGGCGATTCGAGGCCGACGCATCCGCGCGTGCGCGCGCCGGCGGTG TGTCCGCGTTAGAGGGGAGTGACGCGTGCGCGTTCACGCGCGCCCGGGAGAGCGGTAAGAAGCGCAGGGA GGCCTGAAGGGGGTGGGGGGGTGGAGAGGCGAGCTGGAGGAGGGGTGGGGAGGTGGCGCCTGCGCAGTGC GCCTCGGAGGAGCTGTGTGTATGTGAGAGTCTGACGGGTTCAAAATGGCGGCGGCTGCTTCAGCGGCTCC TCCTGTGTGAGGGAAACAACACCCCTCCCCGGCAGCGGCGGCGGCGGCGGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| KDM2A_2 ↗ | 11:67,119,263 | 正股 | 67,119,214–67,119,273 |
| KDM2A_1 ↗ | 11:67,240,014 | 正股 | 67,239,965–67,240,024 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR11_75XK2X · enhancer · 67115426–67115525 · regulatory
ENSR11_BHBM9 · enhancer · 67117260–67117772 · regulatory
ENSR11_5KR8LG · CTCF_binding_site · 67118203–67118224 · regulatory
ENSR11_9ZMB2 · promoter · 67118773–67119279 · regulatory
ENSR11_5KR8Q7 · CTCF_binding_site · 67119011–67119032 · regulatory
ENSR11_9ZMB6 · enhancer · 67119280–67119778 · regulatory
ENSR11_9ZMBL · promoter · 67120779–67121279 · regulatory
· motif · 67114922–67114934 · motif
· motif · 67115093–67115107 · motif
· motif · 67115093–67115108 · motif
· motif · 67115093–67115108 · motif
· motif · 67117843–67117852 · motif
· motif · 67117961–67117968 · motif
· motif · 67118113–67118120 · motif
· motif · 67118205–67118221 · motif
· motif · 67118471–67118481 · motif
· motif · 67118613–67118620 · motif
· motif · 67118777–67118790 · motif
· motif · 67118784–67118791 · motif
· motif · 67118890–67118903 · motif
· motif · 67118915–67118926 · motif
· motif · 67118915–67118926 · motif
· motif · 67118967–67118980 · motif
· motif · 67119013–67119029 · motif
· motif · 67119016–67119029 · motif
· motif · 67119034–67119047 · motif
· motif · 67119072–67119083 · motif
· motif · 67119080–67119091 · motif
· motif · 67119080–67119091 · motif
· motif · 67119123–67119134 · motif
· motif · 67119123–67119134 · motif
· motif · 67119184–67119197 · motif
· motif · 67119227–67119238 · motif
· motif · 67119227–67119238 · motif
· motif · 67119285–67119295 · motif
· motif · 67121002–67121016 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：1162 aa
KDM2A 蛋白質含 JmjC 結構域，並具有 F-box、CXXC-type 與 PHD-type 結構域，以及六個 LRR 重複序列。另有數段區域被註記為無序區。其家族分類為 JHDM1 組蛋白去甲基化酶；每個次單元可結合一個 Fe(2+) 離子。
蛋白質三維結構
細胞內定位
KDM2A 位於細胞核核質及染色體，在核質中呈點狀分布，並於核仁周圍區域較為富集。 它會特別聚集於 CpG 島；在其存在的位置，染色質中的 H3K36me2 減少。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Chromosome。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- RELAQ04206 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- SKP1P63208 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
KDM2A 與 CBX5/HP1A 互作，這項互作會促進 CBX5 定位至染色質。SKP1-KDM2A 複合體則與 UBB 互作；此外，KDM2A 是 SCF（SKP1-cullin-F-box）蛋白質連接酶複合體的一部分。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | KDM2A 是組蛋白去甲基化酶，偏好去除組蛋白 H3 第 36 位 Lys 的二甲基化，對單甲基化與三甲基化形式活性較弱或無活性。它可能結合某些磷酸化蛋白並促進其泛素化與降解，也參與維持異染色質、抑制著絲粒衛星重複序列所編碼的小型非編碼 RNA 轉錄，以及維持著絲粒完整性和基因組穩定性，尤其在有絲分裂期間。此外，它可不依賴催化活性抑制 CLOCK-BMAL1 異源二聚體與 RORA 的轉錄活化作用，調節晝夜節律基因表現。 | 含實驗來源 | 證據與來源Histone demethylase that specifically demethylates 'Lys-36' of histone H3, thereby playing a central role in histone code. Preferentially demethylates dimethylated H3 'Lys-36' residue while it has weak or no activity for mono- and tri-methylated H3 'Lys-36'. May also recognize and bind to some phosphorylated proteins and promote their ubiquitination and degradation. Required to maintain the heterochromatic state. Associates with centromeres and represses transcription of small non-coding RNAs that are encoded by the clusters of satellite repeats at the centromere. Required to sustain centromeric integrity and genomic stability, particularly during mitosis. Regulates circadian gene expression by repressing the transcriptional activator activity of CLOCK-BMAL1 heterodimer and RORA in a catalytically-independent manner PMID 16362057 ↗ · PMID 19001877 ↗ · PMID 26037310 ↗ · PMID 28262558 ↗ |
| 分子活性 | N(6),N(6)-dimethyl-L-lysyl(36)-[histone H3] + 2 2-oxoglutarate + 2 O2 = L-lysyl(36)-[histone H3] + 2 formaldehyde + 2 succinate + 2 CO2 | 含實驗來源 | 證據與來源N(6),N(6)-dimethyl-L-lysyl(36)-[histone H3] + 2 2-oxoglutarate + 2 O2 = L-lysyl(36)-[histone H3] + 2 formaldehyde + 2 succinate + 2 CO2 PMID 16362057 ↗ |
| 分子活性 | 每個 KDM2A 次單元可結合一個 Fe(2+) 離子。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | KDM2A 與 CBX5/HP1A 互作，並促進 CBX5 定位至染色質。SKP1-KDM2A 複合體會與 UBB 互作；KDM2A 也屬於 SCF（SKP1-cullin-F-box）蛋白質連接酶複合體的一部分。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with CBX5/HP1A; the interaction promotes CBX5 localization to chromatin. The SKP1-KDM2A complex interacts with UBB. Part of a SCF (SKP1-cullin-F-box) protein ligase complex PMID 19001877 ↗ · PMID 30033217 ↗ |
| 細胞定位 | KDM2A 位於細胞核核質及染色體，在核質呈點狀分布，並於核仁周圍區域富集。它會特別聚集於 CpG 島；KDM2A 存在處的染色質中 H3K36me2 減少。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus, nucleoplasm; Chromosome; Punctate expression throughout the nucleoplasm and enriched in the perinucleolar region. Specifically nucleates at CpG islands where its presence results in chromatin depleted in H3K36me2 PMID 19001877 ↗ · PMID 20417597 ↗ |
核酸與蛋白質序列
ATGTGAGAGTCTGACGGGTTCAAAATGGCGGCGGCTGCTT40CAGCGGCTCCTCCTGTGTGAGGGAAACAACACCCCTCCCC80GGCAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCTCTCGGAGCACCTTCC120CAGCGGCTGGGCCCGTGGCCGCTCTGTCTTTCCTGGGCAG160GGGACGCTCCGGGAGGAGGGGCAACGCCAGGGGGCCCATC200CCCCGGAATCCCTCTTCTGCGACTGGGGAGTAGCCGGGGG240GCTCGTCCCGCAGCGCGGAGCCAGACCTGAGGGGGAGACG280CGAGGGGAGCCAGGGCCCCCATCCCGGCGCGCCGCGCCGC320TCCCGCCCTGTCCGCCCCCCGGGGCCGGGGCCCGCGTTCC360GGGGGGCCGGGGCGGCGCGGGGAGCCTCGGGCCGGCCGGT400CTCAGCTGATCGGCCGCTGCTCCCGCAGGCGACCAGCCCC440TGCTGGCCGAGGGCACGGCGAGGAGGGCGCTCCCTGCGGC480CGGGGCCGGCCCGGGGCTCGGGCCCGGGCTGCTGACCGCT520GGCCTGGGGGAGGCGGGGGCGCCCCGGGCTCGGCGCCGAG560GGGTCGCGCTCCTCTCTCCTGACGCCTCCGACTCCCGGTC600TCCAAAGCCAGAAGAGAAGGTTTGATTCAGCAACTGTTTG640CTCCCTTTTCCTGGTCGCTCTGACCCTCTCTGGATACTGG680GTTGATCCACGGAAAAACCGAAGACGACGTTTGGGATTTA720ATTATTCCTCTCAGCTTTGGAATCTTTTACTTCTCACTTG760GACAAGAACTCAAGAGCAGAATCTCCGTGTTGCAATCTGG800TTCCTAAGGAGGAAGAGGAAGGCAGCCCTGGAGTGGTTTC840TTTACAGTAATTTCAACAGAAGAGTGAGAGATGGAACCCG880AAGAAGAAAGGATTCGTTACAGCCAGAGATTGCGTGGTAC920CATGCGACGACGCTATGAAGATGATGGCATTTCAGATGAT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。