演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

ITPRID2CS-1

ITPR interacting domain containing 2

ITPRID2 的基因身分與分類資料已收錄,功能註解尚待補充。

Homo sapiens2q31.3UniProt P28290
OFFICIAL SYMBOL
ITPRID2
CHROMOSOME
2
UNIPROT
P28290
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

ITPRID2 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 ITPR interacting domain containing 2。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 2q31.3。

Official symbol
ITPRID2
Gene name
ITPR interacting domain containing 2
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:11319
UniProt
P28290
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
CS-1SPAG13KRAPKIAA1927SSFA2

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 22q31.3
chr2 · 242,193,529 bp · GRCh38chr2p25.3 · 1–4400000 · gnegchr2p25.2 · 4400001–6900000 · gpos50chr2p25.1 · 6900001–12000000 · gnegchr2p24.3 · 12000001–16500000 · gpos75chr2p24.2 · 16500001–19000000 · gnegchr2p24.1 · 19000001–23800000 · gpos75chr2p23.3 · 23800001–27700000 · gnegchr2p23.2 · 27700001–29800000 · gpos25chr2p23.1 · 29800001–31800000 · gnegchr2p22.3 · 31800001–36300000 · gpos75chr2p22.2 · 36300001–38300000 · gnegchr2p22.1 · 38300001–41500000 · gpos50chr2p21 · 41500001–47500000 · gnegchr2p16.3 · 47500001–52600000 · gpos100chr2p16.2 · 52600001–54700000 · gnegchr2p16.1 · 54700001–61000000 · gpos100chr2p15 · 61000001–63900000 · gnegchr2p14 · 63900001–68400000 · gpos50chr2p13.3 · 68400001–71300000 · gnegchr2p13.2 · 71300001–73300000 · gpos50chr2p13.1 · 73300001–74800000 · gnegchr2p12 · 74800001–83100000 · gpos100chr2p11.2 · 83100001–91800000 · gnegchr2p11.1 · 91800001–93900000 · acenchr2q11.1 · 93900001–96000000 · acenchr2q11.2 · 96000001–102100000 · gnegchr2q12.1 · 102100001–105300000 · gpos50chr2q12.2 · 105300001–106700000 · gnegchr2q12.3 · 106700001–108700000 · gpos25chr2q13 · 108700001–112200000 · gnegchr2q14.1 · 112200001–118100000 · gpos50chr2q14.2 · 118100001–121600000 · gnegchr2q14.3 · 121600001–129100000 · gpos50chr2q21.1 · 129100001–131700000 · gnegchr2q21.2 · 131700001–134300000 · gpos25chr2q21.3 · 134300001–136100000 · gnegchr2q22.1 · 136100001–141500000 · gpos100chr2q22.2 · 141500001–143400000 · gnegchr2q22.3 · 143400001–147900000 · gpos100chr2q23.1 · 147900001–149000000 · gnegchr2q23.2 · 149000001–149600000 · gpos25chr2q23.3 · 149600001–154000000 · gnegchr2q24.1 · 154000001–158900000 · gpos75chr2q24.2 · 158900001–162900000 · gnegchr2q24.3 · 162900001–168900000 · gpos75chr2q31.1 · 168900001–177100000 · gnegchr2q31.2 · 177100001–179700000 · gpos50chr2q31.3 · 179700001–182100000 · gnegchr2q32.1 · 182100001–188500000 · gpos75chr2q32.2 · 188500001–191100000 · gnegchr2q32.3 · 191100001–196600000 · gpos75chr2q33.1 · 196600001–202500000 · gnegchr2q33.2 · 202500001–204100000 · gpos50chr2q33.3 · 204100001–208200000 · gnegchr2q34 · 208200001–214500000 · gpos100chr2q35 · 214500001–220700000 · gnegchr2q36.1 · 220700001–224300000 · gpos75chr2q36.2 · 224300001–225200000 · gnegchr2q36.3 · 225200001–230100000 · gpos100chr2q37.1 · 230100001–234700000 · gnegchr2q37.2 · 234700001–236400000 · gpos50chr2q37.3 · 236400001–242193529 · gnegITPRID2pq1 bp242,193,529 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr2:181,841,292–181,930,738
Gene span
89,447 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000431877 ★181,891,730–181,930,73818
ENST00001039063181,841,292–181,930,73819
ENST00000320370181,891,718–181,930,73817
ENST00000409001181,891,718–181,930,73817
ENST00000987101181,891,718–181,930,73818
ENST00000987102181,891,718–181,930,73816
ENST00000987104181,891,718–181,930,73819
ENST00001039069181,891,718–181,930,73818
ENST00001039083181,891,718–181,930,73817
ENST00001111134181,891,718–181,925,17216
ENST00001115254181,891,718–181,905,9628
ENST00001142447181,891,718–181,930,73818

顯示 12/14 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

目前匯入的來源未提供可採用的功能敘述。這不代表此基因缺乏生物學作用;有新的可用註解時可再補充。
05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 181891730 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>ITPRID2 ENST00000431877 GRCh38 chr2:181890730-181891830 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TCTTCATTCCAAATTCTCCAAAAGTTATGGTTTCCTGTAGCTATCAATGACAATGCACTTAATTACCTTG
TAATTCGAATGCTTCCATTAGGAATTTTACTATGCTCTGGATTTTAATTTCAAATGAAAAATAATTCCTT
CCTTAAAATATTTTGTCTACGCAAAATATTCTTTTCAATCACGTTAAGATTTTAAAAAGTGTTCTAACTT
GTTCTTCAGAGCATAGCCAAGTACAATAAAATATTGGAAGCCTTACTTATATGTATAGTTCAGATGTAAC
ATTTAGGGGAACAATGCTGCTTGATAGGTCTGTCACATTGTGTCTGGTTTTGGATAGAATTTGAGTATTT
TTGCTAATGAGAATTTAAACATAACAAAACGGAATGCCAAAGCTGGCTTTAAAAAGTTTTGAACCCTGAC
ATCATTTGTTTCTTGTATCATGCTGTCTCACCAAAATCCAAGCAACTATCTCCACATTGTCCCAATTGTT
TCCTCTATTCTCCCTCACCAAAGTCCAACTTCAATGTGAAATTTCCAGATTAAATATCCTTTCACAATTC
ATTTTCATTCATAACATAAACACGATAAATAACTTTAAGTATGAAAGTAGCACTCCAGGAAGCTTAGTCT
TTTGCAGTTTTTACATTTTGGCAACACCAATCAAGCACCTCTTTCCGTCCTTACCCCAATTCCTTGGACA
CTAAAGAGTCTATATTCAGGCGACTCTTTCAAGTGTATGTTTCAGGGTGCCCAAGCAGACACTTGTTTTC
TCGCGGGGGATGTTTTGTGAGACTTGGCCTCCCCACTTACGTTCTATTTTTAGGTGAGGGAGGAGGAGGA
GGAGAGGAGGAAAGATTATTAACAAACTAATCTTGCCCATTCCGCGGGCAGTAGTCGGGGGCTGGCCTGC
TCCGCGTCGCGCCGGGCGCGCCCCGCCCTACCGCGCCCCGCGCGGCCCCGGCCGGAAGGGGGCGTGGGCC
GCCGCCGAGGGAAGGCGCGCAGACGCGCAGCGGCCGGCCTGCTCCGGGCGCGTCAGGCAGGGGGTGGGGA
GCAGGGGCCGGGCGGGCGCTCGGCTCCCAGCCGCGCTCCCTCGGGCCACTA
ITPRID2 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
SSFA2_3 ↗2:181,841,311正股181,841,262–181,841,321
SSFA2_1 ↗2:181,891,827正股181,891,778–181,891,837
SSFA2_2 ↗2:181,891,963正股181,891,914–181,891,973

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR2_87CDJF · enhancer · 181889903–181890131 · regulatory

ENSR2_B3C4M9 · enhancer · 181890963–181891652 · regulatory

ENSR2_94N79P · promoter · 181891653–181891995 · regulatory

ENSR2_53KR5K7 · CTCF_binding_site · 181891687–181891708 · regulatory

ENSR2_94N7BH · enhancer · 181894352–181894666 · regulatory

· motif · 181891689–181891705 · motif

· motif · 181891690–181891699 · motif

· motif · 181892267–181892282 · motif

· motif · 181892684–181892697 · motif

· motif · 181892684–181892697 · motif

· motif · 181892765–181892780 · motif

· motif · 181896471–181896485 · motif

· motif · 181896471–181896486 · motif

· motif · 181896478–181896491 · motif

· motif · 181896478–181896492 · motif

· motif · 181896478–181896493 · motif

· motif · 181896478–181896493 · motif

活化的 KRAS 會使 ITPRID2 的表現上調。

序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:1259 aa

1 aa1259 aa功能區域
依 P28290 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

Protein ITPRID2 長 1,259 個胺基酸。序列註解指出有六段預測為無序區,分別位於第 31–72、268–290、306–450、806–829、1094–1137 與 1154–1215 個胺基酸。這些區段屬於序列特徵預測;來源未提供其他結構域或功能區域註解。

功能區域Disordered31–72 aa
功能區域Disordered268–290 aa
功能區域Disordered306–450 aa
功能區域Disordered806–829 aa
功能區域Disordered1094–1137 aa
功能區域Disordered1154–1215 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · P28290…

AlphaFold · P28290

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cytoplasm

ITPRID2 位於細胞質,並可見於靠近質膜的位置;它也與肌動蛋白絲相關。 來源另指出,ITPRID2 可能存在具有細胞外區域的膜結合形式,但未提供此形式出現的條件或其與其他形式的差異。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 7 個夥伴 · 最多顯示 50 個
CS-1ITPRID2SGF29TSG101YWHAEYWHAGYWHAQGSNHRAS
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
細胞定位ITPRID2 位於細胞質,也可在質膜附近找到,並與肌動蛋白絲相關。此外,它可能還有一種膜結合形式,且具有細胞外區域;此描述保留了可能存在的限定。含實驗來源
證據與來源

Cytoplasm; Located near the plasma membrane. Associated with actin filaments. May also exist as a membrane-bound form with extracellular regions

PMID 14673706 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

調控活化的 KRAS 會使 ITPRID2 的表現上調。含實驗來源
證據與來源

Up-regulated by activated KRAS

PMID 14673706 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000431877 · 5,308 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AGACGCGCAGCGGCCGGCCTGCTCCGGGCGCGTCAGGCAG40
41GGGGTGGGGAGCAGGGGCCGGGCGGGCGCTCGGCTCCCAG80
81CCGCGCTCCCTCGGGCCACTAGCGCTCCCGCGCGCGCCCG120
121GCCGCCTTCATGTGAAGCGCCGGCCCTCCGCCCCTTCCCT160
161CCCCTTCCTTCCCTCCCTCCCTCCCTGTCCCCTCCTCCTC200
201CTCCTCCTCCTCCGGCGCCCGCTTCAGCTCCCCGGGGCCC240
241CCTGCCCGGCCGGGCGCTGACAGCAAGGGCGGGGGTCCCT280
281GCCGCCGCCTTGTCTCGCGCAGGGTCCGGCTGGGGTAGCG320
321GAGCCCCCAGTGCGGCCATGGACCGGCCCCTGTCGTCGTC360
361GGCGGAGGCGGAGGAGGAACTGGAGTGGCAAGTGGCGAGT400
401CGCAGGAGGAAGGCCTGGGCCAAGTGCCGCAGCTCCTGGC440
441AAGCGTCGGAGACGGAGGATCTGTCCACAGAAGCGACGAC480
481GCAGGACGAGGAGGAGGACGAGGAGGAGGACCTCCCCGGC520
521GCGCAGCTGCCGGCAGCGGGGGGAAGAGGAAACGTGCCCA560
561ACGAGAAGATCGCGATATGGCTCAAGGACTGCCGTACACC600
601TTTGGGAGCCTCACTGGATGAACAAAGCAGTAGTACACTC640
641AAGGGTGTGCTTGTGAGAAATGGAGGAAGTTTTGAAGATG680
681ATTTGTCATTGGGAGCTGAAGCCAACCACCTCCATGAAAG720
721TGATGCTCAAATTGAAAACTGCAATAATATCTTGGCCAAA760
761GAGAGAAGATTACAGTTTCATCAGAAAGGGAGAAGTATGA800
801ATTCCACTGGATCTGGGAAAAGTAGTGGGACAGTTTCAAG840
841TGTTTCAGAATTGTTGGAACTTTATGAGGAAGATCCTGAA880
881GAAATTCTTTATAATCTTGGATTTGGACGTGATGAACCAG920
921ATATTGCTTCTAAAATTCCTTCCAGATTTTTTAATTCATC960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。