基因總覽
IMP3（IMP U3 small nucleolar ribonucleoprotein 3）是人類的蛋白質編碼基因，其產物為 U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3。此蛋白屬於 universal ribosomal protein uS4 family，含有一段 S4 RNA-binding 結構域。IMP3 是 U3 small nucleolar ribonucleoprotein（U3 snoRNP）的組成成員，也納入小次單位加工體（SSU processome）；這些複合體與核糖體小次單位生成相關。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000403490 ★ | 75,639,093–75,640,224 | 1 |
| ENST00000314852 | 75,639,085–75,648,706 | 2 |
顯示 2/2 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
IMP3 是 U3 small nucleolar ribonucleoprotein（U3 snoRNP）的組成成員，並參與前體 18S 核糖體 RNA（pre-18S rRNA）加工。資料指出，IMP3 對加工早期的切割步驟是必要的，顯示它在成熟核糖體 RNA 形成之前的處理過程中具有作用。
IMP3 也屬於小次單位加工體（SSU processome），這是形成真核生物核糖體小次單位的最初前驅複合體。該加工體在核仁組裝時，多種核糖體生成因子、RNA 分子伴護蛋白及核糖體蛋白會與新生的前體 rRNA 結合，協同進行 RNA 摺疊、修飾、構形重排與切割；前核糖體 RNA 也可由 RNA exosome 進行定向降解。IMP3 在此複合體中的成員身分，將它連結至這些核糖體生成相關的處理程序，但現有資料未進一步界定它在各步驟中的個別分子作用。
小次單位加工體的協同活動有助於處理前體 rRNA，並推進真核生物核糖體小次單位的形成。就 IMP3 而言，來源明確支持其參與複合體，以及對前體 18S rRNA 早期切割的必要性；不宜據此延伸為其他未記載的調控機制或作用途徑。
Promoter 與基因調控
>IMP3 ENST00000403490 GRCh38 chr15:75640124-75641224 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GCCTAGGTTGGTCTTGAACTCCTGGCCTCAAATGATCCTCCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTA CAGGCATGTGCCACCGCGCCCAACCCTCAAATATTGTATTGTAAAAGACAATGAAAAGCATACAAAACAA AAATGATCAGTGAGAAGCTAGGTGGCGTCAAATGCCCGGGCAAAAAGGGGTTAGGTCTGCAGCGCTATAC TCAGATGTAACTTACAGATGCAACTAGCGGAAACAGCATTAAATTTGTTAACTCAATGCTTGGTGGCCAG AAATTCATGTCAGGATAATTCATTTGAGCACAGACTAAAGGGTTTGGACTTGTAGTTATAGTCCAAGTTT CTCAAACTTGCTGGGTTTTATGAATCATCTGACACTTTAGTTAATAATACAGATTTCCAGGCGACTCCCT TATAGATCCCTTTTCTGTGGGCCTAGGAAGCAGCCAATCAGTATTTCATGGGTTCGGTGCCACCTATCCC AACTTGACAATGAGAGATCGCTCTGCATGCCAGGTGAAGGACCTGACGCTGGCGGGCGGCGGGGACTACC AGGTCAGCCCCAGGAGAGCCGGCTCCGGCAAGCTCCCCCAAGGCATGGCAGGAGCCCAGTGCAAGTTAGC ACAGTAAACCCAATCAACAAGCCGCAGTCACCCCTCTTCCCCAGAAATGGCCTCTTCAGCTCTTGCGGGG GAGACTCTGAAAGTCCCCAAAGGACAGAAGTCTAGGAGGAAATGATTGCCGCAGAAAGGGATACAGTCTT GGCTACTAAAAACCGCGCGGAACCGCCTAGGGACCCGCTCCCAACCACCCACCTCCGGTGCTTCTACCCC CTCCCTCGCAAACGCGAAGAAAAGAAGAAACGCGAGATCCCAGTGCAGAGGCGTGGTCCCACCCTGGCCA ATGGGAAGTGAGGGCGTGACTTTAAGTCTTTCTTTCATTGGCCCAGGGTCCCAGGCCGTCCAGGTCTTGG GGCGCCGCGGCGGAAATCGCGCGGATGCCAGAACGCGCTCTCAGCTTCGGGTCCTGCGGCTGCGGCTGCC GCCATCATGGTGCGGAAGCTTAAGTTCCACGAGCAGAAGCTGCTGAAGCAG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR15_9352LF · promoter · 75639270–75639770 · regulatory
ENSR15_9352LP · promoter · 75640214–75640714 · regulatory
ENSR15_5MRD25 · CTCF_binding_site · 75641054–75641075 · regulatory
· motif · 75639262–75639270 · motif
· motif · 75639657–75639666 · motif
· motif · 75639657–75639666 · motif
· motif · 75639692–75639707 · motif
· motif · 75639692–75639707 · motif
· motif · 75639892–75639903 · motif
· motif · 75639892–75639903 · motif
· motif · 75639946–75639957 · motif
· motif · 75639946–75639957 · motif
· motif · 75639950–75639961 · motif
· motif · 75639979–75639990 · motif
· motif · 75639979–75639990 · motif
· motif · 75640082–75640097 · motif
· motif · 75640119–75640128 · motif
· motif · 75640155–75640166 · motif
· motif · 75640168–75640178 · motif
· motif · 75640183–75640200 · motif
· motif · 75640295–75640305 · motif
· motif · 75640328–75640338 · motif
· motif · 75640396–75640405 · motif
· motif · 75640399–75640409 · motif
· motif · 75640521–75640532 · motif
· motif · 75640559–75640576 · motif
· motif · 75640646–75640659 · motif
· motif · 75640646–75640659 · motif
· motif · 75641056–75641072 · motif
· motif · 75644069–75644082 · motif
· motif · 75644209–75644224 · motif
· motif · 75644214–75644226 · motif
· motif · 75644217–75644224 · motif
· motif · 75644217–75644232 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：184 aa
IMP3 蛋白長 184 個胺基酸，屬於 universal ribosomal protein uS4 family。其第 109 至 175 位胺基酸區段註解為 S4 RNA-binding 結構域；此區域由序列特徵資料標示。
蛋白質三維結構
細胞內定位
IMP3 定位於細胞核的核仁。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 14 個夥伴
- CCNDBP1O95273 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- EFHC1Q5JVL4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EVI5O60447 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KLC3Q6P597 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MCCP23508 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- MPHOSPH10O00566 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- NANOS3P60323-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PPP1R12CQ9BZL4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SERTAD3Q9UJW9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SORBS3O60504 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TFIP11Q9UBB9 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- USHBP1Q8N6Y0 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- ZNF655Q8N720 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZYXQ15942 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
IMP3 是由 70 多種蛋白質及 RNA chaperone U3 small nucleolar RNA（snoRNA）構成的小次單位加工體成員。它也與 IMP4、MPHOSPH10 同屬一個異源三聚體複合體；另有資料指出 IMP3 與 MPHOSPH10 互作。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | IMP3 是 60–80S U3 小核仁核糖核蛋白（U3 snoRNP）的組成成員，且為前體 18S 核糖體 RNA 加工早期切割所必需。它也屬於小次單位加工體；此複合體是形成真核生物核糖體小次單位的最初前驅體。加工體在核仁組裝時，多種核糖體生成因子、RNA 分子伴護蛋白與核糖體蛋白共同作用，促進新生前體 rRNA 摺疊、修飾、重排與切割，並由 RNA exosome 定向降解前核糖體 RNA。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the 60-80S U3 small nucleolar ribonucleoprotein (U3 snoRNP). Required for the early cleavages during pre-18S ribosomal RNA processing. Part of the small subunit (SSU) processome, first precursor of the small eukaryotic ribosomal subunit. During the assembly of the SSU processome in the nucleolus, many ribosome biogenesis factors, an RNA chaperone and ribosomal proteins associate with the nascent pre-rRNA and work in concert to generate RNA folding, modifications, rearrangements and cleavage as well as targeted degradation of pre-ribosomal RNA by the RNA exosome PMID 12655004 ↗ · PMID 34516797 ↗ |
| 交互作用 | IMP3 是小次單位加工體的成員；該複合體由 70 多種蛋白質及 RNA chaperone U3 small nucleolar RNA（snoRNA）構成。IMP3 也與 IMP4、MPHOSPH10 同屬異源三聚體複合體，並有與 MPHOSPH10 互作的記載。 | 含實驗來源 | 證據與來源Part of the small subunit (SSU) processome, composed of more than 70 proteins and the RNA chaperone small nucleolar RNA (snoRNA) U3. Component of a heterotrimeric complex containing IMP3, IMP4 and MPHOSPH10. Interacts with MPHOSPH10 PMID 12655004 ↗ · PMID 34516797 ↗ |
| 細胞定位 | IMP3 位於細胞核及核仁。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GCGGATGCCAGAACGCGCTCTCAGCTTCGGGTCCTGCGGC40TGCGGCTGCCGCCATCATGGTGCGGAAGCTTAAGTTCCAC80GAGCAGAAGCTGCTGAAGCAGGTGGACTTCCTGAACTGGG120AGGTCACCGACCACAACCTGCACGAGCTGCGCGTGCTGCG160GCGTTACCGGCTGCAGCGGCGGGAGGACTACACGCGCTAC200AACCAGCTGAGCCGTGCCGTGCGTGAGCTGGCGCGGCGCC240TGCGCGACCTGCCCGAACGCGACCAGTTCCGCGTGCGCGC280TTCGGCCGCGCTGCTGGACAAGCTGTATGCTCTCGGCTTG320GTGCCCACGCGCGGTTCGCTGGAGCTCTGCGACTTCGTCA360CGGCCTCGTCCTTCTGCCGCCGCCGCCTCCCCACCGTGCT400CCTCAAGCTGCGCATGGCGCAGCACCTTCAGGCTGCCGTG440GCCTTTGTGGAGCAAGGGCACGTACGCGTGGGCCCTGACG480TGGTTACCGACCCCGCCTTCCTTGTCACGCGCAGCATGGA520GGACTTTGTCACTTGGGTGGACTCGTCCAAGATCAAGCGG560CACGTGCTAGAGTACAATGAGGAGCGCGATGACTTCGATC600TGGAAGCCTAGCGGATCTCCCACTTTGCATGGCTGTCTTT640TACAGATGGGAAAACTGAGGCCTGATGCTGGAGATTCTAT680GAGGGTGCTCTCCTCAAGGGTATCAGACGGTCGTAGGTTC720TTAAGAATTTGATTCATCAGTGGCAGGCCATGCATAGAGC760CACGGGAGGTGCGTCCTTGTTTTCCAGGGAATGTTCTTAG800AACTTGGACTACTGATTATTAATTGACTGTGCCTTGGGAA840ACAGTGGGAAGTAACTTGGTGCAGCACTGGGGTATTGTTG880GCTTCTTGTGTTGGAAACTTTGTAATGTAAAAGGAAAAAC920TGGAAATCCCCACGCCCTGTTTCCCTTTATCGTCTTGTGG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。