基因總覽
ITPRID2 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 ITPR interacting domain containing 2。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 2q31.3。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000431877 ★ | 181,891,730–181,930,738 | 18 |
| ENST00001039063 | 181,841,292–181,930,738 | 19 |
| ENST00000320370 | 181,891,718–181,930,738 | 17 |
| ENST00000409001 | 181,891,718–181,930,738 | 17 |
| ENST00000987101 | 181,891,718–181,930,738 | 18 |
| ENST00000987102 | 181,891,718–181,930,738 | 16 |
| ENST00000987104 | 181,891,718–181,930,738 | 19 |
| ENST00001039069 | 181,891,718–181,930,738 | 18 |
| ENST00001039083 | 181,891,718–181,930,738 | 17 |
| ENST00001111134 | 181,891,718–181,925,172 | 16 |
| ENST00001115254 | 181,891,718–181,905,962 | 8 |
| ENST00001142447 | 181,891,718–181,930,738 | 18 |
顯示 12/14 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>ITPRID2 ENST00000431877 GRCh38 chr2:181890730-181891830 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TCTTCATTCCAAATTCTCCAAAAGTTATGGTTTCCTGTAGCTATCAATGACAATGCACTTAATTACCTTG TAATTCGAATGCTTCCATTAGGAATTTTACTATGCTCTGGATTTTAATTTCAAATGAAAAATAATTCCTT CCTTAAAATATTTTGTCTACGCAAAATATTCTTTTCAATCACGTTAAGATTTTAAAAAGTGTTCTAACTT GTTCTTCAGAGCATAGCCAAGTACAATAAAATATTGGAAGCCTTACTTATATGTATAGTTCAGATGTAAC ATTTAGGGGAACAATGCTGCTTGATAGGTCTGTCACATTGTGTCTGGTTTTGGATAGAATTTGAGTATTT TTGCTAATGAGAATTTAAACATAACAAAACGGAATGCCAAAGCTGGCTTTAAAAAGTTTTGAACCCTGAC ATCATTTGTTTCTTGTATCATGCTGTCTCACCAAAATCCAAGCAACTATCTCCACATTGTCCCAATTGTT TCCTCTATTCTCCCTCACCAAAGTCCAACTTCAATGTGAAATTTCCAGATTAAATATCCTTTCACAATTC ATTTTCATTCATAACATAAACACGATAAATAACTTTAAGTATGAAAGTAGCACTCCAGGAAGCTTAGTCT TTTGCAGTTTTTACATTTTGGCAACACCAATCAAGCACCTCTTTCCGTCCTTACCCCAATTCCTTGGACA CTAAAGAGTCTATATTCAGGCGACTCTTTCAAGTGTATGTTTCAGGGTGCCCAAGCAGACACTTGTTTTC TCGCGGGGGATGTTTTGTGAGACTTGGCCTCCCCACTTACGTTCTATTTTTAGGTGAGGGAGGAGGAGGA GGAGAGGAGGAAAGATTATTAACAAACTAATCTTGCCCATTCCGCGGGCAGTAGTCGGGGGCTGGCCTGC TCCGCGTCGCGCCGGGCGCGCCCCGCCCTACCGCGCCCCGCGCGGCCCCGGCCGGAAGGGGGCGTGGGCC GCCGCCGAGGGAAGGCGCGCAGACGCGCAGCGGCCGGCCTGCTCCGGGCGCGTCAGGCAGGGGGTGGGGA GCAGGGGCCGGGCGGGCGCTCGGCTCCCAGCCGCGCTCCCTCGGGCCACTA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SSFA2_3 ↗ | 2:181,841,311 | 正股 | 181,841,262–181,841,321 |
| SSFA2_1 ↗ | 2:181,891,827 | 正股 | 181,891,778–181,891,837 |
| SSFA2_2 ↗ | 2:181,891,963 | 正股 | 181,891,914–181,891,973 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR2_87CDJF · enhancer · 181889903–181890131 · regulatory
ENSR2_B3C4M9 · enhancer · 181890963–181891652 · regulatory
ENSR2_94N79P · promoter · 181891653–181891995 · regulatory
ENSR2_53KR5K7 · CTCF_binding_site · 181891687–181891708 · regulatory
ENSR2_94N7BH · enhancer · 181894352–181894666 · regulatory
· motif · 181891689–181891705 · motif
· motif · 181891690–181891699 · motif
· motif · 181892267–181892282 · motif
· motif · 181892684–181892697 · motif
· motif · 181892684–181892697 · motif
· motif · 181892765–181892780 · motif
· motif · 181896471–181896485 · motif
· motif · 181896471–181896486 · motif
· motif · 181896478–181896491 · motif
· motif · 181896478–181896492 · motif
· motif · 181896478–181896493 · motif
· motif · 181896478–181896493 · motif
活化的 KRAS 會使 ITPRID2 的表現上調。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:1259 aa
Protein ITPRID2 長 1,259 個胺基酸。序列註解指出有六段預測為無序區,分別位於第 31–72、268–290、306–450、806–829、1094–1137 與 1154–1215 個胺基酸。這些區段屬於序列特徵預測;來源未提供其他結構域或功能區域註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ITPRID2 位於細胞質,並可見於靠近質膜的位置;它也與肌動蛋白絲相關。 來源另指出,ITPRID2 可能存在具有細胞外區域的膜結合形式,但未提供此形式出現的條件或其與其他形式的差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
- SGF29Q96ES7 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- TSG101Q99816 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- YWHAEP62258 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- YWHAGP61981 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- YWHAQP27348 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- GSNP06396 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HRASP01112 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 細胞定位 | ITPRID2 位於細胞質,也可在質膜附近找到,並與肌動蛋白絲相關。此外,它可能還有一種膜結合形式,且具有細胞外區域;此描述保留了可能存在的限定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Located near the plasma membrane. Associated with actin filaments. May also exist as a membrane-bound form with extracellular regions PMID 14673706 ↗ |
| 調控 | 活化的 KRAS 會使 ITPRID2 的表現上調。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
AGACGCGCAGCGGCCGGCCTGCTCCGGGCGCGTCAGGCAG40GGGGTGGGGAGCAGGGGCCGGGCGGGCGCTCGGCTCCCAG80CCGCGCTCCCTCGGGCCACTAGCGCTCCCGCGCGCGCCCG120GCCGCCTTCATGTGAAGCGCCGGCCCTCCGCCCCTTCCCT160CCCCTTCCTTCCCTCCCTCCCTCCCTGTCCCCTCCTCCTC200CTCCTCCTCCTCCGGCGCCCGCTTCAGCTCCCCGGGGCCC240CCTGCCCGGCCGGGCGCTGACAGCAAGGGCGGGGGTCCCT280GCCGCCGCCTTGTCTCGCGCAGGGTCCGGCTGGGGTAGCG320GAGCCCCCAGTGCGGCCATGGACCGGCCCCTGTCGTCGTC360GGCGGAGGCGGAGGAGGAACTGGAGTGGCAAGTGGCGAGT400CGCAGGAGGAAGGCCTGGGCCAAGTGCCGCAGCTCCTGGC440AAGCGTCGGAGACGGAGGATCTGTCCACAGAAGCGACGAC480GCAGGACGAGGAGGAGGACGAGGAGGAGGACCTCCCCGGC520GCGCAGCTGCCGGCAGCGGGGGGAAGAGGAAACGTGCCCA560ACGAGAAGATCGCGATATGGCTCAAGGACTGCCGTACACC600TTTGGGAGCCTCACTGGATGAACAAAGCAGTAGTACACTC640AAGGGTGTGCTTGTGAGAAATGGAGGAAGTTTTGAAGATG680ATTTGTCATTGGGAGCTGAAGCCAACCACCTCCATGAAAG720TGATGCTCAAATTGAAAACTGCAATAATATCTTGGCCAAA760GAGAGAAGATTACAGTTTCATCAGAAAGGGAGAAGTATGA800ATTCCACTGGATCTGGGAAAAGTAGTGGGACAGTTTCAAG840TGTTTCAGAATTGTTGGAACTTTATGAGGAAGATCCTGAA880GAAATTCTTTATAATCTTGGATTTGGACGTGATGAACCAG920ATATTGCTTCTAAAATTCCTTCCAGATTTTTTAATTCATC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。